ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.025, 0.045, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.045 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.027, 0.052, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.025
C4' A 0, 0.043, 0.077, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.077 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.038, 0.072, 0.107, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.072 std_dev=0.034
O2' A 0, 0.028, 0.078, 0.128, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.078 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.068, 0.120, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.120 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.069, 0.124, 0.180, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.124 std_dev=0.056
O5' A 0, 0.053, 0.125, 0.198, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.125 std_dev=0.072
P A 0, 0.050, 0.151, 0.252, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.151 std_dev=0.101
OP1 A 0, 0.057, 0.178, 0.300, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.178 std_dev=0.122
C4' B 0, 0.146, 0.275, 0.404, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.275 std_dev=0.129
OP2 A 0, 0.073, 0.207, 0.341, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.207 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.139, 0.278, 0.416, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.278 std_dev=0.138
C3' B 0, 0.139, 0.280, 0.420, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.280 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.154, 0.296, 0.439, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.296 std_dev=0.142
C1' B 0, 0.127, 0.271, 0.415, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.271 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.114, 0.262, 0.411, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.262 std_dev=0.149
C5' B 0, 0.131, 0.281, 0.432, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.281 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.144, 0.306, 0.468, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.306 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.197, 0.362, 0.527, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.362 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.164, 0.340, 0.516, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.340 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.154, 0.345, 0.536, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.345 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.180, 0.379, 0.577, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.379 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.219, 0.419, 0.619, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.419 std_dev=0.200
O2 B 0, 0.156, 0.360, 0.565, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.360 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.205, 0.435, 0.664, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.435 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.177, 0.408, 0.639, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.408 std_dev=0.231
P B 0, 0.161, 0.413, 0.664, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.413 std_dev=0.252
N4 B 0, 0.224, 0.509, 0.793, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.509 std_dev=0.284
OP2 B 0, 0.201, 0.629, 1.058, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.629 std_dev=0.428
OP1 B 0, 0.199, 0.656, 1.112, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.656 std_dev=0.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.09 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.11 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.13 0.10 0.09 0.18 0.09 0.21 0.13 0.20 0.12 0.16 0.19 0.18 0.09 0.08 0.07 0.09 0.18 0.14 0.05
C2 0.09 0.19 0.15 0.15 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.05 0.21 0.15 0.28 0.14 0.13 0.12 0.13 0.04 0.30 0.10
C2' 0.09 0.13 0.08 0.08 0.16 0.08 0.18 0.10 0.17 0.11 0.15 0.17 0.18 0.08 0.09 0.09 0.09 0.24 0.09 0.06
C3' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.19 0.07 0.22 0.10 0.20 0.14 0.16 0.21 0.15 0.09 0.09 0.09 0.08 0.30 0.07 0.09
C4 0.12 0.18 0.17 0.16 0.05 0.14 0.24 0.14 0.22 0.11 0.19 0.08 0.29 0.17 0.14 0.14 0.14 0.04 0.35 0.12
C4' 0.12 0.16 0.10 0.07 0.24 0.07 0.25 0.11 0.23 0.17 0.20 0.26 0.14 0.11 0.10 0.10 0.08 0.30 0.07 0.10
C5 0.10 0.09 0.15 0.13 0.19 0.13 0.30 0.14 0.25 0.11 0.07 0.24 0.24 0.14 0.11 0.12 0.13 0.08 0.29 0.09
C5' 0.12 0.18 0.11 0.08 0.29 0.07 0.30 0.11 0.25 0.19 0.24 0.32 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.30 0.07 0.10
C6 0.09 0.07 0.13 0.11 0.22 0.12 0.29 0.14 0.25 0.12 0.11 0.25 0.21 0.12 0.09 0.10 0.12 0.12 0.24 0.06
N1 0.07 0.11 0.12 0.12 0.16 0.12 0.23 0.14 0.21 0.08 0.13 0.18 0.23 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.23 0.06
N3 0.12 0.22 0.18 0.17 0.09 0.14 0.15 0.14 0.17 0.10 0.26 0.14 0.31 0.18 0.15 0.14 0.14 0.05 0.35 0.13
O2 0.09 0.21 0.15 0.16 0.17 0.13 0.09 0.13 0.07 0.08 0.24 0.20 0.27 0.14 0.14 0.12 0.14 0.05 0.30 0.12
O2' 0.11 0.16 0.07 0.08 0.16 0.10 0.16 0.08 0.15 0.13 0.17 0.17 0.19 0.07 0.11 0.12 0.07 0.30 0.07 0.13
O3' 0.12 0.14 0.09 0.08 0.19 0.09 0.21 0.08 0.19 0.14 0.16 0.20 0.15 0.09 0.11 0.11 0.08 0.35 0.07 0.12
O4 0.14 0.19 0.20 0.18 0.08 0.15 0.25 0.14 0.23 0.14 0.21 0.05 0.29 0.20 0.16 0.15 0.14 0.05 0.38 0.14
O4' 0.11 0.16 0.10 0.08 0.24 0.09 0.26 0.14 0.23 0.17 0.20 0.26 0.14 0.11 0.08 0.08 0.08 0.24 0.11 0.08
O5' 0.09 0.14 0.10 0.06 0.30 0.07 0.31 0.12 0.26 0.17 0.22 0.34 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.27 0.10 0.08
OP1 0.07 0.10 0.08 0.08 0.25 0.09 0.28 0.12 0.22 0.13 0.17 0.31 0.10 0.08 0.12 0.06 0.09 0.31 0.11 0.10
OP2 0.12 0.16 0.15 0.10 0.34 0.10 0.37 0.13 0.30 0.20 0.24 0.41 0.13 0.15 0.06 0.10 0.08 0.24 0.15 0.05
P 0.09 0.14 0.10 0.06 0.31 0.07 0.32 0.12 0.26 0.16 0.22 0.37 0.09 0.10 0.07 0.06 0.08 0.28 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.15 0.23 0.15
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.25 0.17 0.42 0.26
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.22 0.17 0.13
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.30 0.28 0.58 0.35
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.29 0.32 0.57 0.35
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.25 0.30 0.49 0.30
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.23 0.21 0.39 0.25
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.28 0.22 0.51 0.31
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.32 0.30 0.63 0.38
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.22 0.11 0.34 0.21
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.25 0.16 0.13
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.10 0.10 0.12 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.17 0.10
O5' 0.14 0.25 0.08 0.06 0.30 0.01 0.29 0.01 0.25 0.23 0.28 0.32 0.22 0.06 0.10 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.15 0.17 0.22 0.14 0.28 0.05 0.32 0.03 0.30 0.21 0.22 0.30 0.11 0.25 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.42 0.17 0.06 0.58 0.02 0.57 0.01 0.49 0.39 0.51 0.63 0.34 0.16 0.12 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.26 0.13 0.03 0.35 0.02 0.35 0.01 0.30 0.25 0.31 0.38 0.21 0.13 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00