ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54580

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.005, 0.028, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.033
C5 A 0, -0.002, 0.033, 0.068, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.035
O2 A 0, -0.002, 0.044, 0.090, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.044 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.029, 0.105, 0.180, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.105 std_dev=0.076
C4 B 0, 0.095, 0.351, 0.608, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.351 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.073, 0.446, 0.820, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.446 std_dev=0.374
N3 B 0, 0.184, 0.628, 1.072, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.628 std_dev=0.444
N1 B 0, 0.188, 0.653, 1.117, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.653 std_dev=0.465
C2 B 0, 0.201, 0.687, 1.173, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.687 std_dev=0.486
C6 B 0, 0.140, 0.652, 1.165, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.652 std_dev=0.512
N4 B 0, 0.080, 0.612, 1.143, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.612 std_dev=0.532
C4' B 0, 0.265, 1.004, 1.742, 1.755 max_d=1.755 avg_d=1.004 std_dev=0.738
O2 B 0, 0.309, 1.055, 1.800, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.055 std_dev=0.746
C1' B 0, 0.297, 1.069, 1.840, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.069 std_dev=0.772
C2' B 0, 0.122, 1.045, 1.967, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.045 std_dev=0.922
C3' B 0, 0.199, 1.145, 2.092, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.145 std_dev=0.946
O4' B 0, 0.399, 1.394, 2.389, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.394 std_dev=0.995
O4' A 0, -0.094, 1.014, 2.123, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.014 std_dev=1.108
C2' A 0, -0.078, 1.074, 2.226, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.074 std_dev=1.152
C4' A 0, -0.005, 1.259, 2.524, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.259 std_dev=1.265
C5' B 0, 0.474, 1.810, 3.145, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.810 std_dev=1.335
O5' B 0, 0.539, 2.024, 3.509, 3.520 max_d=3.520 avg_d=2.024 std_dev=1.485
O2' B 0, 0.099, 1.608, 3.118, 3.629 max_d=3.629 avg_d=1.608 std_dev=1.510
C3' A 0, -0.037, 1.489, 3.015, 3.587 max_d=3.587 avg_d=1.489 std_dev=1.526
O3' B 0, 0.029, 1.706, 3.383, 3.986 max_d=3.986 avg_d=1.706 std_dev=1.677
O2' A 0, -0.231, 1.552, 3.335, 4.049 max_d=4.049 avg_d=1.552 std_dev=1.783
O3' A 0, 0.051, 1.840, 3.628, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.840 std_dev=1.789
P B 0, 0.294, 2.600, 4.907, 5.605 max_d=5.605 avg_d=2.600 std_dev=2.306
OP2 B 0, 0.457, 2.901, 5.344, 5.977 max_d=5.977 avg_d=2.901 std_dev=2.443
C5' A 0, -0.122, 2.422, 4.966, 5.938 max_d=5.938 avg_d=2.422 std_dev=2.544
OP1 A 0, 1.065, 3.694, 6.324, 5.908 max_d=5.908 avg_d=3.694 std_dev=2.629
OP1 B 0, 0.216, 3.014, 5.812, 6.742 max_d=6.742 avg_d=3.014 std_dev=2.798
O5' A 0, 0.272, 3.296, 6.320, 7.305 max_d=7.305 avg_d=3.296 std_dev=3.024
P A 0, 0.884, 4.095, 7.307, 7.844 max_d=7.844 avg_d=4.095 std_dev=3.211
OP2 A 0, 1.404, 5.567, 9.729, 10.007 max_d=10.007 avg_d=5.567 std_dev=4.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.03 0.00 0.21 0.71 0.19 0.29
