ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54569

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C6 A 0, -0.001, 0.020, 0.041, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.020 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.001, 0.025, 0.050, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.026 std_dev=0.025
O2 A 0, -0.004, 0.043, 0.089, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.043 std_dev=0.047
O4 A 0, -0.002, 0.089, 0.179, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.089 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.123, 0.235, 0.348, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.235 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.081, 0.260, 0.438, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.260 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.172, 0.400, 0.627, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.400 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.131, 0.395, 0.659, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.395 std_dev=0.264
C4' B 0, 0.166, 0.440, 0.714, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.440 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.197, 0.505, 0.814, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.505 std_dev=0.308
O2 B 0, 0.194, 0.514, 0.834, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.514 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.189, 0.534, 0.879, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.534 std_dev=0.345
C4' A 0, 0.157, 0.527, 0.896, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.527 std_dev=0.369
O4' B 0, 0.047, 0.422, 0.797, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.422 std_dev=0.375
C6 B 0, 0.186, 0.562, 0.937, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.562 std_dev=0.375
C1' B 0, 0.107, 0.482, 0.858, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.482 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.202, 0.594, 0.986, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.594 std_dev=0.392
C5' A 0, 0.233, 0.641, 1.048, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.641 std_dev=0.407
N4 B 0, 0.229, 0.696, 1.163, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.696 std_dev=0.467
C5' B 0, 0.273, 0.761, 1.249, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.761 std_dev=0.488
P A 0, 0.286, 0.823, 1.360, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.823 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.210, 0.770, 1.329, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.770 std_dev=0.560
C3' A 0, 0.102, 0.683, 1.264, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.683 std_dev=0.581
P B 0, 0.452, 1.050, 1.647, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.050 std_dev=0.598
OP1 B 0, 0.619, 1.244, 1.869, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.244 std_dev=0.625
O2' A 0, -0.064, 0.572, 1.208, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.572 std_dev=0.636
O5' A 0, 0.120, 0.813, 1.506, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.813 std_dev=0.693
O5' B 0, 0.211, 0.931, 1.652, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.931 std_dev=0.721
C2' B 0, 0.200, 0.933, 1.665, 2.508 max_d=2.508 avg_d=0.933 std_dev=0.732
OP2 B 0, 0.550, 1.288, 2.026, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.288 std_dev=0.738
O3' B 0, 0.262, 1.077, 1.891, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.077 std_dev=0.814
