ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 8, 14, 9, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.006 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.026, 0.056, 0.085, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.056 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.056, 0.153, 0.250, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.153 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.043, 0.143, 0.243, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.143 std_dev=0.100
C4 B 0, 0.139, 0.250, 0.360, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.250 std_dev=0.110
N9 B 0, 0.159, 0.284, 0.410, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.284 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.178, 0.309, 0.440, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.309 std_dev=0.131
C5 B 0, 0.186, 0.338, 0.490, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.338 std_dev=0.152
O2' A 0, -0.012, 0.160, 0.331, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.160 std_dev=0.172
C3' A 0, 0.139, 0.315, 0.491, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.315 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.133, 0.309, 0.486, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.309 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.182, 0.363, 0.544, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.363 std_dev=0.181
C8 B 0, 0.183, 0.364, 0.545, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.364 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.176, 0.369, 0.562, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.369 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.216, 0.425, 0.634, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.425 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.199, 0.414, 0.629, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.414 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.194, 0.411, 0.628, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.411 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.218, 0.473, 0.729, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.473 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.150, 0.414, 0.678, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.414 std_dev=0.264
C3' B 0, 0.227, 0.498, 0.769, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.498 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.208, 0.496, 0.784, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.496 std_dev=0.288
N6 B 0, 0.254, 0.575, 0.897, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.575 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.105, 0.479, 0.852, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.479 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.163, 0.540, 0.917, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.540 std_dev=0.377
O2' B 0, 0.264, 0.660, 1.057, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.660 std_dev=0.397
O5' B 0, 0.237, 0.642, 1.047, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.642 std_dev=0.405
O3' B 0, 0.220, 0.665, 1.109, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.665 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.200, 0.659, 1.119, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.659 std_dev=0.460
O5' A 0, 0.094, 0.622, 1.149, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.622 std_dev=0.528
P A 0, 0.139, 0.764, 1.390, 3.541 max_d=3.541 avg_d=0.764 std_dev=0.626
OP1 A 0, 0.238, 0.962, 1.686, 4.232 max_d=4.232 avg_d=0.962 std_dev=0.724
P B 0, 0.068, 0.957, 1.846, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.957 std_dev=0.889
OP2 A 0, -0.004, 0.951, 1.905, 5.312 max_d=5.312 avg_d=0.951 std_dev=0.955
OP2 B 0, -0.055, 1.575, 3.206, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.575 std_dev=1.631
OP1 B 0, 0.013, 1.778, 3.542, 4.965 max_d=4.965 avg_d=1.778 std_dev=1.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.13 0.24 0.19
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.23 0.21 0.54 0.35
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.10 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.16 0.21 0.18
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.09 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.20 0.22 0.15 0.18
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.32 0.33 0.80 0.50
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.09 0.00 0.01 0.12 0.11 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.31 0.34 0.76 0.49
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.06 0.03 0.03 0.17 0.01 0.01 0.19 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.26 0.27 0.59 0.40
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.20 0.20 0.47 0.32
N3 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.01 0.29 0.27 0.69 0.43
O2 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.03 0.20 0.16 0.47 0.30
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.08 0.14 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.11 0.05 0.10 0.12 0.05 0.00 0.13 0.02 0.19 0.22 0.15 0.13
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.03 0.34 0.37 0.88 0.54
