ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.015, 0.042, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.045, 0.091, 0.137, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.091 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.033, 0.101, 0.170, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.101 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.020, 0.111, 0.202, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.111 std_dev=0.091
O4' A 0, 0.083, 0.187, 0.290, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.187 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.151, 0.333, 0.516, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.333 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.025, 0.246, 0.466, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.246 std_dev=0.220
O3' A 0, 0.160, 0.394, 0.628, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.394 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.193, 0.438, 0.683, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.438 std_dev=0.245
C5' A 0, 0.340, 0.764, 1.188, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.764 std_dev=0.424
C5 B 0, 0.357, 0.804, 1.250, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.804 std_dev=0.446
O4 B 0, 0.409, 0.856, 1.304, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.856 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.374, 0.825, 1.277, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.825 std_dev=0.452
C4 B 0, 0.398, 0.859, 1.320, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.859 std_dev=0.461
C6 B 0, 0.356, 0.829, 1.301, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.829 std_dev=0.473
P B 0, 0.280, 0.783, 1.286, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.783 std_dev=0.503
N3 B 0, 0.431, 0.937, 1.443, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.937 std_dev=0.506
O5' B 0, 0.402, 0.912, 1.423, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.912 std_dev=0.511
N1 B 0, 0.398, 0.913, 1.427, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.913 std_dev=0.514
C1' B 0, 0.428, 0.959, 1.490, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.959 std_dev=0.531
C2 B 0, 0.434, 0.976, 1.517, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.976 std_dev=0.541
O2 B 0, 0.471, 1.069, 1.666, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.069 std_dev=0.597
C4' B 0, 0.510, 1.124, 1.737, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.124 std_dev=0.614
O2' B 0, 0.549, 1.167, 1.784, 1.786 max_d=1.786 avg_d=1.167 std_dev=0.618
C5' B 0, 0.454, 1.147, 1.840, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.147 std_dev=0.693
C2' B 0, 0.581, 1.276, 1.972, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.276 std_dev=0.695
OP2 B 0, 0.239, 0.940, 1.640, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.940 std_dev=0.701
OP1 B 0, 0.337, 1.101, 1.866, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.101 std_dev=0.765
C3' B 0, 0.655, 1.424, 2.192, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.424 std_dev=0.768
O3' B 0, 0.827, 1.742, 2.656, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.742 std_dev=0.914
O5' A 0, 0.722, 2.088, 3.454, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.088 std_dev=1.366
P A 0, 1.695, 3.770, 5.846, 5.852 max_d=5.852 avg_d=3.770 std_dev=2.075
OP2 A 0, 2.532, 5.130, 7.729, 6.867 max_d=6.867 avg_d=5.130 std_dev=2.599
OP1 A 0, 2.196, 5.117, 8.039, 8.178 max_d=8.178 avg_d=5.117 std_dev=2.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.18 0.28 0.33 0.12
C2 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.07 0.03 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.54 0.85 0.61 0.56
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.25 0.37 0.40 0.24
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.11 0.13 0.01 0.01 0.10 0.01 0.38 0.36 0.42 0.32
C4 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.10 0.01 0.02 0.65 1.23 0.71 0.75
C4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.09 0.09 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.18 0.38 0.08
C5 0.04 0.03 0.07 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.08 0.04 0.03 0.55 1.02 0.53 0.59
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.09 0.07 0.14 0.11 0.07 0.02 0.17 0.01 0.00 0.34 0.30 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.07 0.04 0.03 0.42 0.76 0.41 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.39 0.63 0.42 0.37
N3 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.09 0.02 0.14 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.02 0.03 0.65 1.16 0.76 0.75
O2 0.02 0.01 0.06 0.13 0.03 0.09 0.03 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.14 0.05 0.03 0.54 0.74 0.69 0.56
