ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.024, 0.042, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.022, 0.042, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.027, 0.050, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.027 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.022, 0.044, 0.067, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.007, 0.060, 0.113, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.060 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.163, 0.306, 0.450, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.306 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.229, 0.413, 0.598, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.413 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.110, 0.306, 0.502, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.306 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.314, 0.530, 0.745, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.530 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.180, 0.440, 0.700, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.440 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.087, 0.378, 0.669, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.378 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.245, 0.549, 0.853, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.549 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.256, 0.599, 0.941, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.599 std_dev=0.342
C5 B 0, 0.422, 0.787, 1.152, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.787 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.275, 0.656, 1.037, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.656 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.155, 0.544, 0.933, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.544 std_dev=0.389
C5' A 0, 0.217, 0.681, 1.145, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.681 std_dev=0.464
C2 B 0, 0.416, 0.898, 1.380, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.898 std_dev=0.482
O5' A 0, 0.328, 0.816, 1.304, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.816 std_dev=0.488
C4 B 0, 0.562, 1.056, 1.550, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.056 std_dev=0.494
C3' B 0, 0.378, 0.889, 1.400, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.889 std_dev=0.511
C4' B 0, 0.279, 0.802, 1.325, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.802 std_dev=0.523
N3 B 0, 0.528, 1.053, 1.579, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.053 std_dev=0.525
C2' B 0, 0.447, 0.975, 1.503, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.975 std_dev=0.528
O2 B 0, 0.553, 1.153, 1.753, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.153 std_dev=0.600
O4 B 0, 0.662, 1.321, 1.979, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.321 std_dev=0.659
O2' B 0, 0.745, 1.419, 2.093, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.419 std_dev=0.674
O3' B 0, 0.547, 1.268, 1.990, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.268 std_dev=0.721
C5' B 0, 0.308, 1.107, 1.905, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.107 std_dev=0.798
P A 0, 0.266, 1.330, 2.394, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.330 std_dev=1.064
O5' B 0, 0.167, 1.247, 2.326, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.247 std_dev=1.080
OP2 A 0, 1.460, 2.635, 3.809, 3.652 max_d=3.652 avg_d=2.635 std_dev=1.174
