ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54521

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.014, 0.046, 0.079, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C5 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.005, 0.041, 0.078, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.041 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.017, 0.070, 0.122, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.070 std_dev=0.052
O2 A 0, 0.022, 0.081, 0.140, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.081 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.052, 0.178, 0.304, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.178 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.109, 0.395, 0.680, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.395 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.129, 0.563, 0.998, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.563 std_dev=0.435
N1 B 0, 0.129, 0.580, 1.031, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.580 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.144, 0.596, 1.047, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.596 std_dev=0.451
C6 B 0, 0.186, 0.639, 1.093, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.639 std_dev=0.453
N3 B 0, 0.191, 0.655, 1.120, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.655 std_dev=0.464
O5' A 0, 0.220, 0.767, 1.314, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.767 std_dev=0.547
O2' A 0, 0.230, 0.785, 1.340, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.785 std_dev=0.555
C5 B 0, 0.187, 0.743, 1.299, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.743 std_dev=0.556
C2 B 0, 0.224, 0.813, 1.402, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.813 std_dev=0.589
O4 B 0, 0.298, 1.085, 1.871, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.085 std_dev=0.787
C3' A 0, 0.348, 1.190, 2.031, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.190 std_dev=0.841
C3' B 0, 0.328, 1.185, 2.042, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.185 std_dev=0.857
C4' B 0, 0.368, 1.258, 2.148, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.258 std_dev=0.890
C1' B 0, 0.345, 1.256, 2.168, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.256 std_dev=0.912
O2 B 0, 0.421, 1.463, 2.505, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.463 std_dev=1.042
C2' B 0, 0.469, 1.620, 2.772, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.620 std_dev=1.151
O4' B 0, 0.479, 1.643, 2.807, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.643 std_dev=1.164
P A 0, 0.544, 1.866, 3.188, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.866 std_dev=1.322
C5' B 0, 0.621, 2.150, 3.679, 3.424 max_d=3.424 avg_d=2.150 std_dev=1.529
O3' A 0, 0.688, 2.348, 4.008, 3.522 max_d=3.522 avg_d=2.348 std_dev=1.660
OP1 A 0, 0.687, 2.413, 4.138, 3.940 max_d=3.940 avg_d=2.413 std_dev=1.726
OP2 A 0, 0.744, 2.549, 4.354, 3.934 max_d=3.934 avg_d=2.549 std_dev=1.805
O3' B 0, 0.821, 2.839, 4.857, 4.509 max_d=4.509 avg_d=2.839 std_dev=2.018
O5' B 0, 0.931, 3.207, 5.483, 5.052 max_d=5.052 avg_d=3.207 std_dev=2.276
O2' B 0, 0.981, 3.361, 5.741, 5.205 max_d=5.205 avg_d=3.361 std_dev=2.380
P B 0, 1.450, 4.977, 8.504, 7.756 max_d=7.756 avg_d=4.977 std_dev=3.527
