ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.017, 0.028, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.019, 0.033, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.026, 0.044, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.029, 0.047, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.047 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.025, 0.049, 0.073, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.049 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.048, 0.082, 0.116, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.082 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.101, 0.169, 0.238, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.169 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.173, 0.292, 0.412, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.292 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.016, 0.136, 0.256, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.136 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.145, 0.333, 0.521, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.333 std_dev=0.188
C3' A 0, 0.128, 0.328, 0.527, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.328 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.297, 0.536, 0.775, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.536 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.179, 0.420, 0.661, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.420 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.217, 0.467, 0.717, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.467 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.404, 0.663, 0.922, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.663 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.417, 0.682, 0.946, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.682 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.096, 0.378, 0.659, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.378 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.197, 0.480, 0.762, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.480 std_dev=0.282
N6 B 0, 0.275, 0.614, 0.954, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.614 std_dev=0.339
O3' A 0, 0.193, 0.553, 0.912, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.553 std_dev=0.360
N7 B 0, 0.213, 0.601, 0.989, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.601 std_dev=0.388
N9 B 0, 0.203, 0.613, 1.024, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.613 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.427, 0.887, 1.347, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.887 std_dev=0.460
C8 B 0, 0.192, 0.662, 1.131, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.662 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.360, 0.878, 1.395, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.878 std_dev=0.518
C1' B 0, 0.311, 0.834, 1.357, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.834 std_dev=0.523
C4' B 0, 0.426, 0.996, 1.567, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.996 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.463, 1.055, 1.646, 1.853 max_d=1.853 avg_d=1.055 std_dev=0.591
O3' B 0, 0.480, 1.166, 1.851, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.166 std_dev=0.686
O5' B 0, 0.271, 1.003, 1.736, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.003 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.376, 1.145, 1.913, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.145 std_dev=0.768
O5' A 0, 0.403, 1.287, 2.170, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.287 std_dev=0.883
P B 0, 0.307, 1.207, 2.106, 3.677 max_d=3.677 avg_d=1.207 std_dev=0.900
