ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54546

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.015, 0.037, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.012, 0.061, 0.109, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.061 std_dev=0.048
O4 A 0, 0.005, 0.082, 0.160, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.082 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.163, 0.433, 0.702, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.433 std_dev=0.270
O4' A 0, 0.050, 0.322, 0.594, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.322 std_dev=0.272
C2' A 0, 0.024, 0.418, 0.813, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.418 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.503, 1.016, 1.529, 1.399 max_d=1.399 avg_d=1.016 std_dev=0.513
N9 B 0, 0.518, 1.050, 1.582, 1.403 max_d=1.403 avg_d=1.050 std_dev=0.532
C1' B 0, 0.528, 1.065, 1.601, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.065 std_dev=0.537
C2 B 0, 0.476, 1.043, 1.610, 1.627 max_d=1.627 avg_d=1.043 std_dev=0.567
N1 B 0, 0.537, 1.108, 1.679, 1.585 max_d=1.585 avg_d=1.108 std_dev=0.571
N3 B 0, 0.416, 0.996, 1.576, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.996 std_dev=0.580
C5 B 0, 0.526, 1.109, 1.692, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.109 std_dev=0.583
C5' A 0, 0.230, 0.824, 1.418, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.824 std_dev=0.594
C3' A 0, 0.333, 0.957, 1.582, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.957 std_dev=0.624
C6 B 0, 0.546, 1.171, 1.796, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.171 std_dev=0.625
O2' A 0, 0.500, 1.134, 1.768, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.134 std_dev=0.634
C8 B 0, 0.541, 1.184, 1.827, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.184 std_dev=0.643
OP1 A 0, 0.608, 1.264, 1.919, 1.789 max_d=1.789 avg_d=1.264 std_dev=0.656
N7 B 0, 0.574, 1.251, 1.928, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.251 std_dev=0.677
N6 B 0, 0.626, 1.381, 2.137, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.381 std_dev=0.756
C2' B 0, 0.738, 1.595, 2.452, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.595 std_dev=0.857
O5' A 0, 0.807, 1.847, 2.888, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.847 std_dev=1.040
O3' A 0, 0.651, 1.763, 2.874, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.763 std_dev=1.111
O2' B 0, 0.869, 2.031, 3.194, 3.255 max_d=3.255 avg_d=2.031 std_dev=1.163
P A 0, 0.886, 2.283, 3.681, 3.811 max_d=3.811 avg_d=2.283 std_dev=1.397
O4' B 0, 1.379, 2.779, 4.179, 3.682 max_d=3.682 avg_d=2.779 std_dev=1.400
C3' B 0, 1.482, 2.978, 4.474, 3.897 max_d=3.897 avg_d=2.978 std_dev=1.496
C4' B 0, 1.513, 3.082, 4.651, 4.164 max_d=4.164 avg_d=3.082 std_dev=1.569
O3' B 0, 1.997, 4.018, 6.040, 5.249 max_d=5.249 avg_d=4.018 std_dev=2.021
OP2 A 0, 1.672, 3.980, 6.288, 6.436 max_d=6.436 avg_d=3.980 std_dev=2.308
C5' B 0, 2.686, 5.395, 8.104, 7.028 max_d=7.028 avg_d=5.395 std_dev=2.709
O5' B 0, 3.302, 6.645, 9.989, 8.724 max_d=8.724 avg_d=6.645 std_dev=3.343
P B 0, 4.433, 8.917, 13.400, 11.708 max_d=11.708 avg_d=8.917 std_dev=4.484
OP1 B 0, 4.883, 9.776, 14.668, 12.433 max_d=12.433 avg_d=9.776 std_dev=4.892
OP2 B 0, 4.895, 9.938, 14.981, 13.434 max_d=13.434 avg_d=9.938 std_dev=5.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.01 0.40 0.37 0.49 0.37
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.19 0.01 0.05 0.56 0.42 0.86 0.59
