ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54581

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.012
O4 A 0, -0.003, 0.009, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.003, 0.013, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C6 B 0, -0.012, 0.102, 0.215, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.102 std_dev=0.113
C5' A 0, -0.010, 0.149, 0.308, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.149 std_dev=0.159
O4' A 0, -0.036, 0.139, 0.313, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.139 std_dev=0.175
C2' A 0, -0.049, 0.156, 0.362, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.156 std_dev=0.205
N1 B 0, -0.048, 0.220, 0.488, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.220 std_dev=0.268
C4' A 0, -0.066, 0.235, 0.537, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.235 std_dev=0.301
C5 B 0, -0.113, 0.349, 0.811, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.349 std_dev=0.462
C1' B 0, -0.120, 0.431, 0.983, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.431 std_dev=0.551
C2 B 0, -0.139, 0.432, 1.003, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.432 std_dev=0.571
C3' A 0, -0.149, 0.434, 1.017, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.434 std_dev=0.583
O2' A 0, -0.171, 0.461, 1.092, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.461 std_dev=0.631
C4 B 0, -0.175, 0.503, 1.181, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.503 std_dev=0.678
N3 B 0, -0.186, 0.525, 1.236, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.525 std_dev=0.711
C4' B 0, -0.170, 0.576, 1.322, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.576 std_dev=0.746
OP1 A 0, -0.158, 0.616, 1.391, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.616 std_dev=0.775
O2 B 0, -0.210, 0.634, 1.477, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.634 std_dev=0.843
O4' B 0, -0.207, 0.657, 1.520, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.657 std_dev=0.863
N4 B 0, -0.266, 0.748, 1.763, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.748 std_dev=1.014
O5' A 0, -0.258, 0.764, 1.786, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.764 std_dev=1.022
P A 0, -0.291, 0.876, 2.042, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.876 std_dev=1.166
O3' A 0, -0.321, 0.884, 2.089, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.884 std_dev=1.205
C2' B 0, -0.365, 1.015, 2.395, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.015 std_dev=1.380
C3' B 0, -0.384, 1.072, 2.528, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.072 std_dev=1.456
OP2 A 0, -0.464, 1.323, 3.111, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.323 std_dev=1.788
C5' B 0, -0.558, 1.507, 3.572, 4.427 max_d=4.427 avg_d=1.507 std_dev=2.065
O2' B 0, -0.588, 1.565, 3.717, 4.608 max_d=4.608 avg_d=1.565 std_dev=2.152
O3' B 0, -0.598, 1.615, 3.828, 4.744 max_d=4.744 avg_d=1.615 std_dev=2.213
O5' B 0, -0.797, 2.063, 4.923, 6.107 max_d=6.107 avg_d=2.063 std_dev=2.860
P B 0, -1.191, 3.009, 7.209, 8.949 max_d=8.949 avg_d=3.009 std_dev=4.200
OP2 B 0, -1.266, 3.175, 7.615, 9.454 max_d=9.454 avg_d=3.175 std_dev=4.440
OP1 B 0, -1.273, 3.216, 7.705, 9.564 max_d=9.564 avg_d=3.216 std_dev=4.489

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.27 0.02 0.00 0.31 0.19 0.35 0.21
