ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 5, 12, 13, 8, 2, 1, 5, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.013, 0.050, 0.086, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.017, 0.078, 0.139, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.078 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.054, 0.126, 0.197, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.126 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.124, 0.216, 0.308, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.216 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.075, 0.229, 0.382, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.229 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.148, 0.348, 0.548, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.348 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.180, 0.393, 0.606, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.393 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.301, 0.518, 0.735, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.518 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.224, 0.456, 0.689, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.456 std_dev=0.233
N6 B 0, 0.301, 0.537, 0.773, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.537 std_dev=0.236
O2' A 0, 0.117, 0.353, 0.589, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.353 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.293, 0.534, 0.776, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.534 std_dev=0.242
C4' B 0, 0.262, 0.507, 0.752, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.507 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.193, 0.446, 0.699, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.446 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.205, 0.472, 0.740, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.472 std_dev=0.267
N9 B 0, 0.152, 0.429, 0.705, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.429 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.159, 0.444, 0.730, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.444 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.155, 0.449, 0.744, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.449 std_dev=0.294
O3' A 0, 0.227, 0.539, 0.851, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.539 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.244, 0.559, 0.875, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.559 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.335, 0.653, 0.971, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.653 std_dev=0.318
N3 B 0, 0.242, 0.582, 0.922, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.582 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.301, 0.672, 1.044, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.672 std_dev=0.371
C3' B 0, 0.282, 0.679, 1.076, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.679 std_dev=0.397
O5' A 0, 0.143, 0.562, 0.982, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.562 std_dev=0.420
P A 0, 0.144, 0.602, 1.060, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.602 std_dev=0.458
C5' B 0, 0.500, 0.975, 1.449, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.975 std_dev=0.475
O2' B 0, 0.469, 0.995, 1.521, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.995 std_dev=0.526
O5' B 0, 0.413, 1.100, 1.787, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.100 std_dev=0.687
OP2 A 0, 0.125, 0.925, 1.724, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.925 std_dev=0.800
OP1 A 0, 0.117, 0.923, 1.730, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.923 std_dev=0.806
P B 0, 0.088, 0.997, 1.906, 3.298 max_d=3.298 avg_d=0.997 std_dev=0.909
O3' B 0, 0.004, 1.215, 2.425, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.215 std_dev=1.210
OP2 B 0, 0.464, 2.130, 3.795, 5.591 max_d=5.591 avg_d=2.130 std_dev=1.665
OP1 B 0, 0.248, 1.921, 3.593, 4.960 max_d=4.960 avg_d=1.921 std_dev=1.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.14 0.28 0.15
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.15 0.12 0.61 0.26
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.06 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.17 0.12
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.02 0.12 0.05 0.06 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.08 0.07 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.04 0.17 0.13 0.80 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.11 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.01 0.05 0.19 0.13 0.73 0.27
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.08 0.05 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.05 0.18 0.13 0.56 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.14 0.12 0.50 0.22
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.03 0.16 0.12 0.74 0.29
O2 0.05 0.00 0.10 0.10 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.16 0.12 0.57 0.26
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.10 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04 0.09 0.10 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.01 0.16 0.03 0.13 0.05 0.08 0.12 0.03 0.00 0.15 0.01 0.11 0.12 0.26 0.08
O4 0.03 0.02 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.15 0.00 0.05 0.17 0.14 0.86 0.31
