ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.009, 0.037, 0.065, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.020, 0.063, 0.107, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.044
O4 A 0, 0.030, 0.089, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.089 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.082, 0.241, 0.400, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.241 std_dev=0.159
C2' A 0, 0.115, 0.290, 0.464, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.290 std_dev=0.174
C4' A 0, 0.131, 0.310, 0.490, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.310 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.118, 0.300, 0.481, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.300 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.106, 0.300, 0.495, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.300 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.148, 0.379, 0.611, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.379 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.123, 0.368, 0.613, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.368 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.067, 0.344, 0.622, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.344 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.205, 0.499, 0.793, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.499 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.085, 0.407, 0.730, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.407 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.175, 0.512, 0.849, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.512 std_dev=0.337
O2' A 0, 0.191, 0.530, 0.868, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.530 std_dev=0.338
C5' A 0, 0.257, 0.610, 0.963, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.610 std_dev=0.353
C1' B 0, 0.181, 0.554, 0.926, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.554 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.261, 0.639, 1.016, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.639 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.256, 0.677, 1.097, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.677 std_dev=0.421
O2 B 0, 0.310, 0.751, 1.192, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.751 std_dev=0.441
N4 B 0, 0.084, 0.609, 1.133, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.609 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.339, 0.878, 1.418, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.878 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.069, 0.636, 1.202, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.636 std_dev=0.566
O3' B 0, 0.375, 1.043, 1.710, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.043 std_dev=0.667
C4' B 0, 0.133, 0.835, 1.536, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.835 std_dev=0.701
O5' B 0, 0.225, 1.008, 1.791, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.008 std_dev=0.783
C5' B 0, 0.175, 1.031, 1.887, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.031 std_dev=0.856
P B 0, -0.025, 0.921, 1.866, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.921 std_dev=0.945
OP2 B 0, -0.045, 0.988, 2.021, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.988 std_dev=1.033
O5' A 0, -0.034, 1.147, 2.327, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.147 std_dev=1.180
P A 0, -0.076, 1.553, 3.182, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.553 std_dev=1.629
OP1 A 0, 0.088, 1.825, 3.562, 4.688 max_d=4.688 avg_d=1.825 std_dev=1.737
OP1 B 0, -0.180, 1.698, 3.577, 4.880 max_d=4.880 avg_d=1.698 std_dev=1.878
OP2 A 0, -0.680, 2.049, 4.778, 6.747 max_d=6.747 avg_d=2.049 std_dev=2.729

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.04 0.01 0.39 0.18 0.81 0.52
C2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05 0.51 0.29 1.23 0.77
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.60 0.44 0.99 0.66
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.28 0.23 0.36 0.25
C4 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01 0.22 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.01 0.06 0.79 0.63 1.79 1.18
C4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.11 0.02 0.03 0.12 0.02 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
C5 0.05 0.02 0.04 0.07 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02 0.10 0.87 0.71 1.83 1.25
C5' 0.05 0.08 0.07 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.24 0.11 0.13 0.08 0.06 0.04 0.26 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.09 0.79 0.58 1.57 1.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.58 0.34 1.23 0.80
N3 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.63 0.43 1.51 0.96
O2 0.08 0.01 0.06 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.11 0.34 0.14 0.96 0.55
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.07 0.02 0.05 0.09 0.00 0.04 0.07 0.02 0.60 0.51 1.09 0.70
