ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C5' B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4 B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O3' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
N3 B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5 B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C4' B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' B 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O2' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' B 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C1' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C6 B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O5' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
N9 B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
OP2 B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2 B 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N1 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P B 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
N7 B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C8 B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O6 B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
OP1 B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
N2 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
P A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O3' A 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
OP2 A 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02
C2' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04
C3' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03
C4' 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
C5' 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.08 0.04 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02
C6 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
N3 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03
N4 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03
O2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03
O2' 0.08 0.02 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.03 0.10 0.01 0.02 0.06 0.09 0.10 0.08 0.04 0.05 0.07 0.02 0.05 0.04 0.05
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03
O4' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
OP2 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
P 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C5' 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.08 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03
N2 0.04 0.00 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.09 0.09 0.00 0.06 0.07 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.04
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00