ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.003, 0.044, 0.085, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.044 std_dev=0.041
N1 B 0, 0.218, 0.406, 0.594, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.406 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.248, 0.455, 0.663, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.455 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.155, 0.379, 0.603, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.379 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.265, 0.506, 0.747, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.506 std_dev=0.241
O4' B 0, 0.323, 0.570, 0.817, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.570 std_dev=0.247
N6 B 0, 0.205, 0.460, 0.715, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.460 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.208, 0.475, 0.743, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.475 std_dev=0.268
C5 B 0, 0.119, 0.404, 0.689, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.404 std_dev=0.285
N7 B 0, 0.251, 0.543, 0.835, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.543 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.340, 0.643, 0.946, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.643 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.315, 0.620, 0.924, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.620 std_dev=0.305
C4' B 0, 0.275, 0.609, 0.944, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.609 std_dev=0.334
O4' A 0, -0.112, 0.255, 0.621, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.255 std_dev=0.366
C2' A 0, -0.125, 0.254, 0.633, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.254 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.354, 0.758, 1.162, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.758 std_dev=0.404
O3' B 0, 0.387, 0.817, 1.247, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.817 std_dev=0.430
C3' A 0, -0.151, 0.349, 0.848, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.349 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.291, 0.793, 1.296, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.793 std_dev=0.503
C4' A 0, -0.123, 0.402, 0.928, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.402 std_dev=0.526
O3' A 0, -0.151, 0.385, 0.921, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.385 std_dev=0.536
O2' A 0, -0.159, 0.419, 0.998, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.419 std_dev=0.579
C5' B 0, 0.031, 0.751, 1.472, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.751 std_dev=0.720
OP2 B 0, -0.048, 0.676, 1.400, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.676 std_dev=0.724
C2' B 0, 0.276, 1.068, 1.860, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.068 std_dev=0.792
C5' A 0, -0.238, 0.672, 1.581, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.672 std_dev=0.910
O5' A 0, -0.224, 0.825, 1.874, 3.347 max_d=3.347 avg_d=0.825 std_dev=1.049
O5' B 0, -0.236, 0.830, 1.895, 3.384 max_d=3.384 avg_d=0.830 std_dev=1.065
P B 0, -0.320, 0.839, 1.998, 3.596 max_d=3.596 avg_d=0.839 std_dev=1.159
P A 0, -0.246, 0.978, 2.202, 3.924 max_d=3.924 avg_d=0.978 std_dev=1.224
O2' B 0, 0.228, 1.532, 2.837, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.532 std_dev=1.304
OP2 A 0, -0.261, 1.049, 2.359, 4.204 max_d=4.204 avg_d=1.049 std_dev=1.310
OP1 B 0, -0.506, 1.040, 2.586, 4.793 max_d=4.793 avg_d=1.040 std_dev=1.546
OP1 A 0, -0.686, 1.355, 3.396, 6.311 max_d=6.311 avg_d=1.355 std_dev=2.041

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.14 0.44 0.14
