ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54514

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 9, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.040, 0.083, 0.126, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.083 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.064, 0.113, 0.163, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.113 std_dev=0.050
O4 A 0, 0.048, 0.104, 0.161, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.104 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.063, 0.123, 0.182, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.123 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.069, 0.158, 0.246, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.158 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.094, 0.190, 0.286, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.190 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.103, 0.218, 0.333, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.218 std_dev=0.115
O5' A 0, 0.114, 0.233, 0.353, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.233 std_dev=0.120
C2 B 0, 0.145, 0.272, 0.398, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.272 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.127, 0.259, 0.392, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.259 std_dev=0.132
O2 B 0, 0.149, 0.284, 0.419, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.284 std_dev=0.135
C6 B 0, 0.203, 0.347, 0.491, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.347 std_dev=0.144
N1 B 0, 0.188, 0.333, 0.478, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.333 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.166, 0.314, 0.462, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.314 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.118, 0.274, 0.430, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.274 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.117, 0.278, 0.439, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.278 std_dev=0.161
P A 0, 0.116, 0.284, 0.451, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.284 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.175, 0.344, 0.513, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.344 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.271, 0.449, 0.627, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.449 std_dev=0.178
OP2 A 0, 0.130, 0.318, 0.506, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.318 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.258, 0.447, 0.636, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.447 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.231, 0.422, 0.613, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.422 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.258, 0.459, 0.660, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.459 std_dev=0.201
P B 0, 0.289, 0.499, 0.710, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.499 std_dev=0.211
O4 B 0, 0.126, 0.342, 0.558, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.342 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.555, 0.798, 1.042, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.798 std_dev=0.244
C4' B 0, 0.317, 0.579, 0.841, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.579 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.332, 0.612, 0.892, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.612 std_dev=0.280
OP2 B 0, 1.020, 1.342, 1.663, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.342 std_dev=0.322
C3' B 0, 0.364, 0.686, 1.008, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.686 std_dev=0.322
O2' B 0, 0.535, 0.886, 1.237, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.886 std_dev=0.351
O3' B 0, 1.138, 1.534, 1.929, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.534 std_dev=0.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.11 0.08 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.09 0.11 0.08 0.08
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.09 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.06 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.08 0.12 0.09 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.03 0.03 0.11 0.03 0.11 0.03 0.09 0.07 0.10 0.09 0.04 0.05 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.09 0.12 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08
C2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05
C2' 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.15 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.15 0.09
C3' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.15 0.07 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.13 0.08
C4 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.11 0.07 0.11 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.04 0.06 0.04 0.12 0.06 0.06
C4' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.15 0.07 0.09 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07
C5 0.05 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.14 0.06 0.12 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.12 0.08 0.07
C5' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.14 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07
C6 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.14 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.10 0.05 0.06 0.11 0.10 0.07
N1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.10 0.07 0.09 0.04 0.06 0.08 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06
N3 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.10 0.06 0.06
O2 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.04 0.11 0.06 0.07
O2' 0.13 0.15 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.12 0.14 0.19 0.14 0.14 0.13 0.13 0.10 0.08 0.15 0.08
O3' 0.06 0.11 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.16 0.07 0.07 0.12 0.05 0.09 0.08 0.13 0.08
O4 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.12 0.09 0.06 0.07 0.05 0.12 0.06 0.06
O4' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08
O5' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.15 0.09 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07
OP1 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.09 0.08 0.07 0.11 0.08
OP2 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.14 0.12 0.12 0.11 0.08 0.09 0.08 0.13 0.08
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.10 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.09 0.08 0.07
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.09 0.08 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.04 0.10 0.08 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.06 0.13 0.10 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.08 0.04
O3' 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.09 0.05
O4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.11 0.09 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.01 0.09 0.08 0.10 0.13 0.07 0.08 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00