ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54542

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.040 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O3' A 0, 0.074, 0.222, 0.370, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.222 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.225, 0.470, 0.714, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.470 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.225, 0.480, 0.736, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.480 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.017, 0.330, 0.643, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.330 std_dev=0.313
N6 B 0, 0.258, 0.595, 0.932, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.595 std_dev=0.337
C2' A 0, -0.050, 0.302, 0.653, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.302 std_dev=0.352
O4' A 0, -0.078, 0.279, 0.637, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.279 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.318, 0.696, 1.074, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.696 std_dev=0.378
N7 B 0, 0.235, 0.630, 1.024, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.630 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.254, 0.661, 1.067, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.661 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.455, 0.912, 1.369, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.912 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.309, 0.792, 1.276, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.792 std_dev=0.483
N9 B 0, 0.455, 0.945, 1.435, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.945 std_dev=0.490
N3 B 0, 0.316, 0.832, 1.348, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.832 std_dev=0.516
C4' A 0, 0.008, 0.525, 1.042, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.525 std_dev=0.517
O3' B 0, 0.484, 1.039, 1.594, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.039 std_dev=0.555
O2' A 0, -0.056, 0.507, 1.069, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.507 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.312, 0.913, 1.515, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.913 std_dev=0.601
O4' B 0, 0.311, 0.938, 1.564, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.938 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.554, 1.204, 1.854, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.204 std_dev=0.650
C3' B 0, 0.731, 1.419, 2.107, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.419 std_dev=0.688
C1' B 0, 0.596, 1.312, 2.029, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.312 std_dev=0.717
O5' B 0, 0.589, 1.372, 2.155, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.372 std_dev=0.783
C5' A 0, 0.014, 0.936, 1.858, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.936 std_dev=0.922
P B 0, 0.729, 1.772, 2.815, 2.929 max_d=2.929 avg_d=1.772 std_dev=1.043
OP2 B 0, 0.916, 2.079, 3.242, 3.884 max_d=3.884 avg_d=2.079 std_dev=1.163
C2' B 0, 0.746, 1.934, 3.122, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.934 std_dev=1.188
O5' A 0, 0.724, 1.938, 3.151, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.938 std_dev=1.213
OP1 B 0, 0.922, 2.166, 3.410, 4.170 max_d=4.170 avg_d=2.166 std_dev=1.244
P A 0, 0.761, 2.276, 3.792, 4.040 max_d=4.040 avg_d=2.276 std_dev=1.516
OP2 A 0, 0.658, 2.197, 3.737, 4.542 max_d=4.542 avg_d=2.197 std_dev=1.540
OP1 A 0, 0.719, 2.510, 4.300, 4.898 max_d=4.898 avg_d=2.510 std_dev=1.790
