ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54552

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.011, 0.039, 0.068, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.007, 0.061, 0.114, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.061 std_dev=0.053
O2 A 0, 0.017, 0.080, 0.143, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.080 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.099, 0.339, 0.580, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.339 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.097, 0.341, 0.584, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.341 std_dev=0.244
C2' A 0, 0.005, 0.255, 0.506, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.255 std_dev=0.250
C4 B 0, 0.096, 0.348, 0.601, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.348 std_dev=0.253
O4' A 0, 0.040, 0.300, 0.559, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.300 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.114, 0.407, 0.700, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.407 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.122, 0.415, 0.708, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.415 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.027, 0.328, 0.629, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.328 std_dev=0.301
C4' A 0, 0.056, 0.390, 0.723, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.390 std_dev=0.333
N7 B 0, 0.152, 0.521, 0.890, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.521 std_dev=0.369
C3' A 0, 0.030, 0.414, 0.798, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.414 std_dev=0.384
C8 B 0, 0.165, 0.580, 0.994, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.580 std_dev=0.415
N9 B 0, 0.146, 0.573, 1.001, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.573 std_dev=0.427
N1 B 0, 0.086, 0.566, 1.047, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.566 std_dev=0.480
C6 B 0, 0.101, 0.594, 1.087, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.594 std_dev=0.493
O3' A 0, 0.031, 0.586, 1.141, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.586 std_dev=0.555
O3' B 0, 0.186, 0.796, 1.407, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.796 std_dev=0.610
C5' A 0, 0.081, 0.718, 1.355, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.718 std_dev=0.637
C3' B 0, 0.136, 0.836, 1.536, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.836 std_dev=0.700
O5' A 0, 0.108, 0.825, 1.542, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.825 std_dev=0.717
C1' B 0, 0.112, 0.893, 1.674, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.893 std_dev=0.781
N6 B 0, 0.055, 0.859, 1.663, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.859 std_dev=0.804
P A 0, 0.129, 1.171, 2.213, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.171 std_dev=1.042
OP2 A 0, 0.113, 1.160, 2.207, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.160 std_dev=1.047
OP1 A 0, 0.157, 1.304, 2.452, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.304 std_dev=1.148
O2' B 0, 0.007, 1.168, 2.329, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.168 std_dev=1.161
O4' B 0, -0.104, 1.593, 3.291, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.593 std_dev=1.697
C4' B 0, -0.145, 1.688, 3.521, 4.235 max_d=4.235 avg_d=1.688 std_dev=1.833
