ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.001, 0.047, 0.092, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.047 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.009, 0.066, 0.123, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.066 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.153, 0.367, 0.581, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.367 std_dev=0.214
C2' A 0, 0.186, 0.424, 0.661, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.424 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.203, 0.448, 0.692, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.448 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.187, 0.462, 0.737, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.462 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.216, 0.497, 0.779, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.497 std_dev=0.281
C4' A 0, 0.186, 0.483, 0.779, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.483 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.257, 0.562, 0.867, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.562 std_dev=0.305
N6 B 0, 0.301, 0.625, 0.949, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.625 std_dev=0.324
C3' A 0, 0.324, 0.655, 0.987, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.655 std_dev=0.332
N9 B 0, 0.157, 0.493, 0.830, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.493 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.244, 0.631, 1.018, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.631 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.165, 0.554, 0.943, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.554 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.195, 0.587, 0.978, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.587 std_dev=0.391
N7 B 0, 0.195, 0.593, 0.991, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.593 std_dev=0.398
C2 B 0, 0.205, 0.611, 1.016, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.611 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.192, 0.608, 1.025, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.608 std_dev=0.416
C3' B 0, 0.176, 0.622, 1.068, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.622 std_dev=0.446
O2' A 0, 0.421, 0.898, 1.375, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.898 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.177, 0.661, 1.145, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.661 std_dev=0.484
C4' B 0, 0.176, 0.734, 1.293, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.734 std_dev=0.559
O3' B 0, 0.177, 0.738, 1.299, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.738 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.309, 0.870, 1.432, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.870 std_dev=0.562
C5' B 0, 0.312, 0.939, 1.567, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.939 std_dev=0.628
O3' A 0, 0.602, 1.338, 2.074, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.338 std_dev=0.736
O5' A 0, 0.636, 1.389, 2.143, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.389 std_dev=0.754
O5' B 0, 0.293, 1.081, 1.869, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.081 std_dev=0.788
P B 0, 0.444, 1.287, 2.131, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.287 std_dev=0.844
C5' A 0, -0.033, 0.839, 1.711, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.839 std_dev=0.872
OP1 B 0, 0.798, 2.289, 3.779, 4.359 max_d=4.359 avg_d=2.289 std_dev=1.490
