ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
N2 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C2 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C6 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.000, 0.254, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O6 B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
N7 B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N9 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C5' A 0, 0.000, 0.310, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O5' B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP2 B 0, 0.000, 0.405, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.405
P B 0, 0.000, 0.416, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.416 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
O5' A 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.000, 0.465, 0.931, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.465 std_dev=0.465
C3' B 0, 0.000, 0.486, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.486 std_dev=0.486
OP1 B 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
P A 0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O3' B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
OP2 A 0, 0.000, 0.820, 1.640, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.820 std_dev=0.820
OP1 A 0, 0.000, 0.906, 1.812, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.906 std_dev=0.906

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.11 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.29 0.25 0.18
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.06 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.34 0.39 0.25
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.29 0.41 0.23
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.22 0.33 0.18
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.22 0.24 0.15
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.34 0.33 0.23
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.37 0.44 0.27
O2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.28 0.19 0.16
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.12 0.04 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.16 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
O5' 0.05 0.12 0.08 0.08 0.13 0.01 0.10 0.00 0.08 0.09 0.14 0.13 0.12 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.29 0.15 0.11 0.34 0.02 0.29 0.02 0.22 0.22 0.34 0.37 0.28 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.25 0.01 0.06 0.39 0.04 0.41 0.06 0.33 0.24 0.33 0.44 0.19 0.04 0.16 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.18 0.04 0.00 0.25 0.01 0.23 0.01 0.18 0.15 0.23 0.27 0.16 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.11 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.04 0.09 0.02 0.01 0.04 0.09 0.07 0.14 0.14 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02
C2' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.12 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03
C4 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.20 0.15 0.02 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07
C4' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.15 0.00 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07
C5' 0.07 0.06 0.05 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.11 0.01 0.05 0.06 0.00 0.16 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06
C6 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04
N1 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.13 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03
N3 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.07 0.07 0.18 0.15 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05
N4 0.04 0.02 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.23 0.15 0.00 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09
O2 0.06 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.10 0.01 0.08 0.10 0.05 0.02 0.06 0.12 0.08 0.13 0.13 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.13 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02
O3' 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
O4' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
O5' 0.03 0.13 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.09 0.18 0.12 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
OP1 0.02 0.15 0.00 0.02 0.02 0.08 0.07 0.03 0.04 0.15 0.06 0.25 0.15 0.16 0.04 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.14 0.21 0.12
OP2 0.58 0.15 0.52 0.54 0.41 0.52 0.38 0.53 0.27 0.54 0.16 0.03 0.29 0.47 0.53 0.37 0.59 0.52 0.55 0.25 0.58 0.56 0.55
P 0.21 0.02 0.18 0.20 0.14 0.16 0.16 0.18 0.10 0.24 0.02 0.12 0.04 0.22 0.21 0.12 0.26 0.15 0.21 0.11 0.26 0.28 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.03 0.07 0.13 0.02 0.06 0.03 0.13 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.09 0.07 0.09 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.10 0.02 0.09 0.06 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.11 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.05 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.07 0.00 0.04 0.03 0.04
C8 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.17 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
N2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.00 0.11 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.16 0.02 0.11 0.01 0.07 0.04 0.07
N9 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.02 0.08 0.17 0.00 0.13 0.08 0.17 0.06 0.00 0.00 0.03 0.08 0.12 0.14 0.19 0.13
O3' 0.12 0.03 0.05 0.00 0.10 0.00 0.12 0.04 0.11 0.17 0.07 0.01 0.04 0.16 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.05 0.00
O4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05
O5' 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.02 0.02 0.11 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.10 0.00 0.07 0.06 0.07
OP1 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.04 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.19 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.07 0.03 0.13 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00