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.20 0.16 0.12
O5' 0.08 0.15 0.07 0.08 0.17 0.01 0.19 0.01 0.18 0.14 0.16 0.16 0.04 0.11 0.17 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.12 0.05 0.07 0.13 0.09 0.13 0.07 0.13 0.12 0.12 0.12 0.09 0.12 0.14 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.61 0.17 0.10 0.80 0.11 0.73 0.22 0.56 0.50 0.74 0.57 0.10 0.26 0.86 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.26 0.12 0.08 0.30 0.04 0.27 0.02 0.22 0.22 0.29 0.26 0.07 0.08 0.31 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.37 0.29 0.22 0.25 0.26 0.14 0.43 0.16 0.14 0.27 0.39 0.12 0.16 0.19 0.19 0.58 0.26 0.44 1.29 0.91 0.75
C2 0.28 0.39 0.23 0.15 0.27 0.18 0.15 0.36 0.18 0.15 0.30 0.39 0.12 0.17 0.20 0.29 0.46 0.23 0.54 1.49 0.88 0.72
C2' 0.30 0.38 0.30 0.24 0.27 0.29 0.17 0.41 0.19 0.14 0.30 0.39 0.14 0.15 0.21 0.19 0.59 0.26 0.44 1.45 1.11 0.85
C3' 0.16 0.33 0.19 0.26 0.18 0.28 0.11 0.52 0.14 0.17 0.25 0.31 0.12 0.17 0.10 0.23 0.68 0.14 0.46 1.22 1.13 0.79
C4 0.17 0.48 0.20 0.14 0.25 0.16 0.15 0.32 0.22 0.24 0.38 0.44 0.16 0.22 0.14 0.39 0.69 0.16 0.51 1.20 0.74 0.52
C4' 0.16 0.34 0.21 0.33 0.17 0.31 0.10 0.58 0.13 0.19 0.25 0.33 0.11 0.18 0.09 0.26 0.71 0.16 0.48 0.94 1.10 0.71
C5 0.13 0.45 0.19 0.19 0.20 0.20 0.13 0.36 0.18 0.28 0.34 0.41 0.14 0.24 0.12 0.35 0.86 0.21 0.44 1.03 0.60 0.47
C5' 0.12 0.34 0.17 0.36 0.16 0.35 0.13 0.66 0.15 0.26 0.26 0.31 0.14 0.23 0.13 0.42 0.80 0.26 0.48 0.75 1.01 0.63
C6 0.16 0.40 0.19 0.22 0.20 0.22 0.11 0.42 0.16 0.26 0.30 0.39 0.12 0.23 0.11 0.29 0.83 0.18 0.43 1.05 0.62 0.53
N1 0.26 0.39 0.23 0.16 0.24 0.19 0.12 0.41 0.16 0.18 0.29 0.39 0.11 0.18 0.15 0.24 0.61 0.18 0.47 1.29 0.76 0.67
N3 0.24 0.43 0.21 0.15 0.28 0.15 0.17 0.33 0.22 0.19 0.34 0.41 0.14 0.19 0.19 0.36 0.51 0.18 0.55 1.40 0.86 0.63
O2 0.32 0.35 0.26 0.21 0.27 0.21 0.17 0.37 0.18 0.14 0.27 0.36 0.13 0.15 0.24 0.29 0.33 0.30 0.57 1.66 1.02 0.83
O2' 0.39 0.40 0.40 0.28 0.33 0.35 0.23 0.35 0.24 0.19 0.32 0.42 0.18 0.18 0.30 0.20 0.50 0.38 0.48 1.49 1.33 0.93
O3' 0.18 0.33 0.22 0.30 0.19 0.30 0.12 0.49 0.16 0.14 0.26 0.32 0.13 0.16 0.12 0.23 0.69 0.15 0.49 1.24 1.31 0.84
O4 0.17 0.54 0.23 0.16 0.26 0.16 0.20 0.28 0.28 0.23 0.45 0.44 0.22 0.23 0.16 0.46 0.71 0.17 0.51 1.18 0.78 0.49
O4' 0.20 0.34 0.23 0.28 0.18 0.29 0.10 0.59 0.13 0.20 0.24 0.34 0.11 0.20 0.10 0.21 0.67 0.17 0.46 0.94 0.91 0.68
O5' 0.29 0.30 0.28 0.21 0.21 0.38 0.23 0.72 0.20 0.41 0.25 0.25 0.21 0.35 0.29 0.63 0.70 0.45 0.57 0.82 0.92 0.68
OP1 0.61 0.26 0.66 0.28 0.36 0.61 0.37 0.90 0.27 0.63 0.24 0.28 0.27 0.52 0.53 1.14 0.48 0.75 0.71 0.61 0.84 0.70
OP2 0.30 1.01 0.27 0.54 0.65 0.39 0.62 0.53 0.80 0.28 0.98 0.87 0.78 0.41 0.40 0.36 1.20 0.30 0.32 0.83 0.68 0.48
P 0.16 0.45 0.18 0.32 0.19 0.35 0.17 0.61 0.26 0.24 0.40 0.36 0.24 0.18 0.14 0.59 0.96 0.37 0.42 0.66 0.73 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.25 0.66 0.36 0.26
C2 0.03 0.00 0.18 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.45 0.33 0.08 0.43 0.76 0.85 0.27
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.21 0.10 0.08 0.14 0.17 0.08 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.53 0.59 0.71 0.53
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.26 0.00 0.39 0.03 0.38 0.44 0.28 0.13 0.45 0.48 0.27 0.01 0.01 0.02 0.36 0.63 0.56 0.41
C4 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.16 0.04 0.44 0.86 0.75 0.26
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.16 0.23 0.10 0.05 0.20 0.24 0.12 0.30 0.03 0.01 0.01 0.20 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.39 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.11 0.04 0.58 1.03 0.96 0.39
C5' 0.06 0.09 0.21 0.03 0.12 0.01 0.22 0.00 0.22 0.27 0.15 0.07 0.27 0.30 0.12 0.10 0.21 0.02 0.01 0.16 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.43 0.10 0.05 0.60 1.01 1.08 0.42
C8 0.02 0.01 0.08 0.44 0.00 0.23 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.22 0.07 0.57 1.15 0.74 0.38
N1 0.02 0.00 0.14 0.28 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.46 0.18 0.07 0.53 0.88 1.01 0.35
N3 0.03 0.01 0.17 0.13 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.38 0.08 0.37 0.73 0.71 0.23
N6 0.02 0.01 0.08 0.45 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.44 0.18 0.05 0.68 1.11 1.22 0.52
N7 0.01 0.01 0.05 0.48 0.01 0.24 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.26 0.06 0.66 1.21 1.01 0.49
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.09 0.02 0.40 0.87 0.58 0.24
O2' 0.02 0.45 0.00 0.01 0.35 0.30 0.38 0.10 0.43 0.25 0.46 0.40 0.44 0.33 0.22 0.00 0.06 0.22 0.52 0.61 0.86 0.56
O3' 0.35 0.33 0.04 0.01 0.16 0.03 0.11 0.21 0.10 0.22 0.18 0.38 0.18 0.26 0.09 0.06 0.00 0.24 0.36 0.90 0.62 0.57
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.06 0.02 0.22 0.24 0.00 0.07 0.76 0.19 0.32
O5' 0.25 0.43 0.53 0.36 0.44 0.01 0.58 0.01 0.60 0.57 0.53 0.37 0.68 0.66 0.40 0.52 0.36 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.66 0.76 0.59 0.63 0.86 0.20 1.03 0.16 1.01 1.15 0.88 0.73 1.11 1.21 0.87 0.61 0.90 0.76 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.85 0.71 0.56 0.75 0.17 0.96 0.33 1.08 0.74 1.01 0.71 1.22 1.01 0.58 0.86 0.62 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.27 0.53 0.41 0.26 0.08 0.39 0.02 0.42 0.38 0.35 0.23 0.52 0.49 0.24 0.56 0.57 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00