OP1 B 0, 1.506, 5.203, 8.900, 8.245 max_d=8.245 avg_d=5.203 std_dev=3.697
OP2 B 0, 1.762, 6.030, 10.297, 9.262 max_d=9.262 avg_d=6.030 std_dev=4.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.20 0.02 0.01 0.09 0.06 0.30 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.15 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.07 0.02 0.03 0.20 0.21 0.62 0.35
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.17 0.07 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.19 0.24 0.02
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.28 0.01 0.32 0.03 0.29 0.17 0.21 0.08 0.01 0.00 0.30 0.01 0.21 0.18 0.26 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.01 0.02 0.27 0.47 0.87 0.56
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.07 0.08 0.07 0.20 0.02 0.10 0.00 0.03 0.24 0.06 0.11
C5 0.04 0.02 0.08 0.32 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.22 0.01 0.02 0.27 0.50 0.86 0.58
C5' 0.08 0.07 0.17 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.15 0.04 0.01 0.02 0.12 0.01 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.29 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.00 0.02 0.24 0.37 0.69 0.47
N1 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.19 0.20 0.55 0.33
N3 0.03 0.01 0.07 0.21 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.05 0.02 0.02 0.23 0.33 0.75 0.45
O2 0.05 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.19 0.04 0.05 0.18 0.12 0.54 0.28
O2' 0.03 0.18 0.01 0.01 0.16 0.20 0.09 0.04 0.06 0.09 0.19 0.19 0.00 0.02 0.19 0.15 0.15 0.13 0.28 0.12
O3' 0.20 0.07 0.01 0.00 0.15 0.02 0.22 0.15 0.16 0.01 0.05 0.19 0.02 0.00 0.19 0.16 0.26 0.19 0.19 0.01
O4 0.02 0.02 0.06 0.30 0.01 0.10 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.19 0.19 0.00 0.02 0.28 0.56 0.95 0.62
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.15 0.16 0.02 0.00 0.07 0.08 0.15 0.05
O5' 0.09 0.20 0.04 0.21 0.27 0.03 0.27 0.02 0.24 0.19 0.23 0.18 0.15 0.26 0.28 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.21 0.19 0.18 0.47 0.24 0.50 0.12 0.37 0.20 0.33 0.12 0.13 0.19 0.56 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.62 0.24 0.26 0.87 0.06 0.86 0.01 0.69 0.55 0.75 0.54 0.28 0.19 0.95 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.35 0.02 0.05 0.56 0.11 0.58 0.03 0.47 0.33 0.45 0.28 0.12 0.01 0.62 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.09 0.37 0.24 0.14 0.12 0.10 0.49 0.12 0.14 0.05 0.11 0.76 0.46 0.28 0.11 0.27 0.56 1.00 0.61
C2 0.07 0.11 0.38 0.18 0.06 0.23 0.06 0.46 0.02 0.05 0.09 0.15 0.74 0.25 0.07 0.30 0.15 0.34 0.73 0.44
C2' 0.24 0.12 0.45 0.30 0.12 0.13 0.09 0.52 0.11 0.15 0.06 0.15 0.88 0.51 0.24 0.14 0.30 0.64 1.08 0.69
C3' 0.41 0.17 0.60 0.51 0.20 0.09 0.11 0.37 0.17 0.25 0.07 0.22 1.06 0.79 0.42 0.08 0.23 0.60 1.11 0.64
C4 0.09 0.27 0.52 0.23 0.10 0.33 0.19 0.59 0.15 0.07 0.22 0.42 0.97 0.31 0.09 0.42 0.36 0.51 0.97 0.68
C4' 0.36 0.12 0.43 0.36 0.21 0.04 0.12 0.51 0.14 0.20 0.07 0.16 0.88 0.70 0.41 0.06 0.40 0.81 1.31 0.82
C5 0.25 0.29 0.55 0.31 0.15 0.26 0.26 0.70 0.16 0.17 0.19 0.42 1.11 0.53 0.18 0.29 0.56 0.80 1.36 0.95
C5' 0.48 0.20 0.53 0.46 0.17 0.07 0.10 0.54 0.20 0.29 0.06 0.25 1.05 0.90 0.37 0.12 0.50 0.96 1.51 0.98
C6 0.28 0.22 0.48 0.30 0.19 0.20 0.24 0.64 0.14 0.19 0.13 0.30 1.00 0.56 0.26 0.21 0.50 0.79 1.32 0.89
