ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54560

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O3' B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C5' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C1' B 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C3' B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C4' B 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' B 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
N9 B 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
N3 B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O2' B 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP1 A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C4 B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
P A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C2 B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C8 B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
O5' B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C5' B 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
OP2 A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
N7 B 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
N1 B 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
OP1 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
P B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
N6 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C2' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C4 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C5 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N3 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02
O2 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O2' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O4 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.03 0.10 0.09 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
OP1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
P 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00