ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54518

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.002, 0.025, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C6 A 0, -0.004, 0.026, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.002, 0.033, 0.064, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.017, 0.066, 0.115, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.066 std_dev=0.049
O2 A 0, -0.006, 0.049, 0.103, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.049 std_dev=0.055
C2' A 0, -0.044, 0.125, 0.295, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.125 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.008, 0.186, 0.365, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.186 std_dev=0.179
O4' A 0, -0.063, 0.183, 0.429, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.183 std_dev=0.246
C3' A 0, -0.081, 0.278, 0.638, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.278 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.305, 0.710, 1.116, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.710 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.292, 0.699, 1.105, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.699 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.302, 0.716, 1.130, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.716 std_dev=0.414
C6 B 0, 0.324, 0.742, 1.159, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.742 std_dev=0.418
C5 B 0, 0.328, 0.751, 1.175, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.751 std_dev=0.423
C4 B 0, 0.287, 0.714, 1.142, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.714 std_dev=0.428
C2' B 0, 0.338, 0.768, 1.198, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.768 std_dev=0.430
C2 B 0, 0.245, 0.678, 1.111, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.678 std_dev=0.433
O4 B 0, 0.291, 0.729, 1.167, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.729 std_dev=0.438
N3 B 0, 0.250, 0.691, 1.132, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.691 std_dev=0.441
C4' A 0, -0.063, 0.380, 0.822, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.380 std_dev=0.442
O3' A 0, -0.083, 0.365, 0.813, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.365 std_dev=0.448
O2 B 0, 0.214, 0.679, 1.144, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.679 std_dev=0.465
P A 0, 0.333, 0.837, 1.341, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.837 std_dev=0.504
O5' A 0, 0.184, 0.704, 1.224, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.704 std_dev=0.520
O4' B 0, 0.316, 0.880, 1.445, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.880 std_dev=0.565
OP2 A 0, 0.406, 1.050, 1.694, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.050 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.335, 1.038, 1.741, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.038 std_dev=0.703
O5' B 0, 0.295, 1.066, 1.837, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.066 std_dev=0.771
C4' B 0, 0.253, 1.057, 1.862, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.057 std_dev=0.805
P B 0, 0.086, 0.891, 1.696, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.891 std_dev=0.805
C5' A 0, -0.091, 0.724, 1.539, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.724 std_dev=0.815
O3' B 0, 0.397, 1.296, 2.196, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.296 std_dev=0.899
OP2 B 0, 0.166, 1.094, 2.022, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.094 std_dev=0.928
OP1 B 0, 0.199, 1.217, 2.235, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.217 std_dev=1.018
OP1 A 0, -0.005, 1.213, 2.432, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.213 std_dev=1.218
C5' B 0, 0.105, 1.330, 2.556, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.330 std_dev=1.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.32 0.35 0.45 0.21
C2 0.05 0.00 0.04 0.14 0.02 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.14 0.04 0.03 0.41 0.69 0.48 0.37
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.26 0.42 0.35 0.25
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.15 0.16 0.01 0.01 0.12 0.02 0.26 0.50 0.25 0.27
C4 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.17 0.01 0.39 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.11 0.01 0.05 0.46 0.97 0.50 0.47
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.16 0.01 0.11 0.08 0.15 0.05 0.04 0.01 0.19 0.00 0.01 0.25 0.32 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.16 0.00 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.51 0.94 0.55 0.49
C5' 0.06 0.25 0.02 0.01 0.39 0.01 0.36 0.00 0.26 0.20 0.35 0.19 0.04 0.03 0.44 0.01 0.00 0.44 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.01 0.26 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.54 0.75 0.56 0.45
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.08 0.02 0.20 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.44 0.61 0.50 0.36
N3 0.05 0.01 0.04 0.15 0.01 0.15 0.01 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.16 0.03 0.03 0.42 0.85 0.48 0.42
O2 0.09 0.00 0.05 0.16 0.02 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.04 0.08 0.37 0.62 0.46 0.34
