ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54545

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.021, 0.044, 0.066, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.044 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.022, 0.049, 0.076, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.049 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.048, 0.111, 0.175, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.111 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.124, 0.434, 0.745, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.434 std_dev=0.310
C4 B 0, 0.179, 0.563, 0.948, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.563 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.213, 0.602, 0.991, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.602 std_dev=0.389
O4' A 0, 0.061, 0.475, 0.889, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.475 std_dev=0.414
C2' A 0, -0.010, 0.407, 0.824, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.407 std_dev=0.417
N9 B 0, 0.276, 0.751, 1.226, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.751 std_dev=0.475
C5 B 0, 0.328, 0.815, 1.302, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.815 std_dev=0.487
C3' B 0, 0.328, 0.831, 1.333, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.831 std_dev=0.502
O5' B 0, 0.313, 0.836, 1.358, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.836 std_dev=0.522
N1 B 0, 0.321, 0.847, 1.372, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.847 std_dev=0.526
C2' B 0, 0.320, 0.860, 1.399, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.860 std_dev=0.539
C1' B 0, 0.325, 0.885, 1.445, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.885 std_dev=0.560
C8 B 0, 0.395, 0.963, 1.530, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.963 std_dev=0.567
C6 B 0, 0.385, 0.955, 1.525, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.955 std_dev=0.570
OP2 A 0, 0.217, 0.795, 1.373, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.795 std_dev=0.578
N7 B 0, 0.423, 1.011, 1.599, 1.623 max_d=1.623 avg_d=1.011 std_dev=0.588
O3' B 0, 0.401, 0.989, 1.578, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.989 std_dev=0.588
O4' B 0, 0.428, 1.028, 1.629, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.028 std_dev=0.601
C3' A 0, 0.042, 0.678, 1.314, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.678 std_dev=0.636
C4' A 0, 0.051, 0.692, 1.334, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.692 std_dev=0.642
O5' A 0, 0.329, 0.983, 1.638, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.983 std_dev=0.654
P A 0, 0.336, 0.993, 1.651, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.993 std_dev=0.657
C4' B 0, 0.508, 1.206, 1.904, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.206 std_dev=0.698
O2' B 0, 0.548, 1.312, 2.077, 2.125 max_d=2.125 avg_d=1.312 std_dev=0.765
N6 B 0, 0.547, 1.311, 2.076, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.311 std_dev=0.765
O2' A 0, -0.169, 0.606, 1.382, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.606 std_dev=0.775
C5' A 0, 0.217, 1.014, 1.811, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.014 std_dev=0.797
C5' B 0, 0.698, 1.622, 2.546, 2.814 max_d=2.814 avg_d=1.622 std_dev=0.924
O3' A 0, 0.024, 0.959, 1.895, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.959 std_dev=0.936
OP1 A 0, 0.476, 1.416, 2.355, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.416 std_dev=0.939
P B 0, 0.440, 1.385, 2.330, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.385 std_dev=0.945
OP1 B 0, 0.698, 2.146, 3.595, 4.028 max_d=4.028 avg_d=2.146 std_dev=1.449
