ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54559

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C6 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C4 B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
N9 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
N6 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C2 B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
C8 B 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
N7 B 0, 0.000, 0.532, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.532 std_dev=0.532
C2' A 0, 0.000, 0.567, 1.134, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.567 std_dev=0.567
O4' A 0, 0.000, 0.649, 1.298, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.649 std_dev=0.649
C2' B 0, 0.000, 0.663, 1.327, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.663 std_dev=0.663
O2' A 0, 0.000, 0.738, 1.476, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.738 std_dev=0.738
C3' A 0, 0.000, 0.922, 1.843, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C4' A 0, 0.000, 0.960, 1.920, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.960 std_dev=0.960
C3' B 0, 0.000, 1.125, 2.250, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.125 std_dev=1.125
O2' B 0, 0.000, 1.166, 2.333, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.166 std_dev=1.166
O4' B 0, 0.000, 1.169, 2.339, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.169 std_dev=1.169
O3' A 0, 0.000, 1.179, 2.358, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.179 std_dev=1.179
C4' B 0, 0.000, 1.343, 2.686, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.343 std_dev=1.343
O3' B 0, 0.000, 1.351, 2.702, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.351 std_dev=1.351
C5' A 0, 0.000, 1.674, 3.348, 3.348 max_d=3.348 avg_d=1.674 std_dev=1.674
O5' A 0, 0.000, 1.935, 3.871, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.935 std_dev=1.935
OP2 A 0, 0.000, 2.066, 4.132, 4.132 max_d=4.132 avg_d=2.066 std_dev=2.066
C5' B 0, 0.000, 2.083, 4.166, 4.166 max_d=4.166 avg_d=2.083 std_dev=2.083
P A 0, 0.000, 2.334, 4.669, 4.669 max_d=4.669 avg_d=2.334 std_dev=2.334
O5' B 0, 0.000, 2.934, 5.869, 5.869 max_d=5.869 avg_d=2.934 std_dev=2.934
OP1 A 0, 0.000, 3.604, 7.209, 7.209 max_d=7.209 avg_d=3.604 std_dev=3.604
P B 0, 0.000, 4.036, 8.071, 8.071 max_d=8.071 avg_d=4.036 std_dev=4.036
OP2 B 0, 0.000, 4.507, 9.014, 9.014 max_d=9.014 avg_d=4.507 std_dev=4.507
OP1 B 0, 0.000, 5.023, 10.045, 10.045 max_d=10.045 avg_d=5.023 std_dev=5.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.29 0.05
C2 0.00 0.00 0.15 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.23 0.01 0.11 0.04 0.16 0.54 0.15
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.13 0.01 0.10 0.26 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.03 0.03
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.20 0.00 0.16 0.01 0.11 0.13 0.21 0.19 0.04 0.02 0.22 0.00 0.08 0.16 0.18 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.20 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.00 0.03 0.24 0.54 0.90 0.40
C4' 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.19 0.06 0.03 0.09 0.19 0.02 0.12 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.10 0.16 0.00 0.19 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.16 0.00 0.14 0.32 0.65 0.97 0.49