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.20 0.04 0.21 0.06 0.02 0.23 0.00 0.11 0.11 0.01 0.20 0.21 0.28 0.21
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.02 0.23 0.08 0.06 0.16 0.03 0.00 0.16 0.01 0.13 0.34 0.31 0.43
C4 0.01 0.01 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.09 0.00 0.02 0.75 0.45 1.26 0.85
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.02 0.17 0.03 0.07
C5 0.01 0.00 0.20 0.23 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.19 0.00 0.05 0.79 0.43 1.31 0.89
C5' 0.02 0.07 0.04 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.04 0.07 0.09 0.14 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03
C6 0.01 0.00 0.21 0.23 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.01 0.06 0.74 0.40 1.12 0.78
N1 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.01 0.59 0.40 0.85 0.60
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.00 0.03 0.65 0.45 1.07 0.72
O2 0.02 0.01 0.23 0.16 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.36 0.01 0.09 0.44 0.41 0.68 0.47
O2' 0.03 0.17 0.00 0.03 0.15 0.11 0.21 0.07 0.19 0.08 0.14 0.36 0.00 0.21 0.16 0.08 0.10 0.21 0.28 0.25
O3' 0.10 0.19 0.11 0.00 0.09 0.01 0.19 0.09 0.18 0.06 0.13 0.36 0.21 0.00 0.10 0.04 0.53 0.58 0.90 0.89
O4 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.00 0.02 0.77 0.47 1.37 0.91
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.44 0.50 0.53 0.50
O5' 0.40 0.56 0.20 0.13 0.75 0.02 0.79 0.01 0.74 0.59 0.65 0.44 0.10 0.53 0.77 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.37 0.42 0.21 0.34 0.45 0.17 0.43 0.08 0.40 0.40 0.45 0.41 0.21 0.58 0.47 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.86 0.28 0.31 1.26 0.03 1.31 0.17 1.12 0.85 1.07 0.68 0.28 0.90 1.37 0.53 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.37 0.59 0.21 0.43 0.85 0.07 0.89 0.03 0.78 0.60 0.72 0.47 0.25 0.89 0.91 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.44 0.50 0.34 0.30 0.04 0.13 0.21 0.18 0.12 0.25 0.51 0.34 0.29 0.23 0.59 0.49 0.25 0.24 0.67 1.21 0.81
C2 0.29 0.39 0.46 0.45 0.28 0.20 0.09 0.15 0.08 0.19 0.24 0.42 0.26 0.18 0.25 0.43 0.53 0.12 0.15 0.49 1.02 0.59
C2' 0.29 0.37 0.47 0.35 0.28 0.08 0.14 0.32 0.17 0.07 0.25 0.42 0.24 0.16 0.23 0.56 0.55 0.29 0.26 0.73 1.09 0.80
C3' 0.16 0.23 0.44 0.43 0.12 0.31 0.17 0.61 0.17 0.24 0.11 0.28 0.31 0.34 0.09 0.55 0.68 0.36 0.41 0.91 1.17 0.95
C4 0.17 0.44 0.44 0.56 0.25 0.31 0.19 0.41 0.18 0.21 0.32 0.38 0.17 0.23 0.20 0.30 0.65 0.15 0.57 0.77 1.22 0.82
C4' 0.15 0.23 0.41 0.40 0.14 0.38 0.31 0.73 0.28 0.44 0.15 0.28 0.42 0.53 0.15 0.58 0.61 0.44 0.59 0.94 1.36 1.09
C5 0.11 0.47 0.44 0.57 0.19 0.34 0.14 0.46 0.11 0.21 0.28 0.41 0.17 0.25 0.13 0.31 0.68 0.23 0.65 0.88 1.31 0.92
C5' 0.31 0.07 0.52 0.78 0.30 0.85 0.50 1.17 0.42 0.71 0.22 0.06 0.53 0.72 0.44 0.52 0.96 0.79 0.86 1.02 1.33 1.15
C6 0.13 0.46 0.46 0.52 0.18 0.28 0.12 0.38 0.10 0.22 0.23 0.46 0.23 0.29 0.10 0.40 0.66 0.21 0.49 0.76 1.22 0.83
N1 0.25 0.44 0.48 0.44 0.25 0.13 0.08 0.14 0.12 0.15 0.24 0.47 0.29 0.26 0.17 0.47 0.56 0.11 0.22 0.59 1.13 0.71
N3 0.25 0.40 0.45 0.52 0.28 0.27 0.19 0.29 0.13 0.24 0.27 0.39 0.14 0.23 0.25 0.35 0.59 0.11 0.34 0.54 1.04 0.62
O2 0.35 0.32 0.45 0.40 0.29 0.25 0.10 0.24 0.12 0.23 0.20 0.37 0.33 0.15 0.30 0.45 0.47 0.25 0.15 0.47 0.99 0.57
O2' 0.62 0.57 0.70 0.53 0.58 0.38 0.42 0.40 0.38 0.44 0.46 0.65 0.31 0.33 0.58 0.81 0.66 0.54 0.52 0.59 0.95 0.70
O3' 0.35 0.37 0.45 0.31 0.32 0.20 0.22 0.56 0.20 0.23 0.26 0.43 0.20 0.24 0.30 0.63 0.61 0.43 0.44 0.95 1.08 0.96