O2' B 0, 0.610, 2.571, 4.532, 4.682 max_d=4.682 avg_d=2.571 std_dev=1.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.03 0.01 0.37 0.48 0.31 0.28
C2 0.02 0.00 0.12 0.05 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.01 0.10 0.47 0.56 0.38 0.34
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.10 0.13 0.03 0.10 0.20 0.01 0.04 0.06 0.02 0.56 0.77 0.51 0.59
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.35 0.60 0.34 0.39
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01 0.02 0.65 0.75 0.48 0.53
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.04 0.04 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.35 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.05 0.01 0.12 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.11 0.00 0.09 0.74 0.81 0.51 0.62
C5' 0.08 0.16 0.10 0.04 0.26 0.01 0.30 0.00 0.27 0.18 0.21 0.11 0.09 0.04 0.28 0.01 0.01 0.34 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.04 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.01 0.11 0.70 0.73 0.42 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.02 0.52 0.59 0.34 0.39
N3 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.55 0.65 0.43 0.42
O2 0.03 0.00 0.20 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.12 0.01 0.17 0.37 0.48 0.40 0.27
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.12 0.01 0.20 0.09 0.21 0.06 0.12 0.32 0.00 0.05 0.13 0.02 0.57 0.90 0.64 0.67
O3' 0.11 0.12 0.04 0.01 0.12 0.01 0.11 0.04 0.10 0.10 0.12 0.12 0.05 0.00 0.12 0.10 0.21 0.55 0.28 0.25
O4 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.12 0.00 0.02 0.68 0.80 0.54 0.57
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.06 0.17 0.02 0.10 0.02 0.00 0.20 0.22 0.37 0.05
O5' 0.37 0.47 0.56 0.35 0.65 0.02 0.74 0.01 0.70 0.52 0.55 0.37 0.57 0.21 0.68 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.48 0.56 0.77 0.60 0.75 0.35 0.81 0.34 0.73 0.59 0.65 0.48 0.90 0.55 0.80 0.22 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.31 0.38 0.51 0.34 0.48 0.29 0.51 0.31 0.42 0.34 0.43 0.40 0.64 0.28 0.54 0.37 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.28 0.34 0.59 0.39 0.53 0.07 0.62 0.02 0.56 0.39 0.42 0.27 0.67 0.25 0.57 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.41 0.64 0.57 0.44 0.26 0.32 0.21 0.26 0.38 0.28 0.50 0.34 0.30 0.48 0.71 0.33 0.25 0.48 0.79 0.82 0.54
C2 0.64 0.29 0.72 0.53 0.40 0.20 0.29 0.29 0.30 0.38 0.23 0.46 0.46 0.31 0.49 0.93 0.31 0.21 0.52 0.61 0.76 0.55
C2' 0.59 0.40 0.58 0.52 0.40 0.25 0.28 0.23 0.27 0.33 0.26 0.49 0.45 0.27 0.44 0.71 0.33 0.28 0.50 0.80 0.83 0.57
C3' 0.50 0.37 0.51 0.51 0.35 0.23 0.24 0.19 0.25 0.29 0.28 0.43 0.35 0.22 0.38 0.54 0.27 0.24 0.46 0.88 0.80 0.53
C4 0.65 0.17 0.50 0.45 0.29 0.24 0.20 0.22 0.29 0.36 0.23 0.31 0.46 0.28 0.46 0.72 0.29 0.34 0.52 0.56 0.75 0.56
C4' 0.38 0.35 0.40 0.49 0.29 0.21 0.20 0.15 0.24 0.23 0.32 0.35 0.31 0.16 0.30 0.29 0.22 0.19 0.41 0.95 0.80 0.51
C5 0.59 0.20 0.38 0.46 0.32 0.31 0.18 0.15 0.20 0.36 0.14 0.34 0.42 0.24 0.45 0.48 0.30 0.41 0.46 0.71 0.76 0.50
C5' 0.26 0.26 0.16 0.37 0.15 0.19 0.14 0.09 0.30 0.11 0.34 0.21 0.49 0.09 0.17 0.18 0.14 0.22 0.30 0.98 0.67 0.38
C6 0.57 0.27 0.46 0.50 0.37 0.29 0.24 0.16 0.18 0.37 0.13 0.40 0.40 0.27 0.46 0.51 0.31 0.35 0.46 0.78 0.78 0.51
N1 0.60 0.33 0.61 0.54 0.41 0.24 0.28 0.21 0.24 0.38 0.19 0.45 0.42 0.29 0.47 0.71 0.31 0.26 0.49 0.72 0.79 0.53
N3 0.67 0.19 0.69 0.49 0.35 0.19 0.26 0.31 0.32 0.38 0.25 0.38 0.47 0.31 0.48 0.96 0.30 0.23 0.55 0.53 0.73 0.57
O2 0.63 0.33 0.83 0.55 0.41 0.20 0.31 0.35 0.32 0.38 0.28 0.48 0.45 0.32 0.48 1.09 0.32 0.20 0.54 0.57 0.75 0.56
