ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.018, 0.042, 0.066, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.030, 0.076, 0.123, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.076 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.047, 0.135, 0.224, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.135 std_dev=0.088
N1 B 0, 0.222, 0.383, 0.544, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.383 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.220, 0.415, 0.610, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.415 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.235, 0.438, 0.642, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.438 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.278, 0.557, 0.835, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.557 std_dev=0.278
N6 B 0, 0.330, 0.612, 0.893, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.612 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.259, 0.564, 0.869, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.564 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.235, 0.598, 0.961, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.598 std_dev=0.363
N7 B 0, 0.378, 0.811, 1.243, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.811 std_dev=0.432
N9 B 0, 0.306, 0.835, 1.364, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.835 std_dev=0.529
C8 B 0, 0.428, 0.965, 1.502, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.965 std_dev=0.537
C1' B 0, 0.413, 1.097, 1.781, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.097 std_dev=0.684
C4' B 0, 0.587, 1.577, 2.567, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.577 std_dev=0.990
O4' B 0, 0.609, 1.681, 2.752, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.681 std_dev=1.072
C2' B 0, 0.574, 1.723, 2.872, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.723 std_dev=1.149
C3' B 0, 0.644, 1.836, 3.028, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.836 std_dev=1.192
O4' A 0, 0.681, 1.890, 3.099, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.890 std_dev=1.209
C2' A 0, 0.692, 1.997, 3.302, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.997 std_dev=1.305
O3' B 0, 0.713, 2.106, 3.498, 4.237 max_d=4.237 avg_d=2.106 std_dev=1.393
C4' A 0, 0.975, 2.637, 4.299, 3.769 max_d=3.769 avg_d=2.637 std_dev=1.662
C3' A 0, 0.960, 2.668, 4.375, 4.154 max_d=4.154 avg_d=2.668 std_dev=1.708
O2' B 0, 0.964, 2.806, 4.648, 5.113 max_d=5.113 avg_d=2.806 std_dev=1.842
O2' A 0, 0.954, 2.803, 4.652, 4.203 max_d=4.203 avg_d=2.803 std_dev=1.849
O3' A 0, 0.924, 2.790, 4.656, 5.581 max_d=5.581 avg_d=2.790 std_dev=1.866
C5' B 0, 1.253, 3.466, 5.678, 5.143 max_d=5.143 avg_d=3.466 std_dev=2.212
O5' B 0, 1.551, 4.195, 6.840, 6.151 max_d=6.151 avg_d=4.195 std_dev=2.645
C5' A 0, 1.702, 4.642, 7.581, 6.665 max_d=6.665 avg_d=4.642 std_dev=2.940
O5' A 0, 1.889, 5.161, 8.433, 7.773 max_d=7.773 avg_d=5.161 std_dev=3.272
P B 0, 2.197, 6.182, 10.166, 9.024 max_d=9.024 avg_d=6.182 std_dev=3.985
OP1 B 0, 2.586, 7.135, 11.684, 10.317 max_d=10.317 avg_d=7.135 std_dev=4.549
OP2 B 0, 2.515, 7.078, 11.641, 10.324 max_d=10.324 avg_d=7.078 std_dev=4.563
P A 0, 2.634, 7.286, 11.937, 10.939 max_d=10.939 avg_d=7.286 std_dev=4.651
OP1 A 0, 2.793, 7.729, 12.666, 11.720 max_d=11.720 avg_d=7.729 std_dev=4.937
OP2 A 0, 3.107, 8.492, 13.877, 12.451 max_d=12.451 avg_d=8.492 std_dev=5.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.11 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.28 0.01 0.00 0.21 0.40 0.15 0.22
