ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54510

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C5 B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C4 B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
N7 B 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
N3 B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C8 B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
O6 B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O4' A 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C2 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C2' A 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
C1' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C2' B 0, 0.000, 0.570, 1.140, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.570 std_dev=0.570
N2 B 0, 0.000, 0.665, 1.330, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.665 std_dev=0.665
O4' B 0, 0.000, 0.695, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.695 std_dev=0.695
C3' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
O5' A 0, 0.000, 0.718, 1.437, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.718 std_dev=0.718
C4' A 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O2' B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
C4' B 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842
C3' A 0, 0.000, 0.850, 1.701, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.850 std_dev=0.850
O3' B 0, 0.000, 0.869, 1.738, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.869 std_dev=0.869
O2' A 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
C5' A 0, 0.000, 0.917, 1.834, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.917 std_dev=0.917
P A 0, 0.000, 0.930, 1.860, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.930 std_dev=0.930
OP2 A 0, 0.000, 0.938, 1.877, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.938 std_dev=0.938
C5' B 0, 0.000, 0.958, 1.916, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.958 std_dev=0.958
O5' B 0, 0.000, 0.975, 1.950, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.975 std_dev=0.975
P B 0, 0.000, 1.007, 2.015, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.007 std_dev=1.007
OP1 A 0, 0.000, 1.229, 2.459, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.229 std_dev=1.229
OP2 B 0, 0.000, 1.292, 2.584, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.292 std_dev=1.292
O3' A 0, 0.000, 1.391, 2.781, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.391 std_dev=1.391
OP1 B 0, 0.000, 2.030, 4.060, 4.060 max_d=4.060 avg_d=2.030 std_dev=2.030

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.24 0.00 0.10 0.13 0.12 0.11
C2 0.00 0.00 0.12 0.22 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.05 0.06 0.06 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.16 0.13 0.00 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.35 0.39 0.43 0.39
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.30 0.00 0.28 0.00 0.23 0.19 0.28 0.33 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.30 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.14 0.00 0.18 0.22 0.29 0.23
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.07 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.10 0.28 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.18 0.05 0.19 0.21 0.24 0.21
C5' 0.05 0.01 0.16 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.05 0.11 0.02 0.07 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.13 0.23 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.11 0.07 0.11 0.09 0.09 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.09 0.28 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.05 0.05 0.13 0.16 0.24 0.17
N4 0.00 0.00 0.01 0.33 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.18 0.00 0.22 0.29 0.37 0.29
O2 0.00 0.00 0.23 0.16 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.11 0.02 0.02 0.09 0.04
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.30 0.25 0.32 0.07 0.26 0.17 0.23 0.33 0.01 0.00 0.01 0.18 0.26 0.33 0.53 0.36
O3' 0.24 0.05 0.01 0.00 0.14 0.01 0.18 0.17 0.11 0.03 0.05 0.18 0.17 0.01 0.00 0.17 0.18 0.27 0.31 0.25
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.18 0.17 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
O5' 0.10 0.06 0.35 0.00 0.18 0.00 0.19 0.00 0.11 0.03 0.13 0.22 0.02 0.26 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.07 0.39 0.09 0.22 0.03 0.21 0.01 0.09 0.02 0.16 0.29 0.02 0.33 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.13 0.43 0.04 0.29 0.02 0.24 0.01 0.09 0.04 0.24 0.37 0.09 0.53 0.31 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.39 0.02 0.23 0.01 0.21 0.01 0.10 0.03 0.17 0.29 0.04 0.36 0.25 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.10 0.09 0.08 0.09 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.17 0.12 0.02 0.07 0.14 0.07 0.09 0.65 0.01 1.05 0.32 0.65