O2' 0.68 0.49 0.72 0.56 0.46 0.27 0.31 0.34 0.26 0.37 0.28 0.59 0.41 0.31 0.50 0.96 0.41 0.30 0.60 0.73 0.90 0.68
O3' 0.47 0.37 0.56 0.49 0.34 0.20 0.23 0.29 0.21 0.27 0.26 0.42 0.26 0.21 0.36 0.60 0.24 0.18 0.54 0.82 0.88 0.60
O4 0.66 0.20 0.43 0.38 0.20 0.23 0.19 0.25 0.30 0.32 0.28 0.24 0.44 0.27 0.41 0.72 0.28 0.41 0.56 0.50 0.75 0.61
O4' 0.44 0.35 0.50 0.55 0.35 0.25 0.29 0.21 0.27 0.34 0.32 0.38 0.30 0.28 0.39 0.41 0.27 0.21 0.48 0.94 0.88 0.58
O5' 0.47 0.28 0.37 0.30 0.35 0.47 0.40 0.49 0.41 0.49 0.36 0.29 0.61 0.48 0.42 0.62 0.35 0.55 0.66 0.75 0.99 0.56
OP1 0.67 0.43 0.62 0.69 0.53 0.71 0.52 0.73 0.50 0.61 0.45 0.50 0.63 0.57 0.60 0.76 0.67 0.77 0.90 0.91 1.05 0.79
OP2 0.70 0.93 0.83 0.73 0.83 0.58 0.88 0.46 0.99 0.73 1.00 0.86 1.10 0.80 0.75 1.00 0.81 0.63 0.63 0.81 0.93 0.52
P 0.49 0.54 0.53 0.45 0.49 0.43 0.52 0.37 0.60 0.51 0.60 0.50 0.73 0.53 0.48 0.77 0.51 0.51 0.57 0.77 0.93 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.28 0.17 0.45 0.27
C2 0.03 0.00 0.44 0.27 0.01 0.20 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.17 0.36 0.46 0.45 0.88 0.47
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.21 0.01 0.07 0.19 0.17 0.26 0.33 0.43 0.10 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.55 0.69 0.86 0.65
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.25 0.00 0.30 0.04 0.32 0.28 0.30 0.23 0.35 0.32 0.20 0.04 0.01 0.01 0.37 0.52 0.61 0.41
C4 0.02 0.01 0.21 0.25 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.20 0.44 0.47 0.86 0.47
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.25 0.12 0.20 0.05 0.20 0.07 0.31 0.02 0.00 0.01 0.27 0.21 0.07
C5 0.01 0.00 0.07 0.30 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.09 0.50 0.72 1.04 0.61
C5' 0.06 0.28 0.19 0.04 0.13 0.00 0.12 0.00 0.12 0.30 0.20 0.27 0.13 0.26 0.09 0.12 0.22 0.01 0.01 0.29 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.32 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.16 0.52 0.78 1.10 0.63
C8 0.01 0.01 0.26 0.28 0.01 0.25 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.55 0.14 0.21 0.50 0.68 0.94 0.60
N1 0.03 0.01 0.33 0.30 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.28 0.49 0.64 1.02 0.56
N3 0.03 0.01 0.43 0.23 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.39 0.21 0.37 0.43 0.34 0.78 0.42
N6 0.02 0.02 0.10 0.35 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.10 0.10 0.55 0.95 1.20 0.71
N7 0.01 0.01 0.16 0.32 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.50 0.15 0.11 0.55 0.88 1.11 0.70
N9 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.09 0.01 0.39 0.39 0.74 0.42
O2' 0.03 0.37 0.01 0.04 0.10 0.31 0.24 0.12 0.17 0.55 0.20 0.39 0.26 0.50 0.21 0.00 0.10 0.21 0.32 0.72 0.72 0.52
O3' 0.28 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.06 0.22 0.05 0.14 0.09 0.21 0.10 0.15 0.09 0.10 0.00 0.19 0.42 0.58 0.60 0.41
O4' 0.00 0.36 0.02 0.01 0.20 0.00 0.09 0.01 0.16 0.21 0.28 0.37 0.10 0.11 0.01 0.21 0.19 0.00 0.19 0.16 0.17 0.11
O5' 0.28 0.46 0.55 0.37 0.44 0.01 0.50 0.01 0.52 0.50 0.49 0.43 0.55 0.55 0.39 0.32 0.42 0.19 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.17 0.45 0.69 0.52 0.47 0.27 0.72 0.29 0.78 0.68 0.64 0.34 0.95 0.88 0.39 0.72 0.58 0.16 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.45 0.88 0.86 0.61 0.86 0.21 1.04 0.34 1.10 0.94 1.02 0.78 1.20 1.11 0.74 0.72 0.60 0.17 0.03 0.03 0.00 0.00
P 0.27 0.47 0.65 0.41 0.47 0.07 0.61 0.02 0.63 0.60 0.56 0.42 0.71 0.70 0.42 0.52 0.41 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00