C5' B 0, -0.495, 2.368, 5.230, 6.395 max_d=6.395 avg_d=2.368 std_dev=2.863
O5' B 0, -0.463, 2.582, 5.627, 6.858 max_d=6.858 avg_d=2.582 std_dev=3.045
P B 0, -0.689, 3.357, 7.404, 9.050 max_d=9.050 avg_d=3.357 std_dev=4.047
OP2 B 0, -0.789, 3.548, 7.884, 9.654 max_d=9.654 avg_d=3.548 std_dev=4.336
OP1 B 0, -0.666, 3.799, 8.264, 10.066 max_d=10.066 avg_d=3.799 std_dev=4.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.00
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.03 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.16 0.16 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01
C5 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.05 0.16 0.19 0.12 0.07
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.05 0.12 0.14 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.06 0.03 0.02
N3 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.14 0.10 0.02 0.03
O2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.04 0.05 0.06 0.01 0.09 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05 0.13 0.04
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.08 0.03 0.17 0.01 0.15 0.03 0.02 0.13 0.05 0.00 0.09 0.03 0.02 0.04 0.14 0.04
O4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.09 0.00 0.04 0.17 0.18 0.10 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.06 0.04 0.09 0.00
O5' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.16 0.00 0.16 0.00 0.12 0.08 0.14 0.06 0.07 0.02 0.17 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.05 0.02 0.02 0.16 0.02 0.19 0.01 0.14 0.06 0.10 0.01 0.05 0.04 0.18 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.05 0.11 0.09 0.06 0.12 0.12 0.05 0.08 0.03 0.02 0.09 0.13 0.14 0.10 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.30 0.24 0.40 0.15 1.22 0.29 1.68 0.42 0.08 0.40 0.16 0.51 0.21 0.08 0.99 0.05 1.21 2.03 2.00 1.96 1.99
C2 0.38 0.24 0.22 0.17 0.01 0.74 0.24 0.80 0.47 0.13 0.44 0.03 0.63 0.13 0.19 0.63 0.02 0.93 1.23 0.99 1.04 0.98
C2' 0.26 0.24 0.28 0.37 0.09 1.23 0.21 1.73 0.35 0.11 0.34 0.10 0.46 0.14 0.11 1.06 0.02 1.21 2.11 2.14 2.11 2.14
C3' 0.18 0.33 0.47 0.21 0.17 1.21 0.28 1.70 0.42 0.07 0.43 0.20 0.51 0.20 0.06 1.32 0.11 1.23 1.98 2.13 1.84 2.03
C4 0.61 0.26 0.21 0.03 0.12 0.46 0.13 0.12 0.43 0.25 0.49 0.08 0.55 0.01 0.36 0.33 0.05 0.88 0.51 0.25 0.08 0.08
C4' 0.10 0.39 0.49 0.25 0.26 1.30 0.35 1.90 0.46 0.13 0.47 0.28 0.52 0.27 0.13 1.40 0.12 1.22 2.08 2.35 1.95 2.19
C5 0.65 0.33 0.28 0.07 0.06 0.72 0.18 0.45 0.42 0.25 0.48 0.06 0.52 0.05 0.34 0.55 0.11 1.14 0.79 0.67 0.18 0.43
C5' 0.06 0.47 0.67 0.05 0.33 1.18 0.40 1.68 0.51 0.18 0.53 0.36 0.56 0.32 0.20 1.59 0.25 1.14 1.78 2.15 1.51 1.88
C6 0.54 0.34 0.31 0.20 0.09 1.01 0.23 1.00 0.43 0.21 0.46 0.13 0.51 0.11 0.25 0.84 0.09 1.33 1.31 1.24 0.84 1.05
N1 0.39 0.30 0.27 0.25 0.09 0.99 0.27 1.15 0.45 0.13 0.44 0.11 0.55 0.15 0.17 0.84 0.03 1.17 1.53 1.39 1.27 1.33
N3 0.49 0.22 0.19 0.06 0.10 0.52 0.17 0.34 0.47 0.21 0.48 0.07 0.64 0.07 0.30 0.41 0.03 0.82 0.77 0.46 0.39 0.39
O2 0.27 0.18 0.20 0.20 0.03 0.71 0.24 0.88 0.43 0.07 0.36 0.02 0.63 0.19 0.12 0.64 0.06 0.80 1.34 1.08 1.34 1.16
O2' 0.20 0.18 0.19 0.49 0.08 1.31 0.16 1.99 0.26 0.11 0.26 0.08 0.35 0.13 0.10 1.03 0.06 1.15 2.40 2.54 2.67 2.60
O3' 0.19 0.31 0.46 0.25 0.14 1.28 0.23 1.85 0.37 0.08 0.40 0.18 0.46 0.15 0.07 1.34 0.10 1.25 2.14 2.39 2.09 2.28