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.12 0.07 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.08 0.06 0.11 0.21 0.51 0.20
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.07 0.05 0.13 0.14 0.03 0.00 0.12 0.01 0.40 0.26 0.52 0.34
O4 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01 0.09 0.04 0.17 0.04 0.02 0.02 0.05 0.08 0.12 0.00 0.03 0.73 1.43 0.83 0.89
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.21 0.15 0.31 0.07
O5' 0.18 0.54 0.25 0.38 0.65 0.01 0.55 0.00 0.42 0.39 0.65 0.54 0.11 0.40 0.73 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.85 0.37 0.36 1.23 0.18 1.02 0.34 0.76 0.63 1.16 0.74 0.21 0.26 1.43 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.61 0.40 0.42 0.71 0.38 0.53 0.30 0.41 0.42 0.76 0.69 0.51 0.52 0.83 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.56 0.24 0.32 0.75 0.08 0.59 0.01 0.42 0.37 0.75 0.56 0.20 0.34 0.89 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.15 0.08 0.11 0.18 0.10 0.19 0.17 0.15 0.12 0.16 0.15 0.08 0.10 0.20 0.08 0.20 0.13 0.10 0.07
C2 0.09 0.16 0.10 0.11 0.20 0.07 0.18 0.09 0.14 0.13 0.18 0.16 0.08 0.10 0.23 0.07 0.11 0.12 0.33 0.16
C2' 0.11 0.19 0.12 0.16 0.21 0.14 0.22 0.21 0.20 0.17 0.19 0.19 0.07 0.15 0.22 0.11 0.25 0.16 0.09 0.13
C3' 0.14 0.26 0.19 0.23 0.32 0.14 0.33 0.18 0.29 0.23 0.28 0.25 0.09 0.21 0.33 0.10 0.07 0.02 0.09 0.02
C4 0.20 0.19 0.21 0.21 0.17 0.18 0.18 0.16 0.20 0.20 0.18 0.19 0.20 0.22 0.15 0.17 0.12 0.11 0.28 0.14
C4' 0.11 0.21 0.15 0.21 0.29 0.15 0.30 0.21 0.24 0.19 0.24 0.20 0.07 0.21 0.32 0.10 0.06 0.02 0.18 0.05
C5 0.23 0.18 0.24 0.24 0.16 0.19 0.18 0.17 0.22 0.22 0.16 0.17 0.23 0.23 0.15 0.19 0.18 0.13 0.21 0.12
C5' 0.09 0.21 0.15 0.19 0.31 0.10 0.29 0.14 0.21 0.17 0.25 0.20 0.07 0.19 0.36 0.07 0.07 0.16 0.32 0.16
C6 0.15 0.11 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.11 0.16 0.14 0.13 0.13 0.22 0.16 0.16 0.13
N1 0.08 0.13 0.08 0.07 0.15 0.06 0.14 0.08 0.11 0.10 0.14 0.13 0.08 0.07 0.17 0.07 0.13 0.07 0.18 0.06
N3 0.13 0.16 0.14 0.14 0.17 0.11 0.14 0.10 0.13 0.14 0.18 0.17 0.13 0.14 0.19 0.10 0.14 0.15 0.36 0.19
O2 0.10 0.19 0.12 0.15 0.26 0.09 0.24 0.13 0.18 0.16 0.22 0.19 0.08 0.14 0.30 0.07 0.15 0.19 0.43 0.23
O2' 0.19 0.20 0.19 0.23 0.20 0.23 0.22 0.32 0.20 0.19 0.19 0.22 0.20 0.23 0.21 0.20 0.39 0.33 0.16 0.25
O3' 0.22 0.33 0.29 0.35 0.38 0.23 0.39 0.29 0.36 0.31 0.35 0.32 0.18 0.34 0.40 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01
O4 0.25 0.26 0.27 0.28 0.22 0.22 0.23 0.21 0.24 0.25 0.25 0.26 0.25 0.28 0.20 0.20 0.14 0.14 0.33 0.18
O4' 0.08 0.16 0.09 0.13 0.23 0.11 0.23 0.18 0.18 0.14 0.18 0.16 0.06 0.13 0.26 0.08 0.13 0.06 0.17 0.01
O5' 0.69 0.91 0.80 0.86 1.09 0.65 1.09 0.66 0.94 0.85 1.00 0.86 0.66 0.86 1.14 0.57 0.69 0.60 1.05 0.72
OP1 1.19 1.65 1.33 1.26 1.95 0.91 1.75 0.75 1.46 1.45 1.85 1.63 1.17 1.23 2.15 0.91 0.91 0.55 1.15 0.74
OP2 0.47 0.67 0.53 0.55 0.86 0.52 0.75 0.57 0.60 0.58 0.79 0.65 0.47 0.57 0.99 0.44 0.54 0.69 0.72 0.60
P 0.72 1.03 0.84 0.86 1.27 0.63 1.18 0.62 0.97 0.91 1.17 0.99 0.70 0.86 1.40 0.57 0.68 0.60 1.04 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.16 0.09 0.13
C2 0.04 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.03 0.37 0.37 0.35 0.35
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.26 0.28 0.08 0.22
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.05 0.06 0.11 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.35 0.39 0.06 0.27
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.47 0.51 0.56 0.49
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.11 0.24 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.47 0.50 0.53 0.49
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.19 0.39 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.41 0.40 0.35 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.33 0.32 0.26 0.30
N3 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.03 0.43 0.45 0.47 0.43
O2 0.07 0.01 0.08 0.10 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.07 0.34 0.34 0.31 0.32
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.13 0.09 0.08
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.12 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.13 0.11 0.03 0.00 0.13 0.01 0.30 0.39 0.11 0.24
O4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.03 0.49 0.56 0.64 0.54
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.17 0.04
O5' 0.14 0.37 0.26 0.35 0.47 0.02 0.47 0.00 0.41 0.33 0.43 0.34 0.08 0.30 0.49 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.37 0.28 0.39 0.51 0.11 0.50 0.19 0.40 0.32 0.45 0.34 0.13 0.39 0.56 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.35 0.08 0.06 0.56 0.24 0.53 0.39 0.35 0.26 0.47 0.31 0.09 0.11 0.64 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.35 0.22 0.27 0.49 0.01 0.49 0.01 0.39 0.30 0.43 0.32 0.08 0.24 0.54 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00