ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.018, 0.056, 0.095, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.056 std_dev=0.039
C6 B 0, 0.135, 0.275, 0.416, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.275 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.124, 0.272, 0.419, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.272 std_dev=0.148
N7 B 0, 0.143, 0.322, 0.501, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.322 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.144, 0.338, 0.532, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.338 std_dev=0.194
N6 B 0, 0.100, 0.313, 0.525, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.313 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.003, 0.219, 0.436, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.219 std_dev=0.217
O5' A 0, 0.159, 0.396, 0.633, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.396 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.089, 0.340, 0.590, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.340 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.061, 0.343, 0.625, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.343 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.129, 0.414, 0.699, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.414 std_dev=0.285
C2' A 0, -0.001, 0.297, 0.595, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.297 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.051, 0.370, 0.688, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.370 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.116, 0.443, 0.771, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.443 std_dev=0.327
C5' A 0, 0.013, 0.343, 0.673, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.343 std_dev=0.330
P A 0, 0.210, 0.563, 0.915, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.563 std_dev=0.352
C4' A 0, -0.008, 0.373, 0.755, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.373 std_dev=0.382
OP1 A 0, 0.348, 0.753, 1.158, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.753 std_dev=0.405
OP2 A 0, 0.223, 0.642, 1.061, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.642 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.128, 0.609, 1.090, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.609 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.124, 0.628, 1.132, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.628 std_dev=0.504
C3' A 0, -0.014, 0.525, 1.064, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.525 std_dev=0.539
C2' B 0, 0.178, 0.780, 1.381, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.780 std_dev=0.602
O5' B 0, 0.177, 0.818, 1.459, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.818 std_dev=0.641
O2' B 0, 0.237, 0.896, 1.555, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.896 std_dev=0.659
C4' B 0, 0.158, 0.818, 1.478, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.818 std_dev=0.660
OP2 B 0, 0.248, 0.917, 1.586, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.917 std_dev=0.669
C5' B 0, 0.171, 0.850, 1.528, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.850 std_dev=0.678
P B 0, 0.231, 0.928, 1.624, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.928 std_dev=0.697
C3' B 0, 0.194, 0.919, 1.644, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.919 std_dev=0.725
O2' A 0, -0.021, 0.747, 1.515, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.747 std_dev=0.768
O3' B 0, 0.211, 1.004, 1.797, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.004 std_dev=0.793
OP1 B 0, 0.281, 1.081, 1.881, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.081 std_dev=0.800
O3' A 0, -0.091, 1.112, 2.316, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.112 std_dev=1.203

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.01 0.00 0.17 0.21 0.18 0.17
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.36 0.00 0.09 0.12 0.26 0.11 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.24 0.13 0.02 0.05 0.16 0.00 0.05 0.04 0.03 0.48 0.50 0.51 0.50
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.26 0.00 0.32 0.01 0.29 0.15 0.17 0.05 0.01 0.01 0.27 0.01 0.04 0.07 0.21 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.26 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.05 0.00 0.01 0.11 0.38 0.17 0.19
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.14 0.04 0.01 0.11 0.23 0.05 0.08 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
C5 0.00 0.00 0.10 0.32 0.00 0.13 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.43 0.14 0.00 0.06 0.13 0.40 0.18 0.20