O4 0.61 0.18 0.19 0.15 0.19 0.22 0.07 0.29 0.34 0.28 0.43 0.18 0.48 0.07 0.39 0.12 0.05 0.69 0.10 0.24 0.64 0.44
O4' 0.12 0.39 0.39 0.34 0.27 1.31 0.37 1.86 0.47 0.13 0.47 0.28 0.54 0.30 0.12 1.24 0.04 1.23 2.06 2.19 1.90 2.08
O5' 0.07 0.38 0.53 0.22 0.28 1.34 0.35 1.93 0.42 0.17 0.43 0.30 0.47 0.28 0.18 1.46 0.14 1.16 1.92 2.44 1.70 2.11
OP1 0.28 0.50 0.62 0.14 0.43 1.07 0.44 1.66 0.50 0.31 0.52 0.45 0.52 0.38 0.35 1.43 0.30 0.78 1.54 2.36 1.37 1.86
OP2 0.20 0.58 0.81 0.14 0.42 1.04 0.42 1.63 0.51 0.20 0.59 0.50 0.52 0.29 0.29 1.72 0.43 0.91 1.64 2.37 1.40 1.93
P 0.25 0.59 0.80 0.14 0.47 1.00 0.50 1.54 0.57 0.31 0.61 0.52 0.59 0.40 0.37 1.68 0.42 0.84 1.50 2.17 1.24 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.00 0.31 0.38 0.30 0.21
C2 0.02 0.00 0.28 0.50 0.00 0.69 0.01 1.23 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.38 0.42 0.74 1.08 1.03 1.22
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.12 0.04 0.03 0.13 0.09 0.19 0.19 0.29 0.05 0.13 0.03 0.00 0.06 0.02 0.41 0.76 0.31 0.37
C3' 0.03 0.50 0.01 0.00 0.18 0.01 0.03 0.00 0.11 0.42 0.33 0.50 0.02 0.33 0.08 0.01 0.02 0.01 0.36 0.91 0.19 0.43
C4 0.02 0.00 0.12 0.18 0.00 0.29 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.22 0.05 0.14 0.11 0.21
C4' 0.02 0.69 0.04 0.01 0.29 0.00 0.06 0.01 0.24 0.47 0.50 0.68 0.12 0.33 0.07 0.05 0.05 0.00 0.01 0.33 0.19 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.17 0.09 0.47 0.22 0.72 0.27
C5' 0.03 1.23 0.13 0.00 0.48 0.01 0.11 0.00 0.41 0.77 0.91 1.16 0.20 0.56 0.09 0.09 0.05 0.01 0.00 0.36 0.37 0.01
C6 0.01 0.02 0.09 0.11 0.01 0.24 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.22 0.19 0.15 0.21 0.33 0.16
C8 0.01 0.01 0.19 0.42 0.01 0.47 0.01 0.77 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.15 0.03 0.25 1.35 1.16 1.65 1.26
N1 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.50 0.01 0.91 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.30 0.32 0.39 0.80 0.50 0.83
N3 0.02 0.00 0.29 0.50 0.00 0.68 0.01 1.16 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.39 0.42 0.66 0.84 0.86 1.02
N6 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.12 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.18 0.14 0.38 0.08 0.71 0.16
N7 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.33 0.01 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.04 0.14 1.18 0.97 1.66 1.12
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.58 0.47 0.68 0.42
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.09 0.06 0.15 0.03 0.11 0.11 0.15 0.07 0.00 0.01 0.07 0.40 0.84 0.31 0.39
O3' 0.26 0.38 0.06 0.02 0.27 0.05 0.17 0.05 0.22 0.03 0.30 0.39 0.18 0.04 0.18 0.01 0.00 0.19 0.19 0.94 0.15 0.39
O4' 0.00 0.42 0.02 0.01 0.22 0.00 0.09 0.01 0.19 0.25 0.32 0.42 0.14 0.14 0.02 0.07 0.19 0.00 0.03 0.06 0.04 0.08
O5' 0.31 0.74 0.41 0.36 0.05 0.01 0.47 0.00 0.15 1.35 0.39 0.66 0.38 1.18 0.58 0.40 0.19 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.38 1.08 0.76 0.91 0.14 0.33 0.22 0.36 0.21 1.16 0.80 0.84 0.08 0.97 0.47 0.84 0.94 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 1.03 0.31 0.19 0.11 0.19 0.72 0.37 0.33 1.65 0.50 0.86 0.71 1.66 0.68 0.31 0.15 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.22 0.37 0.43 0.21 0.02 0.27 0.01 0.16 1.26 0.83 1.02 0.16 1.12 0.42 0.39 0.39 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00