ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54547

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.012, 0.174, 0.360, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.174 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.004, 0.192, 0.379, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.192 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.106, 0.423, 0.740, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.423 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.085, 0.407, 0.730, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.407 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.116, 0.472, 0.828, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.472 std_dev=0.356
C5' A 0, 0.014, 0.378, 0.743, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.378 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.142, 0.515, 0.887, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.515 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.082, 0.485, 0.888, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.485 std_dev=0.403
C4' A 0, -0.123, 0.301, 0.725, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.301 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.109, 0.549, 0.990, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.549 std_dev=0.441
N6 B 0, 0.003, 0.542, 1.081, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.542 std_dev=0.539
O2' A 0, -0.089, 0.491, 1.070, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.491 std_dev=0.579
N9 B 0, 0.100, 0.681, 1.262, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.681 std_dev=0.581
N7 B 0, 0.103, 0.687, 1.271, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.687 std_dev=0.584
C3' A 0, -0.120, 0.491, 1.102, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.491 std_dev=0.611
C8 B 0, 0.120, 0.771, 1.422, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.771 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.086, 0.880, 1.675, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.880 std_dev=0.794
O2' B 0, 0.109, 1.033, 1.957, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.033 std_dev=0.924
C2' B 0, 0.092, 1.044, 1.995, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.044 std_dev=0.952
O5' A 0, -0.171, 0.955, 2.081, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.955 std_dev=1.126
OP1 A 0, 0.072, 1.247, 2.422, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.247 std_dev=1.175
O3' A 0, -0.247, 0.997, 2.241, 3.117 max_d=3.117 avg_d=0.997 std_dev=1.244
P A 0, -0.044, 1.246, 2.537, 3.017 max_d=3.017 avg_d=1.246 std_dev=1.291
OP2 A 0, 0.097, 1.532, 2.968, 3.321 max_d=3.321 avg_d=1.532 std_dev=1.435
O4' B 0, -0.058, 1.401, 2.861, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.401 std_dev=1.459
C3' B 0, -0.096, 1.602, 3.300, 4.522 max_d=4.522 avg_d=1.602 std_dev=1.698
C4' B 0, -0.120, 1.790, 3.700, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.790 std_dev=1.910
O3' B 0, -0.220, 2.001, 4.222, 5.895 max_d=5.895 avg_d=2.001 std_dev=2.221
O5' B 0, -0.376, 2.330, 5.036, 7.159 max_d=7.159 avg_d=2.330 std_dev=2.706
C5' B 0, -0.371, 2.362, 5.095, 7.125 max_d=7.125 avg_d=2.362 std_dev=2.733
OP2 B 0, -0.144, 2.644, 5.432, 7.206 max_d=7.206 avg_d=2.644 std_dev=2.788
P B 0, -0.451, 2.635, 5.721, 7.990 max_d=7.990 avg_d=2.635 std_dev=3.086
OP1 B 0, -0.901, 2.985, 6.870, 10.211 max_d=10.211 avg_d=2.985 std_dev=3.886

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.01 0.00 0.50 0.28 0.49 0.34
