ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.013, 0.020, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.017, 0.029, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.027, 0.041, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.026, 0.041, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.041 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.048, 0.073, 0.098, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.073 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.073, 0.147, 0.222, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.147 std_dev=0.075
O4 A 0, 0.119, 0.204, 0.289, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.204 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.162, 0.259, 0.356, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.259 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.178, 0.288, 0.398, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.288 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.179, 0.323, 0.467, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.323 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.276, 0.424, 0.572, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.424 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.139, 0.334, 0.529, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.334 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.330, 0.602, 0.873, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.602 std_dev=0.272
O3' A 0, 0.440, 0.719, 0.998, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.719 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.282, 0.567, 0.852, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.567 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.102, 0.407, 0.711, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.407 std_dev=0.304
O5' A 0, 0.260, 0.591, 0.922, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.591 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.186, 0.549, 0.912, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.549 std_dev=0.363
P A 0, 0.471, 0.838, 1.205, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.838 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.600, 0.976, 1.351, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.976 std_dev=0.376
C2 B 0, 0.360, 0.743, 1.126, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.743 std_dev=0.383
O4' B 0, 0.526, 0.928, 1.331, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.928 std_dev=0.402
O2' B 0, 0.491, 0.939, 1.386, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.939 std_dev=0.447
O2 B 0, 0.560, 1.026, 1.493, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.026 std_dev=0.467
C5 B 0, 0.357, 0.829, 1.300, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.829 std_dev=0.471
C4' B 0, 0.723, 1.198, 1.674, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.198 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.690, 1.169, 1.647, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.169 std_dev=0.478
OP2 A 0, 0.612, 1.095, 1.577, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.095 std_dev=0.482
OP1 A 0, 0.511, 0.998, 1.486, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.998 std_dev=0.487
N3 B 0, 0.456, 0.969, 1.482, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.969 std_dev=0.513
C4 B 0, 0.449, 0.985, 1.520, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.985 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.979, 1.551, 2.122, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.551 std_dev=0.571
N4 B 0, 0.729, 1.422, 2.115, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.422 std_dev=0.693
O5' B 0, 0.978, 1.755, 2.531, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.755 std_dev=0.776
P B 0, 1.123, 2.169, 3.215, 4.776 max_d=4.776 avg_d=2.169 std_dev=1.046
OP1 B 0, 1.098, 2.528, 3.958, 6.522 max_d=6.522 avg_d=2.528 std_dev=1.430
OP2 B 0, 0.692, 2.285, 3.877, 6.895 max_d=6.895 avg_d=2.285 std_dev=1.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.10 0.49 0.17
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.02 0.30 0.18 0.44 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.19 0.20 0.33 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.11 0.06 0.09 0.11 0.01 0.00 0.11 0.00 0.25 0.29 0.22 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.00 0.03 0.44 0.24 0.36 0.21
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.12 0.38 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.03 0.45 0.23 0.38 0.22
C5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.00 0.00 0.17 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.03 0.39 0.19 0.45 0.18
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.29 0.16 0.47 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.01 0.02 0.38 0.22 0.40 0.19
O2 0.02 0.01 0.09 0.11 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.02 0.02 0.24 0.16 0.45 0.17
