ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.063, 0.215, 0.367, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.215 std_dev=0.152
O4' A 0, 0.063, 0.229, 0.395, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.229 std_dev=0.166
C8 B 0, 0.073, 0.251, 0.429, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.251 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.070, 0.250, 0.429, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.250 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.073, 0.254, 0.436, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.254 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.078, 0.279, 0.479, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.279 std_dev=0.200
C3' A 0, 0.084, 0.299, 0.515, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.299 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.101, 0.346, 0.590, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.346 std_dev=0.244
O2' A 0, 0.100, 0.345, 0.590, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.345 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.101, 0.346, 0.591, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.346 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.102, 0.355, 0.607, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.355 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.101, 0.363, 0.625, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.363 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.113, 0.387, 0.660, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.387 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.114, 0.393, 0.672, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.393 std_dev=0.279
O3' A 0, 0.103, 0.395, 0.687, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.395 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.127, 0.436, 0.745, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.436 std_dev=0.309
OP2 A 0, 0.124, 0.434, 0.745, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.434 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.131, 0.468, 0.806, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.468 std_dev=0.337
C3' B 0, 0.139, 0.480, 0.821, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.480 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.145, 0.494, 0.844, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.494 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.145, 0.494, 0.844, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.494 std_dev=0.350
P A 0, 0.144, 0.508, 0.872, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.508 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.151, 0.517, 0.883, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.517 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.159, 0.542, 0.926, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.542 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.148, 0.544, 0.940, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.544 std_dev=0.396
OP1 A 0, 0.166, 0.575, 0.984, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.575 std_dev=0.409
N6 B 0, 0.170, 0.583, 0.996, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.583 std_dev=0.413
O3' B 0, 0.174, 0.607, 1.041, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.607 std_dev=0.433
C5' B 0, 0.179, 0.619, 1.058, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.619 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.175, 0.629, 1.084, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.629 std_dev=0.454
P B 0, 0.209, 0.739, 1.269, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.739 std_dev=0.530
OP1 B 0, 0.237, 0.819, 1.401, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.819 std_dev=0.582
OP2 B 0, 0.252, 0.878, 1.504, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.878 std_dev=0.626

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.10 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.12 0.10 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.09 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.08 0.08 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.07
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
O5' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.08 0.09 0.03 0.10 0.01 0.09 0.07 0.07 0.05 0.08 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.07 0.08 0.11 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.05 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.06 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.02 0.10 0.07 0.02 0.14 0.09 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02
C2 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.11 0.03 0.05 0.04 0.02 0.12 0.05
C2' 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.07 0.04 0.12 0.08 0.05 0.05 0.04 0.08 0.02
C3' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.04 0.09 0.06 0.03 0.04 0.02 0.08 0.03
C4 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.10 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.03 0.10 0.04
C4' 0.04 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.08 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04
C5 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07
C5' 0.10 0.12 0.06 0.04 0.12 0.05 0.13 0.05 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.05 0.04 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08
C6 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07
N1 0.06 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.04 0.12 0.07 0.06 0.04 0.03 0.10 0.04
N3 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03 0.08 0.07 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.02 0.12 0.04
O2 0.05 0.09 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.08 0.05 0.10 0.07 0.09 0.02 0.05 0.12 0.02 0.05 0.06 0.05 0.14 0.08
O2' 0.10 0.02 0.08 0.08 0.05 0.09 0.05 0.10 0.04 0.10 0.03 0.03 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.04 0.05
O3' 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.09 0.09 0.04 0.04 0.04 0.08 0.03
O4 0.03 0.07 0.01 0.06 0.06 0.03 0.09 0.05 0.11 0.06 0.10 0.04 0.13 0.09 0.05 0.04 0.10 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01
O4' 0.04 0.09 0.01 0.02 0.10 0.00 0.12 0.02 0.12 0.12 0.11 0.07 0.13 0.13 0.09 0.10 0.07 0.04 0.04 0.04 0.09 0.05
O5' 0.11 0.14 0.09 0.07 0.14 0.08 0.14 0.08 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.13 0.05 0.03 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09
OP1 0.08 0.11 0.05 0.01 0.11 0.03 0.12 0.02 0.13 0.12 0.12 0.10 0.14 0.13 0.11 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.04
OP2 0.07 0.12 0.05 0.04 0.11 0.05 0.12 0.04 0.14 0.11 0.13 0.10 0.15 0.12 0.09 0.02 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01
P 0.07 0.11 0.05 0.02 0.10 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.09 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06
C2 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.11 0.02 0.08 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.10 0.10 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.06 0.03
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02
N1 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.12 0.03 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02
N6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.11 0.11 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07
O5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.06 0.12 0.10 0.12 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.08 0.08 0.03 0.08 0.04 0.07 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00