ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54519

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.004, 0.018, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.007, 0.024, 0.054, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.030
O4 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.030 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.147 std_dev=0.146
O4' A 0, -0.005, 0.185, 0.375, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.185 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.079, 0.270, 0.461, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.270 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.104, 0.313, 0.522, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.313 std_dev=0.209
C2 B 0, 0.079, 0.289, 0.499, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.289 std_dev=0.210
O5' A 0, 0.133, 0.343, 0.553, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.343 std_dev=0.210
P A 0, 0.188, 0.406, 0.625, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.406 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.096, 0.330, 0.565, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.330 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.153, 0.408, 0.664, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.408 std_dev=0.255
O2 B 0, 0.155, 0.430, 0.705, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.430 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.131, 0.408, 0.684, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.408 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.234, 0.547, 0.860, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.547 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.143, 0.472, 0.801, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.472 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.091, 0.434, 0.778, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.434 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.177, 0.554, 0.932, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.554 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.184, 0.589, 0.993, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.589 std_dev=0.405
OP1 A 0, 0.156, 0.563, 0.969, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.563 std_dev=0.406
C5' A 0, 0.113, 0.541, 0.969, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.541 std_dev=0.428
O4 B 0, 0.215, 0.707, 1.199, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.707 std_dev=0.492
C2' B 0, 0.118, 0.627, 1.136, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.627 std_dev=0.509
OP2 A 0, 0.322, 0.834, 1.346, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.834 std_dev=0.512
O4' B 0, 0.114, 0.689, 1.265, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.689 std_dev=0.575
C4' B 0, 0.255, 0.888, 1.522, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.888 std_dev=0.634
C3' B 0, 0.095, 0.794, 1.493, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.794 std_dev=0.699
O2' B 0, 0.151, 0.862, 1.573, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.862 std_dev=0.711
O3' B 0, 0.256, 1.051, 1.847, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.051 std_dev=0.796
C5' B 0, 0.278, 1.161, 2.044, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.161 std_dev=0.883
O5' B 0, 0.334, 1.981, 3.628, 4.582 max_d=4.582 avg_d=1.981 std_dev=1.647
OP2 B 0, 0.757, 2.833, 4.909, 4.988 max_d=4.988 avg_d=2.833 std_dev=2.076
P B 0, 0.389, 2.637, 4.884, 6.276 max_d=6.276 avg_d=2.637 std_dev=2.247
OP1 B 0, -0.373, 2.854, 6.081, 9.037 max_d=9.037 avg_d=2.854 std_dev=3.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.01 0.05 0.15 0.21 0.09
C2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.06 0.12 0.29 0.18 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.05 0.10 0.03 0.05 0.07 0.00 0.03 0.08 0.02 0.25 0.32 0.31 0.29
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.30 0.24 0.32 0.24
C4 0.05 0.03 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.12 0.13 0.01 0.05 0.20 0.40 0.26 0.08
C4' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.22 0.26 0.02
C5 0.05 0.03 0.10 0.07 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.03 0.02 0.04 0.15 0.11 0.01 0.08 0.22 0.40 0.28 0.08
C5' 0.04 0.09 0.05 0.03 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.09 0.04 0.05 0.14 0.02 0.01 0.38 0.33 0.03
C6 0.03 0.02 0.10 0.07 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.09 0.00 0.09 0.19 0.33 0.23 0.09
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.04 0.13 0.26 0.19 0.09
N3 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.02 0.05 0.16 0.35 0.20 0.08
O2 0.05 0.01 0.07 0.07 0.03 0.08 0.04 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.11 0.18 0.04 0.10 0.07 0.26 0.18 0.11
O2' 0.05 0.06 0.00 0.02 0.12 0.03 0.15 0.04 0.13 0.04 0.08 0.11 0.00 0.08 0.14 0.06 0.31 0.41 0.31 0.34
O3' 0.08 0.15 0.03 0.01 0.13 0.02 0.11 0.05 0.09 0.10 0.15 0.18 0.08 0.00 0.14 0.04 0.24 0.27 0.30 0.20
