ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54558

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
N6 B 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C6 B 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C5 B 0, 0.000, 0.114, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4 B 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
N7 B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
N1 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
N3 B 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C8 B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C2 B 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
P A 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C1' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.000, 0.219, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
OP1 A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O4' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C4' B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O5' B 0, 0.000, 0.312, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
P B 0, 0.000, 0.346, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.13 0.06 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01
C5 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.04 0.06
C5' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.02 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.03 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.06 0.07
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.05 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02
O4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.07 0.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04
O5' 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.11 0.00 0.01 0.13 0.02 0.12 0.03 0.09 0.10 0.12 0.10 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.07 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.11 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08
C2 0.03 0.12 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.10 0.03 0.04 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.10 0.06 0.10 0.11
C2' 0.07 0.11 0.07 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.11 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07
C3' 0.08 0.10 0.07 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.10 0.04 0.08
C4 0.09 0.07 0.06 0.10 0.02 0.13 0.03 0.16 0.00 0.08 0.04 0.04 0.01 0.07 0.06 0.06 0.10 0.15 0.15 0.11 0.16 0.15
C4' 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.11 0.01 0.09 0.03 0.07
C5 0.06 0.07 0.04 0.09 0.01 0.12 0.04 0.16 0.01 0.09 0.04 0.06 0.02 0.07 0.05 0.03 0.07 0.14 0.16 0.13 0.16 0.16
C5' 0.17 0.13 0.16 0.13 0.12 0.14 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.15 0.03 0.03 0.13 0.13 0.14 0.18 0.03 0.11 0.02 0.06
C6 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.07 0.06 0.09 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.08 0.14 0.12 0.14 0.15
N1 0.01 0.12 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.09 0.04 0.04 0.09 0.11 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.08 0.10 0.11
N3 0.06 0.10 0.04 0.07 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.06 0.07 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.11 0.12 0.07 0.12 0.12
O2 0.02 0.11 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.09 0.03 0.03 0.09 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.08 0.04 0.09 0.09
O2' 0.04 0.10 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.10 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.13 0.09 0.13
O3' 0.09 0.12 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05 0.00 0.05 0.02 0.09 0.12 0.02 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06
O4 0.11 0.05 0.09 0.13 0.03 0.16 0.04 0.18 0.01 0.09 0.04 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.13 0.17 0.17 0.11 0.17 0.16
O4' 0.07 0.10 0.06 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.10 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07
O5' 0.13 0.10 0.13 0.09 0.08 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.02 0.08 0.12 0.12 0.12 0.04 0.14 0.06 0.10
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.13 0.06 0.10
OP2 0.09 0.10 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.01 0.05 0.03 0.08 0.10 0.03 0.02 0.08 0.05 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.03
P 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.13 0.06 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
N6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02
N9 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O2' 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00