ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54534

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 3, 3, 6, 5, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.018, 0.071, 0.124, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.071 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.066, 0.158, 0.251, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.158 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.057, 0.154, 0.250, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.154 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.068, 0.170, 0.273, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.170 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.085, 0.245, 0.405, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.245 std_dev=0.160
O2' A 0, 0.112, 0.286, 0.460, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.286 std_dev=0.174
N7 B 0, 0.155, 0.363, 0.571, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.363 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.197, 0.406, 0.614, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.406 std_dev=0.209
C8 B 0, 0.166, 0.375, 0.584, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.375 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.148, 0.359, 0.569, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.359 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.185, 0.400, 0.615, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.400 std_dev=0.215
N6 B 0, 0.164, 0.379, 0.594, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.379 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.152, 0.372, 0.592, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.372 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.253, 0.484, 0.715, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.484 std_dev=0.231
O3' A 0, -0.006, 0.229, 0.464, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.229 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.230, 0.467, 0.704, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.467 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.179, 0.419, 0.660, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.419 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.189, 0.431, 0.673, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.431 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.242, 0.490, 0.738, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.490 std_dev=0.248
C5' B 0, 0.297, 0.565, 0.832, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.565 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.152, 0.434, 0.716, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.434 std_dev=0.282
O5' B 0, 0.333, 0.629, 0.926, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.629 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.254, 0.552, 0.850, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.552 std_dev=0.298
P B 0, 0.303, 0.606, 0.909, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.606 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.324, 0.633, 0.941, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.633 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.321, 0.666, 1.011, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.666 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.356, 0.710, 1.063, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.710 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.360, 0.775, 1.190, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.775 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.142, 0.613, 1.084, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.613 std_dev=0.471
P A 0, 0.203, 0.692, 1.181, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.692 std_dev=0.489
OP2 A 0, 0.261, 0.835, 1.409, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.835 std_dev=0.574
OP1 A 0, 0.306, 0.881, 1.456, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.881 std_dev=0.575
OP2 B 0, 0.351, 1.118, 1.884, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.118 std_dev=0.766
OP1 B 0, 0.110, 1.008, 1.906, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.008 std_dev=0.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.36 0.37 0.26 0.22
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.02 0.47 0.48 0.29 0.32
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.03 0.06 0.08 0.00 0.04 0.06 0.01 0.33 0.24 0.23 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.23 0.10
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.52 0.59 0.38 0.43
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.12 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.51 0.61 0.41 0.44
C5' 0.07 0.15 0.08 0.01 0.22 0.01 0.23 0.00 0.20 0.14 0.18 0.12 0.07 0.02 0.23 0.02 0.01 0.11 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.50 0.57 0.39 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.47 0.48 0.32 0.32
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.02 0.51 0.53 0.33 0.37
O2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.03 0.43 0.42 0.25 0.27
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.11 0.00 0.05 0.11 0.01 0.31 0.23 0.23 0.14
