Doublet Group distance statistics: 54575

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O2	A	0, 0.025, 0.047, 0.070, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.047 std_dev=0.022
O4	A	0, 0.102, 0.176, 0.250, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.176 std_dev=0.074
O4'	A	0, 0.023, 0.118, 0.212, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.118 std_dev=0.094
C2'	A	0, 0.133, 0.235, 0.338, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.235 std_dev=0.102
C3'	A	0, 0.085, 0.204, 0.323, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.204 std_dev=0.119
C2	B	0, 0.148, 0.299, 0.451, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.299 std_dev=0.151
C4'	A	0, 0.172, 0.345, 0.519, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.345 std_dev=0.174
N3	B	0, 0.149, 0.331, 0.514, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.331 std_dev=0.183
O2	B	0, 0.190, 0.386, 0.583, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.386 std_dev=0.197
N1	B	0, 0.183, 0.381, 0.579, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.381 std_dev=0.198
C4	B	0, 0.230, 0.437, 0.645, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.437 std_dev=0.208
O3'	A	0, 0.262, 0.490, 0.718, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.490 std_dev=0.228
C5	B	0, 0.317, 0.545, 0.773, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.545 std_dev=0.228
C6	B	0, 0.292, 0.521, 0.750, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.521 std_dev=0.229
C2'	B	0, 0.237, 0.470, 0.703, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.470 std_dev=0.233
C1'	B	0, 0.240, 0.487, 0.735, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.487 std_dev=0.248
O2'	A	0, 0.351, 0.632, 0.913, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.632 std_dev=0.281
N4	B	0, 0.263, 0.567, 0.870, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.567 std_dev=0.304
C5'	A	0, 0.457, 0.853, 1.250, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.853 std_dev=0.397
O4'	B	0, 0.550, 0.953, 1.355, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.953 std_dev=0.402
O2'	B	0, 0.576, 1.025, 1.473, 1.423 max_d=1.423 avg_d=1.025 std_dev=0.448
O5'	A	0, 0.518, 0.984, 1.450, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.984 std_dev=0.466
P	A	0, 0.720, 1.280, 1.841, 1.873 max_d=1.873 avg_d=1.280 std_dev=0.560
C4'	B	0, 0.807, 1.370, 1.933, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.370 std_dev=0.563
C3'	B	0, 0.820, 1.400, 1.980, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.400 std_dev=0.580
OP1	A	0, 0.887, 1.523, 2.158, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.523 std_dev=0.635
C5'	B	0, 1.037, 1.766, 2.496, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.766 std_dev=0.729
P	B	0, 1.157, 1.981, 2.804, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.981 std_dev=0.824
O3'	B	0, 1.152, 1.984, 2.815, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.984 std_dev=0.831
O5'	B	0, 1.111, 1.961, 2.811, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.961 std_dev=0.850
OP2	B	0, 1.244, 2.142, 3.040, 2.797 max_d=2.797 avg_d=2.142 std_dev=0.898
OP1	B	0, 1.681, 2.892, 4.103, 3.697 max_d=3.697 avg_d=2.892 std_dev=1.211