C2 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.09 0.06 0.32 0.74 0.29
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.03 0.15 0.02 0.09 0.23 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.13 0.10 0.07
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.06 0.07 0.14 0.15 0.02 0.01 0.11 0.01 0.08 0.13 0.21 0.11
C4 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.11 0.01 0.01 0.20 0.58 1.11 0.52
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.02 0.10 0.09 0.02 0.07 0.00 0.04 0.09 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.12 0.07 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.07 0.01 0.09 0.23 0.61 1.16 0.55
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.15 0.01 0.22 0.00 0.20 0.07 0.07 0.10 0.06 0.06 0.15 0.02 0.01 0.20 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.06 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.06 0.01 0.11 0.17 0.46 0.97 0.43
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.07 0.30 0.73 0.28
N3 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.03 0.06 0.13 0.46 0.94 0.41
O2 0.03 0.01 0.23 0.15 0.03 0.10 0.03 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.15 0.04 0.16 0.03 0.23 0.59 0.20
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.11 0.09 0.19 0.06 0.18 0.06 0.02 0.20 0.00 0.05 0.12 0.07 0.06 0.13 0.12 0.08
O3' 0.04 0.12 0.05 0.01 0.11 0.02 0.07 0.06 0.06 0.07 0.14 0.15 0.05 0.00 0.11 0.05 0.14 0.18 0.51 0.23
O4 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.11 0.00 0.01 0.22 0.65 1.19 0.57
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.11 0.01 0.06 0.16 0.07 0.05 0.01 0.00 0.08 0.11 0.47 0.15
O5' 0.04 0.06 0.07 0.08 0.20 0.04 0.23 0.01 0.17 0.07 0.13 0.03 0.06 0.14 0.22 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.32 0.13 0.13 0.58 0.09 0.61 0.20 0.46 0.30 0.46 0.23 0.13 0.18 0.65 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.74 0.10 0.21 1.11 0.08 1.16 0.03 0.97 0.73 0.94 0.59 0.12 0.51 1.19 0.47 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.29 0.07 0.11 0.52 0.04 0.55 0.02 0.43 0.28 0.41 0.20 0.08 0.23 0.57 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.13 0.46 0.12 0.19 0.21 0.17 0.57 0.14 0.23 0.11 0.19 0.18 0.21 0.25 0.80 0.08 0.17 0.90 0.75 0.34 0.72
C2 0.30 0.14 0.20 0.04 0.14 0.26 0.14 0.68 0.14 0.23 0.15 0.14 0.18 0.20 0.23 0.47 0.14 0.07 0.88 0.26 0.11 0.46
C2' 0.51 0.14 0.63 0.29 0.17 0.08 0.10 0.34 0.14 0.29 0.19 0.14 0.23 0.19 0.33 1.04 0.11 0.10 0.73 0.68 0.09 0.56
C3' 0.25 0.25 0.42 0.10 0.08 0.21 0.12 0.50 0.20 0.17 0.28 0.12 0.24 0.15 0.14 0.78 0.15 0.22 0.85 0.79 0.25 0.68
C4 0.19 0.22 0.14 0.09 0.13 0.28 0.08 0.70 0.17 0.14 0.23 0.19 0.21 0.08 0.15 0.22 0.18 0.17 0.67 0.40 0.12 0.13
C4' 0.13 0.26 0.21 0.18 0.20 0.48 0.19 0.74 0.20 0.17 0.22 0.24 0.19 0.18 0.16 0.50 0.41 0.53 1.03 0.93 0.56 0.89
C5 0.21 0.25 0.17 0.09 0.15 0.26 0.10 0.67 0.16 0.15 0.24 0.21 0.20 0.11 0.17 0.29 0.17 0.20 0.71 0.22 0.07 0.25
C5' 0.33 0.52 0.09 0.35 0.40 0.63 0.32 0.85 0.32 0.29 0.41 0.50 0.25 0.27 0.35 0.16 0.61 0.70 1.06 0.85 0.60 0.87
C6 0.23 0.21 0.26 0.09 0.12 0.24 0.04 0.63 0.08 0.14 0.17 0.19 0.17 0.11 0.16 0.44 0.14 0.18 0.78 0.25 0.12 0.41
N1 0.29 0.14 0.31 0.06 0.13 0.24 0.11 0.63 0.11 0.19 0.12 0.16 0.17 0.17 0.20 0.56 0.11 0.14 0.86 0.40 0.18 0.53
N3 0.21 0.17 0.07 0.08 0.10 0.28 0.08 0.72 0.14 0.16 0.18 0.15 0.19 0.13 0.16 0.24 0.18 0.11 0.76 0.29 0.08 0.22
O2 0.39 0.13 0.26 0.11 0.20 0.27 0.20 0.66 0.17 0.30 0.15 0.15 0.19 0.26 0.30 0.60 0.18 0.07 0.97 0.48 0.18 0.61
O2' 0.78 0.19 0.92 0.53 0.37 0.28 0.23 0.22 0.10 0.45 0.09 0.37 0.15 0.30 0.54 1.45 0.39 0.33 0.69 0.89 0.10 0.65