N1 0.20 0.14 0.42 0.24 0.14 0.17 0.13 0.53 0.08 0.13 0.08 0.19 0.84 0.42 0.21 0.20 0.30 0.56 1.01 0.64
N3 0.02 0.17 0.42 0.17 0.07 0.30 0.10 0.47 0.09 0.02 0.19 0.27 0.78 0.18 0.08 0.41 0.16 0.31 0.70 0.44
O2 0.03 0.04 0.32 0.14 0.07 0.22 0.06 0.38 0.04 0.03 0.05 0.06 0.61 0.15 0.10 0.29 0.02 0.19 0.52 0.27
O2' 0.09 0.07 0.29 0.13 0.12 0.27 0.09 0.61 0.09 0.05 0.13 0.10 0.70 0.31 0.20 0.29 0.33 0.61 1.00 0.66
O3' 0.12 0.20 0.33 0.27 0.55 0.14 0.38 0.54 0.16 0.10 0.42 0.15 0.76 0.54 0.81 0.20 0.40 0.73 1.25 0.78
O4 0.02 0.29 0.54 0.23 0.09 0.40 0.20 0.59 0.19 0.03 0.24 0.50 0.96 0.24 0.08 0.53 0.37 0.45 0.88 0.66
O4' 0.31 0.10 0.35 0.27 0.19 0.06 0.11 0.52 0.13 0.18 0.06 0.13 0.76 0.57 0.37 0.05 0.37 0.72 1.20 0.74
O5' 0.62 0.36 0.66 0.61 0.21 0.22 0.20 0.46 0.26 0.41 0.19 0.45 1.20 1.07 0.38 0.28 0.50 1.01 1.58 1.01
OP1 1.10 0.61 1.09 1.17 0.09 0.80 0.21 0.14 0.57 0.75 0.29 0.71 1.58 1.74 0.30 0.81 0.05 0.49 1.12 0.50
OP2 1.26 0.90 1.25 1.28 0.26 0.91 0.26 0.25 0.63 0.94 0.59 1.06 1.77 1.82 0.02 0.95 0.04 0.55 1.16 0.52
P 1.04 0.64 1.02 1.05 0.12 0.69 0.20 0.05 0.54 0.74 0.35 0.75 1.51 1.58 0.22 0.74 0.07 0.59 1.19 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.11 0.17 0.12 0.14
C2 0.00 0.00 0.21 0.17 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.02 0.05 0.55 0.49 0.29 0.48
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.06 0.17 0.03 0.15 0.36 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.15 0.41 0.17
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.12 0.30 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.11 0.32 0.14
C4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.22 0.08 0.16 0.10
C4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.08 0.26 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.27 0.08 0.12
C5 0.04 0.01 0.13 0.11 0.01 0.14 0.00 0.40 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.04 0.10 0.26 0.53 0.22
C5' 0.05 0.22 0.06 0.02 0.17 0.01 0.40 0.00 0.41 0.10 0.12 0.51 0.05 0.05 0.17 0.01 0.00 0.25 0.21 0.00
C6 0.04 0.02 0.17 0.14 0.01 0.16 0.01 0.41 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.16 0.26 0.54 0.24
N1 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.19 0.15 0.14 0.14
N3 0.01 0.01 0.15 0.12 0.01 0.08 0.03 0.12 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.04 0.03 0.04 0.49 0.40 0.23 0.40
O2 0.03 0.01 0.36 0.30 0.02 0.26 0.02 0.51 0.02 0.03 0.02 0.00 0.18 0.04 0.05 0.07 0.84 0.82 0.61 0.77
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.10 0.18 0.00 0.04 0.04 0.02 0.21 0.25 0.48 0.23
O3' 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.18 0.13 0.20 0.05
O4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.24 0.06 0.17 0.11
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.28 0.40 0.16 0.35
O5' 0.11 0.55 0.15 0.22 0.22 0.01 0.10 0.00 0.16 0.19 0.49 0.84 0.21 0.18 0.24 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.49 0.15 0.11 0.08 0.27 0.26 0.25 0.26 0.15 0.40 0.82 0.25 0.13 0.06 0.40 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.12 0.29 0.41 0.32 0.16 0.08 0.53 0.21 0.54 0.14 0.23 0.61 0.48 0.20 0.17 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.14 0.48 0.17 0.14 0.10 0.12 0.22 0.00 0.24 0.14 0.40 0.77 0.23 0.05 0.11 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00