ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54548

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C6 A 0, -0.006, 0.020, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.020 std_dev=0.025
N1 A 0, -0.003, 0.027, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.004, 0.029, 0.061, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.029 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.006, 0.039, 0.072, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.033
O2 A 0, -0.011, 0.050, 0.111, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.050 std_dev=0.061
O4 A 0, 0.006, 0.075, 0.144, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.075 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.097, 0.329, 0.561, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.329 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.187, 0.425, 0.664, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.425 std_dev=0.239
O4' A 0, 0.090, 0.345, 0.600, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.345 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.194, 0.451, 0.707, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.451 std_dev=0.256
C2 B 0, 0.221, 0.482, 0.743, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.482 std_dev=0.261
C5 B 0, 0.199, 0.473, 0.748, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.473 std_dev=0.275
N9 B 0, 0.293, 0.615, 0.937, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.615 std_dev=0.322
N1 B 0, 0.161, 0.524, 0.887, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.524 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.152, 0.522, 0.893, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.522 std_dev=0.371
C8 B 0, 0.222, 0.662, 1.102, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.662 std_dev=0.440
C1' B 0, 0.376, 0.825, 1.275, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.825 std_dev=0.449
N7 B 0, 0.144, 0.595, 1.045, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.595 std_dev=0.450
C4' A 0, 0.101, 0.637, 1.174, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.637 std_dev=0.537
C5' A 0, 0.192, 0.731, 1.270, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.731 std_dev=0.539
N6 B 0, 0.106, 0.697, 1.289, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.697 std_dev=0.591
C2' B 0, 0.533, 1.127, 1.721, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.127 std_dev=0.594
O2' A 0, 0.050, 0.719, 1.387, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.719 std_dev=0.669
O4' B 0, 0.082, 0.751, 1.421, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.751 std_dev=0.670
C3' A 0, 0.092, 0.773, 1.454, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.773 std_dev=0.681
C3' B 0, 0.435, 1.152, 1.868, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.152 std_dev=0.717
O2' B 0, 0.696, 1.480, 2.263, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.480 std_dev=0.784
C4' B 0, -0.019, 0.868, 1.754, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.868 std_dev=0.886
O3' B 0, 0.561, 1.468, 2.375, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.468 std_dev=0.907
O5' B 0, 0.465, 1.414, 2.363, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.414 std_dev=0.949
C5' B 0, 0.216, 1.182, 2.149, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.182 std_dev=0.966
P B 0, 0.292, 1.399, 2.506, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.399 std_dev=1.107
O5' A 0, -0.135, 1.073, 2.281, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.073 std_dev=1.208
OP2 B 0, 0.420, 1.642, 2.864, 3.581 max_d=3.581 avg_d=1.642 std_dev=1.222
O3' A 0, 0.082, 1.343, 2.604, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.343 std_dev=1.261
OP1 A 0, -0.236, 1.425, 3.085, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.425 std_dev=1.660