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.29 0.00 0.27 0.08 0.06 0.13 0.18 0.01 0.20 0.01 0.00 0.15 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.19 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.11 0.00 0.17 0.27 0.49 0.80 0.39
N1 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.00 0.01 0.09 0.21 0.54 0.18
N3 0.01 0.00 0.10 0.21 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.26 0.01 0.06 0.12 0.32 0.71 0.25
O2 0.00 0.00 0.26 0.19 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.26 0.02 0.20 0.05 0.01 0.38 0.03
O2' 0.01 0.05 0.01 0.04 0.19 0.19 0.22 0.18 0.20 0.11 0.12 0.08 0.00 0.12 0.21 0.12 0.12 0.16 0.05 0.09
O3' 0.04 0.23 0.06 0.02 0.23 0.02 0.16 0.01 0.11 0.14 0.26 0.26 0.12 0.00 0.25 0.02 0.11 0.19 0.42 0.02
O4 0.01 0.01 0.00 0.22 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.25 0.00 0.03 0.26 0.62 0.98 0.45
O4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.06 0.20 0.12 0.02 0.03 0.00 0.06 0.11 0.35 0.05
O5' 0.02 0.04 0.00 0.08 0.24 0.01 0.32 0.00 0.27 0.09 0.12 0.05 0.12 0.11 0.26 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.16 0.09 0.16 0.54 0.06 0.65 0.15 0.49 0.21 0.32 0.01 0.16 0.19 0.62 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.54 0.03 0.18 0.90 0.03 0.97 0.04 0.80 0.54 0.71 0.38 0.05 0.42 0.98 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.15 0.03 0.00 0.40 0.02 0.49 0.02 0.39 0.18 0.25 0.03 0.09 0.02 0.45 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.27 0.08 0.31 0.07 0.74 0.16 1.09 0.06 0.31 0.14 0.16 0.12 0.30 0.20 0.36 0.51 0.77 1.40 2.47 1.55 1.74
C2 0.12 0.31 0.09 0.35 0.02 0.69 0.16 1.11 0.04 0.35 0.18 0.24 0.13 0.35 0.17 0.17 0.48 0.60 1.31 2.00 1.13 1.41
C2' 0.08 0.23 0.32 0.12 0.04 0.51 0.10 0.89 0.09 0.15 0.06 0.24 0.20 0.20 0.00 0.70 0.32 0.50 1.31 2.54 1.60 1.75
C3' 0.21 0.06 0.05 0.35 0.19 0.72 0.23 1.01 0.20 0.28 0.12 0.09 0.24 0.29 0.22 0.35 0.62 0.73 1.37 2.60 1.66 1.79
C4 0.09 0.25 0.16 0.24 0.01 0.53 0.15 0.98 0.05 0.30 0.18 0.18 0.17 0.36 0.13 0.03 0.34 0.38 1.01 1.55 0.51 0.96
C4' 0.59 0.25 0.26 0.65 0.46 1.03 0.43 1.27 0.31 0.55 0.21 0.38 0.28 0.49 0.54 0.05 0.93 1.10 1.53 2.67 1.83 1.93
C5 0.13 0.21 0.09 0.22 0.07 0.57 0.20 1.00 0.11 0.31 0.13 0.12 0.23 0.35 0.17 0.03 0.34 0.49 1.09 1.81 0.68 1.13
C5' 0.80 0.58 0.48 0.80 0.68 1.14 0.59 1.34 0.48 0.68 0.46 0.68 0.39 0.61 0.73 0.38 1.10 1.22 1.52 2.59 1.73 1.86
C6 0.16 0.22 0.03 0.24 0.09 0.64 0.21 1.04 0.12 0.32 0.12 0.12 0.21 0.35 0.19 0.14 0.39 0.60 1.22 2.09 0.99 1.37
N1 0.15 0.28 0.01 0.29 0.07 0.68 0.18 1.08 0.08 0.33 0.15 0.18 0.16 0.34 0.19 0.22 0.45 0.66 1.31 2.20 1.22 1.51
N3 0.08 0.29 0.17 0.30 0.02 0.58 0.13 1.04 0.02 0.33 0.20 0.23 0.12 0.36 0.13 0.03 0.40 0.41 1.13 1.64 0.72 1.09
O2 0.13 0.30 0.10 0.44 0.00 0.77 0.12 1.17 0.02 0.35 0.17 0.26 0.09 0.32 0.17 0.24 0.57 0.68 1.43 2.06 1.37 1.55
O2' 0.11 0.39 0.42 0.13 0.11 0.58 0.06 1.00 0.02 0.18 0.19 0.38 0.16 0.23 0.02 0.91 0.31 0.56 1.53 2.91 2.03 2.12
O3' 0.13 0.04 0.14 0.32 0.13 0.66 0.18 0.95 0.17 0.21 0.10 0.05 0.22 0.23 0.16 0.49 0.61 0.67 1.37 2.70 1.81 1.88
O4 0.06 0.23 0.22 0.23 0.01 0.46 0.11 0.90 0.02 0.26 0.17 0.17 0.14 0.32 0.10 0.13 0.29 0.26 0.85 1.25 0.19 0.69