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.17 0.36 0.09
O3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.03 0.14 0.04 0.12 0.06 0.13 0.13 0.02 0.00 0.16 0.02 0.22 0.38 0.13 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.00 0.03 0.46 0.25 0.33 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.07 0.55 0.23
O5' 0.13 0.30 0.19 0.25 0.44 0.01 0.45 0.00 0.39 0.29 0.38 0.24 0.07 0.22 0.46 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.18 0.20 0.29 0.24 0.12 0.23 0.17 0.19 0.16 0.22 0.16 0.17 0.38 0.25 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.44 0.33 0.22 0.36 0.38 0.38 0.33 0.45 0.47 0.40 0.45 0.36 0.13 0.33 0.55 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.17 0.10 0.13 0.21 0.09 0.22 0.01 0.18 0.17 0.19 0.17 0.09 0.17 0.23 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.22 0.19 0.18 0.11 0.17 0.17 0.18 0.17 0.13 0.21 0.14 0.32 0.32 0.16 0.15 0.41 0.73 0.45 0.49
C2 0.09 0.22 0.10 0.11 0.13 0.09 0.23 0.15 0.19 0.07 0.25 0.16 0.33 0.25 0.12 0.09 0.43 0.93 0.56 0.57
C2' 0.15 0.20 0.15 0.13 0.13 0.12 0.17 0.15 0.18 0.11 0.21 0.18 0.30 0.31 0.13 0.11 0.30 0.64 0.31 0.38
C3' 0.07 0.16 0.09 0.15 0.11 0.13 0.19 0.19 0.20 0.04 0.18 0.14 0.27 0.24 0.18 0.09 0.23 0.48 0.28 0.27
C4 0.21 0.25 0.18 0.17 0.27 0.21 0.38 0.26 0.31 0.21 0.23 0.30 0.37 0.25 0.18 0.25 0.41 1.05 0.55 0.58
C4' 0.09 0.14 0.10 0.13 0.11 0.13 0.22 0.16 0.22 0.06 0.14 0.13 0.25 0.24 0.14 0.09 0.28 0.45 0.31 0.31
C5 0.22 0.19 0.20 0.18 0.27 0.22 0.39 0.25 0.35 0.22 0.16 0.29 0.32 0.26 0.19 0.25 0.36 0.96 0.44 0.52
C5' 0.23 0.18 0.23 0.21 0.18 0.22 0.30 0.22 0.33 0.21 0.16 0.17 0.25 0.28 0.20 0.23 0.30 0.32 0.40 0.27
C6 0.12 0.12 0.13 0.12 0.16 0.12 0.33 0.17 0.31 0.12 0.10 0.17 0.29 0.23 0.14 0.12 0.37 0.84 0.43 0.50
N1 0.08 0.19 0.10 0.11 0.08 0.09 0.25 0.15 0.22 0.04 0.18 0.10 0.31 0.25 0.12 0.07 0.40 0.83 0.48 0.52
N3 0.12 0.23 0.12 0.11 0.18 0.14 0.30 0.20 0.24 0.13 0.25 0.20 0.36 0.24 0.13 0.16 0.43 1.02 0.59 0.59
O2 0.13 0.25 0.14 0.13 0.19 0.12 0.17 0.16 0.16 0.12 0.30 0.26 0.34 0.28 0.13 0.12 0.45 0.93 0.59 0.58
O2' 0.28 0.26 0.25 0.19 0.19 0.21 0.19 0.19 0.22 0.22 0.25 0.22 0.32 0.39 0.15 0.24 0.35 0.63 0.37 0.42
O3' 0.11 0.15 0.13 0.18 0.11 0.17 0.17 0.23 0.19 0.05 0.17 0.16 0.26 0.28 0.22 0.12 0.26 0.40 0.37 0.26
O4 0.28 0.32 0.23 0.21 0.34 0.28 0.40 0.33 0.33 0.28 0.31 0.40 0.43 0.27 0.21 0.34 0.42 1.13 0.60 0.60
O4' 0.10 0.16 0.15 0.18 0.10 0.16 0.23 0.19 0.21 0.04 0.14 0.13 0.28 0.28 0.19 0.11 0.38 0.61 0.40 0.44
O5' 0.16 0.24 0.16 0.11 0.31 0.07 0.34 0.13 0.30 0.22 0.28 0.34 0.26 0.35 0.02 0.12 0.25 0.25 0.39 0.23
OP1 0.06 0.16 0.08 0.02 0.14 0.05 0.19 0.15 0.18 0.06 0.17 0.17 0.29 0.19 0.01 0.02 0.40 0.46 0.63 0.40
OP2 0.19 0.33 0.24 0.10 0.35 0.09 0.33 0.22 0.28 0.26 0.37 0.38 0.39 0.27 0.01 0.09 0.37 0.43 0.59 0.35
P 0.05 0.16 0.09 0.01 0.14 0.04 0.16 0.12 0.13 0.06 0.17 0.17 0.27 0.20 0.00 0.01 0.32 0.31 0.50 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.22 0.24 0.49 0.24
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.07 0.59 0.83 0.94 0.68
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.01 0.08 0.02 0.18 0.00 0.01 0.00 0.14 0.17 0.28 0.16
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.12 0.12 0.20 0.02 0.00 0.01 0.13 0.15 0.20 0.12
C4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.11 0.03 0.58 1.03 0.99 0.76
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.11 0.09 0.15 0.07 0.02 0.00 0.02 0.15 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.13 0.03 0.45 0.82 0.81 0.60
C5' 0.02 0.17 0.02 0.02 0.17 0.01 0.10 0.00 0.06 0.08 0.20 0.19 0.23 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.04 0.36 0.61 0.68 0.46
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.40 0.55 0.71 0.46
N3 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.13 0.06 0.65 1.06 1.06 0.81
N4 0.02 0.01 0.02 0.12 0.00 0.09 0.02 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.12 0.03 0.63 1.19 1.07 0.84
O2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.02 0.15 0.02 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.22 0.13 0.68 0.82 1.02 0.75
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.11 0.12 0.13 0.00 0.04 0.06 0.09 0.21 0.23 0.11
O3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.11 0.02 0.13 0.03 0.12 0.05 0.13 0.12 0.22 0.04 0.00 0.02 0.23 0.22 0.34 0.18
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.13 0.06 0.02 0.00 0.22 0.17 0.51 0.20
O5' 0.22 0.59 0.14 0.13 0.58 0.02 0.45 0.01 0.36 0.40 0.65 0.63 0.68 0.09 0.23 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.83 0.17 0.15 1.03 0.15 0.82 0.11 0.61 0.55 1.06 1.19 0.82 0.21 0.22 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.94 0.28 0.20 0.99 0.26 0.81 0.23 0.68 0.71 1.06 1.07 1.02 0.23 0.34 0.51 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.68 0.16 0.12 0.76 0.05 0.60 0.01 0.46 0.46 0.81 0.84 0.75 0.11 0.18 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00