OP2 A 0, 0.190, 1.276, 2.362, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.276 std_dev=1.086
O3' A 0, 0.085, 1.228, 2.371, 2.960 max_d=2.960 avg_d=1.228 std_dev=1.143
OP1 A 0, 0.150, 1.347, 2.543, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.347 std_dev=1.196
O2' B 0, 0.180, 1.463, 2.746, 4.681 max_d=4.681 avg_d=1.463 std_dev=1.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.05 0.01 0.05 0.15 0.23 0.18
C2 0.01 0.00 0.10 0.21 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.29 0.18 0.04 0.05 0.31 0.42 0.36 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.18 0.12 0.03 0.08 0.19 0.01 0.03 0.08 0.03 0.38 0.20 0.60 0.43
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.37 0.00 0.38 0.02 0.32 0.22 0.30 0.11 0.02 0.01 0.40 0.02 0.12 0.52 0.16 0.09
C4 0.03 0.02 0.07 0.37 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.40 0.17 0.01 0.05 0.58 0.56 0.71 0.34
C4' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.17 0.09 0.10 0.03 0.28 0.04 0.15 0.01 0.01 0.19 0.09 0.05
C5 0.03 0.02 0.10 0.38 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.22 0.02 0.06 0.63 0.48 0.71 0.33
C5' 0.05 0.10 0.18 0.02 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.12 0.17 0.04 0.12 0.17 0.26 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.17 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.02 0.06 0.52 0.35 0.47 0.20
N1 0.01 0.00 0.03 0.22 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.11 0.04 0.02 0.31 0.32 0.30 0.11
N3 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.11 0.03 0.05 0.44 0.53 0.54 0.24
O2 0.02 0.00 0.19 0.11 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.33 0.05 0.06 0.19 0.40 0.28 0.11
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.40 0.28 0.36 0.12 0.28 0.23 0.36 0.25 0.00 0.04 0.43 0.19 0.30 0.29 0.72 0.39
O3' 0.29 0.18 0.03 0.01 0.17 0.04 0.22 0.17 0.16 0.11 0.11 0.33 0.04 0.00 0.20 0.19 0.06 0.92 0.18 0.34
O4 0.05 0.04 0.08 0.40 0.01 0.15 0.02 0.26 0.02 0.04 0.03 0.05 0.43 0.20 0.00 0.07 0.63 0.64 0.84 0.42
O4' 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.19 0.19 0.07 0.00 0.16 0.13 0.17 0.17
O5' 0.05 0.31 0.38 0.12 0.58 0.01 0.63 0.01 0.52 0.31 0.44 0.19 0.30 0.06 0.63 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.42 0.20 0.52 0.56 0.19 0.48 0.08 0.35 0.32 0.53 0.40 0.29 0.92 0.64 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.23 0.36 0.60 0.16 0.71 0.09 0.71 0.04 0.47 0.30 0.54 0.28 0.72 0.18 0.84 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.14 0.43 0.09 0.34 0.05 0.33 0.02 0.20 0.11 0.24 0.11 0.39 0.34 0.42 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.15 0.10 0.13 0.14 0.25 0.45 0.28 0.15 0.21 0.16 0.37 0.44 0.07 0.10 0.63 0.31 0.26 0.29
C2 0.11 0.23 0.26 0.23 0.15 0.20 0.19 0.47 0.14 0.09 0.25 0.20 0.32 0.21 0.20 0.10 0.75 0.27 0.36 0.34
C2' 0.34 0.23 0.33 0.28 0.15 0.27 0.23 0.56 0.27 0.23 0.21 0.18 0.34 0.61 0.27 0.18 0.77 0.57 0.49 0.57
C3' 0.72 0.20 0.69 0.67 0.13 0.58 0.32 0.25 0.50 0.45 0.16 0.22 0.26 1.09 0.87 0.53 0.20 0.27 0.18 0.20
C4 0.11 0.20 0.20 0.19 0.21 0.18 0.20 0.44 0.16 0.13 0.25 0.28 0.24 0.15 0.20 0.13 0.70 0.24 0.36 0.31
C4' 0.76 0.29 0.78 0.66 0.22 0.48 0.44 0.22 0.59 0.55 0.14 0.15 0.28 1.20 0.82 0.47 0.23 0.24 0.26 0.20
C5 0.12 0.21 0.12 0.14 0.23 0.18 0.19 0.44 0.16 0.12 0.29 0.31 0.28 0.21 0.16 0.17 0.67 0.25 0.34 0.30
C5' 0.73 0.24 0.83 0.71 0.13 0.49 0.34 0.22 0.51 0.49 0.06 0.16 0.26 1.30 0.91 0.42 0.21 0.23 0.26 0.19
