ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54549

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.030, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.002, 0.035, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C6 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.001, 0.035, 0.070, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.007, 0.069, 0.132, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.069 std_dev=0.062
O4 A 0, 0.009, 0.106, 0.204, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.106 std_dev=0.098
C6 B 0, 0.051, 0.162, 0.272, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.162 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.027, 0.229, 0.431, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.229 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.032, 0.279, 0.526, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.279 std_dev=0.247
N6 B 0, 0.003, 0.287, 0.570, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.287 std_dev=0.284
O4' A 0, 0.021, 0.315, 0.608, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.315 std_dev=0.294
C4' A 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.298 std_dev=0.297
C3' A 0, 0.007, 0.318, 0.630, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.318 std_dev=0.312
C4 B 0, -0.012, 0.311, 0.633, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.311 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.001, 0.344, 0.686, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.344 std_dev=0.342
N3 B 0, -0.021, 0.361, 0.744, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.361 std_dev=0.382
C2' B 0, -0.039, 0.403, 0.845, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.403 std_dev=0.442
N7 B 0, -0.071, 0.374, 0.819, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.374 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.002, 0.474, 0.945, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.474 std_dev=0.472
C5' A 0, -0.052, 0.448, 0.947, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.448 std_dev=0.499
C2' A 0, -0.015, 0.511, 1.037, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.511 std_dev=0.526
N9 B 0, -0.106, 0.452, 1.010, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.452 std_dev=0.558
O3' A 0, 0.053, 0.636, 1.218, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.636 std_dev=0.583
C8 B 0, -0.131, 0.474, 1.080, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.474 std_dev=0.606
C1' B 0, -0.185, 0.595, 1.374, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.595 std_dev=0.780
OP2 A 0, -0.171, 0.697, 1.565, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.697 std_dev=0.868
O2' A 0, -0.013, 1.024, 2.062, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.024 std_dev=1.037
O5' A 0, -0.289, 1.075, 2.439, 3.385 max_d=3.385 avg_d=1.075 std_dev=1.364
O4' B 0, -0.439, 0.958, 2.355, 3.360 max_d=3.360 avg_d=0.958 std_dev=1.397
P A 0, -0.405, 0.997, 2.399, 3.411 max_d=3.411 avg_d=0.997 std_dev=1.402
C3' B 0, -0.452, 1.019, 2.490, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.019 std_dev=1.471
OP1 A 0, -0.485, 1.288, 3.060, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.288 std_dev=1.772
C4' B 0, -0.561, 1.222, 3.005, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.222 std_dev=1.783
O3' B 0, -0.581, 1.213, 3.007, 4.310 max_d=4.310 avg_d=1.213 std_dev=1.794
O5' B 0, -0.690, 1.598, 3.886, 5.528 max_d=5.528 avg_d=1.598 std_dev=2.288
C5' B 0, -0.752, 1.563, 3.877, 5.552 max_d=5.552 avg_d=1.563 std_dev=2.314
OP2 B 0, -0.905, 1.735, 4.376, 6.298 max_d=6.298 avg_d=1.735 std_dev=2.641