C2 0.00 0.00 0.07 0.45 0.03 0.50 0.07 0.89 0.03 0.01 0.01 0.01 0.60 0.10 0.02 0.42 1.12 0.39 1.52 0.91
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.01 0.06 0.12 0.00 0.01 0.03 0.03 0.14 0.56 0.15 0.16
C3' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.34 0.00 0.20 0.02 0.10 0.22 0.45 0.57 0.01 0.00 0.37 0.02 0.27 0.35 0.35 0.18
C4 0.02 0.03 0.03 0.34 0.00 0.19 0.00 0.42 0.03 0.02 0.02 0.05 0.43 0.16 0.01 0.03 0.63 0.18 1.27 0.60
C4' 0.03 0.50 0.01 0.00 0.19 0.00 0.09 0.00 0.22 0.11 0.44 0.82 0.27 0.03 0.22 0.00 0.01 0.59 0.15 0.27
C5 0.02 0.07 0.05 0.20 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.03 0.04 0.09 0.14 0.13 0.04 0.24 0.48 0.69 0.83 0.68
C5' 0.03 0.89 0.07 0.02 0.42 0.00 0.11 0.00 0.29 0.23 0.84 1.43 0.18 0.08 0.49 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01
C6 0.01 0.03 0.07 0.10 0.03 0.22 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.36 0.57 0.92 0.70 0.80
N1 0.01 0.01 0.01 0.22 0.02 0.11 0.03 0.23 0.01 0.00 0.02 0.03 0.24 0.01 0.03 0.02 0.39 0.41 0.62 0.25
N3 0.01 0.01 0.06 0.45 0.02 0.44 0.04 0.84 0.01 0.02 0.00 0.04 0.61 0.16 0.02 0.30 1.10 0.48 1.75 1.01
O2 0.02 0.01 0.12 0.57 0.05 0.82 0.09 1.43 0.04 0.03 0.04 0.00 0.80 0.15 0.06 0.76 1.79 1.01 2.15 1.60
O2' 0.02 0.60 0.00 0.01 0.43 0.27 0.14 0.18 0.03 0.24 0.61 0.80 0.00 0.06 0.48 0.20 0.22 0.78 0.41 0.36
O3' 0.21 0.10 0.01 0.00 0.16 0.03 0.13 0.08 0.07 0.01 0.16 0.15 0.06 0.00 0.20 0.09 0.42 0.48 0.60 0.41
O4 0.03 0.02 0.03 0.37 0.01 0.22 0.04 0.49 0.05 0.03 0.02 0.06 0.48 0.20 0.00 0.04 0.72 0.29 1.50 0.75
O4' 0.00 0.42 0.03 0.02 0.03 0.00 0.24 0.03 0.36 0.02 0.30 0.76 0.20 0.09 0.04 0.00 0.24 0.77 0.25 0.44
O5' 0.21 1.12 0.14 0.27 0.63 0.01 0.48 0.01 0.57 0.39 1.10 1.79 0.22 0.42 0.72 0.24 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.71 0.39 0.56 0.35 0.18 0.59 0.69 0.09 0.92 0.41 0.48 1.01 0.78 0.48 0.29 0.77 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 1.52 0.15 0.35 1.27 0.15 0.83 0.09 0.70 0.62 1.75 2.15 0.41 0.60 1.50 0.25 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.29 0.91 0.16 0.18 0.60 0.27 0.68 0.01 0.80 0.25 1.01 1.60 0.36 0.41 0.75 0.44 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.26 0.54 0.44 0.16 0.20 0.10 1.04 0.09 0.20 0.24 0.23 0.36 0.92 1.40 0.43 1.27 1.71 1.56 1.65
C2 0.26 0.32 0.35 0.14 0.23 0.27 0.08 0.94 0.13 0.17 0.35 0.29 0.40 0.86 0.99 0.39 1.17 1.27 1.47 1.32
C2' 0.64 0.73 0.40 0.53 0.70 1.27 0.69 2.18 0.71 0.72 0.72 0.67 0.74 0.24 0.46 1.42 2.45 2.92 2.57 2.82
C3' 0.55 0.91 0.33 0.46 1.21 1.06 1.25 2.07 1.10 0.88 1.07 1.30 0.78 0.18 0.62 1.23 2.61 3.33 3.21 3.31
C4 0.08 0.28 0.40 0.26 0.08 0.27 0.24 0.66 0.28 0.05 0.32 0.11 0.43 0.99 0.95 0.39 0.70 0.49 0.50 0.50
C4' 0.55 0.15 0.78 0.80 0.64 0.20 0.66 0.81 0.30 0.10 0.39 0.86 0.21 1.19 1.83 0.21 1.36 2.28 2.23 2.20
C5 0.12 0.25 0.58 0.47 0.05 0.29 0.23 0.66 0.29 0.09 0.25 0.06 0.41 1.17 1.20 0.47 0.64 0.50 0.31 0.46
C5' 0.70 0.13 1.10 1.23 1.03 0.62 1.07 0.38 0.53 0.02 0.60 1.39 0.21 1.57 2.30 0.23 1.09 2.14 2.26 2.07
C6 0.24 0.26 0.64 0.55 0.05 0.25 0.19 0.78 0.24 0.14 0.23 0.08 0.40 1.16 1.39 0.47 0.83 0.86 0.61 0.79
N1 0.31 0.28 0.50 0.36 0.14 0.24 0.11 0.93 0.15 0.17 0.27 0.19 0.39 0.98 1.26 0.44 1.11 1.28 1.22 1.26
N3 0.15 0.30 0.32 0.13 0.19 0.26 0.14 0.79 0.20 0.10 0.36 0.24 0.41 0.89 0.89 0.35 0.96 0.87 1.07 0.93