OP2 B 0, 0.291, 1.805, 3.318, 4.568 max_d=4.568 avg_d=1.805 std_dev=1.514
OP1 A 0, 0.339, 2.112, 3.885, 4.349 max_d=4.349 avg_d=2.112 std_dev=1.773
P A 0, 0.202, 1.977, 3.751, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.977 std_dev=1.774
OP2 A 0, 0.267, 2.621, 4.975, 5.686 max_d=5.686 avg_d=2.621 std_dev=2.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.23 0.01 0.01 0.08 0.19 0.31 0.21
C2 0.01 0.00 0.14 0.09 0.03 0.02 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.21 0.02 0.05 0.10 0.26 0.45 0.31
C2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.10 0.02 0.17 0.25 0.19 0.05 0.12 0.26 0.01 0.03 0.11 0.03 0.11 0.34 0.42 0.19
C3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.05 0.11 0.11 0.03 0.02 0.10 0.01 0.30 0.37 0.48 0.26
C4 0.02 0.03 0.10 0.08 0.00 0.06 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.15 0.01 0.03 0.21 0.40 0.68 0.52
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.16 0.04 0.08 0.01 0.02 0.19 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.17 0.08 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.10 0.00 0.10 0.26 0.45 0.75 0.61
C5' 0.11 0.20 0.25 0.09 0.26 0.01 0.24 0.00 0.20 0.18 0.25 0.16 0.13 0.20 0.29 0.01 0.03 0.11 0.22 0.06
C6 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00 0.28 0.11 0.01 0.12 0.24 0.38 0.65 0.53
N1 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.03 0.14 0.27 0.47 0.35
N3 0.00 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.02 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.01 0.02 0.15 0.34 0.57 0.41
O2 0.03 0.01 0.26 0.11 0.02 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.28 0.01 0.12 0.06 0.19 0.35 0.22
O2' 0.04 0.15 0.01 0.03 0.27 0.16 0.30 0.13 0.28 0.14 0.20 0.25 0.00 0.06 0.28 0.10 0.17 0.35 0.44 0.22
O3' 0.23 0.21 0.03 0.02 0.15 0.04 0.10 0.20 0.11 0.17 0.18 0.28 0.06 0.00 0.14 0.14 0.33 0.46 0.44 0.27
O4 0.01 0.02 0.11 0.10 0.01 0.08 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.00 0.04 0.23 0.44 0.73 0.56
O4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.12 0.03 0.02 0.12 0.10 0.14 0.04 0.00 0.07 0.11 0.13 0.16
O5' 0.08 0.10 0.11 0.30 0.21 0.02 0.26 0.03 0.24 0.14 0.15 0.06 0.17 0.33 0.23 0.07 0.00 0.04 0.06 0.01
OP1 0.19 0.26 0.34 0.37 0.40 0.19 0.45 0.11 0.38 0.27 0.34 0.19 0.35 0.46 0.44 0.11 0.04 0.00 0.05 0.01
OP2 0.31 0.45 0.42 0.48 0.68 0.10 0.75 0.22 0.65 0.47 0.57 0.35 0.44 0.44 0.73 0.13 0.06 0.05 0.00 0.00
P 0.21 0.31 0.19 0.26 0.52 0.03 0.61 0.06 0.53 0.35 0.41 0.22 0.22 0.27 0.56 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.30 0.28 0.25 0.17 0.31 0.04 0.30 0.17 0.16 0.22 0.30 0.35 0.12 0.22 0.39 0.26 0.35 0.37 0.73 0.67 0.34
C2 0.28 0.23 0.29 0.25 0.03 0.32 0.17 0.33 0.35 0.11 0.38 0.16 0.47 0.16 0.14 0.41 0.29 0.34 0.41 0.58 0.51 0.28
C2' 0.34 0.35 0.33 0.26 0.14 0.32 0.12 0.27 0.25 0.21 0.25 0.34 0.50 0.25 0.21 0.49 0.30 0.35 0.28 0.79 0.53 0.25
C3' 0.30 0.26 0.24 0.20 0.12 0.30 0.11 0.28 0.24 0.19 0.24 0.26 0.47 0.21 0.19 0.38 0.21 0.35 0.31 0.80 0.62 0.30
C4 0.33 0.23 0.35 0.29 0.12 0.34 0.23 0.36 0.36 0.19 0.35 0.14 0.44 0.22 0.21 0.46 0.34 0.34 0.47 0.54 0.45 0.24
C4' 0.22 0.25 0.15 0.12 0.06 0.21 0.13 0.21 0.26 0.21 0.28 0.18 0.47 0.24 0.15 0.24 0.12 0.27 0.23 0.92 0.73 0.38
C5 0.41 0.14 0.40 0.34 0.23 0.36 0.21 0.34 0.26 0.33 0.21 0.22 0.39 0.29 0.35 0.47 0.36 0.38 0.39 0.68 0.56 0.22
C5' 0.32 0.18 0.29 0.28 0.15 0.32 0.27 0.31 0.38 0.38 0.33 0.07 0.65 0.40 0.27 0.32 0.29 0.36 0.12 1.08 0.66 0.41
C6 0.38 0.19 0.37 0.32 0.24 0.35 0.19 0.33 0.21 0.31 0.17 0.27 0.39 0.27 0.32 0.45 0.33 0.37 0.35 0.73 0.62 0.26
