ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54578

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C4' A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.006, 0.048, 0.089, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.048 std_dev=0.042
C3' A 0, 0.005, 0.079, 0.154, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.079 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.009, 0.099, 0.189, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.099 std_dev=0.090
O4 A 0, 0.009, 0.102, 0.194, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.102 std_dev=0.092
C2 B 0, 0.011, 0.104, 0.197, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.104 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.006, 0.137, 0.267, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.137 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.019, 0.150, 0.281, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.150 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.003, 0.137, 0.270, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.133
N1 B 0, 0.008, 0.166, 0.325, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.166 std_dev=0.159
O2' A 0, 0.014, 0.238, 0.462, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.238 std_dev=0.224
P A 0, 0.019, 0.282, 0.546, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.282 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.015, 0.286, 0.556, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.286 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.020, 0.317, 0.614, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.317 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.012, 0.317, 0.621, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.317 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.021, 0.342, 0.664, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.342 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.010, 0.342, 0.674, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.342 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.006, 0.385, 0.764, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.385 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.011, 0.433, 0.856, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.433 std_dev=0.423
C5 B 0, 0.011, 0.438, 0.864, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.438 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.008, 0.529, 1.049, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.529 std_dev=0.521
C2' B 0, 0.009, 0.623, 1.237, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.623 std_dev=0.614
N4 B 0, 0.012, 0.676, 1.341, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.676 std_dev=0.664
C4' B 0, 0.008, 0.697, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.697 std_dev=0.689
C5' B 0, 0.009, 0.741, 1.473, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.741 std_dev=0.732
O2' B 0, 0.013, 0.755, 1.497, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.755 std_dev=0.742
C3' B 0, 0.009, 0.787, 1.564, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.787 std_dev=0.778
O5' B 0, 0.013, 0.795, 1.578, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.795 std_dev=0.782
O3' B 0, 0.010, 0.919, 1.828, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.919 std_dev=0.909
P B 0, 0.013, 0.933, 1.854, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.933 std_dev=0.921
OP1 B 0, 0.013, 0.979, 1.944, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.979 std_dev=0.965
OP2 B 0, 0.018, 0.989, 1.961, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.989 std_dev=0.972

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01
C3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
O2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01
O4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05
O5' 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.16 0.07 0.04 0.01 0.07 0.11 0.11 0.05 0.09 0.10 0.08 0.22 0.04 0.06 0.15 0.08 0.09 0.01
C2 0.01 0.06 0.08 0.02 0.10 0.12 0.21 0.23 0.15 0.03 0.04 0.14 0.15 0.17 0.06 0.07 0.28 0.07 0.10 0.15
C2' 0.16 0.06 0.22 0.14 0.01 0.08 0.07 0.03 0.13 0.12 0.00 0.08 0.06 0.27 0.12 0.17 0.05 0.15 0.21 0.11
C3' 0.17 0.01 0.25 0.19 0.10 0.13 0.02 0.05 0.08 0.09 0.08 0.21 0.02 0.29 0.16 0.20 0.03 0.27 0.32 0.22
C4 0.07 0.02 0.00 0.11 0.27 0.20 0.27 0.30 0.15 0.03 0.10 0.39 0.15 0.08 0.15 0.17 0.34 0.15 0.21 0.24
C4' 0.12 0.08 0.24 0.18 0.19 0.11 0.06 0.02 0.06 0.04 0.18 0.32 0.08 0.29 0.16 0.15 0.01 0.27 0.26 0.19
C5 0.07 0.03 0.02 0.11 0.15 0.18 0.16 0.28 0.09 0.00 0.05 0.19 0.11 0.04 0.14 0.14 0.30 0.10 0.11 0.18
C5' 0.11 0.13 0.24 0.22 0.31 0.14 0.18 0.07 0.01 0.01 0.26 0.46 0.11 0.30 0.20 0.17 0.05 0.36 0.31 0.25
C6 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.12 0.08 0.23 0.06 0.01 0.04 0.03 0.09 0.09 0.08 0.06 0.24 0.03 0.01 0.10
N1 0.01 0.06 0.08 0.01 0.02 0.10 0.12 0.20 0.11 0.02 0.06 0.02 0.11 0.16 0.04 0.03 0.24 0.02 0.02 0.09
N3 0.04 0.05 0.05 0.06 0.22 0.17 0.28 0.27 0.17 0.03 0.03 0.32 0.17 0.13 0.10 0.13 0.33 0.12 0.18 0.21
O2 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.10 0.20 0.21 0.16 0.03 0.07 0.10 0.17 0.20 0.03 0.06 0.27 0.05 0.09 0.13
O2' 0.18 0.12 0.22 0.13 0.07 0.08 0.11 0.03 0.15 0.16 0.08 0.02 0.12 0.26 0.10 0.19 0.05 0.08 0.22 0.10
O3' 0.17 0.01 0.24 0.18 0.08 0.13 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07 0.18 0.02 0.29 0.15 0.20 0.03 0.25 0.33 0.22
O4 0.08 0.04 0.02 0.13 0.39 0.23 0.34 0.32 0.19 0.06 0.23 0.55 0.13 0.07 0.17 0.21 0.38 0.20 0.30 0.31
O4' 0.13 0.06 0.24 0.17 0.11 0.08 0.06 0.02 0.14 0.07 0.14 0.23 0.08 0.32 0.15 0.13 0.06 0.20 0.18 0.11
O5' 0.13 0.09 0.24 0.21 0.27 0.14 0.19 0.06 0.01 0.01 0.21 0.39 0.06 0.29 0.20 0.18 0.05 0.33 0.28 0.22
OP1 0.21 0.02 0.32 0.32 0.24 0.26 0.20 0.20 0.03 0.05 0.15 0.36 0.04 0.36 0.32 0.29 0.18 0.43 0.39 0.34
OP2 0.22 0.02 0.32 0.30 0.19 0.25 0.19 0.15 0.03 0.07 0.10 0.27 0.08 0.35 0.30 0.29 0.14 0.33 0.29 0.24
P 0.20 0.03 0.31 0.30 0.24 0.23 0.20 0.15 0.02 0.05 0.16 0.36 0.02 0.36 0.30 0.26 0.14 0.38 0.33 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.10 0.06 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.17 0.01 0.02
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03 0.12 0.04 0.05 0.03
C4' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.14 0.04 0.03 0.04
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.11 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.11 0.07 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.07 0.07 0.06 0.01
N4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.14 0.02 0.05 0.04
O2 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.13 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.02 0.00
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.18 0.11
O4' 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.17 0.04 0.05
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.11 0.05 0.07 0.14 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.15 0.10 0.17 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.11 0.07 0.02 0.13 0.16 0.02 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.02 0.18 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00