ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54550

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, -0.001, 0.019, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.003, 0.021, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O4 A 0, -0.004, 0.044, 0.092, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.044 std_dev=0.048
C2' A 0, -0.020, 0.180, 0.381, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.180 std_dev=0.200
O4' A 0, -0.075, 0.232, 0.538, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.232 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.107, 0.432, 0.758, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.432 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.104, 0.433, 0.763, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.433 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.106, 0.464, 0.821, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.464 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.106, 0.465, 0.825, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.465 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.121, 0.520, 0.919, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.520 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.073, 0.477, 0.880, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.477 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.094, 0.510, 0.926, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.510 std_dev=0.416
C8 B 0, 0.095, 0.519, 0.942, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.519 std_dev=0.423
C6 B 0, 0.062, 0.513, 0.965, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.513 std_dev=0.452
N7 B 0, 0.081, 0.540, 0.999, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.540 std_dev=0.459
O2' A 0, -0.087, 0.456, 0.998, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.456 std_dev=0.543
N6 B 0, 0.030, 0.618, 1.205, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.618 std_dev=0.587
C4' A 0, -0.190, 0.432, 1.053, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.432 std_dev=0.621
C5' A 0, -0.129, 0.499, 1.126, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.499 std_dev=0.627
OP1 A 0, 0.063, 0.744, 1.425, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.744 std_dev=0.681
C3' A 0, -0.245, 0.453, 1.150, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.453 std_dev=0.697
O5' A 0, 0.047, 0.874, 1.700, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.874 std_dev=0.827
P A 0, -0.002, 0.863, 1.727, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.863 std_dev=0.865
OP2 A 0, 0.015, 0.950, 1.884, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.950 std_dev=0.935
O4' B 0, -0.061, 1.000, 2.061, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.000 std_dev=1.061
O3' A 0, -0.257, 0.828, 1.913, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.828 std_dev=1.085
C2' B 0, -0.086, 1.024, 2.134, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.024 std_dev=1.110
C4' B 0, -0.219, 1.267, 2.754, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.267 std_dev=1.486
O2' B 0, -0.162, 1.350, 2.863, 3.858 max_d=3.858 avg_d=1.350 std_dev=1.512
C3' B 0, -0.361, 1.367, 3.094, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.367 std_dev=1.728
O3' B 0, -0.463, 1.543, 3.550, 4.963 max_d=4.963 avg_d=1.543 std_dev=2.006
C5' B 0, -0.616, 2.021, 4.658, 6.497 max_d=6.497 avg_d=2.021 std_dev=2.637
O5' B 0, -1.043, 2.318, 5.679, 8.108 max_d=8.108 avg_d=2.318 std_dev=3.361
P B 0, -1.559, 2.937, 7.434, 10.705 max_d=10.705 avg_d=2.937 std_dev=4.497
OP2 B 0, -1.048, 3.836, 8.721, 12.007 max_d=12.007 avg_d=3.836 std_dev=4.885