OP2	A	0, 2.104, 3.562, 5.021, 4.386 max_d=4.386 avg_d=3.562 std_dev=1.458

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.04	0.03	0.07	0.03	0.01	0.09	0.16	0.17	0.07
C2	0.02	0.00	0.04	0.04	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.09	0.04	0.02	0.15	0.21	0.26	0.11
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.05	0.03	0.02	0.04	0.08	0.00	0.02	0.05	0.02	0.09	0.12	0.10	0.06
C3'	0.02	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.08	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.09	0.07	0.07
C4	0.02	0.02	0.04	0.03	0.00	0.03	0.01	0.07	0.02	0.02	0.01	0.04	0.06	0.06	0.01	0.02	0.16	0.23	0.33	0.14
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.04	0.03	0.03	0.00	0.01	0.04	0.14	0.03
C5	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.02	0.01	0.02	0.05	0.06	0.02	0.04	0.14	0.23	0.32	0.13
C5'	0.02	0.05	0.05	0.01	0.07	0.01	0.06	0.00	0.06	0.05	0.05	0.05	0.03	0.04	0.07	0.01	0.01	0.10	0.13	0.01
C6	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.06	0.03	0.04	0.12	0.21	0.26	0.10
N1	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.00	0.01	0.02	0.04	0.07	0.03	0.01	0.12	0.19	0.23	0.09
N3	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.03	0.07	0.08	0.03	0.02	0.16	0.23	0.31	0.14
O2	0.04	0.00	0.08	0.08	0.04	0.04	0.02	0.05	0.02	0.02	0.03	0.00	0.13	0.11	0.06	0.04	0.16	0.20	0.24	0.12
O2'	0.03	0.08	0.00	0.02	0.06	0.04	0.05	0.03	0.04	0.04	0.07	0.13	0.00	0.04	0.07	0.03	0.09	0.10	0.13	0.08
O3'	0.07	0.09	0.02	0.02	0.06	0.03	0.06	0.04	0.06	0.07	0.08	0.11	0.04	0.00	0.06	0.05	0.05	0.08	0.08	0.06
O4	0.03	0.04	0.05	0.04	0.01	0.03	0.02	0.07	0.03	0.03	0.03	0.06	0.07	0.06	0.00	0.02	0.17	0.24	0.37	0.17
O4'	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.04	0.03	0.05	0.02	0.00	0.11	0.13	0.27	0.12
O5'	0.09	0.15	0.09	0.04	0.16	0.01	0.14	0.01	0.12	0.12	0.16	0.16	0.09	0.05	0.17	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.16	0.21	0.12	0.09	0.23	0.04	0.23	0.10	0.21	0.19	0.23	0.20	0.10	0.08	0.24	0.13	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.17	0.26	0.10	0.07	0.33	0.14	0.32	0.13	0.26	0.23	0.31	0.24	0.13	0.08	0.37	0.27	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.11	0.06	0.07	0.14	0.03	0.13	0.01	0.10	0.09	0.14	0.12	0.08	0.06	0.17	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.03	0.05	0.04	0.05	0.11	0.07	0.19	0.11	0.18	0.04	0.03	0.12	0.13	0.09	0.10	0.05	0.43	0.26	0.10	0.15
C2	0.06	0.11	0.03	0.05	0.05	0.04	0.14	0.09	0.10	0.05	0.08	0.08	0.17	0.04	0.02	0.04	0.52	0.28	0.13	0.05
C2'	0.04	0.04	0.04	0.06	0.12	0.07	0.20	0.12	0.18	0.04	0.03	0.14	0.13	0.11	0.10	0.04	0.40	0.34	0.09	0.15
C3'	0.03	0.03	0.05	0.12	0.12	0.15	0.20	0.21	0.18	0.06	0.03	0.13	0.13	0.13	0.17	0.11	0.34	0.35	0.16	0.23
C4	0.05	0.10	0.04	0.07	0.11	0.05	0.18	0.11	0.12	0.05	0.10	0.16	0.16	0.03	0.01	0.04	0.54	0.23	0.21	0.06
C4'	0.04	0.05	0.05	0.07	0.11	0.10	0.17	0.14	0.15	0.05	0.05	0.13	0.15	0.17	0.14	0.08	0.26	0.23	0.12	0.18
C5	0.07	0.09	0.08	0.08	0.19	0.07	0.26	0.11	0.19	0.09	0.11	0.24	0.15	0.08	0.06	0.06	0.54	0.17	0.19	0.03
C5'	0.07	0.10	0.11	0.05	0.11	0.09	0.16	0.13	0.13	0.06	0.08	0.14	0.21	0.24	0.13	0.08	0.23	0.22	0.11	0.18
C6	0.07	0.08	0.09	0.08	0.20	0.08	0.27	0.11	0.22	0.10	0.10	0.22	0.14	0.10	0.09	0.08	0.52	0.17	0.15	0.05