O4' 0.60 0.12 0.27 0.61 0.45 1.02 0.42 1.29 0.26 0.58 0.10 0.31 0.23 0.51 0.56 0.09 0.85 1.11 1.49 2.50 1.65 1.81
O5' 0.75 0.76 0.50 0.73 0.73 1.03 0.68 1.25 0.64 0.68 0.68 0.76 0.56 0.66 0.72 0.42 1.01 1.10 1.39 2.40 1.44 1.64
OP1 0.99 1.17 0.84 0.94 0.97 1.13 0.84 1.27 0.83 0.79 1.01 1.12 0.65 0.73 0.92 0.93 1.27 1.17 1.25 2.11 1.13 1.37
OP2 0.17 0.00 0.09 0.10 0.01 0.47 0.16 0.65 0.26 0.08 0.19 0.09 0.40 0.18 0.03 0.03 0.43 0.54 0.72 1.80 0.72 1.00
P 0.69 0.73 0.46 0.63 0.66 0.94 0.57 1.13 0.54 0.57 0.63 0.72 0.44 0.53 0.64 0.47 0.93 1.00 1.21 2.19 1.17 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.07 0.22 0.24 0.05
C2 0.02 0.00 0.24 0.22 0.01 0.10 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.24 0.20 0.81 0.11 0.30
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.14 0.06 0.21 0.16 0.23 0.01 0.14 0.05 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03 0.34 0.04
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.18 0.01 0.20 0.01 0.22 0.11 0.23 0.18 0.23 0.17 0.13 0.00 0.01 0.02 0.30 0.26 0.36 0.07
C4 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.07 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.05 0.47 0.08 0.07
C4' 0.00 0.10 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.11 0.09 0.09 0.03 0.03 0.30 0.01 0.00 0.02 0.05 0.64 0.19
C5 0.01 0.00 0.00 0.20 0.01 0.06 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.08 0.01 0.36 0.39 0.07
C5' 0.11 0.30 0.14 0.01 0.26 0.00 0.29 0.00 0.32 0.21 0.33 0.26 0.34 0.25 0.20 0.16 0.24 0.02 0.01 0.36 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.09 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.14 0.09 0.52 0.36 0.02
C8 0.01 0.00 0.21 0.11 0.00 0.00 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.05 0.11 0.23 0.08 0.56 0.36
N1 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.21 0.18 0.73 0.12 0.20
N3 0.03 0.00 0.23 0.18 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.24 0.16 0.71 0.19 0.28
N6 0.02 0.01 0.01 0.23 0.00 0.09 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.15 0.11 0.07 0.45 0.56 0.07
N7 0.01 0.00 0.14 0.17 0.01 0.03 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.11 0.04 0.14 0.03 0.69 0.34
N9 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.03 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.02 0.02 0.07 0.22 0.11 0.07
O2' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.30 0.17 0.16 0.13 0.30 0.03 0.08 0.19 0.29 0.15 0.00 0.08 0.18 0.28 0.22 0.31 0.12
O3' 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.11 0.05 0.07 0.04 0.15 0.11 0.02 0.08 0.00 0.15 0.37 0.38 0.46 0.10
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.14 0.00 0.08 0.02 0.14 0.11 0.21 0.24 0.11 0.04 0.02 0.18 0.15 0.00 0.03 0.29 0.35 0.11
O5' 0.07 0.20 0.11 0.30 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.23 0.18 0.16 0.07 0.14 0.07 0.28 0.37 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 0.81 0.03 0.26 0.47 0.05 0.36 0.36 0.52 0.08 0.73 0.71 0.45 0.03 0.22 0.22 0.38 0.29 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.24 0.11 0.34 0.36 0.08 0.64 0.39 0.36 0.36 0.56 0.12 0.19 0.56 0.69 0.11 0.31 0.46 0.35 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.30 0.04 0.07 0.07 0.19 0.07 0.03 0.02 0.36 0.20 0.28 0.07 0.34 0.07 0.12 0.10 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00