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.10 0.14 0.00 0.03 0.11 0.06 0.05 0.18 0.26 0.06
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.16 0.17 0.03 0.00 0.12 0.01 0.18 0.49 0.15 0.19
O4 0.05 0.04 0.07 0.12 0.01 0.19 0.01 0.44 0.02 0.04 0.03 0.04 0.11 0.12 0.00 0.06 0.44 1.06 0.48 0.48
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03 0.08 0.06 0.01 0.06 0.00 0.25 0.16 0.47 0.08
O5' 0.32 0.41 0.26 0.26 0.46 0.01 0.51 0.00 0.54 0.44 0.42 0.37 0.05 0.18 0.44 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.35 0.69 0.42 0.50 0.97 0.25 0.94 0.44 0.75 0.61 0.85 0.62 0.18 0.49 1.06 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.48 0.35 0.25 0.50 0.32 0.55 0.37 0.56 0.50 0.48 0.46 0.26 0.15 0.48 0.47 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.25 0.27 0.47 0.04 0.49 0.01 0.45 0.36 0.42 0.34 0.06 0.19 0.48 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.15 0.10 0.29 0.21 0.33 0.18 0.29 0.18 0.22 0.18 0.18 0.17 0.31 0.28 0.25 0.48 0.54 0.08
C2 0.10 0.12 0.14 0.07 0.22 0.20 0.34 0.19 0.30 0.11 0.13 0.32 0.18 0.08 0.24 0.26 0.27 0.32 0.64 0.17
C2' 0.23 0.16 0.18 0.13 0.29 0.33 0.38 0.35 0.37 0.26 0.20 0.15 0.11 0.10 0.29 0.38 0.31 0.48 0.52 0.12
C3' 0.21 0.14 0.15 0.11 0.32 0.29 0.42 0.31 0.40 0.26 0.20 0.18 0.10 0.13 0.32 0.38 0.33 0.46 0.61 0.20
C4 0.15 0.23 0.17 0.13 0.12 0.12 0.27 0.08 0.20 0.11 0.18 0.38 0.22 0.15 0.15 0.19 0.27 0.19 0.88 0.34
C4' 0.15 0.16 0.22 0.19 0.30 0.23 0.35 0.18 0.29 0.16 0.21 0.25 0.31 0.32 0.32 0.29 0.24 0.51 0.55 0.09
C5 0.12 0.15 0.18 0.18 0.20 0.10 0.30 0.10 0.23 0.11 0.12 0.32 0.21 0.21 0.24 0.18 0.29 0.25 0.87 0.34
C5' 0.14 0.11 0.21 0.19 0.35 0.16 0.43 0.10 0.36 0.18 0.19 0.23 0.33 0.33 0.39 0.27 0.27 0.44 0.70 0.23
C6 0.11 0.09 0.18 0.18 0.27 0.11 0.34 0.09 0.28 0.14 0.14 0.25 0.19 0.22 0.30 0.20 0.28 0.32 0.78 0.27
N1 0.11 0.09 0.16 0.12 0.27 0.15 0.35 0.12 0.30 0.15 0.15 0.26 0.18 0.15 0.28 0.24 0.26 0.36 0.66 0.18
N3 0.13 0.21 0.15 0.09 0.13 0.16 0.29 0.13 0.23 0.08 0.15 0.37 0.20 0.10 0.17 0.22 0.26 0.20 0.76 0.26
O2 0.09 0.14 0.11 0.08 0.23 0.28 0.34 0.32 0.32 0.13 0.16 0.31 0.17 0.08 0.23 0.32 0.29 0.41 0.52 0.11
O2' 0.18 0.18 0.13 0.07 0.27 0.37 0.31 0.42 0.29 0.22 0.22 0.17 0.09 0.11 0.28 0.38 0.29 0.63 0.38 0.15
O3' 0.23 0.16 0.17 0.12 0.32 0.34 0.44 0.38 0.42 0.27 0.21 0.18 0.08 0.11 0.32 0.41 0.35 0.50 0.56 0.19
O4 0.19 0.29 0.19 0.14 0.08 0.13 0.19 0.09 0.15 0.16 0.26 0.40 0.24 0.15 0.06 0.20 0.25 0.20 0.97 0.41
O4' 0.16 0.17 0.24 0.22 0.27 0.21 0.29 0.16 0.22 0.14 0.22 0.25 0.33 0.33 0.31 0.26 0.21 0.50 0.54 0.07
O5' 0.47 0.50 0.46 0.44 0.44 0.50 0.38 0.45 0.36 0.42 0.51 0.58 0.56 0.50 0.46 0.53 0.40 0.51 0.79 0.39
OP1 0.44 0.56 0.50 0.54 0.71 0.48 0.63 0.57 0.54 0.50 0.67 0.54 0.47 0.56 0.79 0.43 0.51 0.83 0.28 0.46
OP2 0.61 0.76 0.86 0.91 0.63 0.66 0.52 0.73 0.53 0.63 0.77 0.87 0.78 1.02 0.63 0.51 0.54 0.84 0.38 0.42
P 0.30 0.38 0.42 0.44 0.34 0.33 0.26 0.36 0.23 0.28 0.41 0.45 0.43 0.51 0.38 0.30 0.24 0.56 0.54 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.58 0.30 0.15
C2 0.05 0.00 0.07 0.16 0.02 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.03 0.05 0.17 0.29 0.66 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.22 0.45 0.39 0.07
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.01 0.05 0.08 0.18 0.18 0.01 0.01 0.16 0.02 0.38 0.25 0.40 0.20
C4 0.03 0.02 0.03 0.15 0.00 0.16 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.16 0.00 0.04 0.25 0.22 0.95 0.40
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.13 0.08 0.13 0.07 0.05 0.02 0.18 0.00 0.01 0.60 0.15 0.22
C5 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.17 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.01 0.07 0.22 0.18 0.90 0.37
C5' 0.05 0.21 0.01 0.01 0.35 0.01 0.34 0.00 0.26 0.18 0.30 0.15 0.05 0.07 0.39 0.01 0.00 0.19 0.15 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.15 0.13 0.70 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.12 0.30 0.57 0.11
N3 0.05 0.01 0.06 0.18 0.01 0.13 0.00 0.30 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.02 0.03 0.23 0.20 0.83 0.30
O2 0.09 0.01 0.11 0.18 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.20 0.03 0.10 0.15 0.39 0.59 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.11 0.16 0.00 0.04 0.10 0.07 0.09 0.77 0.15 0.24
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.16 0.02 0.10 0.07 0.06 0.07 0.19 0.20 0.04 0.00 0.19 0.01 0.48 0.26 0.32 0.23
O4 0.03 0.03 0.04 0.16 0.00 0.18 0.01 0.39 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.19 0.00 0.04 0.30 0.32 1.05 0.48
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.10 0.07 0.01 0.04 0.00 0.19 0.71 0.16 0.31
O5' 0.08 0.17 0.22 0.38 0.25 0.01 0.22 0.00 0.15 0.12 0.23 0.15 0.09 0.48 0.30 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.58 0.29 0.45 0.25 0.22 0.60 0.18 0.19 0.13 0.30 0.20 0.39 0.77 0.26 0.32 0.71 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.66 0.39 0.40 0.95 0.15 0.90 0.15 0.70 0.57 0.83 0.59 0.15 0.32 1.05 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.07 0.20 0.40 0.22 0.37 0.01 0.22 0.11 0.30 0.10 0.24 0.23 0.48 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00