Doublet Group distance statistics: 54522

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C6	A	0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O2	A	0, 0.017, 0.064, 0.110, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.064 std_dev=0.046
C2'	A	0, 0.046, 0.174, 0.303, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.174 std_dev=0.128
O4'	A	0, 0.053, 0.192, 0.332, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.192 std_dev=0.139
O4	A	0, 0.055, 0.197, 0.340, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.197 std_dev=0.142
O2'	A	0, -0.021, 0.165, 0.352, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.165 std_dev=0.186
C3'	A	0, 0.081, 0.296, 0.511, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.296 std_dev=0.215
C4'	A	0, 0.068, 0.305, 0.542, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.305 std_dev=0.237
O3'	A	0, 0.098, 0.370, 0.642, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.370 std_dev=0.272
C5	B	0, 0.156, 0.532, 0.909, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.532 std_dev=0.377
O5'	A	0, 0.169, 0.578, 0.986, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.578 std_dev=0.409
C5'	A	0, 0.143, 0.555, 0.967, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.555 std_dev=0.412
C4	B	0, 0.176, 0.600, 1.025, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.600 std_dev=0.425
C6	B	0, 0.135, 0.570, 1.005, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.570 std_dev=0.435
P	B	0, -0.045, 0.413, 0.871, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.413 std_dev=0.458
N1	B	0, 0.164, 0.638, 1.112, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.638 std_dev=0.474
OP1	B	0, 0.169, 0.656, 1.142, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.656 std_dev=0.487
N3	B	0, 0.187, 0.675, 1.164, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.675 std_dev=0.488
O5'	B	0, 0.171, 0.661, 1.151, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.661 std_dev=0.490
C2	B	0, 0.196, 0.700, 1.204, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.700 std_dev=0.504
OP2	B	0, 0.121, 0.631, 1.141, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.631 std_dev=0.510
O4	B	0, 0.241, 0.825, 1.409, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.825 std_dev=0.584
C1'	B	0, 0.229, 0.819, 1.409, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.819 std_dev=0.590
O4'	B	0, 0.229, 0.834, 1.440, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.834 std_dev=0.606
C2'	B	0, 0.254, 0.867, 1.480, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.867 std_dev=0.613
O2	B	0, 0.260, 0.898, 1.535, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.898 std_dev=0.637
P	A	0, 0.259, 0.926, 1.593, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.926 std_dev=0.667
C3'	B	0, 0.276, 0.950, 1.624, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.950 std_dev=0.674
C4'	B	0, 0.282, 0.964, 1.646, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.964 std_dev=0.682
C5'	B	0, 0.283, 0.968, 1.653, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.968 std_dev=0.685
O2'	B	0, 0.261, 0.993, 1.725, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.993 std_dev=0.732
OP2	A	0, 0.309, 1.066, 1.823, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.066 std_dev=0.757
O3'	B	0, 0.277, 1.236, 2.195, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.236 std_dev=0.959
