ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 2, 0, 1, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O2 A 0, -0.002, 0.028, 0.058, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.028 std_dev=0.030
O4 A 0, -0.002, 0.032, 0.066, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.067, 0.155, 0.242, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.155 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.037, 0.129, 0.221, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.129 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.029, 0.127, 0.224, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.127 std_dev=0.098
O3' A 0, 0.117, 0.233, 0.349, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.233 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.143, 0.299, 0.456, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.299 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.115, 0.285, 0.455, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.285 std_dev=0.170
O2' A 0, 0.078, 0.258, 0.437, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.258 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.186, 0.371, 0.556, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.371 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.196, 0.384, 0.572, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.384 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.174, 0.404, 0.635, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.404 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.190, 0.447, 0.703, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.447 std_dev=0.256
C2 B 0, 0.260, 0.532, 0.805, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.532 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.193, 0.483, 0.773, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.483 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.194, 0.503, 0.812, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.503 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.204, 0.542, 0.881, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.542 std_dev=0.338
O2 B 0, 0.298, 0.644, 0.990, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.644 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.160, 0.514, 0.868, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.514 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.213, 0.569, 0.924, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.569 std_dev=0.355
N3 B 0, 0.292, 0.684, 1.076, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.684 std_dev=0.392
C5' B 0, 0.219, 0.636, 1.053, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.636 std_dev=0.417
C4 B 0, 0.279, 0.778, 1.277, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.778 std_dev=0.499
C5 B 0, 0.205, 0.710, 1.215, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.710 std_dev=0.505
O5' A 0, 0.130, 0.679, 1.227, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.679 std_dev=0.549
P A 0, 0.240, 0.808, 1.376, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.808 std_dev=0.568
OP2 A 0, 0.308, 0.907, 1.506, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.907 std_dev=0.599
O5' B 0, 0.115, 0.737, 1.359, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.737 std_dev=0.622
O4 B 0, 0.340, 0.989, 1.638, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.989 std_dev=0.649
OP1 B 0, 0.305, 1.042, 1.780, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.042 std_dev=0.737
P B 0, -0.082, 0.919, 1.919, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.919 std_dev=1.001
OP1 A 0, 0.166, 1.237, 2.308, 3.140 max_d=3.140 avg_d=1.237 std_dev=1.071
OP2 B 0, -0.069, 1.289, 2.647, 4.254 max_d=4.254 avg_d=1.289 std_dev=1.358

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.19 0.27 0.25 0.12
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.02 0.05 0.29 0.53 0.27 0.21
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.17 0.27 0.30 0.14
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.32 0.23 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.46 0.90 0.30 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02 0.10 0.00 0.03 0.31 0.25 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.15 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.08 0.52 0.96 0.31 0.44
C5' 0.06 0.12 0.08 0.02 0.26 0.01 0.34 0.00 0.31 0.17 0.18 0.09 0.08 0.03 0.28 0.02 0.01 0.32 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.14 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.06 0.01 0.08 0.48 0.79 0.28 0.38
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.34 0.54 0.26 0.24
N3 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.04 0.37 0.71 0.28 0.29
O2 0.05 0.00 0.09 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.03 0.08 0.20 0.39 0.27 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.08 0.11 0.03 0.06 0.16 0.00 0.03 0.07 0.01 0.18 0.30 0.36 0.16