P B 0, -0.860, 1.883, 4.626, 6.605 max_d=6.605 avg_d=1.883 std_dev=2.743
OP1 B 0, -0.740, 2.345, 5.431, 7.568 max_d=7.568 avg_d=2.345 std_dev=3.085

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.28 0.01 0.01 0.28 0.56 0.32 0.32
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.28 0.01 0.08 0.27 0.67 0.05 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.11 0.02 0.22 0.24 0.23 0.06 0.02 0.25 0.01 0.05 0.11 0.02 0.49 0.46 0.19 0.37
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.04 0.09 0.05 0.05 0.09 0.02 0.02 0.06 0.01 0.39 0.44 0.41 0.40
C4 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.20 0.00 0.05 0.28 0.75 0.16 0.17
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.04 0.18 0.02 0.10 0.01 0.02 0.21 0.33 0.13
C5 0.01 0.01 0.22 0.09 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.16 0.00 0.08 0.28 0.81 0.06 0.28
C5' 0.10 0.19 0.24 0.04 0.27 0.01 0.28 0.00 0.25 0.19 0.23 0.15 0.04 0.21 0.29 0.01 0.01 0.34 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.23 0.09 0.01 0.09 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.17 0.00 0.08 0.31 0.81 0.12 0.37
N1 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.23 0.00 0.02 0.29 0.70 0.16 0.29
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.25 0.01 0.06 0.29 0.70 0.11 0.14
O2 0.03 0.00 0.25 0.09 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.33 0.01 0.14 0.26 0.61 0.06 0.14
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.24 0.18 0.34 0.04 0.32 0.13 0.13 0.32 0.00 0.10 0.26 0.12 0.47 0.50 0.22 0.39
O3' 0.28 0.28 0.05 0.02 0.20 0.02 0.16 0.21 0.17 0.23 0.25 0.33 0.10 0.00 0.20 0.23 0.42 0.50 0.43 0.44
O4 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.20 0.00 0.06 0.29 0.73 0.25 0.12
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.06 0.14 0.12 0.23 0.06 0.00 0.08 0.39 0.42 0.23
O5' 0.28 0.27 0.49 0.39 0.28 0.02 0.28 0.01 0.31 0.29 0.29 0.26 0.47 0.42 0.29 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.56 0.67 0.46 0.44 0.75 0.21 0.81 0.34 0.81 0.70 0.70 0.61 0.50 0.50 0.73 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.05 0.19 0.41 0.16 0.33 0.06 0.22 0.12 0.16 0.11 0.06 0.22 0.43 0.25 0.42 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.18 0.37 0.40 0.17 0.13 0.28 0.02 0.37 0.29 0.14 0.14 0.39 0.44 0.12 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.29 0.20 0.21 0.05 0.12 0.13 0.26 0.07 0.32 0.29 0.14 0.11 0.32 0.18 0.19 0.06 0.11 0.29 0.24 0.12 0.10
C2 0.07 0.31 0.12 0.02 0.03 0.38 0.06 0.60 0.07 0.18 0.28 0.19 0.07 0.19 0.09 0.24 0.27 0.34 0.65 0.54 0.35 0.52
C2' 0.13 0.27 0.10 0.12 0.01 0.20 0.03 0.38 0.13 0.22 0.30 0.15 0.14 0.19 0.12 0.14 0.11 0.17 0.51 0.41 0.18 0.35
C3' 0.16 0.34 0.15 0.25 0.04 0.09 0.05 0.16 0.15 0.27 0.36 0.19 0.13 0.24 0.15 0.08 0.07 0.08 0.17 0.19 0.26 0.06
C4 0.25 0.17 0.14 0.07 0.12 0.17 0.10 0.46 0.17 0.22 0.22 0.10 0.20 0.15 0.21 0.29 0.10 0.09 0.67 0.59 0.56 0.61
C4' 0.05 0.42 0.07 0.24 0.10 0.05 0.04 0.09 0.23 0.19 0.44 0.27 0.20 0.17 0.05 0.09 0.03 0.09 0.12 0.35 0.40 0.19
C5 0.36 0.16 0.19 0.28 0.16 0.12 0.12 0.09 0.17 0.37 0.25 0.08 0.26 0.27 0.32 0.24 0.14 0.18 0.34 0.27 0.21 0.24
C5' 0.11 0.55 0.14 0.18 0.27 0.06 0.24 0.03 0.43 0.10 0.60 0.41 0.46 0.09 0.13 0.35 0.07 0.13 0.20 0.41 0.43 0.26
C6 0.30 0.22 0.20 0.30 0.11 0.08 0.12 0.08 0.14 0.38 0.29 0.06 0.20 0.32 0.28 0.20 0.11 0.11 0.27 0.23 0.05 0.10
N1 0.18 0.28 0.17 0.16 0.04 0.14 0.10 0.31 0.10 0.29 0.31 0.13 0.09 0.28 0.18 0.21 0.07 0.11 0.40 0.31 0.10 0.25
N3 0.08 0.24 0.10 0.08 0.03 0.42 0.04 0.69 0.11 0.14 0.23 0.14 0.11 0.12 0.08 0.28 0.30 0.36 0.79 0.69 0.57 0.70