OP2 B 0, 0.063, 1.830, 3.598, 4.952 max_d=4.952 avg_d=1.830 std_dev=1.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.31 0.05 0.00 0.18 0.19 0.23 0.17
C2 0.04 0.00 0.13 0.17 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.20 0.04 0.11 0.16 0.16 0.20 0.17
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.00 0.14 0.21 0.16 0.03 0.09 0.23 0.00 0.03 0.05 0.01 0.41 0.48 0.60 0.48
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.27 0.00 0.27 0.01 0.23 0.17 0.23 0.10 0.01 0.01 0.29 0.01 0.07 0.14 0.12 0.09
C4 0.05 0.03 0.06 0.27 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.36 0.07 0.01 0.05 0.13 0.16 0.20 0.18
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.05 0.08 0.26 0.03 0.08 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.04 0.02 0.14 0.27 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.40 0.12 0.01 0.06 0.13 0.15 0.18 0.17
C5' 0.08 0.09 0.21 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.08 0.08 0.13 0.05 0.18 0.09 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.23 0.01 0.12 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.08 0.01 0.09 0.13 0.15 0.18 0.16
N1 0.02 0.00 0.03 0.17 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.03 0.03 0.16 0.17 0.20 0.17
N3 0.04 0.01 0.09 0.23 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.11 0.03 0.09 0.14 0.15 0.19 0.17
O2 0.05 0.00 0.23 0.10 0.03 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.34 0.04 0.17 0.18 0.18 0.21 0.18
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.36 0.26 0.40 0.05 0.34 0.19 0.24 0.07 0.00 0.01 0.39 0.17 0.30 0.38 0.69 0.42
O3' 0.31 0.20 0.03 0.01 0.07 0.03 0.12 0.18 0.08 0.13 0.11 0.34 0.01 0.00 0.08 0.22 0.21 0.27 0.23 0.22
O4 0.05 0.04 0.05 0.29 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.04 0.39 0.08 0.00 0.05 0.14 0.18 0.23 0.19
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.17 0.17 0.22 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
O5' 0.18 0.16 0.41 0.07 0.13 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.14 0.18 0.30 0.21 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.16 0.48 0.14 0.16 0.06 0.15 0.06 0.15 0.17 0.15 0.18 0.38 0.27 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.20 0.60 0.12 0.20 0.03 0.18 0.02 0.18 0.20 0.19 0.21 0.69 0.23 0.23 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.17 0.48 0.09 0.18 0.02 0.17 0.02 0.16 0.17 0.17 0.18 0.42 0.22 0.19 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.17 0.06 0.14 0.07 0.16 0.26 0.21 0.15 0.22 0.18 0.23 0.17 0.12 0.35 0.08 0.08 0.47 0.65 1.21 0.68
C2 0.08 0.19 0.12 0.16 0.09 0.23 0.12 0.49 0.16 0.16 0.21 0.12 0.17 0.18 0.09 0.23 0.14 0.11 0.53 0.70 1.48 0.80
C2' 0.07 0.22 0.12 0.29 0.12 0.27 0.15 0.47 0.19 0.14 0.21 0.17 0.22 0.17 0.08 0.23 0.33 0.15 0.58 1.04 1.42 0.95
C3' 0.12 0.28 0.14 0.11 0.15 0.11 0.14 0.19 0.18 0.19 0.25 0.24 0.19 0.20 0.11 0.24 0.10 0.12 0.42 0.76 0.94 0.61
C4 0.13 0.11 0.13 0.24 0.12 0.37 0.18 0.67 0.15 0.22 0.08 0.09 0.22 0.25 0.15 0.15 0.23 0.21 0.54 0.80 1.63 0.87
C4' 0.14 0.22 0.13 0.12 0.17 0.12 0.21 0.18 0.21 0.29 0.21 0.20 0.23 0.29 0.18 0.25 0.14 0.12 0.37 0.60 0.82 0.52
C5 0.14 0.10 0.16 0.24 0.10 0.34 0.14 0.61 0.12 0.19 0.10 0.07 0.16 0.20 0.14 0.17 0.24 0.18 0.51 0.83 1.54 0.85
C5' 0.24 0.21 0.23 0.17 0.21 0.16 0.24 0.20 0.21 0.35 0.19 0.21 0.23 0.32 0.26 0.25 0.14 0.20 0.30 0.63 0.67 0.48
C6 0.13 0.17 0.16 0.17 0.10 0.24 0.10 0.47 0.09 0.18 0.14 0.13 0.08 0.17 0.14 0.21 0.17 0.12 0.50 0.78 1.39 0.79
N1 0.08 0.18 0.13 0.13 0.07 0.17 0.08 0.42 0.13 0.14 0.18 0.13 0.13 0.14 0.08 0.25 0.11 0.07 0.51 0.72 1.38 0.77