OP2 B 0, 0.831, 1.754, 2.676, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.754 std_dev=0.922
OP1 A 0, 0.511, 1.434, 2.358, 3.174 max_d=3.174 avg_d=1.434 std_dev=0.924
O2' B 0, 0.353, 1.445, 2.537, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.445 std_dev=1.092
OP1 B 0, 0.621, 1.945, 3.270, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.945 std_dev=1.324
P A 0, 0.276, 1.630, 2.984, 3.701 max_d=3.701 avg_d=1.630 std_dev=1.354
OP2 A 0, 0.534, 2.764, 4.993, 5.986 max_d=5.986 avg_d=2.764 std_dev=2.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.17 0.02 0.00 0.50 0.43 0.65 0.50
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.20 0.02 0.03 0.70 0.57 1.10 0.79
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.09 0.02 0.10 0.08 0.10 0.04 0.07 0.11 0.01 0.06 0.09 0.03 0.46 0.54 0.66 0.45
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.08 0.03 0.05 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.53 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.04 0.90 0.77 1.56 1.10
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.26 0.18 0.08
C5 0.02 0.01 0.10 0.09 0.01 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.05 0.93 0.81 1.56 1.13
C5' 0.06 0.11 0.08 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.12 0.14 0.08 0.07 0.04 0.19 0.02 0.01 0.25 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.14 0.02 0.05 0.87 0.71 1.32 0.99
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.16 0.02 0.02 0.72 0.56 1.05 0.78
N3 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.19 0.01 0.03 0.81 0.66 1.35 0.95
O2 0.05 0.01 0.11 0.11 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.24 0.03 0.05 0.59 0.53 0.92 0.66
O2' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.11 0.02 0.11 0.07 0.10 0.04 0.10 0.17 0.00 0.05 0.11 0.03 0.40 0.65 0.69 0.45
O3' 0.17 0.20 0.06 0.01 0.17 0.04 0.15 0.04 0.14 0.16 0.19 0.24 0.05 0.00 0.17 0.13 0.17 0.57 0.39 0.29
O4 0.02 0.02 0.09 0.07 0.01 0.06 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.11 0.17 0.00 0.04 0.93 0.82 1.68 1.17
O4' 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.13 0.04 0.00 0.34 0.32 0.41 0.34
O5' 0.50 0.70 0.46 0.09 0.90 0.02 0.93 0.01 0.87 0.72 0.81 0.59 0.40 0.17 0.93 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.57 0.54 0.53 0.77 0.26 0.81 0.25 0.71 0.56 0.66 0.53 0.65 0.57 0.82 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.65 1.10 0.66 0.27 1.56 0.18 1.56 0.25 1.32 1.05 1.35 0.92 0.69 0.39 1.68 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.50 0.79 0.45 0.24 1.10 0.08 1.13 0.03 0.99 0.78 0.95 0.66 0.45 0.29 1.17 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.21 0.26 0.22 0.14 0.39 0.11 0.37 0.10 0.28 0.20 0.18 0.14 0.24 0.23 0.28 0.61 0.39 0.20 0.43 0.81 0.20
C2 0.20 0.24 0.18 0.18 0.15 0.29 0.21 0.30 0.19 0.27 0.20 0.19 0.27 0.30 0.20 0.27 0.61 0.31 0.22 0.44 0.76 0.15
C2' 0.23 0.21 0.26 0.25 0.12 0.42 0.10 0.41 0.11 0.25 0.19 0.16 0.13 0.21 0.19 0.20 0.62 0.37 0.17 0.45 0.89 0.31
C3' 0.25 0.23 0.33 0.27 0.14 0.46 0.14 0.46 0.20 0.23 0.24 0.19 0.25 0.19 0.19 0.21 0.56 0.39 0.19 0.48 0.94 0.37
C4 0.20 0.17 0.27 0.23 0.16 0.23 0.23 0.19 0.26 0.23 0.20 0.17 0.35 0.27 0.18 0.29 0.72 0.21 0.17 0.27 0.58 0.18
C4' 0.24 0.23 0.31 0.26 0.15 0.44 0.20 0.41 0.26 0.20 0.27 0.19 0.31 0.23 0.16 0.19 0.57 0.39 0.17 0.34 0.82 0.36
C5 0.23 0.16 0.31 0.26 0.19 0.23 0.23 0.17 0.23 0.25 0.18 0.17 0.28 0.27 0.21 0.35 0.76 0.19 0.15 0.20 0.54 0.23
C5' 0.19 0.26 0.27 0.36 0.22 0.46 0.28 0.43 0.29 0.34 0.28 0.23 0.32 0.34 0.23 0.18 0.66 0.30 0.30 0.32 0.69 0.54
C6 0.22 0.15 0.26 0.25 0.17 0.26 0.20 0.20 0.18 0.26 0.14 0.16 0.22 0.27 0.21 0.29 0.74 0.23 0.13 0.21 0.61 0.25
N1 0.21 0.19 0.20 0.21 0.13 0.31 0.16 0.28 0.12 0.26 0.15 0.16 0.18 0.26 0.19 0.24 0.66 0.30 0.17 0.35 0.72 0.19
