Doublet Group distance statistics: 54557

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6	A	0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N3	A	0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C4	A	0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N1	A	0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C2	A	0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C1'	A	0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O4'	A	0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O4	A	0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2	A	0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C4'	A	0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C2'	A	0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C3'	A	0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C5'	A	0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C3'	B	0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O2'	A	0, 0.000, 0.404, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C8	B	0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C2'	B	0, 0.000, 0.454, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O3'	A	0, 0.000, 0.471, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.471 std_dev=0.471
N7	B	0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
N9	B	0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C5	B	0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C4	B	0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C6	B	0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
N1	B	0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
N3	B	0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C1'	B	0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
N6	B	0, 0.000, 0.593, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C2	B	0, 0.000, 0.597, 1.195, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.597 std_dev=0.597
C4'	B	0, 0.000, 0.613, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.613 std_dev=0.613
O3'	B	0, 0.000, 0.670, 1.340, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.670 std_dev=0.670
O2'	B	0, 0.000, 0.766, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.766 std_dev=0.766
O4'	B	0, 0.000, 0.779, 1.557, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.779 std_dev=0.779
C5'	B	0, 0.000, 1.098, 2.196, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.098 std_dev=1.098
O5'	A	0, 0.000, 1.284, 2.568, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.284 std_dev=1.284
P	A	0, 0.000, 2.135, 4.270, 4.270 max_d=4.270 avg_d=2.135 std_dev=2.135
OP1	A	0, 0.000, 2.320, 4.639, 4.639 max_d=4.639 avg_d=2.320 std_dev=2.320
O5'	B	0, 0.000, 2.420, 4.839, 4.839 max_d=4.839 avg_d=2.420 std_dev=2.420
OP2	A	0, 0.000, 2.839, 5.678, 5.678 max_d=5.678 avg_d=2.839 std_dev=2.839
P	B	0, 0.000, 3.420, 6.840, 6.840 max_d=6.840 avg_d=3.420 std_dev=3.420
OP2	B	0, 0.000, 3.641, 7.281, 7.281 max_d=7.281 avg_d=3.641 std_dev=3.641
OP1	B	0, 0.000, 4.410, 8.820, 8.820 max_d=8.820 avg_d=4.410 std_dev=4.410

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.08	0.03	0.05	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.07	0.13	0.01	0.12	0.05	0.00	0.09	0.60	0.01	0.12
C2	0.08	0.00	0.18	0.15	0.02	0.07	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.19	0.21	0.03	0.04	0.27	0.30	0.45	0.22
C2'	0.03	0.18	0.00	0.02	0.11	0.03	0.05	0.03	0.04	0.09	0.16	0.26	0.01	0.08	0.12	0.01	0.25	0.61	0.06	0.05