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.14 0.15 0.14
O5' 0.10 0.23 0.15 0.20 0.32 0.01 0.31 0.01 0.26 0.20 0.29 0.20 0.06 0.19 0.34 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.21 0.16 0.22 0.33 0.12 0.34 0.19 0.27 0.20 0.27 0.16 0.08 0.22 0.37 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.54 0.21 0.15 0.80 0.11 0.76 0.14 0.59 0.47 0.69 0.47 0.14 0.15 0.88 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.35 0.18 0.18 0.50 0.05 0.49 0.02 0.40 0.32 0.43 0.30 0.09 0.13 0.54 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.18 0.18 0.24 0.11 0.22 0.19 0.34 0.21 0.23 0.16 0.19 0.29 0.29 0.10 0.25 0.47 0.19 0.43 1.35 1.13 0.89
C2 0.18 0.19 0.15 0.18 0.10 0.17 0.17 0.24 0.20 0.20 0.18 0.19 0.27 0.26 0.09 0.24 0.37 0.18 0.31 1.52 0.68 0.77
C2' 0.22 0.20 0.20 0.25 0.13 0.24 0.18 0.31 0.21 0.19 0.19 0.20 0.29 0.25 0.12 0.25 0.47 0.21 0.39 1.53 1.33 0.98
C3' 0.15 0.21 0.12 0.17 0.13 0.17 0.19 0.40 0.21 0.22 0.20 0.20 0.29 0.27 0.11 0.25 0.41 0.14 0.48 1.33 1.44 0.97
C4 0.12 0.18 0.15 0.13 0.09 0.19 0.15 0.28 0.14 0.20 0.13 0.17 0.18 0.22 0.12 0.32 0.33 0.23 0.31 1.19 0.45 0.59
C4' 0.12 0.17 0.11 0.15 0.12 0.20 0.21 0.52 0.21 0.28 0.16 0.16 0.28 0.32 0.13 0.23 0.39 0.17 0.58 1.07 1.47 0.93
C5 0.16 0.20 0.18 0.19 0.11 0.27 0.14 0.37 0.13 0.22 0.14 0.19 0.17 0.22 0.15 0.39 0.41 0.31 0.37 1.03 0.56 0.60
C5' 0.18 0.21 0.16 0.17 0.18 0.33 0.25 0.64 0.24 0.34 0.20 0.19 0.29 0.35 0.22 0.31 0.31 0.30 0.66 0.88 1.43 0.89
C6 0.17 0.19 0.18 0.21 0.12 0.26 0.16 0.40 0.14 0.24 0.14 0.20 0.19 0.25 0.14 0.36 0.44 0.29 0.41 1.06 0.74 0.68
N1 0.17 0.18 0.16 0.19 0.11 0.19 0.17 0.32 0.18 0.23 0.15 0.19 0.24 0.27 0.10 0.28 0.42 0.19 0.38 1.32 0.84 0.78
N3 0.14 0.19 0.13 0.13 0.09 0.14 0.16 0.23 0.17 0.21 0.16 0.18 0.23 0.25 0.11 0.25 0.32 0.16 0.29 1.41 0.50 0.67
O2 0.23 0.20 0.19 0.23 0.12 0.25 0.19 0.25 0.25 0.19 0.23 0.19 0.34 0.26 0.13 0.22 0.37 0.26 0.30 1.72 0.72 0.83
O2' 0.28 0.19 0.28 0.33 0.14 0.35 0.19 0.30 0.22 0.20 0.19 0.20 0.32 0.27 0.16 0.27 0.52 0.31 0.36 1.60 1.50 1.03
O3' 0.17 0.22 0.14 0.19 0.13 0.17 0.18 0.37 0.22 0.20 0.21 0.21 0.30 0.26 0.10 0.25 0.42 0.13 0.47 1.36 1.60 1.01
O4 0.13 0.16 0.16 0.14 0.11 0.20 0.17 0.27 0.16 0.20 0.13 0.15 0.21 0.22 0.14 0.32 0.31 0.24 0.29 1.15 0.36 0.54
O4' 0.12 0.15 0.11 0.16 0.11 0.21 0.22 0.51 0.20 0.31 0.14 0.15 0.28 0.33 0.14 0.23 0.42 0.19 0.56 1.03 1.24 0.87
O5' 0.21 0.26 0.26 0.31 0.18 0.47 0.22 0.77 0.21 0.34 0.23 0.23 0.24 0.32 0.22 0.40 0.31 0.37 0.75 0.97 1.31 0.95
OP1 0.27 0.26 0.38 0.48 0.16 0.64 0.20 0.92 0.18 0.38 0.22 0.20 0.21 0.33 0.25 0.46 0.40 0.47 0.87 0.86 1.30 0.95
OP2 0.31 0.77 0.20 0.20 0.52 0.41 0.51 0.68 0.61 0.35 0.73 0.67 0.60 0.41 0.38 0.42 0.31 0.39 0.61 0.83 1.00 0.79
P 0.18 0.45 0.16 0.25 0.27 0.46 0.26 0.74 0.32 0.27 0.40 0.38 0.32 0.27 0.21 0.35 0.28 0.38 0.67 0.76 1.11 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.00 0.09 0.53 0.29 0.19
C2 0.03 0.00 0.14 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.08 0.17 0.84 0.59 0.26
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.11 0.06 0.09 0.10 0.14 0.05 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.20 0.53 0.53 0.29
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.06 0.11 0.07 0.08 0.08 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.72 0.30 0.30
C4 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.04 0.19 0.90 0.51 0.29
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.28 0.15 0.10
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.26 1.14 0.58 0.38
C5' 0.04 0.08 0.11 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.17 0.11 0.07 0.17 0.18 0.10 0.05 0.08 0.01 0.01 0.14 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.27 1.15 0.64 0.38
C8 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.09 0.06 0.28 1.19 0.46 0.43
N1 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.06 0.22 1.01 0.64 0.32
N3 0.03 0.00 0.14 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.08 0.14 0.75 0.52 0.24
N6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.02 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.11 0.04 0.31 1.29 0.67 0.44
N7 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.08 0.04 0.31 1.32 0.56 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.18 0.86 0.42 0.29
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.13 0.07 0.13 0.05 0.15 0.15 0.19 0.22 0.16 0.15 0.08 0.00 0.07 0.05 0.21 0.66 0.70 0.36
O3' 0.16 0.23 0.04 0.01 0.16 0.02 0.11 0.08 0.14 0.09 0.19 0.23 0.11 0.08 0.11 0.07 0.00 0.12 0.10 0.81 0.28 0.32
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.05 0.12 0.00 0.12 0.57 0.23 0.27
O5' 0.09 0.17 0.20 0.09 0.19 0.02 0.26 0.01 0.27 0.28 0.22 0.14 0.31 0.31 0.18 0.21 0.10 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.84 0.53 0.72 0.90 0.28 1.14 0.14 1.15 1.19 1.01 0.75 1.29 1.32 0.86 0.66 0.81 0.57 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.59 0.53 0.30 0.51 0.15 0.58 0.37 0.64 0.46 0.64 0.52 0.67 0.56 0.42 0.70 0.28 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.26 0.29 0.30 0.29 0.10 0.38 0.02 0.38 0.43 0.32 0.24 0.44 0.47 0.29 0.36 0.32 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00