ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54535

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 3, 3, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.039 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.025, 0.072, 0.118, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.072 std_dev=0.046
O4' A 0, -0.007, 0.104, 0.215, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.104 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.008, 0.121, 0.234, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.121 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.008, 0.156, 0.303, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.156 std_dev=0.147
O3' A 0, 0.040, 0.190, 0.339, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.190 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.015, 0.141, 0.297, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.141 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.055, 0.223, 0.391, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.223 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.022, 0.273, 0.523, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.273 std_dev=0.251
OP1 A 0, 0.180, 0.447, 0.715, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.447 std_dev=0.268
P A 0, 0.151, 0.426, 0.700, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.426 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.043, 0.318, 0.594, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.318 std_dev=0.276
C2 B 0, 0.251, 0.531, 0.812, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.531 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.209, 0.490, 0.771, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.490 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.185, 0.473, 0.761, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.473 std_dev=0.288
N6 B 0, 0.208, 0.498, 0.787, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.498 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.230, 0.520, 0.810, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.520 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.144, 0.441, 0.738, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.441 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.140, 0.443, 0.746, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.443 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.164, 0.469, 0.775, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.469 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.158, 0.471, 0.784, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.471 std_dev=0.313
C8 B 0, 0.145, 0.486, 0.828, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.486 std_dev=0.342
N9 B 0, 0.110, 0.454, 0.798, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.454 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.102, 0.486, 0.870, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.486 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.124, 0.511, 0.898, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.511 std_dev=0.387
C3' B 0, 0.163, 0.583, 1.004, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.583 std_dev=0.421
O2' B 0, 0.098, 0.528, 0.957, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.528 std_dev=0.429
O4' B 0, 0.186, 0.631, 1.076, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.631 std_dev=0.445
C4' B 0, 0.220, 0.685, 1.150, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.685 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.197, 0.663, 1.128, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.663 std_dev=0.466
C5' B 0, 0.266, 0.737, 1.208, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.737 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.271, 0.757, 1.243, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.757 std_dev=0.486
OP2 B 0, 0.388, 0.891, 1.394, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.891 std_dev=0.503
P B 0, 0.363, 0.879, 1.395, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.879 std_dev=0.516
OP1 B 0, 0.396, 0.916, 1.435, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.916 std_dev=0.520

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.12 0.11 0.06 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.00 0.03 0.17 0.16 0.10 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.18 0.17 0.10 0.15
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.06 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.16 0.13 0.07 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.12 0.10 0.05 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.05 0.15 0.14 0.09 0.12
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.09 0.10 0.07 0.08
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.10 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.11 0.12 0.00 0.06 0.12 0.03 0.07 0.09 0.07 0.11
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.12 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09
O4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.04 0.18 0.18 0.12 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.11 0.10 0.06
O5' 0.06 0.12 0.05 0.04 0.17 0.02 0.18 0.01 0.16 0.12 0.15 0.09 0.07 0.04 0.18 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.11 0.04 0.05 0.16 0.05 0.17 0.04 0.13 0.10 0.14 0.10 0.09 0.06 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.05 0.06 0.10 0.04 0.10 0.04 0.07 0.05 0.09 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.08 0.08 0.14 0.03 0.15 0.02 0.12 0.09 0.12 0.08 0.11 0.09 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.14 0.13 0.17 0.14 0.20 0.15 0.19 0.23 0.15 0.13 0.21 0.23 0.19 0.14 0.13 0.16 0.11 0.12 0.17 0.12
C2 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.13 0.08 0.12 0.15 0.10 0.10 0.15 0.18 0.09 0.12 0.13 0.08 0.11 0.12 0.11 0.10
C2' 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.19 0.21 0.20 0.20 0.21 0.18 0.17 0.22 0.22 0.19 0.18 0.20 0.19 0.17 0.16 0.22 0.18
C3' 0.27 0.24 0.27 0.29 0.26 0.29 0.26 0.31 0.25 0.26 0.23 0.25 0.25 0.26 0.26 0.26 0.29 0.28 0.27 0.25 0.31 0.27
C4 0.15 0.15 0.17 0.16 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.17 0.12 0.13 0.15 0.17 0.17 0.15 0.15 0.14 0.11 0.12
C4' 0.32 0.27 0.32 0.33 0.32 0.34 0.30 0.35 0.28 0.31 0.26 0.30 0.27 0.30 0.32 0.29 0.31 0.34 0.29 0.25 0.33 0.29
C5 0.14 0.18 0.15 0.16 0.17 0.14 0.16 0.12 0.16 0.13 0.16 0.18 0.17 0.15 0.14 0.14 0.17 0.15 0.15 0.15 0.13 0.13
C5' 0.36 0.36 0.34 0.37 0.37 0.39 0.35 0.41 0.34 0.34 0.34 0.38 0.32 0.34 0.36 0.31 0.34 0.38 0.35 0.32 0.40 0.36
C6 0.10 0.15 0.12 0.14 0.14 0.12 0.15 0.10 0.16 0.13 0.14 0.15 0.18 0.17 0.11 0.12 0.15 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12
N1 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.15 0.08 0.15 0.16 0.12 0.11 0.18 0.20 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09
N3 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11 0.17 0.16 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11
O2 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.13 0.19 0.11 0.11 0.15 0.20 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12
O2' 0.17 0.15 0.18 0.19 0.16 0.18 0.18 0.19 0.18 0.18 0.16 0.15 0.21 0.20 0.17 0.20 0.20 0.17 0.17 0.16 0.21 0.17
O3' 0.29 0.23 0.30 0.31 0.26 0.31 0.26 0.32 0.24 0.27 0.23 0.25 0.24 0.26 0.28 0.30 0.32 0.30 0.28 0.25 0.31 0.27
O4 0.18 0.17 0.19 0.18 0.18 0.17 0.16 0.14 0.14 0.17 0.15 0.18 0.13 0.16 0.18 0.19 0.18 0.17 0.16 0.15 0.12 0.14
O4' 0.28 0.18 0.26 0.23 0.27 0.25 0.27 0.24 0.24 0.30 0.20 0.21 0.25 0.29 0.29 0.25 0.22 0.27 0.17 0.15 0.23 0.18
O5' 0.34 0.37 0.32 0.35 0.37 0.37 0.37 0.39 0.37 0.35 0.36 0.37 0.35 0.36 0.36 0.29 0.31 0.37 0.33 0.31 0.40 0.34
OP1 0.20 0.24 0.20 0.22 0.21 0.23 0.21 0.25 0.21 0.19 0.23 0.23 0.21 0.19 0.20 0.20 0.21 0.21 0.22 0.22 0.27 0.23
OP2 0.25 0.30 0.24 0.27 0.27 0.30 0.26 0.33 0.27 0.24 0.30 0.29 0.27 0.24 0.25 0.23 0.26 0.27 0.29 0.30 0.35 0.31
P 0.26 0.29 0.26 0.29 0.27 0.30 0.26 0.33 0.26 0.24 0.28 0.29 0.25 0.24 0.26 0.25 0.28 0.28 0.29 0.29 0.34 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.10 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.11 0.08
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.07 0.12 0.08
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.09 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.11 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.08 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.06 0.08
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
O5' 0.02 0.10 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.08 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.04 0.04 0.10 0.04 0.11 0.04 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.09 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.05 0.06 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00