N3 0.18 0.22 0.19 0.19 0.15 0.25 0.23 0.24 0.24 0.25 0.20 0.18 0.35 0.29 0.18 0.26 0.65 0.26 0.21 0.39 0.68 0.16
O2 0.22 0.29 0.19 0.15 0.18 0.31 0.23 0.35 0.21 0.31 0.27 0.22 0.28 0.33 0.22 0.33 0.54 0.34 0.27 0.56 0.86 0.15
O2' 0.25 0.23 0.28 0.23 0.16 0.42 0.17 0.44 0.17 0.29 0.23 0.19 0.18 0.26 0.23 0.25 0.58 0.38 0.23 0.55 0.98 0.27
O3' 0.37 0.30 0.46 0.27 0.28 0.49 0.31 0.51 0.34 0.37 0.34 0.27 0.39 0.35 0.33 0.41 0.48 0.46 0.29 0.64 1.07 0.30
O4 0.21 0.17 0.31 0.25 0.17 0.22 0.24 0.18 0.28 0.22 0.23 0.18 0.39 0.27 0.18 0.33 0.73 0.19 0.18 0.27 0.54 0.18
O4' 0.25 0.23 0.25 0.22 0.12 0.39 0.15 0.34 0.24 0.18 0.26 0.18 0.27 0.17 0.16 0.24 0.61 0.39 0.17 0.32 0.74 0.23
O5' 0.19 0.62 0.29 0.56 0.38 0.72 0.37 0.83 0.50 0.22 0.62 0.51 0.49 0.24 0.22 0.26 0.87 0.38 0.39 0.67 0.28 0.28
OP1 0.61 0.61 0.70 0.96 0.50 0.94 0.43 0.77 0.48 0.35 0.54 0.62 0.49 0.38 0.45 0.78 1.33 0.64 0.38 0.39 0.43 0.34
OP2 0.48 0.96 0.64 1.08 0.56 1.16 0.48 1.36 0.67 0.38 0.90 0.81 0.62 0.33 0.40 0.56 1.39 0.65 0.90 1.32 0.93 0.83
P 0.22 0.78 0.20 0.56 0.50 0.65 0.46 0.77 0.59 0.23 0.74 0.68 0.56 0.31 0.29 0.49 0.91 0.20 0.35 0.62 0.42 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.24 0.31 0.24 0.29
C2 0.02 0.00 0.19 0.17 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.46 0.11 0.31 0.40 0.48 0.27
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.22 0.10 0.09 0.15 0.18 0.09 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.55 0.61 0.83 0.78
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.20 0.01 0.31 0.02 0.29 0.38 0.23 0.14 0.35 0.40 0.22 0.04 0.01 0.02 0.23 0.57 0.70 0.36
C4 0.02 0.02 0.10 0.20 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.26 0.06 0.34 0.43 0.47 0.29
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.17 0.05 0.05 0.11 0.16 0.08 0.33 0.01 0.00 0.02 0.32 0.47 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.31 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.31 0.18 0.05 0.43 0.53 0.82 0.37
C5' 0.08 0.09 0.22 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.16 0.12 0.08 0.19 0.18 0.09 0.12 0.24 0.02 0.02 0.23 0.41 0.03
C6 0.03 0.01 0.10 0.29 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.22 0.08 0.43 0.56 0.91 0.40
C8 0.01 0.02 0.09 0.38 0.01 0.17 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.28 0.24 0.07 0.44 0.52 0.70 0.36
N1 0.02 0.00 0.15 0.23 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.28 0.34 0.10 0.37 0.48 0.73 0.34
N3 0.02 0.01 0.18 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.47 0.10 0.28 0.37 0.32 0.27
N6 0.04 0.01 0.09 0.35 0.02 0.11 0.02 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.35 0.22 0.08 0.50 0.66 1.15 0.49
N7 0.02 0.02 0.06 0.40 0.01 0.16 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.25 0.04 0.48 0.60 1.01 0.44
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.20 0.14 0.01 0.33 0.40 0.32 0.28
O2' 0.03 0.23 0.00 0.04 0.24 0.33 0.31 0.12 0.32 0.28 0.28 0.20 0.35 0.33 0.20 0.00 0.11 0.24 0.36 0.49 0.94 0.72
O3' 0.31 0.46 0.06 0.01 0.26 0.01 0.18 0.24 0.22 0.24 0.34 0.47 0.22 0.25 0.14 0.11 0.00 0.23 0.25 0.88 0.66 0.27
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.04 0.01 0.24 0.23 0.00 0.07 0.16 0.19 0.07
O5' 0.24 0.31 0.55 0.23 0.34 0.02 0.43 0.02 0.43 0.44 0.37 0.28 0.50 0.48 0.33 0.36 0.25 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.31 0.40 0.61 0.57 0.43 0.32 0.53 0.23 0.56 0.52 0.48 0.37 0.66 0.60 0.40 0.49 0.88 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.48 0.83 0.70 0.47 0.47 0.82 0.41 0.91 0.70 0.73 0.32 1.15 1.01 0.32 0.94 0.66 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.27 0.78 0.36 0.29 0.07 0.37 0.03 0.40 0.36 0.34 0.27 0.49 0.44 0.28 0.72 0.27 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00