OP1	A	0, 0.213, 1.463, 2.713, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.463 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.09	0.22	0.21	0.05
C2	0.01	0.00	0.05	0.01	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.06	0.20	0.62	0.48	0.06
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.00	0.08	0.02	0.09	0.02	0.03	0.10	0.01	0.01	0.02	0.00	0.25	0.31	0.09	0.23
C3'	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.00	0.15	0.02	0.14	0.07	0.05	0.08	0.00	0.00	0.11	0.01	0.36	0.26	0.12	0.33
C4	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.11	0.00	0.03	0.21	0.78	0.59	0.07
C4'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.09	0.00	0.08	0.00	0.06	0.05	0.08	0.07	0.02	0.01	0.09	0.00	0.00	0.19	0.10	0.01
C5	0.01	0.00	0.08	0.15	0.00	0.08	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.15	0.01	0.00	0.18	0.65	0.50	0.06
C5'	0.03	0.16	0.02	0.02	0.19	0.00	0.16	0.00	0.13	0.11	0.19	0.15	0.02	0.02	0.21	0.01	0.00	0.33	0.16	0.01
C6	0.00	0.00	0.09	0.14	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.14	0.01	0.01	0.16	0.51	0.41	0.06
N1	0.01	0.00	0.02	0.07	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.01	0.02	0.16	0.46	0.37	0.06
N3	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.08	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.04	0.01	0.05	0.21	0.79	0.59	0.07
O2	0.02	0.00	0.10	0.08	0.00	0.07	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.12	0.20	0.61	0.47	0.05
O2'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.00	0.01	0.02	0.03	0.08	0.08	0.09	0.09
O3'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.11	0.01	0.15	0.02	0.14	0.06	0.04	0.08	0.01	0.00	0.11	0.01	0.34	0.13	0.23	0.39
O4	0.02	0.01	0.02	0.11	0.00	0.09	0.01	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.04	0.22	0.88	0.65	0.07
O4'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.12	0.03	0.01	0.04	0.00	0.14	0.11	0.20	0.16
O5'	0.09	0.20	0.25	0.36	0.21	0.00	0.18	0.00	0.16	0.16	0.21	0.20	0.08	0.34	0.22	0.14	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.22	0.62	0.31	0.26	0.78	0.19	0.65	0.33	0.51	0.46	0.79	0.61	0.08	0.13	0.88	0.11	0.01	0.00	0.00	0.01
OP2	0.21	0.48	0.09	0.12	0.59	0.10	0.50	0.16	0.41	0.37	0.59	0.47	0.09	0.23	0.65	0.20	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.05	0.06	0.23	0.33	0.07	0.01	0.06	0.01	0.06	0.06	0.07	0.05	0.09	0.39	0.07	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.12	0.22	0.34	0.20	0.32	0.35	0.41	0.39	0.14	0.19	0.25	0.23	0.32	0.28	0.27	0.35	0.01	0.18	0.02
C2	0.24	0.07	0.25	0.37	0.22	0.32	0.47	0.37	0.47	0.22	0.10	0.22	0.20	0.34	0.30	0.29	0.35	0.05	0.23	0.02
C2'	0.10	0.16	0.18	0.32	0.21	0.28	0.35	0.42	0.38	0.13	0.19	0.27	0.18	0.31	0.25	0.17	0.41	0.11	0.05	0.10
C3'	0.24	0.36	0.14	0.08	0.21	0.08	0.12	0.16	0.07	0.23	0.33	0.45	0.11	0.13	0.25	0.22	0.18	0.04	0.15	0.03
C4	0.34	0.14	0.31	0.37	0.23	0.35	0.42	0.36	0.44	0.30	0.03	0.29	0.30	0.34	0.31	0.36	0.27	0.07	0.31	0.09
C4'	0.19	0.37	0.13	0.08	0.28	0.07	0.09	0.14	0.05	0.22	0.39	0.46	0.09	0.13	0.35	0.15	0.09	0.22	0.31	0.16
C5	0.32	0.06	0.29	0.34	0.23	0.35	0.38	0.36	0.42	0.26	0.14	0.28	0.29	0.33	0.33	0.37	0.25	0.07	0.33	0.11
C5'	0.39	0.58	0.34	0.16	0.51	0.17	0.34	0.05	0.32	0.45	0.60	0.63	0.30	0.06	0.56	0.32	0.09	0.37	0.46	0.28
C6	0.27	0.08	0.26	0.32	0.24	0.34	0.38	0.37	0.42	0.21	0.19	0.28	0.24	0.30	0.34	0.35	0.27	0.05	0.30	0.09
N1	0.24	0.08	0.25	0.35	0.23	0.33	0.41	0.39	0.45	0.20	0.17	0.25	0.22	0.31	0.31	0.31	0.32	0.03	0.24	0.03