C2 0.02 0.00 0.06 0.24 0.01 0.09 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.20 0.00 0.01 0.77 0.57 0.82 0.63
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.24 0.03 0.02 0.04 0.11 0.00 0.04 0.02 0.02 0.68 0.56 0.71 0.66
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.35 0.01 0.34 0.01 0.28 0.22 0.31 0.18 0.03 0.01 0.38 0.02 0.23 0.39 0.29 0.37
C4 0.01 0.01 0.02 0.35 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.25 0.01 0.02 0.99 0.77 1.25 0.92
C4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.16 0.00 0.16 0.00 0.13 0.09 0.13 0.06 0.25 0.01 0.18 0.00 0.01 0.16 0.19 0.10
C5 0.02 0.02 0.03 0.34 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.23 0.02 0.04 1.01 0.73 1.28 0.94
C5' 0.10 0.15 0.24 0.01 0.24 0.00 0.23 0.00 0.18 0.14 0.20 0.12 0.16 0.21 0.27 0.01 0.01 0.15 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.28 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.16 0.01 0.04 0.91 0.58 1.03 0.77
N1 0.00 0.00 0.02 0.22 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.17 0.01 0.00 0.76 0.49 0.78 0.58
N3 0.01 0.00 0.04 0.31 0.00 0.13 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.21 0.00 0.01 0.89 0.69 1.04 0.78
O2 0.02 0.00 0.11 0.18 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.37 0.25 0.01 0.02 0.66 0.52 0.67 0.55
O2' 0.02 0.33 0.00 0.03 0.32 0.25 0.22 0.16 0.14 0.17 0.37 0.37 0.00 0.04 0.36 0.20 0.52 0.36 0.67 0.57
O3' 0.31 0.20 0.04 0.01 0.25 0.01 0.23 0.21 0.16 0.17 0.21 0.25 0.04 0.00 0.29 0.24 0.46 0.63 0.46 0.70
O4 0.01 0.00 0.02 0.38 0.01 0.18 0.02 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.29 0.00 0.04 1.05 0.85 1.40 1.01
O4' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.20 0.24 0.04 0.00 0.38 0.08 0.39 0.23
O5' 0.50 0.77 0.68 0.23 0.99 0.01 1.01 0.01 0.91 0.76 0.89 0.66 0.52 0.46 1.05 0.38 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.28 0.57 0.56 0.39 0.77 0.16 0.73 0.15 0.58 0.49 0.69 0.52 0.36 0.63 0.85 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.82 0.71 0.29 1.25 0.19 1.28 0.29 1.03 0.78 1.04 0.67 0.67 0.46 1.40 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.63 0.66 0.37 0.92 0.10 0.94 0.02 0.77 0.58 0.78 0.55 0.57 0.70 1.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.15 0.08 0.15 0.18 0.62 0.15 0.80 0.29 0.19 0.23 0.20 0.48 0.12 0.28 0.14 0.05 0.81 1.31 1.61 1.29 1.36
C2 0.38 0.11 0.07 0.10 0.18 0.30 0.12 0.33 0.17 0.31 0.20 0.14 0.33 0.22 0.29 0.08 0.23 0.54 0.96 1.19 0.81 0.96
C2' 0.53 0.14 0.11 0.27 0.19 0.84 0.16 1.09 0.32 0.18 0.22 0.24 0.56 0.19 0.31 0.19 0.15 1.02 1.54 1.98 1.57 1.67
C3' 0.76 0.15 0.21 0.47 0.29 1.20 0.16 1.52 0.28 0.38 0.23 0.29 0.50 0.17 0.49 0.27 0.30 1.40 1.91 2.47 1.86 2.10
C4 0.36 0.22 0.28 0.55 0.25 0.33 0.19 0.39 0.12 0.26 0.14 0.27 0.13 0.22 0.29 0.25 0.73 0.37 0.33 0.42 0.69 0.28
C4' 0.77 0.29 0.19 0.48 0.34 1.17 0.10 1.47 0.17 0.28 0.19 0.42 0.33 0.08 0.49 0.28 0.33 1.39 1.83 2.23 1.89 2.00
C5 0.41 0.22 0.35 0.63 0.29 0.42 0.18 0.46 0.09 0.25 0.12 0.31 0.10 0.17 0.32 0.28 0.81 0.45 0.30 0.35 0.81 0.30
C5' 0.74 0.28 0.25 0.60 0.26 1.24 0.05 1.54 0.14 0.33 0.18 0.37 0.29 0.20 0.43 0.08 0.58 1.44 1.74 2.06 1.88 1.95
C6 0.41 0.14 0.26 0.43 0.23 0.33 0.09 0.29 0.06 0.23 0.09 0.24 0.19 0.12 0.30 0.16 0.57 0.54 0.61 0.72 0.86 0.61
N1 0.40 0.10 0.09 0.13 0.18 0.36 0.06 0.39 0.18 0.23 0.17 0.17 0.35 0.09 0.29 0.06 0.26 0.61 0.95 1.16 0.94 0.96
N3 0.34 0.16 0.15 0.30 0.20 0.16 0.16 0.08 0.09 0.30 0.16 0.18 0.17 0.25 0.28 0.14 0.46 0.40 0.65 0.82 0.61 0.62
O2 0.41 0.14 0.09 0.12 0.18 0.46 0.15 0.59 0.23 0.37 0.25 0.12 0.42 0.27 0.32 0.13 0.08 0.64 1.22 1.53 0.97 1.25