C3'	0.05	0.15	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.10	0.23	0.03	0.05	0.02	0.05	0.38	0.32	0.14	0.11
C4	0.04	0.02	0.11	0.04	0.00	0.03	0.00	0.10	0.00	0.03	0.01	0.01	0.13	0.07	0.01	0.02	0.28	0.11	0.80	0.53
C4'	0.00	0.07	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.05	0.02	0.03	0.15	0.06	0.08	0.04	0.01	0.02	0.51	0.27	0.24
C5	0.00	0.02	0.05	0.01	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.00	0.06	0.25	0.22	0.79	0.57
C5'	0.01	0.02	0.03	0.01	0.10	0.00	0.14	0.00	0.09	0.01	0.03	0.10	0.06	0.03	0.12	0.01	0.01	0.09	0.14	0.03
C6	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.00	0.06	0.24	0.06	0.59	0.42
N1	0.02	0.02	0.09	0.08	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.06	0.14	0.03	0.00	0.23	0.26	0.38	0.20
N3	0.07	0.01	0.16	0.10	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.00	0.19	0.15	0.02	0.02	0.29	0.11	0.64	0.37
O2	0.13	0.00	0.26	0.23	0.01	0.15	0.02	0.10	0.02	0.03	0.00	0.00	0.31	0.33	0.02	0.10	0.28	0.46	0.33	0.11
O2'	0.01	0.19	0.01	0.03	0.13	0.06	0.05	0.06	0.01	0.06	0.19	0.31	0.00	0.14	0.15	0.05	0.04	1.04	0.35	0.42
O3'	0.12	0.21	0.08	0.05	0.07	0.08	0.01	0.03	0.04	0.14	0.15	0.33	0.14	0.00	0.05	0.11	0.41	0.32	0.04	0.08
O4	0.05	0.03	0.12	0.02	0.01	0.04	0.00	0.12	0.00	0.03	0.02	0.02	0.15	0.05	0.00	0.02	0.29	0.20	0.91	0.60
O4'	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.01	0.06	0.01	0.06	0.00	0.02	0.10	0.05	0.11	0.02	0.00	0.09	0.57	0.21	0.25
O5'	0.09	0.27	0.25	0.38	0.28	0.02	0.25	0.01	0.24	0.23	0.29	0.28	0.04	0.41	0.29	0.09	0.00	0.03	0.02	0.02
OP1	0.60	0.30	0.61	0.32	0.11	0.51	0.22	0.09	0.06	0.26	0.11	0.46	1.04	0.32	0.20	0.57	0.03	0.00	0.04	0.01
OP2	0.01	0.45	0.06	0.14	0.80	0.27	0.79	0.14	0.59	0.38	0.64	0.33	0.35	0.04	0.91	0.21	0.02	0.04	0.00	0.01
P	0.12	0.22	0.05	0.11	0.53	0.24	0.57	0.03	0.42	0.20	0.37	0.11	0.42	0.08	0.60	0.25	0.02	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.39	0.33	0.19	0.04	0.28	0.15	0.16	0.01	0.15	0.11	0.24	0.36	0.06	0.04	0.29	0.33	0.17	0.31	0.16	0.27	0.61	0.38
C2	0.36	0.41	0.23	0.08	0.34	0.20	0.23	0.09	0.23	0.15	0.33	0.42	0.10	0.08	0.31	0.29	0.01	0.30	0.37	0.05	0.23	0.09
C2'	0.38	0.33	0.16	0.13	0.29	0.09	0.19	0.06	0.19	0.16	0.26	0.35	0.11	0.10	0.29	0.32	0.30	0.29	0.00	0.47	0.90	0.59
C3'	0.36	0.22	0.22	0.15	0.20	0.01	0.08	0.20	0.05	0.08	0.13	0.26	0.03	0.00	0.23	0.46	0.31	0.21	0.29	0.88	1.28	0.96
C4	0.27	0.41	0.27	0.12	0.28	0.12	0.16	0.04	0.19	0.07	0.33	0.39	0.03	0.00	0.23	0.32	0.09	0.16	0.18	0.40	0.26	0.28
C4'	0.30	0.12	0.19	0.20	0.09	0.02	0.03	0.23	0.05	0.03	0.02	0.17	0.13	0.11	0.13	0.48	0.33	0.15	0.33	0.86	1.26	0.97
C5	0.22	0.36	0.27	0.07	0.21	0.04	0.04	0.15	0.06	0.03	0.24	0.35	0.11	0.13	0.16	0.34	0.07	0.08	0.04	0.71	0.52	0.56
C5'	0.18	0.04	0.22	0.23	0.06	0.15	0.19	0.42	0.22	0.15	0.14	0.03	0.29	0.24	0.00	0.56	0.28	0.01	0.68	1.33	1.63	1.39
C6	0.26	0.35	0.27	0.04	0.21	0.05	0.03	0.13	0.04	0.05	0.21	0.36	0.10	0.15	0.17	0.36	0.01	0.11	0.04	0.65	0.62	0.59
N1	0.34	0.38	0.24	0.04	0.29	0.14	0.14	0.00	0.15	0.05	0.27	0.40	0.02	0.03	0.27	0.33	0.04	0.24	0.18	0.31	0.46	0.33
N3	0.33	0.42	0.25	0.11	0.33	0.19	0.24	0.06	0.25	0.15	0.36	0.42	0.12	0.09	0.29	0.30	0.05	0.26	0.35	0.12	0.15	0.08
O2	0.40	0.40	0.20	0.08	0.35	0.26	0.25	0.17	0.24	0.21	0.32	0.41	0.14	0.14	0.34	0.27	0.03	0.38	0.51	0.19	0.12	0.08
O2'	0.30	0.26	0.02	0.26	0.23	0.02	0.18	0.08	0.18	0.14	0.23	0.27	0.14	0.12	0.23	0.13	0.48	0.26	0.03	0.31	0.90	0.52