N1	0.04	0.07	0.04	0.05	0.12	0.06	0.22	0.10	0.18	0.04	0.04	0.14	0.15	0.06	0.07	0.04	0.51	0.22	0.12	0.07
N3	0.07	0.12	0.03	0.07	0.05	0.05	0.13	0.11	0.09	0.06	0.10	0.10	0.17	0.03	0.02	0.05	0.53	0.27	0.19	0.06
O2	0.08	0.13	0.06	0.06	0.06	0.06	0.07	0.10	0.06	0.09	0.11	0.07	0.18	0.07	0.04	0.06	0.49	0.35	0.09	0.08
O2'	0.10	0.06	0.10	0.11	0.14	0.11	0.22	0.13	0.20	0.08	0.06	0.16	0.11	0.17	0.11	0.09	0.46	0.36	0.12	0.11
O3'	0.11	0.07	0.13	0.21	0.18	0.23	0.25	0.29	0.24	0.13	0.10	0.19	0.03	0.14	0.23	0.18	0.37	0.41	0.26	0.31
O4	0.07	0.11	0.05	0.09	0.09	0.06	0.14	0.11	0.10	0.06	0.11	0.15	0.16	0.03	0.03	0.05	0.54	0.26	0.24	0.10
O4'	0.05	0.05	0.05	0.07	0.11	0.10	0.17	0.13	0.16	0.05	0.04	0.13	0.15	0.11	0.14	0.10	0.32	0.22	0.12	0.18
O5'	0.07	0.11	0.09	0.04	0.25	0.09	0.31	0.15	0.26	0.13	0.16	0.30	0.14	0.23	0.13	0.08	0.32	0.28	0.12	0.18
OP1	0.09	0.15	0.10	0.07	0.28	0.09	0.30	0.09	0.25	0.15	0.21	0.33	0.16	0.18	0.20	0.07	0.28	0.16	0.12	0.08
OP2	0.36	0.47	0.41	0.26	0.52	0.15	0.51	0.07	0.45	0.41	0.50	0.56	0.51	0.55	0.17	0.20	0.44	0.21	0.20	0.04
P	0.12	0.18	0.15	0.03	0.29	0.05	0.32	0.10	0.27	0.17	0.22	0.34	0.19	0.28	0.09	0.06	0.34	0.24	0.08	0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.06	0.02	0.08	0.00	0.20	0.15	0.09	0.10
C2	0.03	0.00	0.05	0.04	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.08	0.02	0.30	0.05	0.08	0.09
C2'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.04	0.01	0.10	0.00	0.03	0.01	0.10	0.31	0.18	0.13
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.06	0.03	0.05	0.06	0.08	0.01	0.01	0.01	0.10	0.38	0.08	0.04
C4	0.02	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.08	0.04	0.05	0.44	0.04	0.09	0.04
C4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.02	0.02	0.05	0.07	0.05	0.02	0.00	0.03	0.22	0.06	0.06
C5	0.02	0.02	0.03	0.06	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.11	0.01	0.08	0.48	0.05	0.09	0.04
C5'	0.02	0.03	0.05	0.02	0.11	0.01	0.14	0.00	0.13	0.05	0.06	0.12	0.06	0.03	0.03	0.01	0.01	0.19	0.03	0.02
C6	0.02	0.02	0.04	0.06	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.01	0.09	0.43	0.02	0.06	0.05
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.05	0.02	0.31	0.05	0.07	0.09
N3	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.07	0.02	0.38	0.03	0.08	0.06
N4	0.02	0.02	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.09	0.04	0.06	0.47	0.07	0.12	0.04
O2	0.06	0.01	0.10	0.08	0.02	0.07	0.03	0.06	0.02	0.02	0.02	0.03	0.00	0.12	0.14	0.07	0.22	0.09	0.11	0.12
O2'	0.02	0.06	0.00	0.01	0.08	0.05	0.11	0.03	0.10	0.04	0.06	0.09	0.12	0.00	0.03	0.03	0.07	0.35	0.22	0.13
O3'	0.08	0.08	0.03	0.01	0.04	0.02	0.01	0.03	0.01	0.05	0.07	0.04	0.14	0.03	0.00	0.06	0.13	0.43	0.07	0.05
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.09	0.02	0.02	0.06	0.07	0.03	0.06	0.00	0.24	0.08	0.05	0.10
O5'	0.20	0.30	0.10	0.10	0.44	0.03	0.48	0.01	0.43	0.31	0.38	0.47	0.22	0.07	0.13	0.24	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.15	0.05	0.31	0.38	0.04	0.22	0.05	0.19	0.02	0.05	0.03	0.07	0.09	0.35	0.43	0.08	0.02	0.00	0.03	0.01
OP2	0.09	0.08	0.18	0.08	0.09	0.06	0.09	0.03	0.06	0.07	0.08	0.12	0.11	0.22	0.07	0.05	0.02	0.03	0.00	0.01
P	0.10	0.09	0.13	0.04	0.04	0.06	0.04	0.02	0.05	0.09	0.06	0.04	0.12	0.13	0.05	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00