ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54551

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.007, 0.038, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C1' B 0, 0.069, 0.173, 0.276, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.173 std_dev=0.104
N3 B 0, 0.071, 0.190, 0.308, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.190 std_dev=0.119
N9 B 0, 0.085, 0.207, 0.328, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.207 std_dev=0.121
C2' B 0, 0.060, 0.188, 0.317, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.188 std_dev=0.128
C4 B 0, 0.088, 0.219, 0.351, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.219 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.091, 0.237, 0.382, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.237 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.091, 0.236, 0.381, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.236 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.091, 0.243, 0.395, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.243 std_dev=0.152
C3' B 0, 0.063, 0.215, 0.367, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.215 std_dev=0.152
O4' A 0, -0.016, 0.140, 0.297, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.140 std_dev=0.156
C5' B 0, 0.088, 0.250, 0.413, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.250 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.104, 0.278, 0.452, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.278 std_dev=0.174
O5' B 0, 0.099, 0.280, 0.461, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.280 std_dev=0.181
O3' B 0, 0.093, 0.274, 0.456, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.274 std_dev=0.182
C2' A 0, -0.031, 0.154, 0.339, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.154 std_dev=0.185
C8 B 0, 0.134, 0.322, 0.510, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.322 std_dev=0.188
O2' A 0, -0.016, 0.181, 0.378, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.181 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.052, 0.252, 0.452, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.252 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.140, 0.343, 0.547, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.343 std_dev=0.204
P B 0, 0.103, 0.322, 0.541, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.322 std_dev=0.219
P A 0, 0.126, 0.355, 0.585, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.355 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.144, 0.378, 0.613, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.378 std_dev=0.234
N7 B 0, 0.166, 0.401, 0.637, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.401 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.164, 0.417, 0.670, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.417 std_dev=0.253
OP2 A 0, 0.133, 0.391, 0.649, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.391 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.116, 0.375, 0.633, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.375 std_dev=0.258
C4' A 0, -0.033, 0.230, 0.492, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.230 std_dev=0.262
C3' A 0, -0.032, 0.231, 0.493, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.231 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.178, 0.452, 0.726, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.452 std_dev=0.274
O3' A 0, -0.012, 0.264, 0.541, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.264 std_dev=0.277
OP1 A 0, 0.182, 0.471, 0.761, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.471 std_dev=0.289
N6 B 0, 0.212, 0.546, 0.879, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.546 std_dev=0.334
C5' A 0, -0.153, 0.513, 1.178, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.513 std_dev=0.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.10 0.15 0.05 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.07 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.04 0.00 0.17 0.19 0.15 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.08 0.13 0.01 0.01 0.04 0.01 0.27 0.28 0.22 0.21
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.15 0.17 0.08 0.11
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.11 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.16 0.18 0.08 0.11
C5' 0.05 0.16 0.05 0.06 0.28 0.01 0.29 0.00 0.25 0.17 0.22 0.11 0.04 0.03 0.30 0.02 0.00 0.25 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.14 0.17 0.07 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.10 0.15 0.05 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.13 0.16 0.06 0.09
O2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.08 0.14 0.04 0.06
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.10 0.09 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.11 0.05 0.00 0.02 0.01 0.20 0.24 0.21 0.18
O4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.16 0.18 0.08 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04 0.06
O5' 0.05 0.10 0.17 0.27 0.15 0.02 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.08 0.05 0.20 0.16 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.11 0.15 0.19 0.28 0.17 0.11 0.18 0.25 0.17 0.15 0.16 0.14 0.10 0.24 0.18 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.15 0.22 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.21 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.14 0.21 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.05 0.18 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.17 0.03 0.04 0.13 0.08 0.14 0.10 0.17 0.08 0.18 0.14 0.17 0.11 0.08 0.05 0.07 0.04 0.06 0.11 0.05 0.08
C2 0.05 0.13 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.10 0.10 0.09 0.14 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09
C2' 0.05 0.16 0.04 0.01 0.09 0.02 0.09 0.06 0.13 0.02 0.16 0.13 0.14 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.11 0.09 0.11
C3' 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.08 0.11 0.10
C4 0.04 0.09 0.04 0.06 0.09 0.10 0.13 0.10 0.15 0.11 0.12 0.06 0.16 0.14 0.08 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08
C4' 0.16 0.17 0.14 0.14 0.20 0.13 0.24 0.17 0.23 0.28 0.20 0.16 0.25 0.28 0.22 0.10 0.09 0.16 0.25 0.16 0.25 0.21
C5 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.10 0.06 0.11 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09
C5' 0.17 0.08 0.19 0.27 0.17 0.27 0.24 0.44 0.20 0.36 0.12 0.08 0.24 0.35 0.24 0.09 0.24 0.21 0.51 0.51 0.54 0.54
C6 0.06 0.09 0.05 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08
N1 0.04 0.13 0.03 0.03 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.07 0.12 0.12 0.09 0.08 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.07
N3 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.10 0.15 0.10 0.14 0.16 0.09 0.05 0.16 0.18 0.10 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09
O2 0.07 0.17 0.07 0.08 0.07 0.10 0.10 0.11 0.10 0.18 0.15 0.12 0.10 0.18 0.09 0.06 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13
O2' 0.04 0.22 0.04 0.08 0.13 0.09 0.15 0.14 0.21 0.04 0.24 0.17 0.22 0.09 0.06 0.05 0.10 0.05 0.13 0.22 0.18 0.21
O3' 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.14 0.11 0.15 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.14 0.07 0.09 0.08
O4 0.07 0.18 0.07 0.08 0.16 0.10 0.20 0.11 0.23 0.15 0.22 0.14 0.24 0.19 0.12 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.06 0.08
O4' 0.15 0.20 0.11 0.08 0.22 0.05 0.25 0.06 0.24 0.25 0.22 0.18 0.25 0.27 0.21 0.08 0.03 0.12 0.15 0.05 0.15 0.10
O5' 0.18 0.21 0.12 0.07 0.21 0.09 0.22 0.09 0.22 0.20 0.22 0.21 0.23 0.21 0.20 0.13 0.03 0.17 0.10 0.15 0.08 0.10
OP1 0.30 0.28 0.27 0.27 0.31 0.30 0.34 0.29 0.33 0.36 0.30 0.28 0.35 0.37 0.33 0.23 0.22 0.31 0.28 0.20 0.24 0.23
OP2 0.20 0.18 0.17 0.16 0.21 0.18 0.23 0.18 0.22 0.25 0.19 0.19 0.23 0.25 0.22 0.14 0.13 0.21 0.19 0.13 0.14 0.14
P 0.21 0.20 0.18 0.16 0.22 0.18 0.24 0.18 0.23 0.25 0.21 0.20 0.24 0.26 0.23 0.15 0.12 0.22 0.18 0.12 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.11 0.13 0.18 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.10 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.07
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.11 0.13 0.17 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.15 0.17 0.20 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.06 0.14 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.16 0.18 0.22 0.19
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.14 0.16 0.16 0.15
N1 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.14 0.16 0.21 0.17
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.09 0.12 0.16 0.12
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.18 0.21 0.25 0.22
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.17 0.19 0.21 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.12 0.13 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
O5' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.14 0.14 0.09 0.18 0.17 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.13 0.10 0.10 0.13 0.05 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.12 0.21 0.19 0.12 0.10 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.18 0.10 0.09 0.17 0.04 0.20 0.01 0.22 0.16 0.21 0.16 0.25 0.21 0.13 0.10 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.14 0.07 0.07 0.13 0.02 0.17 0.01 0.19 0.15 0.17 0.12 0.22 0.19 0.11 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00