ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54579

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.006, 0.032, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.027
O2 B 0, 0.071, 0.327, 0.583, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.327 std_dev=0.256
C2 B 0, 0.129, 0.448, 0.768, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.448 std_dev=0.320
N1 B 0, 0.154, 0.554, 0.953, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.554 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.164, 0.566, 0.968, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.566 std_dev=0.402
O4' A 0, -0.021, 0.435, 0.891, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.435 std_dev=0.456
C2' A 0, -0.025, 0.466, 0.957, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.466 std_dev=0.491
N3 B 0, 0.080, 0.603, 1.125, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.603 std_dev=0.522
O4' B 0, 0.171, 0.713, 1.254, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.713 std_dev=0.541
O5' A 0, 0.056, 0.667, 1.278, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.667 std_dev=0.611
C6 B 0, 0.148, 0.767, 1.387, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.767 std_dev=0.620
C2' B 0, 0.141, 0.763, 1.384, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.763 std_dev=0.621
O2' B 0, 0.141, 0.864, 1.587, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.864 std_dev=0.723
O2' A 0, -0.055, 0.682, 1.419, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.682 std_dev=0.737
P A 0, 0.039, 0.778, 1.518, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.778 std_dev=0.740
C4 B 0, 0.024, 0.765, 1.507, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.765 std_dev=0.741
C4' B 0, 0.102, 0.853, 1.604, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.853 std_dev=0.751
C5 B 0, 0.079, 0.854, 1.628, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.854 std_dev=0.775
C4' A 0, -0.036, 0.739, 1.515, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.739 std_dev=0.776
C3' A 0, -0.034, 0.784, 1.602, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.784 std_dev=0.818
C3' B 0, 0.085, 0.968, 1.851, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.968 std_dev=0.883
C5' B 0, 0.043, 1.051, 2.060, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.051 std_dev=1.009
N4 B 0, -0.102, 0.910, 1.922, 2.321 max_d=2.321 avg_d=0.910 std_dev=1.012
C5' A 0, -0.066, 0.958, 1.983, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.958 std_dev=1.024
O3' B 0, 0.020, 1.165, 2.310, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.165 std_dev=1.145
O3' A 0, -0.067, 1.189, 2.445, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.189 std_dev=1.256
OP1 A 0, 0.055, 1.358, 2.662, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.358 std_dev=1.303
O5' B 0, -0.144, 1.418, 2.980, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.418 std_dev=1.562
OP2 A 0, -0.071, 1.502, 3.074, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.502 std_dev=1.572
P B 0, -0.293, 1.749, 3.791, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.749 std_dev=2.042
OP1 B 0, -0.270, 1.950, 4.170, 5.056 max_d=5.056 avg_d=1.950 std_dev=2.220
OP2 B 0, -0.665, 2.585, 5.836, 7.169 max_d=7.169 avg_d=2.585 std_dev=3.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.36 0.46 0.16
C2 0.01 0.00 0.17 0.28 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.00 0.06 0.14 0.60 0.38 0.16
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.09 0.16 0.01 0.12 0.31 0.00 0.02 0.03 0.01 0.31 0.59 0.55 0.42
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.33 0.01 0.29 0.03 0.23 0.22 0.33 0.25 0.01 0.02 0.36 0.05 0.07 0.05 0.17 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.21 0.00 0.03 0.21 0.87 0.26 0.18
C4' 0.01 0.07 0.04 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.32 0.02 0.09 0.00 0.03 0.19 0.36 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.21 0.01 0.03 0.22 0.88 0.25 0.18
C5' 0.02 0.05 0.09 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.21 0.22 0.07 0.01 0.01 0.42 0.32 0.05
C6 0.01 0.00 0.16 0.23 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.13 0.02 0.06 0.18 0.74 0.33 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.22 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.04 0.01 0.02 0.12 0.57 0.39 0.16
N3 0.01 0.00 0.12 0.33 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.14 0.00 0.05 0.18 0.74 0.33 0.17
O2 0.03 0.01 0.31 0.25 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.08 0.12 0.50 0.40 0.14
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.35 0.32 0.36 0.21 0.31 0.21 0.26 0.06 0.00 0.03 0.37 0.17 0.14 0.38 0.42 0.22