N3	0.29	0.13	0.28	0.38	0.24	0.33	0.47	0.36	0.47	0.28	0.03	0.26	0.24	0.34	0.31	0.32	0.31	0.06	0.26	0.03
O2	0.19	0.06	0.22	0.37	0.18	0.30	0.46	0.36	0.43	0.18	0.08	0.19	0.16	0.37	0.24	0.23	0.38	0.09	0.20	0.08
O2'	0.25	0.15	0.33	0.42	0.23	0.41	0.35	0.54	0.39	0.22	0.19	0.19	0.41	0.43	0.25	0.31	0.45	0.20	0.01	0.16
O3'	0.33	0.38	0.22	0.07	0.23	0.17	0.13	0.05	0.16	0.31	0.33	0.46	0.15	0.06	0.24	0.35	0.05	0.00	0.02	0.00
O4	0.39	0.25	0.37	0.41	0.24	0.39	0.41	0.37	0.44	0.36	0.10	0.35	0.37	0.40	0.26	0.39	0.28	0.08	0.30	0.09
O4'	0.07	0.23	0.10	0.21	0.18	0.19	0.17	0.28	0.19	0.03	0.27	0.34	0.12	0.23	0.31	0.12	0.22	0.15	0.29	0.09
O5'	0.30	0.17	0.39	0.56	0.28	0.43	0.50	0.49	0.49	0.31	0.15	0.09	0.37	0.64	0.20	0.30	0.54	0.02	0.24	0.26
OP1	0.60	0.78	0.67	0.73	0.97	0.50	0.94	0.39	0.79	0.72	0.87	0.74	0.64	0.81	1.00	0.44	0.43	0.40	0.17	0.09
OP2	0.52	0.79	0.46	0.23	0.79	0.23	0.53	0.18	0.46	0.60	0.87	0.85	0.49	0.20	0.92	0.40	0.12	0.13	0.14	0.10
P	0.28	0.21	0.39	0.58	0.25	0.43	0.42	0.50	0.41	0.29	0.19	0.19	0.35	0.69	0.16	0.27	0.55	0.09	0.35	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.03	0.00	0.10	0.17	0.48	0.29
C2	0.03	0.00	0.04	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.09	0.01	0.07	0.06	0.25	0.53	0.31
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.05	0.01	0.04	0.06	0.00	0.05	0.03	0.01	0.05	0.03	0.34	0.16
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.16	0.01	0.13	0.01	0.09	0.09	0.16	0.09	0.03	0.01	0.18	0.01	0.05	0.13	0.11	0.04
C4	0.02	0.00	0.02	0.16	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.17	0.00	0.03	0.09	0.28	0.48	0.25
C4'	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.08	0.02	0.02	0.06	0.14	0.03	0.06	0.01	0.00	0.07	0.18	0.08
C5	0.01	0.00	0.04	0.13	0.00	0.09	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.16	0.00	0.03	0.10	0.27	0.49	0.23
C5'	0.03	0.01	0.01	0.01	0.08	0.00	0.11	0.00	0.08	0.02	0.03	0.06	0.13	0.11	0.08	0.03	0.01	0.10	0.04	0.01
C6	0.00	0.00	0.05	0.09	0.00	0.08	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.08	0.26	0.53	0.27
N1	0.01	0.01	0.01	0.09	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.07	0.02	0.02	0.07	0.23	0.53	0.30
N3	0.03	0.00	0.04	0.16	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.14	0.14	0.01	0.06	0.07	0.27	0.51	0.29
O2	0.05	0.00	0.06	0.09	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.15	0.06	0.00	0.11	0.08	0.24	0.53	0.34
O2'	0.01	0.12	0.00	0.03	0.13	0.14	0.10	0.13	0.07	0.07	0.14	0.15	0.00	0.11	0.13	0.11	0.05	0.14	0.28	0.06
O3'	0.05	0.09	0.05	0.01	0.17	0.03	0.16	0.11	0.10	0.07	0.14	0.06	0.11	0.00	0.21	0.00	0.19	0.42	0.20	0.24
O4	0.03	0.01	0.03	0.18	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.13	0.21	0.00	0.05	0.10	0.30	0.45	0.25
O4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.02	0.06	0.11	0.11	0.00	0.05	0.00	0.11	0.19	0.46	0.31
O5'	0.10	0.06	0.05	0.05	0.09	0.00	0.10	0.01	0.08	0.07	0.07	0.08	0.05	0.19	0.10	0.11	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.17	0.25	0.03	0.13	0.28	0.07	0.27	0.10	0.26	0.23	0.27	0.24	0.14	0.42	0.30	0.19	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.48	0.53	0.34	0.11	0.48	0.18	0.49	0.04	0.53	0.53	0.51	0.53	0.28	0.20	0.45	0.46	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.29	0.31	0.16	0.04	0.25	0.08	0.23	0.01	0.27	0.30	0.29	0.34	0.06	0.24	0.25	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00