C2 0.02 0.00 0.25 0.56 0.01 0.40 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.31 0.03 0.21 0.67 0.26 0.94 0.75
C2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.05 0.02 0.21 0.23 0.27 0.02 0.16 0.48 0.02 0.03 0.07 0.02 0.49 0.72 0.41 0.52
C3' 0.02 0.56 0.02 0.00 0.24 0.01 0.24 0.04 0.31 0.13 0.49 0.94 0.06 0.01 0.28 0.02 0.11 0.12 0.52 0.19
C4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.06 0.01 0.03 0.09 0.76 0.19 0.15
C4' 0.00 0.40 0.02 0.01 0.08 0.00 0.27 0.03 0.34 0.03 0.31 0.73 0.24 0.02 0.11 0.01 0.03 0.12 0.12 0.05
C5 0.03 0.02 0.21 0.24 0.01 0.27 0.00 0.49 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.25 0.02 0.17 0.68 1.50 0.75 0.85
C5' 0.11 0.53 0.23 0.04 0.07 0.03 0.49 0.00 0.59 0.12 0.42 1.02 0.03 0.21 0.07 0.03 0.01 0.28 0.16 0.01
C6 0.03 0.01 0.27 0.31 0.01 0.34 0.01 0.59 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.33 0.02 0.22 0.82 1.45 0.81 0.95
N1 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.01 0.01 0.19 0.58 0.19 0.22
N3 0.01 0.01 0.16 0.49 0.01 0.31 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.27 0.03 0.14 0.55 0.16 0.82 0.65
O2 0.04 0.01 0.48 0.94 0.02 0.73 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.63 0.04 0.37 1.31 0.98 1.73 1.49
O2' 0.03 0.17 0.02 0.06 0.35 0.24 0.35 0.03 0.28 0.18 0.27 0.10 0.00 0.11 0.39 0.16 0.39 0.74 0.35 0.48
O3' 0.28 0.31 0.03 0.01 0.06 0.02 0.25 0.21 0.33 0.11 0.27 0.63 0.11 0.00 0.11 0.18 0.20 0.36 0.90 0.39
O4 0.01 0.03 0.07 0.28 0.01 0.11 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.39 0.11 0.00 0.04 0.08 0.74 0.22 0.12
O4' 0.00 0.21 0.02 0.02 0.03 0.01 0.17 0.03 0.22 0.01 0.14 0.37 0.16 0.18 0.04 0.00 0.03 0.12 0.06 0.04
O5' 0.21 0.67 0.49 0.11 0.09 0.03 0.68 0.01 0.82 0.19 0.55 1.31 0.39 0.20 0.08 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.40 0.26 0.72 0.12 0.76 0.12 1.50 0.28 1.45 0.58 0.16 0.98 0.74 0.36 0.74 0.12 0.05 0.00 0.01 0.02
OP2 0.15 0.94 0.41 0.52 0.19 0.12 0.75 0.16 0.81 0.19 0.82 1.73 0.35 0.90 0.22 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03
P 0.22 0.75 0.52 0.19 0.15 0.05 0.85 0.01 0.95 0.22 0.65 1.49 0.48 0.39 0.12 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.13 0.93 0.74 0.18 0.27 0.13 0.74 0.21 0.12 0.15 0.24 0.33 0.15 0.25 1.14 0.91 0.49 1.08 1.56 1.94 1.80
C2 0.55 0.10 0.68 0.53 0.22 0.09 0.06 0.53 0.21 0.27 0.16 0.24 0.41 0.06 0.37 0.83 0.63 0.10 1.20 1.77 2.30 1.95
C2' 0.77 0.32 0.35 0.41 0.61 1.26 0.64 1.80 0.49 0.86 0.35 0.44 0.50 0.78 0.78 0.43 0.27 1.52 2.11 2.44 2.85 2.76
C3' 0.43 0.34 0.14 0.08 0.16 0.96 0.30 1.66 0.09 0.73 0.23 0.20 0.18 0.63 0.46 0.43 0.41 1.17 1.99 2.57 3.03 2.90
C4 0.52 0.14 0.54 0.58 0.29 0.24 0.17 0.11 0.13 0.48 0.15 0.25 0.35 0.30 0.44 0.45 0.52 0.18 0.79 1.25 1.67 1.41
C4' 0.51 1.11 1.09 1.04 0.70 0.07 0.46 0.62 0.58 0.13 0.89 1.05 0.39 0.14 0.44 1.29 1.40 0.22 0.86 1.63 1.92 1.82
C5 0.45 0.14 0.65 0.73 0.28 0.25 0.18 0.09 0.09 0.42 0.14 0.24 0.31 0.30 0.39 0.53 0.65 0.10 0.57 0.95 1.31 1.15
C5' 0.75 1.92 1.17 1.25 1.21 0.36 0.98 0.24 1.24 0.39 1.70 1.70 1.02 0.48 0.77 1.27 1.59 0.15 0.54 1.47 1.72 1.58
C6 0.42 0.12 0.77 0.79 0.24 0.18 0.09 0.18 0.14 0.30 0.14 0.23 0.33 0.17 0.34 0.73 0.77 0.16 0.63 1.01 1.37 1.23
N1 0.46 0.10 0.80 0.70 0.20 0.12 0.04 0.46 0.20 0.21 0.16 0.23 0.37 0.05 0.32 0.89 0.76 0.22 0.96 1.43 1.86 1.65
N3 0.57 0.11 0.55 0.49 0.26 0.17 0.10 0.32 0.18 0.42 0.16 0.24 0.40 0.16 0.43 0.59 0.52 0.15 1.07 1.62 2.12 1.77
O2 0.57 0.10 0.65 0.41 0.19 0.13 0.10 0.78 0.23 0.18 0.15 0.23 0.42 0.13 0.33 0.97 0.61 0.11 1.51 2.19 2.81 2.35