O3' 0.20 0.05 0.02 0.02 0.21 0.02 0.21 0.22 0.13 0.04 0.14 0.07 0.03 0.00 0.25 0.10 0.14 0.41 0.07 0.21
O4 0.01 0.00 0.03 0.36 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.25 0.00 0.04 0.22 0.94 0.22 0.19
O4' 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.17 0.10 0.04 0.00 0.15 0.08 0.45 0.02
O5' 0.01 0.14 0.31 0.07 0.21 0.03 0.22 0.01 0.18 0.12 0.18 0.12 0.14 0.14 0.22 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.60 0.59 0.05 0.87 0.19 0.88 0.42 0.74 0.57 0.74 0.50 0.38 0.41 0.94 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.38 0.55 0.17 0.26 0.36 0.25 0.32 0.33 0.39 0.33 0.40 0.42 0.07 0.22 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.16 0.42 0.07 0.18 0.02 0.18 0.05 0.18 0.16 0.17 0.14 0.22 0.21 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.32 0.15 0.03 0.52 0.18 0.45 0.39 0.34 0.25 0.48 0.58 0.20 0.38 0.06 0.29 0.65 0.74 0.96 0.69
C2 0.12 0.11 0.07 0.24 0.29 0.37 0.35 0.60 0.30 0.18 0.17 0.29 0.09 0.20 0.22 0.37 0.79 0.99 0.97 0.77
C2' 0.28 0.16 0.47 0.34 0.40 0.22 0.25 0.11 0.08 0.06 0.38 0.54 0.09 0.72 0.43 0.12 0.46 0.51 0.99 0.54
C3' 0.09 0.42 0.07 0.01 0.52 0.10 0.37 0.25 0.26 0.26 0.56 0.60 0.45 0.26 0.05 0.20 0.63 0.64 1.09 0.69
C4 0.18 0.11 0.17 0.40 0.37 0.47 0.52 0.73 0.43 0.24 0.13 0.40 0.16 0.13 0.39 0.40 0.71 1.14 0.72 0.67
C4' 0.33 0.71 0.14 0.22 0.87 0.31 0.73 0.44 0.59 0.55 0.89 0.96 0.68 0.11 0.12 0.43 0.71 0.74 1.01 0.74
C5 0.17 0.19 0.11 0.32 0.59 0.42 0.64 0.67 0.49 0.29 0.34 0.70 0.07 0.16 0.29 0.40 0.68 1.06 0.72 0.65
C5' 0.40 0.80 0.22 0.30 1.04 0.36 0.89 0.50 0.72 0.65 1.03 1.18 0.72 0.05 0.20 0.48 0.72 0.79 0.97 0.73
C6 0.15 0.27 0.04 0.23 0.64 0.35 0.62 0.59 0.48 0.31 0.47 0.74 0.06 0.22 0.17 0.38 0.68 0.96 0.81 0.67
N1 0.11 0.25 0.04 0.17 0.51 0.31 0.50 0.54 0.39 0.26 0.41 0.56 0.07 0.26 0.12 0.36 0.71 0.91 0.92 0.72
N3 0.17 0.09 0.15 0.37 0.22 0.46 0.37 0.71 0.34 0.19 0.07 0.21 0.17 0.15 0.36 0.39 0.78 1.13 0.85 0.74
O2 0.08 0.04 0.08 0.19 0.12 0.33 0.16 0.55 0.14 0.07 0.06 0.13 0.09 0.22 0.18 0.33 0.85 0.94 1.10 0.83
O2' 0.38 0.08 0.67 0.49 0.36 0.28 0.25 0.14 0.09 0.12 0.29 0.50 0.11 1.01 0.63 0.14 0.66 0.69 1.40 0.83
O3' 0.48 0.75 0.35 0.40 0.73 0.46 0.61 0.57 0.54 0.59 0.81 0.76 0.83 0.24 0.35 0.55 1.04 0.96 1.57 1.11
O4 0.20 0.12 0.22 0.47 0.25 0.51 0.47 0.78 0.41 0.22 0.10 0.24 0.20 0.14 0.48 0.40 0.68 1.21 0.60 0.62
O4' 0.38 0.71 0.17 0.29 0.89 0.41 0.80 0.57 0.67 0.60 0.88 0.95 0.60 0.11 0.20 0.52 0.74 0.84 0.93 0.75
O5' 0.20 0.50 0.04 0.14 0.78 0.25 0.66 0.42 0.50 0.40 0.72 0.93 0.39 0.23 0.05 0.34 0.61 0.76 0.86 0.63
OP1 0.63 1.00 0.38 0.57 1.59 0.71 1.49 0.98 1.20 0.95 1.36 1.88 0.70 0.17 0.41 0.83 1.19 1.46 1.51 1.26
OP2 0.96 1.26 0.86 0.98 1.62 0.99 1.51 1.14 1.32 1.19 1.52 1.80 1.08 0.60 0.91 1.04 1.15 1.38 1.16 1.09
P 0.45 0.77 0.26 0.40 1.18 0.50 1.08 0.70 0.86 0.70 1.05 1.40 0.57 0.06 0.29 0.60 0.82 1.04 1.00 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.15 0.05 0.23 0.17
C2 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.06 0.28 0.08 0.54 0.37
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.09 0.02 0.21 0.00 0.03 0.01 0.29 0.17 0.44 0.25
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.16 0.02 0.01 0.01 0.42 0.25 0.55 0.33
C4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.56 0.23 1.14 0.77
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.06 0.69 0.30 1.33 0.91
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.08 0.63 0.25 1.07 0.76
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.13 0.63 0.44
N3 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.05 0.39 0.14 0.80 0.54
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.60 0.26 1.29 0.86
O2 0.00 0.01 0.21 0.16 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.22 0.16 0.10 0.12 0.02 0.25 0.16
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.05 0.09 0.00 0.09 0.02 0.22 0.00 0.07 0.04 0.07 0.08 0.11 0.05
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.04 0.10 0.01 0.08 0.04 0.16 0.07 0.00 0.01 0.36 0.34 0.49 0.26
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.10 0.04 0.01 0.00 0.04 0.07 0.04 0.01
O5' 0.15 0.28 0.29 0.42 0.56 0.01 0.69 0.01 0.63 0.37 0.39 0.60 0.12 0.07 0.36 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.17 0.25 0.23 0.02 0.30 0.01 0.25 0.13 0.14 0.26 0.02 0.08 0.34 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.54 0.44 0.55 1.14 0.02 1.33 0.01 1.07 0.63 0.80 1.29 0.25 0.11 0.49 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.37 0.25 0.33 0.77 0.03 0.91 0.01 0.76 0.44 0.54 0.86 0.16 0.05 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00