ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54513

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 11, 11, 11, 9, 6, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.019, 0.062, 0.106, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.062 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.028, 0.090, 0.208, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.090 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.106, 0.242, 0.377, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.242 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.006, 0.152, 0.299, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.152 std_dev=0.147
C2' A 0, -0.036, 0.111, 0.258, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.111 std_dev=0.147
O2 B 0, 0.169, 0.319, 0.469, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.319 std_dev=0.150
C4' A 0, -0.003, 0.148, 0.298, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.148 std_dev=0.151
C4' B 0, 0.101, 0.264, 0.427, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.264 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.156, 0.322, 0.487, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.322 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.067, 0.250, 0.433, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.250 std_dev=0.183
OP1 A 0, 0.166, 0.352, 0.539, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.352 std_dev=0.187
OP2 B 0, 0.265, 0.453, 0.642, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.453 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.114, 0.303, 0.492, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.303 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.115, 0.305, 0.495, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.305 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.203, 0.396, 0.589, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.396 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.079, 0.281, 0.482, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.281 std_dev=0.202
P A 0, 0.169, 0.373, 0.577, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.373 std_dev=0.204
O5' A 0, 0.029, 0.234, 0.438, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.234 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.072, 0.279, 0.487, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.279 std_dev=0.208
O3' A 0, -0.009, 0.203, 0.414, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.203 std_dev=0.212
OP1 B 0, 0.557, 0.770, 0.983, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.770 std_dev=0.213
C5' A 0, 0.004, 0.221, 0.437, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.221 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.158, 0.383, 0.609, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.383 std_dev=0.225
O5' B 0, 0.120, 0.350, 0.580, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.350 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.209, 0.440, 0.672, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.440 std_dev=0.231
OP2 A 0, 0.288, 0.521, 0.754, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.521 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.191, 0.438, 0.684, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.438 std_dev=0.247
P B 0, 0.175, 0.428, 0.680, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.428 std_dev=0.252
O4 B 0, 0.257, 0.516, 0.774, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.516 std_dev=0.258
O2' A 0, -0.088, 0.188, 0.464, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.188 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.014, 0.297, 0.580, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.297 std_dev=0.283
O2' B 0, -0.035, 0.343, 0.720, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.343 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.08 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.08 0.10 0.07 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.07 0.08 0.02 0.04 0.09 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.20 0.10 0.17
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.00 0.02 0.10 0.12 0.12 0.10
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.05 0.01 0.03 0.11 0.12 0.13 0.11
C5' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.03 0.08 0.09 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.04 0.10 0.10 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.08 0.09 0.07 0.07
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.09 0.11 0.09 0.09
O2 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.09 0.07 0.13 0.03 0.12 0.05 0.05 0.10 0.00 0.07 0.09 0.05 0.12 0.26 0.09 0.18
O3' 0.11 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.14 0.07 0.00 0.06 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.04 0.11 0.13 0.13 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.07 0.10 0.05
O5' 0.06 0.08 0.13 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.10 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.20 0.08 0.12 0.03 0.12 0.02 0.10 0.09 0.11 0.10 0.26 0.09 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.10 0.06 0.12 0.06 0.13 0.05 0.11 0.07 0.09 0.06 0.09 0.12 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.17 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.18 0.09 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.11 0.18 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10
C2 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.13 0.07 0.11 0.11 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
C2' 0.08 0.09 0.12 0.11 0.09 0.14 0.07 0.18 0.06 0.05 0.11 0.15 0.19 0.08 0.12 0.09 0.20 0.25 0.18 0.22
C3' 0.06 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.11 0.17 0.18 0.09 0.06 0.09 0.13 0.09 0.09
C4 0.10 0.13 0.11 0.09 0.12 0.08 0.14 0.08 0.14 0.12 0.13 0.15 0.10 0.15 0.13 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09
C4' 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.16 0.22 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07
C5 0.09 0.13 0.10 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.13 0.11 0.13 0.16 0.10 0.16 0.13 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08
C5' 0.10 0.13 0.09 0.14 0.13 0.10 0.12 0.09 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.27 0.14 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09
C6 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.14 0.11 0.15 0.12 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08
N1 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.13 0.10 0.12 0.10 0.05 0.07 0.10 0.08 0.08
N3 0.10 0.12 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.13 0.12 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09
O2 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
O2' 0.17 0.08 0.25 0.26 0.09 0.27 0.08 0.31 0.10 0.09 0.10 0.13 0.34 0.22 0.13 0.17 0.36 0.36 0.34 0.36
O3' 0.09 0.10 0.08 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.15 0.23 0.11 0.12 0.11 0.08 0.18 0.11
O4 0.13 0.16 0.16 0.12 0.17 0.11 0.20 0.11 0.20 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.17 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10
O4' 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.10 0.14 0.22 0.08 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09
O5' 0.12 0.19 0.10 0.12 0.18 0.08 0.17 0.07 0.16 0.16 0.19 0.21 0.13 0.26 0.19 0.10 0.07 0.08 0.10 0.06
OP1 0.07 0.11 0.08 0.08 0.15 0.06 0.13 0.06 0.11 0.10 0.13 0.12 0.13 0.22 0.17 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07
OP2 0.08 0.12 0.12 0.11 0.15 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.15 0.11 0.18 0.22 0.17 0.08 0.10 0.11 0.10 0.10
P 0.07 0.12 0.07 0.10 0.15 0.06 0.13 0.05 0.11 0.10 0.14 0.13 0.14 0.24 0.16 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.00 0.03 0.05 0.12 0.06 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.03 0.06 0.13 0.07 0.08
C5' 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.05 0.12 0.06 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05 0.06
O2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.19 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.10 0.03 0.10 0.04 0.08 0.05 0.08 0.10 0.00 0.06 0.11 0.02 0.06 0.05 0.10 0.06
O3' 0.10 0.14 0.03 0.01 0.08 0.02 0.04 0.06 0.03 0.09 0.12 0.19 0.06 0.00 0.09 0.07 0.11 0.10 0.16 0.12
O4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.04 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.08 0.05 0.12 0.05 0.13 0.04 0.12 0.09 0.11 0.10 0.05 0.10 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.05 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.10 0.16 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.12 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00