O4 0.17 0.42 0.43 0.60 0.26 0.36 0.25 0.51 0.27 0.23 0.37 0.34 0.26 0.26 0.22 0.26 0.68 0.20 0.68 0.88 1.30 0.91
O4' 0.15 0.28 0.43 0.35 0.13 0.26 0.37 0.50 0.33 0.51 0.18 0.34 0.49 0.64 0.13 0.54 0.50 0.33 0.50 0.80 1.38 0.99
O5' 0.18 0.71 0.51 0.93 0.26 1.12 0.17 1.66 0.25 0.52 0.52 0.63 0.18 0.44 0.20 0.50 1.15 0.86 1.35 1.76 1.82 1.76
OP1 0.61 0.89 0.79 0.67 0.66 0.63 0.52 1.00 0.55 0.47 0.72 0.91 0.47 0.45 0.56 0.96 0.94 0.59 0.80 0.93 1.06 0.93
OP2 0.36 1.31 0.69 1.05 0.69 1.20 0.52 1.87 0.74 0.38 1.11 1.15 0.62 0.36 0.36 0.77 1.27 0.78 1.63 2.18 2.03 2.00
P 0.35 1.12 0.74 0.84 0.61 0.84 0.37 1.37 0.54 0.20 0.88 1.05 0.38 0.16 0.31 0.89 1.16 0.52 1.14 1.54 1.59 1.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.17 0.41 0.15
C2 0.02 0.00 0.17 0.35 0.01 0.35 0.00 0.60 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.35 0.27 0.73 0.78 1.20 0.88
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.12 0.05 0.15 0.15 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.19 0.43 0.13
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.22 0.00 0.24 0.03 0.31 0.17 0.35 0.30 0.31 0.21 0.12 0.00 0.00 0.01 0.30 0.15 0.39 0.20
C4 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.16 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.22 0.12 0.27 0.25 0.78 0.42
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.20 0.23 0.28 0.33 0.19 0.20 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.36 0.08 0.09
C5 0.01 0.00 0.08 0.24 0.00 0.15 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.27 0.03 0.13 0.22 0.87 0.45
C5' 0.04 0.60 0.03 0.03 0.29 0.01 0.29 0.00 0.37 0.39 0.50 0.55 0.37 0.37 0.17 0.06 0.04 0.03 0.01 0.20 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.31 0.01 0.20 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.35 0.10 0.29 0.37 0.98 0.56
C8 0.00 0.01 0.05 0.17 0.00 0.23 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.16 0.17 0.38 0.46 0.91 0.61
N1 0.02 0.00 0.15 0.35 0.01 0.28 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.38 0.20 0.56 0.63 1.14 0.76
N3 0.01 0.01 0.15 0.30 0.00 0.33 0.00 0.55 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.28 0.28 0.64 0.63 0.99 0.72
N6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.38 0.05 0.20 0.36 1.01 0.56
N7 0.00 0.01 0.04 0.21 0.00 0.20 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.11 0.26 0.43 0.98 0.59
N9 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.08 0.10 0.65 0.31
O2' 0.03 0.21 0.00 0.00 0.11 0.06 0.05 0.06 0.09 0.10 0.16 0.21 0.06 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.08 0.49 0.17 0.15
O3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.22 0.02 0.27 0.04 0.35 0.16 0.38 0.28 0.38 0.23 0.10 0.03 0.00 0.02 0.31 0.33 0.27 0.16
O4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.12 0.01 0.03 0.03 0.10 0.17 0.20 0.28 0.05 0.11 0.02 0.07 0.02 0.00 0.15 0.26 0.25 0.15
O5' 0.05 0.73 0.17 0.30 0.27 0.02 0.13 0.01 0.29 0.38 0.56 0.64 0.20 0.26 0.08 0.08 0.31 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.17 0.78 0.19 0.15 0.25 0.36 0.22 0.20 0.37 0.46 0.63 0.63 0.36 0.43 0.10 0.49 0.33 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 1.20 0.43 0.39 0.78 0.08 0.87 0.07 0.98 0.91 1.14 0.99 1.01 0.98 0.65 0.17 0.27 0.25 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.88 0.13 0.20 0.42 0.09 0.45 0.01 0.56 0.61 0.76 0.72 0.56 0.59 0.31 0.15 0.16 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00