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.13 0.03 0.00 0.07 0.08 0.16 0.41 0.23 0.13
O4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.00 0.05 0.48 0.98 0.31 0.41
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.05 0.00 0.20 0.20 0.25 0.10
O5' 0.19 0.29 0.17 0.13 0.46 0.03 0.52 0.01 0.48 0.34 0.37 0.20 0.18 0.16 0.48 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.27 0.53 0.27 0.32 0.90 0.31 0.96 0.32 0.79 0.54 0.71 0.39 0.30 0.41 0.98 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.27 0.30 0.23 0.30 0.25 0.31 0.37 0.28 0.26 0.28 0.27 0.36 0.23 0.31 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.21 0.14 0.11 0.38 0.04 0.44 0.01 0.38 0.24 0.29 0.15 0.16 0.13 0.41 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.21 0.14 0.21 0.15 0.33 0.17 0.43 0.15 0.11 0.18 0.34 0.16 0.19 0.16 0.26 0.29 0.48 0.41 0.26
C2 0.10 0.13 0.14 0.19 0.23 0.29 0.30 0.45 0.25 0.13 0.15 0.20 0.12 0.16 0.25 0.20 0.43 0.31 0.17 0.26
C2' 0.09 0.21 0.10 0.16 0.16 0.30 0.16 0.41 0.13 0.10 0.20 0.35 0.18 0.16 0.17 0.25 0.29 0.53 0.52 0.31
C3' 0.13 0.28 0.12 0.16 0.20 0.25 0.16 0.33 0.14 0.15 0.28 0.43 0.18 0.17 0.22 0.24 0.27 0.57 0.62 0.38
C4 0.13 0.16 0.13 0.17 0.23 0.26 0.25 0.37 0.18 0.13 0.18 0.19 0.15 0.16 0.26 0.22 0.55 0.46 0.48 0.57
C4' 0.15 0.34 0.13 0.14 0.27 0.18 0.19 0.22 0.16 0.20 0.35 0.49 0.18 0.18 0.29 0.22 0.23 0.47 0.42 0.26
C5 0.16 0.18 0.16 0.19 0.13 0.28 0.13 0.36 0.11 0.13 0.15 0.25 0.21 0.19 0.15 0.27 0.47 0.36 0.33 0.45
C5' 0.19 0.45 0.20 0.26 0.43 0.21 0.32 0.21 0.25 0.28 0.50 0.58 0.29 0.35 0.47 0.24 0.24 0.44 0.28 0.23
C6 0.15 0.18 0.15 0.20 0.13 0.30 0.13 0.38 0.10 0.10 0.16 0.29 0.21 0.20 0.15 0.28 0.40 0.30 0.17 0.29
N1 0.10 0.16 0.12 0.19 0.16 0.30 0.19 0.41 0.16 0.09 0.15 0.27 0.15 0.17 0.17 0.25 0.36 0.33 0.16 0.20
N3 0.11 0.14 0.13 0.19 0.28 0.27 0.34 0.41 0.26 0.14 0.19 0.16 0.12 0.16 0.31 0.19 0.53 0.39 0.38 0.48
O2 0.14 0.15 0.18 0.23 0.26 0.30 0.35 0.50 0.30 0.17 0.17 0.21 0.15 0.19 0.29 0.17 0.38 0.37 0.19 0.20
O2' 0.10 0.18 0.13 0.23 0.16 0.37 0.19 0.53 0.15 0.09 0.17 0.32 0.16 0.20 0.19 0.27 0.33 0.63 0.70 0.44
O3' 0.21 0.30 0.23 0.29 0.21 0.34 0.19 0.42 0.17 0.20 0.28 0.45 0.22 0.29 0.21 0.29 0.39 0.73 0.91 0.60
O4 0.14 0.19 0.15 0.18 0.29 0.24 0.26 0.35 0.18 0.15 0.24 0.20 0.16 0.16 0.35 0.21 0.61 0.60 0.66 0.71
O4' 0.13 0.26 0.12 0.15 0.19 0.25 0.16 0.30 0.14 0.15 0.24 0.39 0.17 0.16 0.19 0.24 0.26 0.45 0.34 0.23
O5' 0.31 0.44 0.42 0.37 0.45 0.22 0.37 0.20 0.33 0.35 0.49 0.52 0.59 0.43 0.49 0.26 0.29 0.43 0.25 0.25
OP1 0.20 0.69 0.25 0.38 0.94 0.21 0.73 0.23 0.52 0.45 0.94 0.68 0.48 0.59 1.10 0.32 0.27 0.53 0.28 0.24
OP2 0.26 0.32 0.23 0.24 0.34 0.29 0.30 0.30 0.27 0.27 0.37 0.35 0.27 0.25 0.37 0.34 0.35 0.40 0.33 0.32
P 0.16 0.29 0.36 0.38 0.39 0.19 0.26 0.16 0.16 0.15 0.42 0.34 0.58 0.48 0.48 0.19 0.27 0.37 0.20 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.27 0.41 0.39 0.42
C2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.08 0.01 0.11 0.41 0.57 0.61 0.65
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.08 0.12 0.02 0.07 0.16 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.31 0.32 0.23
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.29 0.40 0.22 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.68 0.97 1.07 1.06
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.35 0.13 0.07
C5 0.01 0.02 0.10 0.05 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.08 0.00 0.06 0.76 1.08 1.19 1.16
C5' 0.07 0.14 0.08 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.14 0.17 0.14 0.07 0.02 0.21 0.02 0.02 0.36 0.35 0.03
C6 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.08 0.01 0.09 0.69 0.90 1.01 1.00
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.47 0.61 0.68 0.70
N3 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.01 0.08 0.54 0.75 0.82 0.85
O2 0.07 0.01 0.16 0.08 0.01 0.13 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.12 0.02 0.19 0.26 0.42 0.37 0.45
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.01 0.16 0.07 0.17 0.05 0.12 0.30 0.00 0.04 0.10 0.01 0.18 0.33 0.26 0.19
O3' 0.06 0.08 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.07 0.08 0.12 0.04 0.00 0.08 0.08 0.34 0.49 0.37 0.30
O4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.00 0.03 0.73 1.06 1.18 1.15
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.19 0.01 0.08 0.03 0.00 0.38 0.39 0.40 0.43
O5' 0.27 0.41 0.14 0.29 0.68 0.03 0.76 0.02 0.69 0.47 0.54 0.26 0.18 0.34 0.73 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.41 0.57 0.31 0.40 0.97 0.35 1.08 0.36 0.90 0.61 0.75 0.42 0.33 0.49 1.06 0.39 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.39 0.61 0.32 0.22 1.07 0.13 1.19 0.35 1.01 0.68 0.82 0.37 0.26 0.37 1.18 0.40 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.42 0.65 0.23 0.18 1.06 0.07 1.16 0.03 1.00 0.70 0.85 0.45 0.19 0.30 1.15 0.43 0.01 0.00 0.00 0.00