O2' 1.29 0.98 0.83 1.05 1.11 1.97 0.94 2.49 0.83 1.00 0.86 1.13 0.72 0.88 1.18 0.82 0.89 2.19 2.57 2.82 2.99 3.07
O3' 0.62 0.18 0.21 0.41 0.30 1.34 0.39 2.20 0.18 0.82 0.09 0.08 0.24 0.70 0.60 0.43 0.31 1.42 2.45 3.14 3.32 3.41
O4 0.51 0.16 0.43 0.51 0.29 0.28 0.20 0.08 0.14 0.50 0.18 0.25 0.31 0.35 0.44 0.29 0.42 0.26 0.76 1.23 1.62 1.35
O4' 1.00 1.03 1.56 1.47 0.95 0.55 0.64 0.10 0.57 0.56 0.76 1.16 0.32 0.42 0.87 1.69 1.66 0.28 0.41 1.10 1.41 1.28
O5' 0.56 1.94 0.83 0.93 1.14 0.18 0.97 0.40 1.34 0.25 1.82 1.63 1.15 0.40 0.64 0.86 1.21 0.07 0.89 1.79 2.18 1.92
OP1 0.76 2.58 0.83 0.88 1.62 0.31 1.64 0.47 2.22 0.68 2.69 2.06 2.22 1.01 1.00 0.80 1.10 0.27 0.98 2.12 2.18 2.02
OP2 0.18 2.44 0.24 0.45 1.12 0.27 1.01 0.64 1.68 0.22 2.41 1.81 1.59 0.27 0.35 0.20 0.76 0.29 1.16 2.12 2.43 2.15
P 0.40 2.25 0.54 0.69 1.19 0.16 1.08 0.53 1.63 0.15 2.22 1.76 1.51 0.39 0.55 0.51 0.99 0.15 1.05 2.04 2.38 2.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.26 0.00 0.41 0.41 0.42 0.44
C2 0.04 0.00 0.46 0.92 0.00 0.52 0.00 0.97 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.55 0.05 0.81 0.93 0.94 0.72
C2' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.21 0.01 0.05 0.15 0.15 0.32 0.33 0.47 0.06 0.21 0.03 0.00 0.02 0.02 0.53 0.50 0.73 0.59
C3' 0.02 0.92 0.00 0.00 0.52 0.01 0.37 0.02 0.54 0.13 0.77 0.87 0.45 0.05 0.15 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.12 0.10
C4 0.03 0.00 0.21 0.52 0.00 0.29 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.08 0.10 0.11 0.10
C4' 0.01 0.52 0.01 0.01 0.29 0.00 0.21 0.00 0.31 0.08 0.44 0.49 0.25 0.05 0.08 0.24 0.04 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03
C5 0.03 0.00 0.05 0.37 0.01 0.21 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.31 0.06 0.02 0.18 0.25 0.35 0.38
C5' 0.03 0.97 0.15 0.02 0.49 0.00 0.37 0.00 0.57 0.16 0.83 0.86 0.48 0.08 0.11 0.06 0.17 0.01 0.00 0.26 0.36 0.01
C6 0.04 0.01 0.15 0.54 0.01 0.31 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.22 0.02 0.13 0.16 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.32 0.13 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.51 0.32 0.03 0.86 0.96 1.15 1.05
N1 0.04 0.01 0.33 0.77 0.01 0.44 0.01 0.83 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.43 0.04 0.56 0.66 0.64 0.44
N3 0.03 0.00 0.47 0.87 0.00 0.49 0.01 0.86 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.46 0.05 0.66 0.69 0.71 0.54
N6 0.04 0.01 0.06 0.45 0.02 0.25 0.02 0.48 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.36 0.15 0.01 0.08 0.15 0.24 0.28
N7 0.02 0.01 0.21 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.19 0.03 0.67 0.80 1.00 0.92
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.13 0.01 0.42 0.47 0.55 0.55
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.12 0.24 0.31 0.06 0.25 0.51 0.08 0.12 0.36 0.50 0.22 0.00 0.03 0.18 0.28 0.23 0.62 0.33
O3' 0.26 0.55 0.02 0.01 0.16 0.04 0.06 0.17 0.22 0.32 0.43 0.46 0.15 0.19 0.13 0.03 0.00 0.14 0.41 0.52 0.32 0.45
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.18 0.14 0.00 0.27 0.32 0.10 0.26
O5' 0.41 0.81 0.53 0.10 0.08 0.01 0.18 0.00 0.13 0.86 0.56 0.66 0.08 0.67 0.42 0.28 0.41 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.41 0.93 0.50 0.12 0.10 0.12 0.25 0.26 0.16 0.96 0.66 0.69 0.15 0.80 0.47 0.23 0.52 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.94 0.73 0.12 0.11 0.17 0.35 0.36 0.14 1.15 0.64 0.71 0.24 1.00 0.55 0.62 0.32 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.44 0.72 0.59 0.10 0.10 0.03 0.38 0.01 0.11 1.05 0.44 0.54 0.28 0.92 0.55 0.33 0.45 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00