N3 0.11 0.18 0.12 0.21 0.12 0.31 0.17 0.60 0.15 0.21 0.18 0.13 0.18 0.25 0.14 0.18 0.18 0.17 0.55 0.74 1.59 0.84
O2 0.09 0.22 0.12 0.15 0.11 0.20 0.16 0.45 0.22 0.16 0.25 0.15 0.26 0.19 0.09 0.27 0.12 0.11 0.54 0.66 1.47 0.78
O2' 0.22 0.26 0.20 0.16 0.15 0.14 0.19 0.41 0.24 0.30 0.28 0.18 0.28 0.27 0.19 0.47 0.21 0.09 0.55 1.06 1.50 0.98
O3' 0.18 0.22 0.15 0.14 0.23 0.13 0.36 0.19 0.33 0.47 0.24 0.19 0.41 0.53 0.27 0.26 0.24 0.14 0.40 0.74 0.83 0.55
O4 0.16 0.12 0.15 0.27 0.17 0.42 0.24 0.74 0.25 0.24 0.14 0.13 0.35 0.29 0.18 0.14 0.26 0.25 0.53 0.82 1.69 0.90
O4' 0.11 0.23 0.18 0.11 0.16 0.10 0.20 0.16 0.23 0.21 0.22 0.20 0.25 0.26 0.11 0.35 0.16 0.11 0.44 0.49 0.95 0.54
O5' 0.17 0.10 0.19 0.09 0.09 0.08 0.16 0.15 0.10 0.29 0.06 0.08 0.14 0.27 0.19 0.24 0.01 0.09 0.26 0.70 0.73 0.50
OP1 0.12 0.13 0.17 0.03 0.03 0.05 0.10 0.21 0.05 0.24 0.07 0.10 0.09 0.21 0.13 0.25 0.01 0.03 0.13 0.73 0.34 0.31
OP2 0.13 0.32 0.09 0.11 0.19 0.18 0.12 0.29 0.15 0.10 0.24 0.32 0.11 0.10 0.12 0.07 0.02 0.22 0.28 1.07 0.70 0.60
P 0.04 0.15 0.09 0.02 0.02 0.07 0.06 0.17 0.04 0.16 0.09 0.13 0.07 0.15 0.07 0.15 0.01 0.05 0.16 0.76 0.50 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.27 0.47 0.21
C2 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.20 0.02 0.42 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.12 0.69 0.38 1.41 0.71
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.12 0.42 0.17
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.19 0.26 0.46 0.24
C4 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.58 0.26 1.04 0.51
C4' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.19 0.17 0.15 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.18 0.32 0.05
C5 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.11 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.59 0.24 1.17 0.55
C5' 0.04 0.42 0.02 0.02 0.28 0.01 0.29 0.00 0.36 0.16 0.42 0.35 0.38 0.22 0.16 0.05 0.05 0.02 0.02 0.30 0.39 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.15 0.01 0.36 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.05 0.64 0.29 1.37 0.65
C8 0.04 0.04 0.03 0.09 0.01 0.03 0.02 0.16 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.45 0.18 0.84 0.37
N1 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.19 0.02 0.42 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.10 0.68 0.36 1.48 0.72
N3 0.05 0.01 0.07 0.05 0.01 0.17 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.11 0.66 0.34 1.15 0.60
N6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.15 0.01 0.38 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.08 0.04 0.64 0.28 1.44 0.67
N7 0.05 0.02 0.03 0.08 0.02 0.05 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.11 0.09 0.04 0.53 0.19 1.04 0.47
N9 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.46 0.22 0.78 0.37
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.05 0.08 0.11 0.04 0.00 0.03 0.06 0.10 0.14 0.33 0.15
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.24 0.46 0.48 0.35
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.10 0.11 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.33 0.41 0.39 0.24
O5' 0.31 0.69 0.18 0.19 0.58 0.03 0.59 0.02 0.64 0.45 0.68 0.66 0.64 0.53 0.46 0.10 0.24 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.27 0.38 0.12 0.26 0.26 0.18 0.24 0.30 0.29 0.18 0.36 0.34 0.28 0.19 0.22 0.14 0.46 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.41 0.42 0.46 1.04 0.32 1.17 0.39 1.37 0.84 1.48 1.15 1.44 1.04 0.78 0.33 0.48 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.71 0.17 0.24 0.51 0.05 0.55 0.03 0.65 0.37 0.72 0.60 0.67 0.47 0.37 0.15 0.35 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00