C5' 0.08 0.09 0.24 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.14 0.01 0.21 0.06 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.13 0.29 0.00 0.14 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.10 0.00 0.08 0.11 0.32 0.12 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.19 0.01 0.01 0.12 0.25 0.11 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.24 0.00 0.06 0.10 0.31 0.12 0.14
O2 0.01 0.00 0.16 0.05 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.58 0.01 0.15 0.14 0.22 0.15 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.36 0.23 0.43 0.01 0.38 0.20 0.22 0.11 0.00 0.06 0.40 0.16 0.40 0.58 0.49 0.53
O3' 0.38 0.36 0.05 0.01 0.05 0.05 0.14 0.21 0.10 0.19 0.24 0.58 0.06 0.00 0.05 0.28 0.17 0.32 0.45 0.38
O4 0.01 0.00 0.04 0.27 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.05 0.00 0.01 0.12 0.42 0.21 0.22
O4' 0.00 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.15 0.16 0.28 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.05
O5' 0.17 0.12 0.48 0.04 0.11 0.01 0.13 0.01 0.11 0.12 0.10 0.14 0.40 0.17 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.26 0.50 0.07 0.38 0.03 0.40 0.10 0.32 0.25 0.31 0.22 0.58 0.32 0.42 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.11 0.51 0.21 0.17 0.08 0.18 0.04 0.12 0.11 0.12 0.15 0.49 0.45 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.13 0.50 0.05 0.19 0.02 0.20 0.01 0.15 0.13 0.14 0.14 0.53 0.38 0.22 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.16 0.17 0.09 0.18 0.06 0.19 0.04 0.14 0.08 0.12 0.04 0.12 0.12 0.15 0.16 0.16 0.22 0.19 0.23 0.18
C2 0.20 0.15 0.19 0.20 0.16 0.22 0.11 0.22 0.09 0.13 0.11 0.17 0.07 0.09 0.17 0.16 0.21 0.22 0.17 0.14 0.08 0.14
C2' 0.16 0.25 0.25 0.30 0.08 0.31 0.10 0.42 0.21 0.12 0.27 0.16 0.24 0.07 0.08 0.21 0.25 0.22 0.48 0.48 0.52 0.49
C3' 0.14 0.15 0.11 0.16 0.09 0.18 0.05 0.14 0.03 0.09 0.07 0.16 0.10 0.11 0.08 0.11 0.20 0.17 0.05 0.10 0.09 0.03
C4 0.15 0.07 0.17 0.17 0.09 0.17 0.07 0.18 0.05 0.14 0.07 0.09 0.07 0.10 0.13 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17
C4' 0.12 0.19 0.09 0.09 0.14 0.09 0.11 0.06 0.10 0.13 0.14 0.19 0.08 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.06 0.06 0.11 0.06
C5 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.10 0.05 0.12 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08
C5' 0.09 0.18 0.08 0.07 0.14 0.07 0.17 0.09 0.17 0.16 0.18 0.15 0.16 0.17 0.13 0.11 0.09 0.06 0.10 0.10 0.12 0.09
C6 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.11 0.06 0.13 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07 0.05 0.05 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07
N1 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.14 0.04 0.14 0.05 0.03 0.08 0.11 0.05 0.04 0.08 0.07 0.12 0.14 0.12 0.10 0.09 0.08
N3 0.21 0.12 0.22 0.23 0.15 0.23 0.11 0.24 0.09 0.17 0.10 0.15 0.09 0.11 0.18 0.20 0.22 0.22 0.21 0.20 0.17 0.21
O2 0.28 0.20 0.27 0.28 0.21 0.30 0.15 0.30 0.12 0.18 0.15 0.23 0.09 0.13 0.23 0.24 0.28 0.30 0.24 0.19 0.09 0.19
O2' 0.62 0.11 0.73 0.85 0.26 0.87 0.10 0.99 0.08 0.37 0.10 0.25 0.22 0.17 0.43 0.68 0.82 0.70 1.00 1.01 0.89 0.97
O3' 0.57 0.18 0.63 0.67 0.35 0.68 0.26 0.70 0.12 0.46 0.09 0.31 0.08 0.34 0.47 0.60 0.64 0.61 0.66 0.72 0.64 0.69
O4 0.16 0.07 0.20 0.20 0.09 0.18 0.06 0.20 0.06 0.16 0.08 0.07 0.10 0.11 0.14 0.20 0.19 0.17 0.19 0.20 0.22 0.22
O4' 0.05 0.12 0.03 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.12 0.04 0.10 0.03 0.03 0.08 0.08 0.04 0.04 0.10 0.04
O5' 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.16 0.07 0.14 0.17 0.08 0.09 0.16 0.20 0.13 0.13 0.10 0.08 0.09 0.07 0.14 0.07
OP1 0.09 0.19 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.06 0.12 0.14 0.13 0.15 0.20 0.18 0.09 0.11 0.14 0.08 0.08 0.06 0.18 0.09
OP2 0.13 0.27 0.13 0.07 0.23 0.06 0.27 0.09 0.32 0.22 0.33 0.21 0.34 0.26 0.19 0.18 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.07
P 0.09 0.06 0.10 0.07 0.12 0.07 0.16 0.07 0.16 0.17 0.10 0.07 0.20 0.19 0.13 0.12 0.08 0.07 0.09 0.07 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.09 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.09 0.05
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.08 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05
N6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.07 0.09 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.09 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.12 0.11 0.07
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.07 0.10 0.09 0.07 0.06 0.08 0.03 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.09 0.01 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00