P A 0, -0.416, 1.315, 3.047, 4.479 max_d=4.479 avg_d=1.315 std_dev=1.732
OP1 B 0, -0.048, 1.741, 3.530, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.741 std_dev=1.789
OP2 A 0, -0.531, 1.712, 3.955, 5.765 max_d=5.765 avg_d=1.712 std_dev=2.243

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.09 0.02 0.34 0.04 0.00 0.10 0.09 0.24 0.23
C2 0.06 0.00 0.11 0.18 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.26 0.03 0.11 0.11 0.08 0.22 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.23 0.13 0.01 0.08 0.22 0.00 0.04 0.03 0.02 0.48 0.28 0.70 0.56
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.33 0.00 0.36 0.02 0.31 0.20 0.26 0.16 0.01 0.01 0.35 0.02 0.37 0.22 0.50 0.32
C4 0.04 0.01 0.03 0.33 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.08 0.01 0.05 0.38 0.22 0.50 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.18 0.06 0.03 0.14 0.31 0.03 0.13 0.00 0.02 0.09 0.03 0.05
C5 0.03 0.02 0.11 0.36 0.01 0.19 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.17 0.03 0.08 0.45 0.23 0.53 0.36
C5' 0.09 0.06 0.23 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.16 0.05 0.07 0.15 0.09 0.21 0.18 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01
C6 0.04 0.01 0.13 0.31 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.11 0.02 0.10 0.34 0.13 0.35 0.27
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.12 0.02 0.02 0.13 0.07 0.22 0.20
N3 0.05 0.01 0.08 0.26 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.33 0.16 0.03 0.09 0.24 0.14 0.34 0.21
O2 0.09 0.00 0.22 0.16 0.01 0.14 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.48 0.03 0.18 0.07 0.09 0.19 0.20
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.41 0.31 0.39 0.09 0.32 0.22 0.33 0.12 0.00 0.04 0.44 0.22 0.49 0.27 0.88 0.59
O3' 0.34 0.26 0.04 0.01 0.08 0.03 0.17 0.21 0.11 0.12 0.16 0.48 0.04 0.00 0.11 0.23 0.36 0.65 0.58 0.43
O4 0.04 0.03 0.03 0.35 0.01 0.13 0.03 0.18 0.02 0.02 0.03 0.03 0.44 0.11 0.00 0.05 0.45 0.30 0.62 0.39
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.05 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.09 0.18 0.22 0.23 0.05 0.00 0.15 0.09 0.12 0.10
O5' 0.10 0.11 0.48 0.37 0.38 0.02 0.45 0.00 0.34 0.13 0.24 0.07 0.49 0.36 0.45 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.08 0.28 0.22 0.22 0.09 0.23 0.06 0.13 0.07 0.14 0.09 0.27 0.65 0.30 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.22 0.70 0.50 0.50 0.03 0.53 0.04 0.35 0.22 0.34 0.19 0.88 0.58 0.62 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.18 0.56 0.32 0.32 0.05 0.36 0.01 0.27 0.20 0.21 0.20 0.59 0.43 0.39 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.26 0.51 0.56 0.36 0.37 0.39 0.40 0.38 0.43 0.23 0.37 0.50 0.44 0.40 0.41 0.60 0.28 0.22 0.68 1.01 0.70
C2 0.45 0.16 0.56 0.54 0.36 0.36 0.28 0.33 0.18 0.39 0.12 0.33 0.18 0.32 0.44 0.48 0.57 0.29 0.20 0.59 0.97 0.67
C2' 0.33 0.25 0.47 0.47 0.31 0.27 0.37 0.27 0.40 0.38 0.25 0.33 0.58 0.44 0.34 0.40 0.52 0.20 0.15 0.64 0.99 0.65
C3' 0.41 0.43 0.61 0.60 0.37 0.36 0.36 0.32 0.41 0.34 0.36 0.48 0.59 0.38 0.38 0.53 0.69 0.25 0.13 0.54 0.86 0.56
C4 0.47 0.12 0.45 0.46 0.21 0.46 0.13 0.47 0.19 0.39 0.22 0.15 0.28 0.23 0.38 0.46 0.46 0.46 0.34 0.86 1.04 0.78
C4' 0.49 0.54 0.66 0.74 0.53 0.53 0.60 0.59 0.64 0.59 0.53 0.56 0.82 0.65 0.54 0.52 0.82 0.39 0.29 0.83 1.04 0.72
C5 0.39 0.22 0.36 0.44 0.19 0.47 0.13 0.55 0.17 0.41 0.30 0.16 0.25 0.30 0.34 0.34 0.44 0.43 0.36 0.98 1.07 0.80
C5' 0.49 0.48 0.60 0.73 0.52 0.58 0.64 0.70 0.63 0.67 0.46 0.50 0.85 0.75 0.56 0.45 0.78 0.46 0.39 1.02 1.02 0.74
C6 0.35 0.21 0.37 0.45 0.24 0.41 0.24 0.49 0.05 0.42 0.18 0.21 0.11 0.39 0.35 0.30 0.46 0.35 0.29 0.89 1.05 0.76
N1 0.38 0.17 0.46 0.50 0.32 0.37 0.32 0.40 0.22 0.42 0.06 0.29 0.28 0.40 0.39 0.37 0.53 0.29 0.23 0.72 1.02 0.71