O3' 0.29 0.22 0.49 0.10 0.06 0.16 0.10 0.42 0.18 0.18 0.25 0.09 0.23 0.14 0.15 0.92 0.13 0.18 0.85 0.97 0.32 0.77
O4 0.20 0.23 0.22 0.13 0.16 0.28 0.14 0.69 0.20 0.17 0.24 0.20 0.24 0.12 0.17 0.26 0.20 0.19 0.55 0.65 0.23 0.11
O4' 0.07 0.15 0.18 0.15 0.15 0.49 0.19 0.78 0.20 0.16 0.17 0.15 0.22 0.20 0.13 0.45 0.38 0.53 1.03 0.85 0.58 0.86
O5' 0.29 0.73 0.11 0.32 0.47 0.56 0.42 0.80 0.49 0.29 0.66 0.61 0.42 0.30 0.36 0.07 0.57 0.60 0.97 0.61 0.38 0.68
OP1 0.48 1.03 0.38 0.46 0.64 0.60 0.51 0.75 0.61 0.35 0.90 0.87 0.47 0.34 0.49 0.41 0.78 0.62 0.75 0.24 0.16 0.35
OP2 0.43 0.34 0.65 0.45 0.52 0.14 0.71 0.09 0.75 0.70 0.57 0.32 0.89 0.80 0.54 0.64 0.17 0.10 0.18 0.16 0.21 0.05
P 0.15 0.52 0.07 0.14 0.26 0.38 0.18 0.59 0.23 0.12 0.41 0.41 0.16 0.12 0.17 0.12 0.43 0.41 0.69 0.31 0.17 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.19 0.00 0.03 0.48 0.14 0.20
C2 0.02 0.00 0.33 0.27 0.02 0.09 0.01 0.35 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.25 0.16 0.26 0.34 0.25 0.10 0.18
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.17 0.02 0.04 0.18 0.12 0.23 0.24 0.34 0.04 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.34 0.14 0.06
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.21 0.00 0.20 0.03 0.23 0.13 0.26 0.25 0.21 0.17 0.13 0.02 0.01 0.01 0.16 0.23 0.32 0.02
C4 0.01 0.02 0.17 0.21 0.00 0.07 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.15 0.17 0.47 0.10 0.12
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.13 0.11 0.08 0.13 0.13 0.07 0.27 0.02 0.00 0.01 0.06 0.20 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.10 0.00 0.38 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.08 0.09 0.16 0.67 0.20 0.23
C5' 0.12 0.35 0.18 0.03 0.31 0.01 0.38 0.00 0.42 0.31 0.40 0.30 0.45 0.38 0.25 0.12 0.17 0.03 0.01 0.07 0.04 0.02
C6 0.01 0.02 0.12 0.23 0.01 0.11 0.01 0.42 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.14 0.24 0.53 0.14 0.14
C8 0.02 0.04 0.23 0.13 0.01 0.13 0.03 0.31 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.33 0.07 0.12 0.18 1.06 0.42 0.54
N1 0.02 0.01 0.24 0.26 0.02 0.11 0.02 0.40 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.12 0.15 0.22 0.33 0.32 0.05 0.10
N3 0.02 0.01 0.34 0.25 0.01 0.08 0.02 0.30 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.27 0.13 0.26 0.28 0.26 0.08 0.15
N6 0.02 0.03 0.04 0.21 0.01 0.13 0.02 0.45 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.17 0.14 0.12 0.24 0.63 0.18 0.19
N7 0.02 0.01 0.14 0.17 0.03 0.13 0.00 0.38 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.30 0.08 0.06 0.14 1.02 0.39 0.48
N9 0.01 0.04 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.11 0.03 0.02 0.05 0.67 0.22 0.28
O2' 0.03 0.25 0.00 0.02 0.06 0.27 0.14 0.12 0.09 0.33 0.12 0.27 0.17 0.30 0.11 0.00 0.07 0.18 0.21 0.46 0.18 0.25
O3' 0.19 0.16 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.17 0.13 0.07 0.15 0.13 0.14 0.08 0.03 0.07 0.00 0.17 0.20 0.04 0.47 0.13
O4' 0.00 0.26 0.01 0.01 0.15 0.00 0.09 0.03 0.14 0.12 0.22 0.26 0.12 0.06 0.02 0.18 0.17 0.00 0.05 0.37 0.19 0.20
O5' 0.03 0.34 0.05 0.16 0.17 0.01 0.16 0.01 0.24 0.18 0.33 0.28 0.24 0.14 0.05 0.21 0.20 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.48 0.25 0.34 0.23 0.47 0.06 0.67 0.07 0.53 1.06 0.32 0.26 0.63 1.02 0.67 0.46 0.04 0.37 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.10 0.14 0.32 0.10 0.20 0.20 0.04 0.14 0.42 0.05 0.08 0.18 0.39 0.22 0.18 0.47 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.18 0.06 0.02 0.12 0.08 0.23 0.02 0.14 0.54 0.10 0.15 0.19 0.48 0.28 0.25 0.13 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00