O2 0.06 0.36 0.09 0.14 0.10 0.54 0.05 0.77 0.03 0.13 0.26 0.27 0.12 0.16 0.05 0.24 0.43 0.50 0.75 0.64 0.40 0.61
O2' 0.18 0.17 0.16 0.09 0.08 0.33 0.14 0.59 0.17 0.25 0.22 0.06 0.26 0.24 0.17 0.28 0.16 0.29 0.69 0.57 0.39 0.58
O3' 0.15 0.62 0.16 0.11 0.27 0.28 0.20 0.35 0.35 0.16 0.60 0.47 0.27 0.15 0.15 0.23 0.26 0.29 0.36 0.23 0.16 0.10
O4 0.30 0.19 0.14 0.06 0.18 0.22 0.14 0.58 0.19 0.15 0.20 0.20 0.22 0.09 0.23 0.35 0.14 0.09 0.86 0.80 0.85 0.85
O4' 0.10 0.42 0.16 0.27 0.04 0.07 0.05 0.12 0.15 0.28 0.44 0.25 0.08 0.29 0.12 0.05 0.05 0.10 0.07 0.33 0.43 0.20
O5' 0.30 0.85 0.37 0.19 0.53 0.18 0.55 0.18 0.81 0.25 0.95 0.67 0.94 0.33 0.35 0.63 0.26 0.22 0.34 0.47 0.53 0.39
OP1 0.64 0.06 0.38 0.84 0.27 0.94 0.13 1.08 0.18 0.53 0.24 0.19 0.46 0.31 0.50 0.11 0.67 0.89 0.97 1.06 1.10 1.08
OP2 0.17 0.55 0.32 0.14 0.36 0.08 0.41 0.20 0.58 0.15 0.62 0.44 0.70 0.24 0.22 0.63 0.07 0.04 0.28 0.49 0.53 0.41
P 0.05 0.58 0.18 0.29 0.29 0.31 0.37 0.48 0.63 0.07 0.71 0.40 0.82 0.16 0.10 0.51 0.10 0.22 0.48 0.68 0.79 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.13 0.42 0.17 0.18
C2 0.03 0.00 0.43 0.18 0.01 0.31 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.49 0.13 0.44 0.36 0.42 0.15 0.26
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.23 0.01 0.12 0.13 0.21 0.19 0.35 0.41 0.15 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.27 0.64 0.53 0.44
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.19 0.00 0.26 0.02 0.27 0.26 0.23 0.14 0.30 0.29 0.18 0.02 0.00 0.02 0.13 0.44 0.05 0.14
C4 0.01 0.01 0.23 0.19 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.26 0.18 0.38 0.08 0.13
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.12 0.00 0.03 0.01 0.10 0.26 0.22 0.30 0.05 0.18 0.06 0.24 0.01 0.00 0.01 0.29 0.05 0.06
C5 0.02 0.01 0.12 0.26 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.13 0.08 0.38 0.14 0.10
C5' 0.04 0.44 0.13 0.02 0.19 0.01 0.07 0.00 0.17 0.32 0.34 0.41 0.11 0.23 0.05 0.10 0.19 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01
C6 0.03 0.00 0.21 0.27 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.22 0.13 0.38 0.13 0.07
C8 0.01 0.01 0.19 0.26 0.00 0.26 0.00 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.06 0.21 0.26 0.38 0.25 0.27
N1 0.03 0.00 0.35 0.23 0.02 0.22 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.07 0.35 0.27 0.38 0.08 0.15
N3 0.02 0.01 0.41 0.14 0.00 0.30 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.48 0.17 0.44 0.35 0.44 0.18 0.27
N6 0.03 0.00 0.15 0.30 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.16 0.07 0.41 0.23 0.12
N7 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.38 0.09 0.09 0.21 0.42 0.31 0.28
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.08 0.03 0.08 0.36 0.06 0.09
O2' 0.03 0.49 0.00 0.02 0.14 0.24 0.08 0.10 0.06 0.47 0.30 0.48 0.06 0.38 0.13 0.00 0.06 0.16 0.16 0.61 0.59 0.39
O3' 0.25 0.13 0.02 0.00 0.09 0.01 0.04 0.19 0.04 0.06 0.07 0.17 0.08 0.09 0.08 0.06 0.00 0.15 0.36 0.45 0.22 0.32
O4' 0.00 0.44 0.03 0.02 0.26 0.00 0.13 0.01 0.22 0.21 0.35 0.44 0.16 0.09 0.03 0.16 0.15 0.00 0.14 0.30 0.06 0.08
O5' 0.13 0.36 0.27 0.13 0.18 0.01 0.08 0.01 0.13 0.26 0.27 0.35 0.07 0.21 0.08 0.16 0.36 0.14 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.42 0.42 0.64 0.44 0.38 0.29 0.38 0.15 0.38 0.38 0.38 0.44 0.41 0.42 0.36 0.61 0.45 0.30 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.15 0.53 0.05 0.08 0.05 0.14 0.08 0.13 0.25 0.08 0.18 0.23 0.31 0.06 0.59 0.22 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.26 0.44 0.14 0.13 0.06 0.10 0.01 0.07 0.27 0.15 0.27 0.12 0.28 0.09 0.39 0.32 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00