O3' 0.10 0.11 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.15 0.05 0.00 0.06 0.10 0.09 0.10 0.29 0.15
O4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.03 0.54 0.62 0.41 0.46
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.03 0.00 0.28 0.36 0.29 0.20
O5' 0.36 0.47 0.33 0.09 0.52 0.01 0.51 0.01 0.50 0.47 0.51 0.43 0.31 0.09 0.54 0.28 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.37 0.48 0.24 0.10 0.59 0.12 0.61 0.11 0.57 0.48 0.53 0.42 0.23 0.10 0.62 0.36 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.29 0.23 0.23 0.38 0.19 0.41 0.28 0.39 0.32 0.33 0.25 0.23 0.29 0.41 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.32 0.15 0.10 0.43 0.04 0.44 0.02 0.39 0.32 0.37 0.27 0.14 0.15 0.46 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.15 0.13 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.08 0.12 0.09 0.12 0.17 0.20 0.66 0.11
C2 0.11 0.21 0.11 0.12 0.14 0.13 0.11 0.15 0.16 0.10 0.21 0.18 0.14 0.08 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.21 0.56 0.10
C2' 0.10 0.16 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.16 0.11 0.12 0.14 0.14 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.12 0.17 0.29 0.85 0.10
C3' 0.15 0.18 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.21 0.14 0.19 0.16 0.16 0.15 0.19 0.15 0.16 0.16 0.16 0.21 0.50 0.83 0.17
C4 0.13 0.22 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.20 0.18 0.11 0.12 0.13 0.15 0.12 0.15 0.17 0.25 0.42 0.13
C4' 0.20 0.18 0.20 0.23 0.14 0.26 0.16 0.30 0.15 0.27 0.16 0.16 0.15 0.24 0.20 0.20 0.22 0.26 0.31 0.56 0.56 0.28
C5 0.14 0.18 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.15 0.09 0.14 0.14 0.15 0.11 0.13 0.13 0.17 0.12 0.16 0.19 0.19 0.40 0.16
C5' 0.32 0.16 0.33 0.36 0.11 0.41 0.11 0.41 0.11 0.27 0.16 0.11 0.11 0.19 0.23 0.36 0.37 0.39 0.40 0.62 0.48 0.34
C6 0.13 0.16 0.13 0.12 0.09 0.15 0.08 0.16 0.08 0.14 0.13 0.13 0.11 0.13 0.12 0.16 0.12 0.16 0.20 0.17 0.46 0.16
N1 0.11 0.18 0.10 0.09 0.09 0.13 0.05 0.15 0.10 0.10 0.16 0.15 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.14 0.17 0.16 0.55 0.12
N3 0.13 0.23 0.12 0.13 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.12 0.23 0.19 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.15 0.27 0.48 0.11
O2 0.13 0.22 0.13 0.15 0.16 0.14 0.15 0.16 0.20 0.11 0.23 0.19 0.20 0.11 0.13 0.12 0.15 0.14 0.15 0.24 0.63 0.10
O2' 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.16 0.11 0.19 0.12 0.13 0.15 0.15 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.15 0.22 0.24 1.01 0.17
O3' 0.27 0.29 0.27 0.26 0.29 0.26 0.29 0.27 0.28 0.31 0.28 0.30 0.29 0.32 0.28 0.26 0.26 0.26 0.28 0.55 0.99 0.28
O4 0.15 0.25 0.14 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.18 0.15 0.24 0.21 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.31 0.39 0.13
O4' 0.11 0.18 0.11 0.11 0.12 0.14 0.14 0.18 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.18 0.11 0.13 0.11 0.14 0.21 0.28 0.55 0.17
O5' 0.26 0.36 0.25 0.23 0.36 0.19 0.43 0.20 0.46 0.39 0.42 0.32 0.50 0.45 0.34 0.22 0.19 0.21 0.26 0.52 0.62 0.21
OP1 0.57 0.63 0.61 0.56 0.62 0.47 0.63 0.43 0.65 0.58 0.65 0.61 0.65 0.60 0.59 0.60 0.54 0.48 0.50 0.65 0.44 0.43
OP2 0.52 0.43 0.57 0.52 0.45 0.46 0.43 0.40 0.41 0.45 0.41 0.46 0.39 0.43 0.48 0.63 0.53 0.47 0.39 0.69 0.63 0.28
P 0.38 0.37 0.41 0.37 0.38 0.31 0.39 0.28 0.40 0.38 0.39 0.37 0.41 0.39 0.38 0.43 0.36 0.32 0.31 0.53 0.62 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.12 0.29 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02 0.16 0.27 0.16 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.10 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.13 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.14 0.22 0.19 0.16
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.23 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.14 0.31 0.21 0.16
C5' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.36 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.14 0.37 0.19 0.17
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.12 0.20 0.34 0.12
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.15 0.34 0.17 0.18
N3 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.16 0.20 0.15 0.17
N6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.13 0.45 0.21 0.17
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.32 0.29 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.15 0.26 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.09 0.16 0.05
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.05 0.06 0.00 0.02 0.09 0.14 0.27 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.25 0.44 0.11
O5' 0.10 0.16 0.06 0.06 0.14 0.02 0.14 0.01 0.14 0.12 0.15 0.16 0.13 0.13 0.12 0.05 0.09 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.27 0.09 0.09 0.22 0.23 0.31 0.36 0.37 0.20 0.34 0.20 0.45 0.32 0.15 0.09 0.14 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.16 0.10 0.13 0.19 0.22 0.21 0.20 0.19 0.34 0.17 0.15 0.21 0.29 0.26 0.16 0.27 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.18 0.06 0.06 0.16 0.03 0.16 0.01 0.17 0.12 0.18 0.17 0.17 0.15 0.13 0.05 0.09 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00