OP1 B 0, -1.559, 3.511, 8.582, 12.230 max_d=12.230 avg_d=3.511 std_dev=5.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.03 0.00 0.27 0.42 0.39 0.22
C2 0.03 0.00 0.09 0.25 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.29 0.16 0.03 0.04 0.31 0.57 0.34 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.19 0.08 0.02 0.06 0.15 0.00 0.05 0.01 0.02 0.62 0.61 0.59 0.57
C3' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.37 0.01 0.35 0.05 0.29 0.23 0.33 0.17 0.02 0.00 0.40 0.01 0.35 0.25 0.13 0.27
C4 0.02 0.02 0.01 0.37 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.34 0.28 0.00 0.03 0.26 0.64 0.31 0.13
C4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.18 0.11 0.15 0.03 0.26 0.03 0.21 0.00 0.01 0.11 0.32 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.22 0.00 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.26 0.30 0.00 0.07 0.22 0.64 0.39 0.13
C5' 0.07 0.09 0.19 0.05 0.24 0.00 0.25 0.00 0.16 0.07 0.17 0.04 0.06 0.16 0.27 0.01 0.02 0.13 0.42 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.18 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.00 0.07 0.25 0.60 0.44 0.18
N1 0.01 0.00 0.02 0.23 0.02 0.11 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.15 0.02 0.01 0.30 0.55 0.40 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.33 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.21 0.02 0.02 0.30 0.61 0.30 0.17
O2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.19 0.03 0.08 0.33 0.53 0.35 0.25
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.34 0.26 0.26 0.06 0.18 0.18 0.35 0.29 0.00 0.02 0.38 0.22 0.50 0.42 0.53 0.44
O3' 0.24 0.16 0.05 0.00 0.28 0.03 0.30 0.16 0.22 0.15 0.21 0.19 0.02 0.00 0.32 0.17 0.18 0.13 0.16 0.15
O4 0.03 0.03 0.01 0.40 0.00 0.21 0.00 0.27 0.00 0.02 0.02 0.03 0.38 0.32 0.00 0.03 0.25 0.65 0.29 0.09
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.22 0.17 0.03 0.00 0.05 0.22 0.44 0.16
O5' 0.27 0.31 0.62 0.35 0.26 0.01 0.22 0.02 0.25 0.30 0.30 0.33 0.50 0.18 0.25 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.42 0.57 0.61 0.25 0.64 0.11 0.64 0.13 0.60 0.55 0.61 0.53 0.42 0.13 0.65 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.34 0.59 0.13 0.31 0.32 0.39 0.42 0.44 0.40 0.30 0.35 0.53 0.16 0.29 0.44 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.22 0.57 0.27 0.13 0.04 0.13 0.03 0.18 0.22 0.17 0.25 0.44 0.15 0.09 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.22 0.76 0.93 0.12 0.07 0.12 0.26 0.13 0.13 0.17 0.20 0.16 0.21 0.06 0.72 1.07 0.38 0.36 0.52 0.81 0.28
C2 0.15 0.21 0.68 1.12 0.07 0.49 0.18 0.61 0.17 0.21 0.07 0.19 0.34 0.32 0.09 0.41 1.09 0.04 0.71 0.94 1.56 0.85
C2' 0.05 0.23 0.75 0.87 0.12 0.17 0.14 0.56 0.18 0.14 0.22 0.17 0.19 0.18 0.07 0.83 1.14 0.56 0.45 0.77 0.76 0.56
C3' 0.09 0.27 0.66 0.67 0.10 0.38 0.18 0.93 0.13 0.38 0.21 0.19 0.15 0.38 0.17 0.86 1.08 0.76 0.94 1.24 1.30 1.19
C4 0.22 0.13 0.82 1.44 0.12 0.92 0.26 1.36 0.34 0.18 0.20 0.20 0.50 0.31 0.13 0.47 1.31 0.31 1.70 2.32 2.76 2.16
C4' 0.16 0.14 0.66 0.60 0.18 0.47 0.27 1.04 0.19 0.43 0.13 0.11 0.21 0.42 0.26 0.91 0.98 0.86 1.00 1.25 1.25 1.24
C5 0.25 0.06 0.97 1.56 0.07 0.91 0.19 1.28 0.27 0.11 0.16 0.17 0.39 0.23 0.11 0.71 1.47 0.25 1.71 2.20 2.54 2.07
C5' 0.14 0.17 0.80 0.75 0.20 0.45 0.27 1.00 0.22 0.38 0.17 0.15 0.23 0.38 0.25 1.14 1.24 0.91 0.74 0.78 1.00 0.89
C6 0.23 0.13 1.00 1.45 0.05 0.64 0.14 0.77 0.18 0.08 0.09 0.18 0.28 0.20 0.09 0.81 1.44 0.06 1.11 1.35 1.71 1.26
N1 0.16 0.19 0.82 1.19 0.05 0.41 0.13 0.44 0.14 0.14 0.09 0.19 0.24 0.25 0.05 0.64 1.21 0.12 0.61 0.75 1.28 0.64
N3 0.18 0.19 0.71 1.26 0.12 0.72 0.25 1.02 0.30 0.22 0.09 0.20 0.49 0.34 0.12 0.36 1.16 0.18 1.22 1.66 2.21 1.55