N3 0.51 0.07 0.55 0.51 0.30 0.40 0.19 0.35 0.04 0.40 0.06 0.24 0.09 0.26 0.45 0.53 0.53 0.37 0.25 0.65 0.97 0.70
O2 0.46 0.29 0.64 0.58 0.38 0.35 0.30 0.30 0.27 0.37 0.28 0.40 0.27 0.30 0.43 0.56 0.63 0.27 0.18 0.44 0.90 0.61
O2' 0.48 0.15 0.57 0.57 0.35 0.42 0.40 0.43 0.35 0.52 0.15 0.31 0.50 0.52 0.47 0.51 0.60 0.38 0.39 0.86 1.21 0.90
O3' 0.91 0.94 1.16 1.13 0.86 0.84 0.77 0.75 0.78 0.75 0.83 0.99 0.81 0.71 0.86 1.10 1.24 0.69 0.51 0.88 1.19 0.90
O4 0.52 0.12 0.47 0.46 0.15 0.54 0.16 0.51 0.31 0.34 0.28 0.10 0.44 0.19 0.35 0.55 0.46 0.56 0.43 0.94 1.06 0.83
O4' 0.48 0.46 0.61 0.71 0.52 0.54 0.60 0.62 0.61 0.60 0.45 0.50 0.74 0.65 0.54 0.45 0.77 0.42 0.33 0.85 1.09 0.77
O5' 0.48 0.35 0.57 0.68 0.55 0.59 0.77 0.69 0.82 0.76 0.52 0.38 1.14 0.89 0.58 0.46 0.71 0.49 0.49 0.98 0.66 0.49
OP1 0.57 0.47 0.68 0.83 0.60 0.70 0.75 0.83 0.74 0.80 0.54 0.50 0.96 0.89 0.65 0.54 0.89 0.56 0.49 1.20 0.94 0.73
OP2 0.68 0.47 0.85 0.99 0.72 0.86 0.94 0.96 0.94 0.98 0.64 0.52 1.26 1.11 0.77 0.73 1.05 0.69 0.70 1.19 0.47 0.51
P 0.56 0.42 0.68 0.80 0.58 0.68 0.73 0.78 0.74 0.76 0.51 0.46 1.00 0.86 0.62 0.57 0.85 0.54 0.44 1.08 0.78 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.08 0.53 0.27
C2 0.06 0.00 0.10 0.27 0.00 0.11 0.02 0.22 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.13 0.33 0.06 0.27 0.17 0.84 0.46
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.35 0.50 0.25
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.21 0.01 0.22 0.02 0.26 0.12 0.27 0.24 0.27 0.17 0.11 0.02 0.01 0.01 0.39 0.54 0.59 0.37
C4 0.02 0.00 0.06 0.21 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.24 0.02 0.29 0.16 0.82 0.45
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.20 0.18 0.16 0.07 0.24 0.22 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.25 0.36 0.09
C5 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.19 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.26 0.06 0.37 0.28 1.00 0.58
C5' 0.03 0.22 0.02 0.02 0.21 0.00 0.31 0.00 0.35 0.26 0.29 0.16 0.41 0.35 0.14 0.07 0.03 0.00 0.01 0.30 0.38 0.01
C6 0.02 0.03 0.05 0.26 0.01 0.20 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.32 0.05 0.37 0.34 1.05 0.62
C8 0.06 0.02 0.06 0.12 0.01 0.18 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.14 0.15 0.38 0.23 0.92 0.55
N1 0.04 0.01 0.07 0.27 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.34 0.03 0.32 0.27 0.96 0.55
N3 0.06 0.00 0.10 0.24 0.01 0.07 0.03 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.28 0.08 0.24 0.11 0.74 0.39
N6 0.03 0.03 0.06 0.27 0.02 0.24 0.02 0.41 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.33 0.09 0.43 0.44 1.16 0.71
N7 0.05 0.03 0.05 0.17 0.02 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.20 0.14 0.42 0.35 1.09 0.65
N9 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.12 0.03 0.28 0.11 0.72 0.40
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.11 0.12 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.08 0.10 0.29 0.37 0.18
O3' 0.02 0.33 0.01 0.01 0.24 0.01 0.26 0.03 0.32 0.14 0.34 0.28 0.33 0.20 0.12 0.03 0.00 0.01 0.37 0.78 0.68 0.48
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.15 0.03 0.08 0.09 0.14 0.03 0.08 0.01 0.00 0.08 0.10 0.56 0.32
O5' 0.11 0.27 0.26 0.39 0.29 0.01 0.37 0.01 0.37 0.38 0.32 0.24 0.43 0.42 0.28 0.10 0.37 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.17 0.35 0.54 0.16 0.25 0.28 0.30 0.34 0.23 0.27 0.11 0.44 0.35 0.11 0.29 0.78 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.84 0.50 0.59 0.82 0.36 1.00 0.38 1.05 0.92 0.96 0.74 1.16 1.09 0.72 0.37 0.68 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.46 0.25 0.37 0.45 0.09 0.58 0.01 0.62 0.55 0.55 0.39 0.71 0.65 0.40 0.18 0.48 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00