N1 0.32 0.20 0.31 0.27 0.14 0.32 0.11 0.31 0.25 0.19 0.24 0.24 0.43 0.18 0.23 0.42 0.29 0.34 0.37 0.69 0.60 0.29
N3 0.26 0.29 0.29 0.26 0.06 0.33 0.23 0.36 0.39 0.11 0.42 0.12 0.46 0.19 0.11 0.42 0.31 0.33 0.45 0.50 0.43 0.26
O2 0.28 0.25 0.29 0.27 0.06 0.34 0.17 0.36 0.35 0.08 0.40 0.17 0.46 0.15 0.13 0.43 0.32 0.36 0.42 0.55 0.48 0.28
O2' 0.39 0.51 0.43 0.35 0.24 0.35 0.06 0.28 0.20 0.15 0.36 0.46 0.35 0.12 0.25 0.60 0.41 0.35 0.32 0.73 0.47 0.21
O3' 0.20 0.20 0.22 0.19 0.15 0.18 0.24 0.17 0.32 0.26 0.28 0.15 0.46 0.30 0.18 0.26 0.21 0.21 0.18 0.88 0.66 0.36
O4 0.30 0.27 0.33 0.28 0.16 0.33 0.26 0.39 0.35 0.16 0.35 0.19 0.41 0.23 0.15 0.46 0.33 0.31 0.54 0.47 0.42 0.29
O4' 0.20 0.20 0.15 0.12 0.06 0.20 0.11 0.21 0.24 0.17 0.25 0.15 0.43 0.18 0.14 0.22 0.12 0.26 0.30 0.85 0.80 0.42
O5' 0.35 0.29 0.44 0.44 0.36 0.33 0.56 0.32 0.68 0.57 0.52 0.21 1.00 0.67 0.41 0.36 0.48 0.34 0.17 1.20 0.75 0.51
OP1 0.18 0.31 0.16 0.19 0.15 0.21 0.24 0.24 0.42 0.15 0.42 0.20 0.64 0.23 0.12 0.14 0.25 0.31 0.33 1.04 0.93 0.54
OP2 0.27 0.45 0.46 0.46 0.36 0.25 0.59 0.24 0.79 0.50 0.68 0.29 1.15 0.66 0.34 0.35 0.56 0.34 0.09 1.22 0.68 0.43
P 0.17 0.39 0.23 0.22 0.19 0.23 0.31 0.28 0.53 0.23 0.54 0.25 0.80 0.32 0.15 0.16 0.30 0.34 0.27 1.05 0.81 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.41 0.44 0.27
C2 0.01 0.00 0.19 0.18 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.24 0.07 0.38 0.70 0.89 0.54
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.07 0.10 0.14 0.19 0.04 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.30 0.47 0.49 0.37
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.08 0.11 0.14 0.17 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.41 0.52 0.41
C4 0.01 0.02 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.04 0.40 0.69 0.88 0.55
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.29 0.08
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.51 0.81 1.13 0.69
C5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.29 0.33 0.01
C6 0.02 0.03 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.52 0.85 1.20 0.72
C8 0.01 0.02 0.10 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.13 0.08 0.51 0.73 1.02 0.66
N1 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.05 0.46 0.80 1.08 0.65
N3 0.01 0.01 0.19 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.22 0.08 0.33 0.64 0.77 0.47
N6 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.58 0.91 1.36 0.82
N7 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.56 0.85 1.24 0.77
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.60 0.77 0.50
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.11 0.14 0.05 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.12 0.32 0.25 0.20
O3' 0.02 0.24 0.03 0.00 0.10 0.02 0.03 0.02 0.09 0.13 0.18 0.22 0.05 0.09 0.02 0.06 0.00 0.01 0.42 0.42 0.38 0.36
O4' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.12 0.26 0.32 0.10
O5' 0.17 0.38 0.30 0.42 0.40 0.03 0.51 0.01 0.52 0.51 0.46 0.33 0.58 0.56 0.37 0.12 0.42 0.12 0.00 0.03 0.04 0.00
OP1 0.41 0.70 0.47 0.41 0.69 0.10 0.81 0.29 0.85 0.73 0.80 0.64 0.91 0.85 0.60 0.32 0.42 0.26 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.44 0.89 0.49 0.52 0.88 0.29 1.13 0.33 1.20 1.02 1.08 0.77 1.36 1.24 0.77 0.25 0.38 0.32 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.27 0.54 0.37 0.41 0.55 0.08 0.69 0.01 0.72 0.66 0.65 0.47 0.82 0.77 0.50 0.20 0.36 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00