O2 0.29 0.33 0.28 0.02 0.31 0.30 0.09 1.04 0.10 0.20 0.38 0.39 0.39 0.76 0.88 0.39 1.35 1.58 1.96 1.66
O2' 0.67 0.54 0.56 0.79 0.25 1.54 0.21 2.48 0.37 0.54 0.40 0.13 0.66 0.33 0.09 1.49 2.61 3.26 2.67 3.00
O3' 0.71 0.95 0.70 0.92 1.12 1.41 1.15 2.55 1.07 0.94 1.04 1.16 0.87 0.30 0.22 1.37 3.07 4.12 3.78 4.01
O4 0.06 0.25 0.35 0.21 0.09 0.26 0.27 0.55 0.28 0.05 0.32 0.14 0.42 0.95 0.82 0.35 0.55 0.21 0.25 0.24
O4' 1.02 0.42 1.31 1.30 0.14 0.65 0.15 0.35 0.26 0.54 0.16 0.37 0.59 1.70 2.32 0.40 0.72 1.40 1.32 1.33
O5' 1.05 0.48 1.49 1.64 1.20 1.03 1.27 0.14 0.70 0.47 0.75 1.60 0.66 2.04 2.72 0.66 0.80 1.72 1.91 1.66
OP1 1.98 0.99 2.30 2.57 0.62 2.34 0.58 1.52 0.47 1.09 0.55 1.07 1.40 2.56 3.34 1.81 0.58 0.67 1.04 0.53
OP2 1.59 1.06 2.16 2.51 1.80 2.01 1.75 1.42 1.03 0.96 1.31 2.39 1.31 2.59 3.24 1.38 0.39 0.63 0.81 0.48
P 1.86 0.94 2.37 2.67 0.98 2.15 0.97 1.34 0.54 0.99 0.71 1.45 1.35 2.75 3.60 1.56 0.37 0.70 0.96 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.36 0.00 0.20 0.28 0.60 0.42
C2 0.04 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.30 0.13 0.11 0.34 0.83 0.94 0.87
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.16 0.19 0.17 0.06 0.04 0.11 0.18 0.01 0.02 0.02 0.07 0.22 0.96 0.52
C3' 0.03 0.10 0.00 0.00 0.41 0.00 0.53 0.01 0.49 0.24 0.23 0.45 0.15 0.01 0.01 0.01 0.30 0.36 0.54 0.18
C4 0.02 0.01 0.09 0.41 0.00 0.20 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.07 0.02 0.46 0.26 0.17 0.17
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.20 0.00 0.36 0.01 0.37 0.12 0.05 0.22 0.25 0.30 0.01 0.00 0.01 0.17 0.47 0.12
C5 0.02 0.01 0.16 0.53 0.00 0.36 0.00 0.67 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.07 0.13 0.84 0.42 0.84 0.51
C5' 0.05 0.23 0.19 0.01 0.33 0.01 0.67 0.00 0.66 0.17 0.14 0.37 0.60 0.09 0.22 0.02 0.01 0.31 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.49 0.01 0.37 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.02 0.17 0.83 0.46 0.64 0.48
N1 0.01 0.00 0.06 0.24 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02 0.32 0.29 0.32 0.33
N3 0.03 0.00 0.04 0.23 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.07 0.08 0.28 0.76 0.61 0.70
N4 0.02 0.01 0.11 0.45 0.00 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.11 0.02 0.49 0.24 0.32 0.12
O2 0.08 0.00 0.18 0.15 0.00 0.25 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.21 0.19 0.66 1.31 1.67 1.39
O2' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.33 0.30 0.27 0.09 0.20 0.20 0.35 0.36 0.27 0.00 0.02 0.21 0.14 0.04 0.96 0.37
O3' 0.36 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.22 0.02 0.13 0.07 0.11 0.21 0.02 0.00 0.20 0.52 0.81 0.57 0.47
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.02 0.17 0.02 0.08 0.02 0.19 0.21 0.20 0.00 0.26 0.34 0.49 0.41
O5' 0.20 0.34 0.07 0.30 0.46 0.01 0.84 0.01 0.83 0.32 0.28 0.49 0.66 0.14 0.52 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.83 0.22 0.36 0.26 0.17 0.42 0.31 0.46 0.29 0.76 0.24 1.31 0.04 0.81 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.94 0.96 0.54 0.17 0.47 0.84 0.40 0.64 0.32 0.61 0.32 1.67 0.96 0.57 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.42 0.87 0.52 0.18 0.17 0.12 0.51 0.01 0.48 0.33 0.70 0.12 1.39 0.37 0.47 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00