ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
P A 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N1 B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
O5' A 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O6 B 0, 0.000, 0.288, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N2 B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
O3' B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C3' B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C2' B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
N9 B 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472
N7 B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C8 B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C1' B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
O4' B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620
O2' B 0, 0.000, 0.631, 1.262, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.631 std_dev=0.631
O5' B 0, 0.000, 0.708, 1.415, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.708 std_dev=0.708
C5' B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
P B 0, 0.000, 0.795, 1.591, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.795 std_dev=0.795
OP1 B 0, 0.000, 1.171, 2.343, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.171 std_dev=1.171
OP2 B 0, 0.000, 1.434, 2.868, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.434 std_dev=1.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.13 0.10 0.05 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.10 0.05 0.09
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.12 0.08 0.01 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.08 0.03 0.07
N4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.14 0.10 0.07 0.11
O2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.11 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00
O5' 0.03 0.09 0.03 0.06 0.13 0.00 0.14 0.01 0.12 0.08 0.11 0.14 0.07 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.00 0.01 0.10 0.04 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.04 0.07 0.11 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.01 0.26 0.15 0.20 0.24 0.22 0.18 0.13 0.35 0.03 0.15 0.08 0.31 0.30 0.37 0.07 0.31 0.24 0.14 0.20 0.31 0.26
C2 0.25 0.03 0.14 0.05 0.16 0.14 0.18 0.09 0.11 0.27 0.01 0.18 0.06 0.24 0.23 0.22 0.02 0.22 0.11 0.11 0.07 0.09 0.13
C2' 0.32 0.04 0.27 0.16 0.17 0.23 0.18 0.16 0.10 0.33 0.01 0.18 0.05 0.29 0.28 0.40 0.09 0.29 0.24 0.10 0.17 0.37 0.26
C3' 0.29 0.10 0.27 0.15 0.11 0.20 0.13 0.13 0.04 0.30 0.07 0.22 0.01 0.25 0.24 0.40 0.11 0.25 0.23 0.05 0.15 0.44 0.27
C4 0.11 0.12 0.02 0.05 0.07 0.01 0.13 0.04 0.07 0.19 0.05 0.23 0.05 0.19 0.13 0.07 0.09 0.09 0.01 0.09 0.08 0.03 0.03
C4' 0.33 0.03 0.30 0.19 0.16 0.26 0.18 0.20 0.10 0.34 0.00 0.15 0.04 0.29 0.28 0.44 0.12 0.31 0.29 0.11 0.24 0.47 0.32
C5 0.14 0.11 0.05 0.03 0.09 0.02 0.16 0.04 0.10 0.25 0.03 0.21 0.06 0.26 0.17 0.09 0.08 0.10 0.04 0.12 0.05 0.10 0.09
C5' 0.28 0.07 0.27 0.18 0.11 0.23 0.14 0.18 0.07 0.31 0.03 0.17 0.01 0.25 0.23 0.38 0.14 0.26 0.30 0.08 0.24 0.53 0.33
C6 0.23 0.07 0.16 0.05 0.15 0.11 0.19 0.05 0.12 0.32 0.01 0.19 0.00 0.29 0.24 0.20 0.03 0.19 0.14 0.13 0.06 0.23 0.17
N1 0.28 0.04 0.19 0.08 0.18 0.17 0.20 0.11 0.12 0.32 0.01 0.18 0.05 0.28 0.27 0.27 0.01 0.24 0.16 0.13 0.11 0.21 0.18
N3 0.17 0.07 0.07 0.00 0.11 0.07 0.14 0.02 0.08 0.21 0.02 0.21 0.02 0.20 0.17 0.13 0.06 0.15 0.04 0.09 0.02 0.02 0.05
N4 0.03 0.16 0.04 0.10 0.01 0.05 0.05 0.11 0.01 0.09 0.11 0.23 0.10 0.11 0.04 0.01 0.12 0.02 0.09 0.06 0.17 0.16 0.06
O2 0.27 0.00 0.16 0.08 0.17 0.18 0.18 0.12 0.11 0.27 0.02 0.14 0.09 0.24 0.24 0.25 0.00 0.26 0.13 0.10 0.11 0.09 0.14
O2' 0.34 0.01 0.27 0.15 0.20 0.24 0.21 0.17 0.13 0.34 0.03 0.11 0.10 0.30 0.29 0.39 0.08 0.31 0.24 0.13 0.19 0.37 0.26
O3' 0.28 0.10 0.27 0.14 0.09 0.20 0.10 0.11 0.01 0.27 0.09 0.21 0.01 0.21 0.21 0.42 0.11 0.24 0.22 0.00 0.11 0.46 0.25
O4' 0.37 0.00 0.31 0.19 0.21 0.28 0.23 0.23 0.15 0.37 0.05 0.12 0.08 0.33 0.32 0.42 0.09 0.34 0.29 0.16 0.27 0.39 0.31
O5' 0.07 0.22 0.08 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.18 0.16 0.32 0.18 0.15 0.06 0.13 0.00 0.05 0.16 0.01 0.09 0.45 0.22
OP1 0.02 0.18 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.17 0.12 0.27 0.16 0.15 0.04 0.04 0.00 0.02 0.21 0.02 0.13 0.67 0.30
OP2 0.03 0.15 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04 0.12 0.00 0.19 0.10 0.22 0.13 0.17 0.06 0.06 0.02 0.02 0.14 0.04 0.03 0.57 0.23
P 0.04 0.18 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.18 0.12 0.26 0.16 0.15 0.05 0.06 0.00 0.01 0.19 0.01 0.10 0.56 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.23 0.11
C2 0.00 0.00 0.14 0.13 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.05 0.12 0.00 0.07 0.38 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.09 0.18 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.09 0.17 0.12 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.10 0.22 0.13
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.11 0.00 0.08 0.35 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.39 0.13
C5' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.12 0.00 0.15 0.41 0.12
C8 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.03 0.12 0.00 0.14 0.34 0.14
N1 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.04 0.12 0.00 0.11 0.40 0.12
N2 0.01 0.00 0.18 0.17 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.23 0.06 0.11 0.00 0.05 0.38 0.11
N3 0.00 0.00 0.14 0.12 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.05 0.11 0.00 0.05 0.35 0.11
N7 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.12 0.00 0.18 0.39 0.13
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.07 0.31 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06 0.15 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01
O3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.12 0.23 0.16 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.01 0.17 0.43 0.22
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.11 0.02 0.02 0.26 0.15
O5' 0.08 0.12 0.03 0.12 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.02 0.19 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.18 0.41 0.11
OP1 0.01 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.14 0.08 0.15 0.14 0.11 0.05 0.05 0.18 0.07 0.07 0.17 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.38 0.04 0.22 0.35 0.00 0.39 0.04 0.41 0.34 0.40 0.38 0.35 0.39 0.31 0.02 0.43 0.26 0.01 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.11 0.03 0.13 0.12 0.02 0.13 0.00 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.01 0.22 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00