O2 0.12 0.24 0.55 0.94 0.07 0.35 0.16 0.42 0.09 0.24 0.15 0.19 0.26 0.34 0.10 0.28 0.95 0.10 0.42 0.60 1.29 0.44
O2' 0.34 0.19 0.91 0.95 0.23 0.09 0.18 0.43 0.13 0.25 0.13 0.23 0.09 0.20 0.28 1.03 1.20 0.43 0.49 0.89 0.78 0.62
O3' 0.35 0.21 0.33 0.33 0.38 0.64 0.54 1.27 0.42 0.77 0.26 0.21 0.49 0.80 0.50 0.57 0.81 0.97 1.41 1.97 1.77 1.81
O4 0.23 0.17 0.80 1.48 0.16 1.06 0.29 1.64 0.40 0.19 0.29 0.21 0.57 0.32 0.15 0.40 1.30 0.44 2.04 2.90 3.29 2.67
O4' 0.03 0.11 0.76 0.81 0.13 0.14 0.23 0.51 0.20 0.29 0.13 0.09 0.23 0.35 0.14 0.81 0.99 0.58 0.54 0.69 0.80 0.59
O5' 0.65 0.06 1.71 1.68 0.20 0.48 0.12 0.04 0.15 0.28 0.10 0.21 0.23 0.17 0.37 2.08 2.16 0.10 0.36 0.13 0.33 0.03
OP1 0.14 0.56 1.23 1.26 0.36 0.19 0.45 0.12 0.59 0.18 0.64 0.41 0.62 0.36 0.16 1.82 1.96 0.47 0.49 0.52 0.37 0.45
OP2 0.99 0.58 2.02 2.36 0.65 1.23 0.48 1.03 0.41 0.57 0.44 0.73 0.37 0.45 0.74 2.28 2.92 0.51 1.65 1.67 1.50 1.51
P 0.82 0.31 1.88 2.05 0.41 0.88 0.26 0.49 0.20 0.39 0.20 0.45 0.20 0.25 0.54 2.30 2.73 0.22 1.01 0.91 0.67 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.33 0.30 0.42 0.27
C2 0.01 0.00 0.20 0.75 0.02 0.76 0.01 1.35 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.32 0.33 0.46 1.29 1.92 2.05 1.72
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.17 0.09 0.10 0.16 0.20 0.07 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.49 0.62 0.46 0.43
C3' 0.01 0.75 0.01 0.00 0.47 0.00 0.40 0.02 0.53 0.09 0.68 0.69 0.49 0.18 0.19 0.01 0.00 0.03 0.17 0.16 0.22 0.04
C4 0.01 0.02 0.10 0.47 0.00 0.40 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.16 0.23 0.40 0.68 0.95 0.56
C4' 0.01 0.76 0.01 0.00 0.40 0.00 0.27 0.00 0.42 0.20 0.63 0.72 0.35 0.11 0.09 0.26 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.03
C5 0.00 0.01 0.05 0.40 0.01 0.27 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.17 0.11 0.19 0.56 0.82 0.25
C5' 0.06 1.35 0.17 0.02 0.63 0.00 0.45 0.00 0.72 0.44 1.11 1.21 0.62 0.32 0.17 0.09 0.16 0.02 0.01 0.38 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.53 0.01 0.42 0.01 0.72 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.38 0.26 0.21 0.45 0.91 1.21 0.68
C8 0.01 0.04 0.10 0.09 0.01 0.20 0.02 0.44 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.22 0.13 0.20 0.87 1.14 0.89 0.91
N1 0.01 0.01 0.16 0.68 0.01 0.63 0.01 1.11 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.37 0.33 0.36 0.98 1.57 1.81 1.37
N3 0.01 0.00 0.20 0.69 0.00 0.72 0.01 1.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.26 0.25 0.48 1.10 1.52 1.65 1.41
N6 0.01 0.02 0.07 0.49 0.00 0.35 0.01 0.62 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.40 0.26 0.15 0.28 0.79 1.09 0.46
N7 0.00 0.02 0.06 0.18 0.01 0.11 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.30 0.12 0.11 0.62 0.95 0.75 0.63
N9 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.33 0.43 0.55 0.27
O2' 0.02 0.32 0.00 0.01 0.28 0.26 0.33 0.09 0.38 0.22 0.37 0.26 0.40 0.30 0.19 0.00 0.02 0.18 0.26 0.57 0.21 0.30
O3' 0.25 0.33 0.02 0.00 0.16 0.01 0.17 0.16 0.26 0.13 0.33 0.25 0.26 0.12 0.11 0.02 0.00 0.15 0.30 0.37 0.31 0.47
O4' 0.00 0.46 0.02 0.03 0.23 0.00 0.11 0.02 0.21 0.20 0.36 0.48 0.15 0.11 0.02 0.18 0.15 0.00 0.19 0.14 0.34 0.22
O5' 0.33 1.29 0.49 0.17 0.40 0.01 0.19 0.01 0.45 0.87 0.98 1.10 0.28 0.62 0.33 0.26 0.30 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.30 1.92 0.62 0.16 0.68 0.23 0.56 0.38 0.91 1.14 1.57 1.52 0.79 0.95 0.43 0.57 0.37 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 2.05 0.46 0.22 0.95 0.17 0.82 0.30 1.21 0.89 1.81 1.65 1.09 0.75 0.55 0.21 0.31 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.72 0.43 0.04 0.56 0.03 0.25 0.01 0.68 0.91 1.37 1.41 0.46 0.63 0.27 0.30 0.47 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00