C2 0.07 0.25 0.06 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.19 0.36 0.20 0.02 0.05 0.12 0.06 0.04 0.67 0.04 1.24 0.30 0.69
C2' 0.31 0.21 0.33 0.35 0.23 0.35 0.19 0.37 0.14 0.23 0.16 0.21 0.25 0.19 0.26 0.34 0.34 0.33 0.92 0.10 1.29 0.50 0.91
C3' 0.07 0.10 0.09 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.10 0.01 0.20 0.11 0.14 0.01 0.20 0.03 0.05 0.43 0.13 0.65 0.01 0.39
C4 0.02 0.25 0.04 0.14 0.07 0.12 0.04 0.14 0.13 0.08 0.25 0.33 0.16 0.06 0.02 0.00 0.18 0.06 0.65 0.10 1.34 0.27 0.70
C4' 0.16 0.23 0.16 0.08 0.14 0.10 0.08 0.06 0.09 0.04 0.16 0.30 0.23 0.03 0.12 0.25 0.04 0.13 0.42 0.05 0.58 0.13 0.39
C5 0.04 0.18 0.07 0.14 0.05 0.11 0.05 0.11 0.12 0.06 0.19 0.22 0.11 0.03 0.02 0.05 0.19 0.06 0.66 0.10 1.28 0.29 0.70
C5' 0.22 0.25 0.22 0.13 0.19 0.14 0.13 0.09 0.13 0.10 0.19 0.30 0.26 0.08 0.17 0.29 0.07 0.18 0.37 0.10 0.45 0.12 0.34
C6 0.01 0.15 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.13 0.19 0.11 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.67 0.06 1.17 0.31 0.68
N1 0.06 0.18 0.06 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.14 0.25 0.15 0.00 0.05 0.09 0.03 0.05 0.67 0.03 1.16 0.31 0.68
N3 0.03 0.29 0.02 0.08 0.09 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.25 0.39 0.20 0.05 0.02 0.08 0.13 0.01 0.66 0.06 1.32 0.28 0.70
N4 0.06 0.25 0.08 0.19 0.04 0.18 0.02 0.21 0.15 0.13 0.28 0.32 0.14 0.11 0.06 0.04 0.23 0.12 0.62 0.14 1.40 0.24 0.68
O2 0.10 0.26 0.10 0.02 0.11 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.18 0.38 0.21 0.02 0.07 0.17 0.02 0.07 0.67 0.02 1.22 0.30 0.69
O2' 0.20 0.15 0.18 0.28 0.21 0.27 0.24 0.36 0.22 0.26 0.19 0.10 0.16 0.27 0.22 0.11 0.23 0.25 0.93 0.23 1.38 0.56 0.97
O3' 0.06 0.32 0.06 0.11 0.11 0.11 0.02 0.21 0.08 0.10 0.23 0.49 0.26 0.10 0.02 0.17 0.17 0.03 0.20 0.03 0.35 0.22 0.14
O4' 0.09 0.21 0.08 0.02 0.11 0.03 0.07 0.02 0.09 0.03 0.15 0.28 0.19 0.03 0.08 0.13 0.03 0.07 0.47 0.07 0.75 0.22 0.46
O5' 0.06 0.11 0.08 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.16 0.11 0.06 0.01 0.12 0.00 0.04 0.41 0.03 0.56 0.03 0.36
OP1 0.01 0.08 0.04 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04 0.11 0.03 0.15 0.07 0.11 0.03 0.08 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.29 0.03
OP2 0.05 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05 0.13 0.06 0.11 0.18 0.05 0.06 0.01 0.19 0.11 0.01 0.00 0.06 0.47 0.15 0.64 0.16 0.39
P 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04 0.05 0.11 0.01 0.11 0.05 0.11 0.04 0.05 0.00 0.01 0.30 0.08 0.34 0.13 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.00 0.40 0.36 0.24
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.53 0.00 1.03 0.53 0.57
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.01 0.39 0.23 0.25
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.31 0.04 0.36 0.10 0.26
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.51 0.00 0.96 0.53 0.55
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.60 0.00 1.21 0.59 0.68
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.64 0.00 1.32 0.61 0.73
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.52 0.00 0.99 0.57 0.59
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.60 0.00 1.22 0.58 0.67
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.50 0.00 0.98 0.51 0.54
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.46 0.00 0.87 0.49 0.49
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.61 0.00 1.25 0.62 0.71
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.44 0.00 0.79 0.49 0.47
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.14 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.17 0.06 0.15 0.05 0.13
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.16 0.29 0.10
O5' 0.22 0.53 0.26 0.31 0.51 0.00 0.60 0.00 0.64 0.52 0.60 0.50 0.46 0.61 0.44 0.01 0.17 0.06 0.00 0.67 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.67 0.00 1.45 0.63 0.78
OP1 0.40 1.03 0.39 0.36 0.96 0.00 1.21 0.05 1.32 0.99 1.22 0.98 0.87 1.25 0.79 0.05 0.15 0.16 0.00 1.45 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.53 0.23 0.10 0.53 0.06 0.59 0.10 0.61 0.57 0.58 0.51 0.49 0.62 0.49 0.14 0.05 0.29 0.01 0.63 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.57 0.25 0.26 0.55 0.02 0.68 0.01 0.73 0.59 0.67 0.54 0.49 0.71 0.47 0.02 0.13 0.10 0.00 0.78 0.00 0.00 0.00