O3'	0.41	0.22	0.24	0.16	0.23	0.03	0.13	0.20	0.09	0.17	0.14	0.27	0.02	0.09	0.28	0.51	0.36	0.27	0.35	0.98	1.47	1.07
O4	0.26	0.40	0.27	0.14	0.27	0.12	0.17	0.04	0.21	0.09	0.34	0.37	0.06	0.04	0.23	0.32	0.12	0.15	0.20	0.41	0.16	0.23
O4'	0.33	0.19	0.22	0.10	0.14	0.06	0.00	0.10	0.01	0.03	0.08	0.24	0.09	0.12	0.17	0.42	0.19	0.20	0.07	0.52	0.84	0.63
O5'	0.49	0.25	0.48	0.98	0.41	0.96	0.39	1.16	0.31	0.50	0.24	0.34	0.28	0.45	0.47	0.23	1.06	0.75	1.45	2.00	2.26	2.06
OP1	0.74	0.20	0.75	0.74	0.33	0.76	0.40	0.68	0.16	0.86	0.12	0.01	0.20	0.70	0.64	0.80	0.78	0.77	1.00	1.31	1.52	1.39
OP2	0.76	0.13	0.81	1.20	0.26	1.31	0.15	1.38	0.09	0.53	0.23	0.12	0.17	0.32	0.51	0.87	1.55	1.05	1.86	2.35	2.66	2.34
P	0.76	0.10	0.79	1.11	0.32	1.14	0.27	1.16	0.05	0.64	0.12	0.12	0.01	0.46	0.57	0.78	1.36	0.97	1.53	1.92	2.16	1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.31	0.22	0.00	0.08
C2	0.00	0.00	0.25	0.17	0.02	0.14	0.02	0.38	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.23	0.26	0.24	0.22	0.79	0.05	0.46
C2'	0.01	0.25	0.00	0.01	0.11	0.01	0.04	0.01	0.10	0.14	0.19	0.25	0.07	0.08	0.01	0.00	0.03	0.01	0.07	0.09	0.32	0.23
C3'	0.03	0.17	0.01	0.00	0.05	0.02	0.01	0.03	0.06	0.11	0.13	0.17	0.04	0.08	0.03	0.01	0.01	0.02	0.11	0.30	0.41	0.41
C4	0.00	0.02	0.11	0.05	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.10	0.08	0.13	0.19	0.12	0.09	0.04
C4'	0.01	0.14	0.01	0.02	0.07	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.09	0.16	0.01	0.03	0.01	0.05	0.04	0.00	0.05	0.02	0.05	0.09
C5	0.01	0.02	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.04	0.01	0.04	0.35	0.05	0.22	0.14
C5'	0.03	0.38	0.01	0.03	0.17	0.01	0.10	0.00	0.16	0.05	0.27	0.38	0.10	0.01	0.05	0.06	0.09	0.02	0.00	0.05	0.25	0.01
C6	0.02	0.01	0.10	0.06	0.01	0.04	0.01	0.16	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.10	0.08	0.09	0.23	0.17	0.23	0.03
C8	0.02	0.03	0.14	0.11	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.12	0.15	0.11	0.57	0.46	0.23	0.34
N1	0.01	0.01	0.19	0.13	0.02	0.09	0.02	0.27	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.18	0.19	0.17	0.02	0.56	0.11	0.23
N3	0.01	0.01	0.25	0.17	0.02	0.16	0.02	0.38	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.21	0.23	0.27	0.17	0.59	0.09	0.40
N6	0.03	0.02	0.07	0.04	0.02	0.01	0.02	0.10	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.03	0.07	0.05	0.04	0.33	0.03	0.32	0.16
N7	0.01	0.02	0.08	0.08	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.08	0.11	0.06	0.55	0.38	0.29	0.34
N9	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.05	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.00	0.00	0.00	0.04	0.02	0.37	0.19	0.10	0.13
O2'	0.01	0.23	0.00	0.01	0.10	0.05	0.04	0.06	0.10	0.12	0.18	0.21	0.07	0.08	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.35	0.19
O3'	0.03	0.26	0.03	0.01	0.08	0.04	0.01	0.09	0.08	0.15	0.19	0.23	0.05	0.11	0.04	0.01	0.00	0.00	0.31	0.49	0.72	0.62
O4'	0.01	0.24	0.01	0.02	0.13	0.00	0.04	0.02	0.09	0.11	0.17	0.27	0.04	0.06	0.02	0.03	0.00	0.00	0.41	0.36	0.20	0.23
O5'	0.31	0.22	0.07	0.11	0.19	0.05	0.35	0.00	0.23	0.57	0.02	0.17	0.33	0.55	0.37	0.07	0.31	0.41	0.00	0.00	0.02	0.00
OP1	0.22	0.79	0.09	0.30	0.12	0.02	0.05	0.05	0.17	0.46	0.56	0.59	0.03	0.38	0.19	0.02	0.49	0.36	0.00	0.00	0.07	0.02
OP2	0.00	0.05	0.32	0.41	0.09	0.05	0.22	0.25	0.23	0.23	0.11	0.09	0.32	0.29	0.10	0.35	0.72	0.20	0.02	0.07	0.00	0.01
P	0.08	0.46	0.23	0.41	0.04	0.09	0.14	0.01	0.03	0.34	0.23	0.40	0.16	0.34	0.13	0.19	0.62	0.23	0.00	0.02	0.01	0.00