C6 0.13 0.22 0.10 0.11 0.19 0.17 0.17 0.44 0.16 0.10 0.29 0.25 0.33 0.30 0.13 0.17 0.66 0.27 0.31 0.29
N1 0.12 0.22 0.12 0.13 0.13 0.17 0.19 0.46 0.18 0.07 0.25 0.18 0.35 0.25 0.10 0.13 0.69 0.28 0.31 0.31
N3 0.12 0.21 0.29 0.24 0.17 0.20 0.17 0.45 0.14 0.12 0.24 0.22 0.26 0.23 0.23 0.11 0.73 0.26 0.39 0.33
O2 0.16 0.24 0.38 0.33 0.16 0.24 0.22 0.48 0.15 0.12 0.23 0.22 0.33 0.34 0.28 0.12 0.79 0.29 0.40 0.38
O2' 0.56 0.43 0.67 0.75 0.28 0.75 0.41 0.97 0.43 0.42 0.31 0.29 0.61 0.78 0.69 0.56 0.99 0.76 0.51 0.70
O3' 1.29 0.60 1.31 1.33 0.50 1.25 0.83 0.91 1.07 0.99 0.38 0.33 0.51 1.65 1.51 1.15 0.68 0.68 0.67 0.67
O4 0.11 0.15 0.21 0.18 0.18 0.17 0.20 0.41 0.17 0.12 0.19 0.25 0.19 0.17 0.21 0.12 0.67 0.23 0.36 0.29
O4' 0.45 0.13 0.40 0.29 0.19 0.22 0.38 0.36 0.47 0.37 0.07 0.16 0.21 0.73 0.36 0.29 0.45 0.26 0.29 0.23
O5' 0.37 0.28 0.48 0.45 0.44 0.31 0.18 0.17 0.11 0.09 0.52 0.64 0.37 0.94 0.63 0.21 0.31 0.21 0.21 0.17
OP1 0.70 0.34 0.80 0.69 0.14 0.40 0.18 0.23 0.33 0.45 0.14 0.32 0.49 1.37 1.02 0.34 0.44 0.46 0.39 0.42
OP2 0.28 0.38 0.36 0.35 0.66 0.27 0.40 0.20 0.21 0.15 0.68 0.92 0.41 0.77 0.51 0.21 0.41 0.12 0.25 0.13
P 0.59 0.15 0.67 0.60 0.15 0.41 0.19 0.18 0.34 0.35 0.15 0.36 0.24 1.13 0.80 0.34 0.28 0.18 0.19 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.18 0.01 0.19 0.13 0.29 0.16
C2 0.02 0.00 0.15 0.03 0.02 0.14 0.02 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.17 0.24 0.39 0.16 0.30 0.14
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.17 0.16 0.21 0.04 0.12 0.09 0.28 0.00 0.03 0.02 0.32 0.46 0.18 0.19
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03 0.07 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.06 0.42 0.10 0.07
C4 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.06 0.36 0.19 0.36 0.21
C4' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.12 0.08 0.27 0.15 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.12
C5 0.03 0.02 0.17 0.07 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.33 0.17 0.18 0.30 0.31 0.45 0.34
C5' 0.07 0.29 0.16 0.03 0.22 0.01 0.19 0.00 0.18 0.14 0.30 0.24 0.41 0.08 0.10 0.02 0.01 0.16 0.07 0.03
C6 0.03 0.01 0.21 0.07 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.18 0.24 0.26 0.26 0.46 0.35
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.02 0.28 0.10 0.35 0.19
N3 0.01 0.01 0.12 0.03 0.01 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.17 0.18 0.41 0.14 0.31 0.15
N4 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01 0.08 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.17 0.07 0.38 0.24 0.36 0.23
O2 0.05 0.01 0.28 0.08 0.02 0.27 0.03 0.41 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.53 0.20 0.42 0.44 0.29 0.28 0.20
O2' 0.03 0.28 0.00 0.03 0.17 0.15 0.33 0.08 0.37 0.08 0.24 0.19 0.53 0.00 0.09 0.08 0.26 0.50 0.24 0.20
O3' 0.18 0.17 0.03 0.01 0.17 0.01 0.17 0.10 0.18 0.17 0.17 0.17 0.20 0.09 0.00 0.14 0.07 0.38 0.12 0.08
O4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.24 0.02 0.18 0.07 0.42 0.08 0.14 0.00 0.06 0.16 0.48 0.35
O5' 0.19 0.39 0.32 0.06 0.36 0.02 0.30 0.01 0.26 0.28 0.41 0.38 0.44 0.26 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.16 0.46 0.42 0.19 0.19 0.31 0.16 0.26 0.10 0.14 0.24 0.29 0.50 0.38 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.30 0.18 0.10 0.36 0.22 0.45 0.07 0.46 0.35 0.31 0.36 0.28 0.24 0.12 0.48 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.14 0.19 0.07 0.21 0.12 0.34 0.03 0.35 0.19 0.15 0.23 0.20 0.20 0.08 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00