O3' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.08 0.14 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.10 0.05
O4 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.10 0.02 0.26 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.07 0.85 0.71 1.94 1.28
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.03 0.11 0.02 0.03 0.07 0.00 0.16 0.05 0.44 0.27
O5' 0.39 0.51 0.60 0.28 0.79 0.01 0.87 0.01 0.79 0.58 0.63 0.34 0.60 0.03 0.85 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 0.29 0.44 0.23 0.63 0.05 0.71 0.03 0.58 0.34 0.43 0.14 0.51 0.04 0.71 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.81 1.23 0.99 0.36 1.79 0.09 1.83 0.02 1.57 1.23 1.51 0.96 1.09 0.10 1.94 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.52 0.77 0.66 0.25 1.18 0.04 1.25 0.01 1.09 0.80 0.96 0.55 0.70 0.05 1.28 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.04 0.07 0.17 0.08 0.03 0.08 0.05 0.15 0.07 0.10 0.03 0.40 0.19 0.32 0.46
C2 0.21 0.09 0.15 0.25 0.11 0.30 0.09 0.27 0.18 0.12 0.13 0.21 0.11 0.11 0.26 0.29 0.12 0.34 0.16 0.16
C2' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.05 0.12 0.07 0.31 0.09 0.04 0.12 0.07 0.20 0.10 0.12 0.08 0.53 0.48 0.31 0.61
C3' 0.06 0.16 0.07 0.11 0.08 0.25 0.07 0.47 0.10 0.03 0.16 0.10 0.26 0.13 0.09 0.18 0.61 0.66 0.36 0.67
C4 0.05 0.20 0.06 0.12 0.12 0.18 0.14 0.25 0.15 0.05 0.26 0.20 0.29 0.10 0.07 0.14 0.11 0.63 0.16 0.09
C4' 0.05 0.19 0.05 0.13 0.14 0.28 0.04 0.41 0.05 0.03 0.22 0.17 0.28 0.15 0.08 0.25 0.48 0.39 0.37 0.51
C5 0.09 0.23 0.10 0.05 0.04 0.02 0.14 0.05 0.09 0.10 0.22 0.03 0.34 0.15 0.11 0.04 0.15 0.42 0.21 0.16
C5' 0.05 0.21 0.06 0.13 0.19 0.30 0.06 0.40 0.02 0.04 0.27 0.24 0.31 0.22 0.11 0.26 0.44 0.32 0.37 0.47
C6 0.09 0.16 0.11 0.08 0.03 0.07 0.11 0.08 0.08 0.09 0.13 0.08 0.25 0.12 0.11 0.08 0.26 0.20 0.28 0.29
N1 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.09 0.05 0.11 0.03 0.09 0.07 0.12 0.04 0.08 0.08 0.24 0.13 0.26 0.30
N3 0.18 0.12 0.15 0.25 0.15 0.33 0.13 0.36 0.21 0.10 0.20 0.29 0.16 0.09 0.23 0.29 0.16 0.61 0.15 0.10
O2 0.35 0.15 0.27 0.40 0.14 0.48 0.09 0.41 0.21 0.22 0.11 0.26 0.18 0.22 0.45 0.48 0.16 0.26 0.13 0.17
O2' 0.15 0.10 0.16 0.17 0.02 0.15 0.12 0.30 0.14 0.09 0.07 0.07 0.18 0.17 0.23 0.14 0.58 0.65 0.26 0.70
O3' 0.09 0.15 0.09 0.11 0.04 0.24 0.11 0.54 0.12 0.04 0.13 0.06 0.27 0.15 0.18 0.13 0.68 0.88 0.35 0.75
O4 0.07 0.24 0.07 0.15 0.15 0.23 0.16 0.33 0.17 0.06 0.31 0.26 0.35 0.12 0.09 0.17 0.17 0.82 0.18 0.17
O4' 0.05 0.13 0.07 0.11 0.12 0.19 0.04 0.28 0.04 0.03 0.17 0.15 0.19 0.06 0.08 0.19 0.41 0.15 0.40 0.43
O5' 0.39 0.41 0.49 0.41 0.11 0.10 0.04 0.21 0.07 0.25 0.30 0.07 0.65 0.81 0.63 0.05 0.28 0.23 0.31 0.37
OP1 0.58 0.76 0.75 0.55 0.55 0.17 0.40 0.10 0.41 0.56 0.73 0.54 0.97 1.14 0.66 0.15 0.06 0.23 0.10 0.06
OP2 0.43 0.21 0.65 0.68 0.36 0.25 0.43 0.17 0.21 0.11 0.11 0.54 0.57 1.08 1.06 0.09 0.34 0.32 0.52 0.50
P 0.33 0.29 0.49 0.43 0.08 0.10 0.16 0.21 0.06 0.15 0.16 0.16 0.55 0.84 0.66 0.04 0.31 0.21 0.42 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.19 0.27 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.44 0.46 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.13 0.03 0.03 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.17 0.42 0.09
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.25 0.16
C4 0.02 0.02 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.07 0.04 0.18 0.60 0.64 0.22
C4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.23 0.20 0.07
C5 0.05 0.03 0.13 0.10 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.20 0.11 0.06 0.21 0.58 0.64 0.25
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.11 0.02 0.15 0.00 0.12 0.05 0.06 0.14 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.36 0.33 0.03
C6 0.05 0.02 0.13 0.09 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.19 0.11 0.06 0.15 0.47 0.50 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.07 0.39 0.40 0.06
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.13 0.53 0.56 0.15
N4 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.13 0.07 0.05 0.22 0.66 0.72 0.28
O2 0.04 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.13 0.08 0.07 0.06 0.39 0.39 0.04
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.20 0.02 0.19 0.06 0.06 0.13 0.13 0.00 0.01 0.01 0.06 0.20 0.55 0.09
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.04 0.11 0.06 0.07 0.07 0.08 0.01 0.00 0.03 0.12 0.21 0.26 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.06
O5' 0.03 0.08 0.06 0.13 0.18 0.05 0.21 0.02 0.15 0.07 0.13 0.22 0.06 0.06 0.12 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.19 0.44 0.17 0.17 0.60 0.23 0.58 0.36 0.47 0.39 0.53 0.66 0.39 0.20 0.21 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.46 0.42 0.25 0.64 0.20 0.64 0.33 0.50 0.40 0.56 0.72 0.39 0.55 0.26 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.09 0.16 0.22 0.07 0.25 0.03 0.16 0.06 0.15 0.28 0.04 0.09 0.18 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00