OP1 A 0, 1.092, 2.546, 4.000, 4.847 max_d=4.847 avg_d=2.546 std_dev=1.454
P B 0, 0.270, 1.890, 3.509, 5.063 max_d=5.063 avg_d=1.890 std_dev=1.620
OP1 B 0, 0.981, 2.980, 4.978, 4.822 max_d=4.822 avg_d=2.980 std_dev=1.999
OP2 B 0, -0.204, 1.795, 3.795, 5.919 max_d=5.919 avg_d=1.795 std_dev=1.999

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.37 0.26 0.18
C2 0.03 0.00 0.10 0.04 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.10 0.15 0.76 0.52 0.35
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.07 0.12 0.03 0.08 0.19 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.29 0.35 0.21
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.52 0.21 0.17
C4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.00 0.05 0.18 1.13 0.78 0.47
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.04 0.12 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.35 0.23 0.05
C5 0.03 0.02 0.10 0.05 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.03 0.20 0.08 0.01 0.12 0.21 1.16 0.79 0.50
C5' 0.05 0.12 0.07 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.11 0.12 0.17 0.07 0.03 0.16 0.02 0.01 0.33 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.05 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.08 0.01 0.15 0.20 0.95 0.64 0.44
N1 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.14 0.70 0.48 0.33
N3 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.05 0.01 0.06 0.16 0.95 0.67 0.41
O2 0.07 0.01 0.19 0.08 0.03 0.12 0.03 0.17 0.02 0.03 0.02 0.00 0.36 0.10 0.03 0.19 0.16 0.64 0.43 0.31
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.03 0.20 0.07 0.22 0.04 0.13 0.36 0.00 0.02 0.08 0.01 0.14 0.38 0.45 0.27
O3' 0.06 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.05 0.10 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.63 0.32 0.18
O4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.00 0.05 0.18 1.21 0.86 0.50
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.12 0.02 0.15 0.02 0.06 0.19 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.40 0.09 0.13
O5' 0.08 0.15 0.12 0.07 0.18 0.02 0.21 0.01 0.20 0.14 0.16 0.16 0.14 0.07 0.18 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.37 0.76 0.29 0.52 1.13 0.35 1.16 0.33 0.95 0.70 0.95 0.64 0.38 0.63 1.21 0.40 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.52 0.35 0.21 0.78 0.23 0.79 0.39 0.64 0.48 0.67 0.43 0.45 0.32 0.86 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.18 0.35 0.21 0.17 0.47 0.05 0.50 0.02 0.44 0.33 0.41 0.31 0.27 0.18 0.50 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.30 0.17 0.13 0.28 0.39 0.21 0.71 0.17 0.21 0.32 0.35 0.41 0.36 0.30 0.26 0.97 1.30 1.35 1.12
C2 0.08 0.13 0.08 0.07 0.21 0.09 0.20 0.26 0.15 0.09 0.19 0.13 0.15 0.37 0.24 0.06 0.27 0.58 0.80 0.41
C2' 0.16 0.34 0.14 0.09 0.31 0.41 0.22 0.83 0.17 0.21 0.37 0.41 0.44 0.45 0.35 0.24 1.20 1.89 1.68 1.49
C3' 0.18 0.33 0.18 0.08 0.28 0.42 0.20 0.85 0.15 0.21 0.35 0.41 0.53 0.46 0.31 0.23 1.25 1.90 1.64 1.55
C4 0.22 0.11 0.23 0.16 0.23 0.16 0.27 0.15 0.22 0.17 0.11 0.18 0.30 0.53 0.29 0.16 0.16 0.58 0.42 0.29
C4' 0.19 0.32 0.18 0.18 0.28 0.30 0.21 0.60 0.18 0.22 0.33 0.39 0.54 0.65 0.30 0.20 0.92 1.32 1.14 1.09
C5 0.18 0.11 0.21 0.20 0.30 0.22 0.26 0.20 0.17 0.11 0.24 0.14 0.31 0.63 0.38 0.18 0.22 0.63 0.62 0.29
C5' 0.30 0.37 0.35 0.48 0.33 0.24 0.30 0.36 0.30 0.32 0.37 0.41 0.59 1.02 0.35 0.29 0.69 1.15 0.86 0.82
C6 0.12 0.20 0.15 0.17 0.30 0.27 0.22 0.35 0.13 0.09 0.30 0.22 0.31 0.60 0.36 0.18 0.46 0.81 0.86 0.53