O4 0.06 0.03 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.04 0.02 0.04 0.14 0.14 0.00 0.05 0.21 0.44 0.28 0.08
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.09 0.04 0.05 0.10 0.06 0.04 0.05 0.00 0.25 0.14 0.18 0.13
O5' 0.05 0.12 0.25 0.30 0.20 0.03 0.22 0.01 0.19 0.13 0.16 0.07 0.31 0.24 0.21 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.15 0.29 0.32 0.24 0.40 0.22 0.40 0.38 0.33 0.26 0.35 0.26 0.41 0.27 0.44 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.18 0.31 0.32 0.26 0.26 0.28 0.33 0.23 0.19 0.20 0.18 0.31 0.30 0.28 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.29 0.24 0.08 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08 0.11 0.34 0.20 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.13 0.10 0.24 0.13 0.34 0.09 0.19 0.09 0.17 0.06 0.18 0.10 0.35 0.22 0.41 0.64 1.09 0.74 1.05
C2 0.40 0.14 0.29 0.44 0.11 0.58 0.14 0.58 0.30 0.28 0.09 0.14 0.15 0.37 0.30 0.59 0.75 0.47 0.72 0.81
C2' 0.28 0.17 0.08 0.16 0.11 0.28 0.14 0.12 0.05 0.14 0.05 0.27 0.11 0.38 0.19 0.36 0.83 1.63 1.20 1.47
C3' 0.28 0.18 0.13 0.15 0.09 0.18 0.14 0.30 0.07 0.14 0.07 0.31 0.16 0.45 0.15 0.27 1.17 2.15 1.66 1.91
C4 0.38 0.20 0.35 0.41 0.22 0.46 0.43 0.47 0.45 0.35 0.13 0.16 0.26 0.30 0.13 0.45 0.70 0.55 0.87 0.86
C4' 0.38 0.27 0.20 0.26 0.04 0.15 0.05 0.36 0.12 0.24 0.14 0.38 0.36 0.53 0.05 0.21 1.21 2.00 1.42 1.74
C5 0.35 0.24 0.30 0.32 0.28 0.32 0.41 0.29 0.41 0.33 0.19 0.20 0.29 0.28 0.22 0.33 0.65 0.92 0.74 0.94
C5' 0.45 0.47 0.32 0.31 0.24 0.14 0.19 0.52 0.25 0.38 0.37 0.61 0.58 0.60 0.19 0.15 1.36 2.39 1.59 1.93
C6 0.34 0.23 0.23 0.27 0.17 0.27 0.28 0.21 0.32 0.29 0.14 0.22 0.25 0.30 0.12 0.31 0.66 1.10 0.71 1.02
N1 0.36 0.18 0.21 0.32 0.03 0.40 0.15 0.32 0.26 0.27 0.06 0.19 0.16 0.33 0.16 0.44 0.61 0.84 0.62 0.90
N3 0.40 0.16 0.35 0.47 0.08 0.57 0.31 0.60 0.41 0.32 0.09 0.13 0.21 0.36 0.21 0.56 0.80 0.43 0.93 0.88
O2 0.42 0.11 0.30 0.52 0.24 0.72 0.08 0.78 0.22 0.24 0.15 0.13 0.18 0.44 0.43 0.71 0.95 0.54 0.82 0.90
O2' 0.24 0.13 0.18 0.15 0.23 0.37 0.26 0.15 0.14 0.12 0.11 0.21 0.26 0.35 0.31 0.44 0.58 1.29 1.06 1.20
O3' 0.15 0.04 0.25 0.06 0.23 0.18 0.29 0.29 0.21 0.09 0.10 0.14 0.21 0.35 0.27 0.25 1.13 1.90 1.79 1.91
O4 0.39 0.21 0.40 0.44 0.27 0.48 0.48 0.51 0.49 0.36 0.15 0.14 0.29 0.30 0.19 0.46 0.74 0.47 1.00 0.88
O4' 0.45 0.28 0.27 0.33 0.05 0.28 0.10 0.07 0.23 0.33 0.12 0.32 0.38 0.48 0.06 0.34 0.73 1.30 0.85 1.16
O5' 0.17 0.07 0.18 0.23 0.18 0.22 0.16 0.50 0.08 0.09 0.11 0.14 0.28 0.41 0.24 0.18 1.31 2.23 1.41 1.78
OP1 0.16 0.27 0.13 0.25 0.44 0.36 0.35 0.73 0.25 0.20 0.39 0.24 0.27 0.34 0.52 0.22 1.53 2.80 1.73 2.12
OP2 0.60 0.62 0.54 0.44 0.50 0.23 0.48 0.20 0.51 0.57 0.58 0.67 0.82 0.63 0.44 0.27 0.93 1.90 1.03 1.43
P 0.21 0.22 0.14 0.16 0.24 0.20 0.21 0.55 0.18 0.19 0.24 0.25 0.38 0.36 0.26 0.14 1.34 2.39 1.45 1.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.03 0.01 0.06 0.15 0.28 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.02 0.02 0.10 0.03 0.17 0.03 0.01 0.01 0.01 0.19 0.10 0.03 0.15 0.31 0.35 0.47 0.43
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.09 0.03 0.07 0.14 0.00 0.03 0.05 0.02 0.28 0.55 0.37 0.23
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.34 0.63 0.21 0.36
C4 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.05 0.25 0.23 0.63 0.36
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.07 0.19 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.31 0.13 0.04
C5 0.03 0.03 0.07 0.06 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.04 0.23 0.13 0.02 0.15 0.37 0.35 0.73 0.36
C5' 0.04 0.17 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.16 0.05 0.13 0.28 0.08 0.05 0.08 0.02 0.00 0.43 0.37 0.02
C6 0.02 0.03 0.09 0.06 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.04 0.27 0.13 0.02 0.18 0.39 0.40 0.66 0.35
N1 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.11 0.02 0.03 0.16 0.12 0.45 0.24
N3 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.11 0.02 0.10 0.29 0.38 0.53 0.45
O2 0.05 0.01 0.14 0.03 0.02 0.19 0.04 0.28 0.04 0.03 0.02 0.00 0.36 0.08 0.04 0.28 0.49 0.57 0.49 0.58
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.01 0.23 0.08 0.27 0.03 0.13 0.36 0.00 0.02 0.06 0.01 0.32 0.69 0.44 0.30
O3' 0.10 0.10 0.03 0.01 0.11 0.01 0.13 0.05 0.13 0.11 0.11 0.08 0.02 0.00 0.11 0.07 0.26 0.62 0.18 0.35
O4 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.11 0.00 0.05 0.27 0.26 0.68 0.40
O4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.02 0.18 0.03 0.10 0.28 0.01 0.07 0.05 0.00 0.21 0.18 0.19 0.23
O5' 0.06 0.31 0.28 0.34 0.25 0.01 0.37 0.00 0.39 0.16 0.29 0.49 0.32 0.26 0.27 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.35 0.55 0.63 0.23 0.31 0.35 0.43 0.40 0.12 0.38 0.57 0.69 0.62 0.26 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.47 0.37 0.21 0.63 0.13 0.73 0.37 0.66 0.45 0.53 0.49 0.44 0.18 0.68 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.43 0.23 0.36 0.36 0.04 0.36 0.02 0.35 0.24 0.45 0.58 0.30 0.35 0.40 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00