O2' 0.20 0.17 0.27 0.09 0.17 0.59 0.30 0.94 0.35 0.23 0.26 0.16 0.51 0.39 0.14 0.36 0.06 0.68 1.39 1.93 1.57 1.58
O3' 1.12 0.52 0.62 0.95 0.73 1.68 0.61 2.14 0.48 0.92 0.45 0.67 0.48 0.69 0.94 0.58 0.76 1.83 2.54 3.30 2.37 2.80
O4 0.36 0.30 0.36 0.70 0.28 0.47 0.22 0.62 0.17 0.26 0.21 0.32 0.19 0.24 0.29 0.32 0.90 0.35 0.13 0.23 0.77 0.05
O4' 0.56 0.25 0.07 0.24 0.28 0.76 0.10 0.94 0.18 0.20 0.18 0.35 0.31 0.09 0.38 0.16 0.13 0.99 1.38 1.63 1.39 1.43
O5' 0.26 0.80 0.86 0.99 0.50 1.08 0.61 1.49 0.79 0.36 0.88 0.60 0.84 0.48 0.28 0.72 1.22 0.93 1.49 1.82 1.94 1.85
OP1 0.61 0.57 1.30 1.48 0.33 1.31 0.39 1.56 0.50 0.57 0.62 0.37 0.54 0.45 0.47 1.27 1.85 0.98 1.30 1.41 1.83 1.59
OP2 0.15 0.98 0.94 1.10 0.60 0.98 0.69 1.46 0.93 0.29 1.06 0.75 0.98 0.48 0.30 0.77 1.46 0.78 1.43 1.94 1.93 1.89
P 0.48 0.85 1.27 1.42 0.61 1.15 0.65 1.48 0.79 0.51 0.90 0.69 0.81 0.54 0.50 1.13 1.76 0.84 1.32 1.58 1.93 1.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.26 0.35 0.39 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.63 0.00 0.74 0.01 1.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.58 0.51 0.69 0.96 1.42 0.96
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.06 0.08 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.33 0.37 0.11 0.16
C3' 0.02 0.63 0.01 0.00 0.26 0.00 0.09 0.04 0.24 0.32 0.46 0.61 0.15 0.20 0.04 0.01 0.01 0.01 0.38 0.43 0.10 0.25
C4 0.01 0.00 0.03 0.26 0.00 0.33 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.20 0.27 0.31 0.40 0.66 0.33
C4' 0.00 0.74 0.01 0.00 0.33 0.00 0.14 0.01 0.30 0.37 0.56 0.71 0.19 0.22 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.25 0.35 0.09
C5 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.12 0.54 0.53 0.31 0.38
C5' 0.06 1.18 0.04 0.04 0.49 0.01 0.26 0.00 0.50 0.60 0.92 1.08 0.36 0.42 0.14 0.03 0.03 0.02 0.00 0.34 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.30 0.00 0.50 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.21 0.23 0.40 0.46 0.56 0.37
C8 0.01 0.01 0.08 0.32 0.00 0.37 0.00 0.60 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.29 0.27 1.11 1.15 0.64 0.94
N1 0.01 0.00 0.06 0.46 0.00 0.56 0.00 0.92 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.44 0.39 0.46 0.72 1.10 0.68
N3 0.01 0.00 0.08 0.61 0.01 0.71 0.01 1.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.52 0.52 0.62 0.81 1.28 0.85
N6 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.15 0.53 0.53 0.31 0.43
N7 0.00 0.01 0.06 0.20 0.00 0.22 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.20 0.14 1.02 1.07 0.54 0.89
N9 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.54 0.55 0.28 0.29
O2' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.14 0.02 0.07 0.03 0.12 0.15 0.23 0.29 0.08 0.10 0.03 0.00 0.07 0.05 0.13 0.24 0.20 0.07
O3' 0.05 0.58 0.05 0.01 0.20 0.03 0.07 0.03 0.21 0.29 0.44 0.52 0.14 0.20 0.05 0.07 0.00 0.04 0.27 0.39 0.30 0.25
O4' 0.01 0.51 0.01 0.01 0.27 0.00 0.12 0.02 0.23 0.27 0.39 0.52 0.15 0.14 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.28 0.61 0.19
O5' 0.26 0.69 0.33 0.38 0.31 0.02 0.54 0.00 0.40 1.11 0.46 0.62 0.53 1.02 0.54 0.13 0.27 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.35 0.96 0.37 0.43 0.40 0.25 0.53 0.34 0.46 1.15 0.72 0.81 0.53 1.07 0.55 0.24 0.39 0.28 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.39 1.42 0.11 0.10 0.66 0.35 0.31 0.33 0.56 0.64 1.10 1.28 0.31 0.54 0.28 0.20 0.30 0.61 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.96 0.16 0.25 0.33 0.09 0.38 0.01 0.37 0.94 0.68 0.85 0.43 0.89 0.29 0.07 0.25 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00