N1 0.08 0.22 0.07 0.06 0.26 0.23 0.20 0.42 0.14 0.13 0.27 0.24 0.26 0.45 0.30 0.14 0.56 0.88 0.99 0.67
N3 0.16 0.08 0.17 0.10 0.19 0.12 0.23 0.15 0.21 0.12 0.13 0.10 0.20 0.41 0.23 0.12 0.17 0.55 0.49 0.28
O2 0.11 0.15 0.12 0.16 0.21 0.11 0.22 0.32 0.19 0.13 0.19 0.14 0.15 0.32 0.23 0.12 0.29 0.55 0.93 0.50
O2' 0.22 0.31 0.23 0.28 0.29 0.56 0.23 1.07 0.20 0.21 0.35 0.39 0.45 0.24 0.33 0.36 1.45 2.38 2.11 1.89
O3' 0.23 0.29 0.29 0.26 0.24 0.58 0.19 1.11 0.18 0.21 0.30 0.36 0.59 0.17 0.26 0.32 1.50 2.15 1.96 1.89
O4 0.27 0.23 0.29 0.19 0.25 0.19 0.33 0.24 0.28 0.25 0.15 0.30 0.38 0.54 0.31 0.19 0.32 0.72 0.27 0.49
O4' 0.17 0.33 0.13 0.14 0.28 0.28 0.21 0.50 0.17 0.22 0.34 0.40 0.46 0.60 0.30 0.19 0.73 0.94 0.95 0.81
O5' 0.44 0.52 0.51 0.57 0.46 0.22 0.42 0.27 0.42 0.46 0.50 0.59 0.72 1.13 0.46 0.31 0.62 1.23 0.90 0.78
OP1 1.05 1.21 0.99 1.15 1.25 0.89 1.17 0.79 1.11 1.12 1.26 1.22 0.82 1.75 1.30 1.02 0.91 1.33 1.23 1.03
OP2 0.69 1.01 0.67 0.75 1.03 0.41 0.92 0.34 0.84 0.86 1.08 1.06 0.68 1.26 1.08 0.52 0.56 1.22 0.80 0.69
P 0.57 0.68 0.60 0.75 0.67 0.42 0.63 0.36 0.60 0.62 0.70 0.72 0.65 1.33 0.69 0.53 0.61 1.19 0.90 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.34 0.02 0.01 0.17 0.22 0.28 0.25
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.03 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.43 0.03 0.07 0.27 0.38 0.33 0.44
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.27 0.05 0.04 0.07 0.09 0.01 0.06 0.08 0.02 0.26 0.45 0.46 0.37
C3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.17 0.05 0.04 0.16 0.02 0.01 0.11 0.03 0.04 0.35 0.41 0.05
C4 0.02 0.02 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.34 0.02 0.01 0.01 0.03 0.27 0.21 0.01 0.03 0.53 0.83 0.51 0.80
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.03 0.03 0.12 0.18 0.02 0.08 0.01 0.03 0.17 0.23 0.04
C5 0.01 0.03 0.06 0.17 0.00 0.13 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.03 0.23 0.07 0.02 0.06 0.66 1.02 0.58 0.93
C5' 0.14 0.21 0.27 0.02 0.34 0.01 0.41 0.00 0.38 0.25 0.26 0.15 0.11 0.26 0.36 0.03 0.02 0.35 0.39 0.04
C6 0.02 0.01 0.05 0.17 0.02 0.12 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.02 0.07 0.61 0.86 0.51 0.79
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.26 0.02 0.02 0.35 0.47 0.36 0.49
N3 0.03 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.36 0.02 0.05 0.37 0.56 0.40 0.59
O2 0.07 0.01 0.09 0.16 0.03 0.12 0.03 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.60 0.04 0.12 0.19 0.27 0.27 0.30
O2' 0.03 0.21 0.01 0.02 0.27 0.18 0.23 0.11 0.17 0.14 0.26 0.20 0.00 0.05 0.30 0.08 0.14 0.21 0.45 0.22
O3' 0.34 0.43 0.06 0.01 0.21 0.02 0.07 0.26 0.07 0.26 0.36 0.60 0.05 0.00 0.22 0.24 0.16 0.33 0.39 0.23
O4 0.02 0.03 0.08 0.11 0.01 0.08 0.02 0.36 0.02 0.02 0.02 0.04 0.30 0.22 0.00 0.03 0.56 0.92 0.54 0.87
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.12 0.08 0.24 0.03 0.00 0.10 0.11 0.25 0.12
O5' 0.17 0.27 0.26 0.04 0.53 0.03 0.66 0.02 0.61 0.35 0.37 0.19 0.14 0.16 0.56 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.22 0.38 0.45 0.35 0.83 0.17 1.02 0.35 0.86 0.47 0.56 0.27 0.21 0.33 0.92 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.33 0.46 0.41 0.51 0.23 0.58 0.39 0.51 0.36 0.40 0.27 0.45 0.39 0.54 0.25 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.44 0.37 0.05 0.80 0.04 0.93 0.04 0.79 0.49 0.59 0.30 0.22 0.23 0.87 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00