C2 0.03 0.00 0.03 0.18 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.09 0.00 0.05 0.56 0.22 0.77 0.45
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.24 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.54 0.11 0.16
C3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.28 0.00 0.27 0.01 0.22 0.17 0.24 0.10 0.01 0.01 0.30 0.01 0.08 0.23 0.20 0.06
C4 0.02 0.00 0.04 0.28 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.09 0.00 0.04 0.78 0.11 1.15 0.74
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.28 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05
C5 0.01 0.00 0.08 0.27 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.11 0.00 0.02 0.81 0.05 1.11 0.78
C5' 0.12 0.14 0.24 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.15 0.15 0.14 0.15 0.05 0.20 0.14 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.04 0.00 0.02 0.71 0.08 0.87 0.63
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.08 0.01 0.03 0.55 0.17 0.68 0.44
N3 0.03 0.00 0.00 0.24 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.01 0.00 0.05 0.68 0.18 0.99 0.60
O2 0.04 0.00 0.08 0.10 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.20 0.01 0.07 0.44 0.28 0.65 0.32
O2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.35 0.28 0.27 0.05 0.20 0.21 0.37 0.33 0.00 0.04 0.38 0.18 0.17 0.36 0.17 0.05
O3' 0.27 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.20 0.04 0.08 0.01 0.20 0.04 0.00 0.13 0.22 0.06 0.10 0.24 0.03
O4 0.02 0.00 0.04 0.30 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.13 0.00 0.04 0.83 0.09 1.27 0.81
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.18 0.22 0.04 0.00 0.31 0.04 0.26 0.29
O5' 0.31 0.56 0.05 0.08 0.78 0.03 0.81 0.01 0.71 0.55 0.68 0.44 0.17 0.06 0.83 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.19 0.22 0.54 0.23 0.11 0.08 0.05 0.03 0.08 0.17 0.18 0.28 0.36 0.10 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.35 0.77 0.11 0.20 1.15 0.04 1.11 0.08 0.87 0.68 0.99 0.65 0.17 0.24 1.27 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.45 0.16 0.06 0.74 0.05 0.78 0.01 0.63 0.44 0.60 0.32 0.05 0.03 0.81 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.64 0.60 0.01 0.17 0.11 0.30 0.02 0.15 0.14 0.08 0.31 0.54 0.89 0.64 0.38 0.39 0.14 0.17
C2 0.41 0.31 0.18 0.52 0.27 0.01 0.30 0.25 0.06 0.22 0.06 0.48 0.55 0.16 0.67 0.41 0.46 1.31 1.06 0.88
C2' 0.27 0.23 0.69 0.65 0.03 0.28 0.10 0.47 0.01 0.18 0.13 0.11 0.33 0.62 1.03 0.80 0.59 0.36 0.20 0.30
C3' 0.15 0.15 0.93 0.83 0.20 0.22 0.25 0.55 0.24 0.18 0.16 0.20 0.11 0.97 1.33 0.80 0.83 0.18 0.53 0.59
C4 0.50 0.09 0.14 0.55 0.51 0.25 0.38 0.84 0.09 0.16 0.32 0.76 0.39 0.76 0.57 0.15 1.35 2.31 2.39 2.05
C4' 0.19 0.20 0.90 0.65 0.24 0.41 0.28 0.84 0.28 0.23 0.21 0.23 0.16 1.03 1.14 0.95 1.16 0.28 0.95 0.99
C5 0.48 0.06 0.01 0.68 0.49 0.26 0.34 0.80 0.08 0.10 0.39 0.66 0.16 0.63 0.71 0.19 1.28 2.21 2.14 1.90
C5' 0.12 0.08 1.06 0.91 0.13 0.28 0.19 0.71 0.20 0.14 0.09 0.13 0.04 1.16 1.51 0.89 0.97 0.01 0.64 0.70
C6 0.41 0.01 0.29 0.73 0.37 0.11 0.28 0.39 0.06 0.11 0.25 0.49 0.17 0.17 0.84 0.40 0.65 1.52 1.24 1.11
N1 0.36 0.21 0.36 0.61 0.24 0.02 0.26 0.12 0.05 0.18 0.02 0.38 0.37 0.06 0.80 0.50 0.25 1.10 0.74 0.62
N3 0.47 0.25 0.03 0.50 0.41 0.13 0.36 0.57 0.08 0.21 0.11 0.69 0.55 0.51 0.58 0.27 0.94 1.86 1.79 1.52
O2 0.38 0.39 0.22 0.45 0.12 0.07 0.25 0.08 0.04 0.25 0.22 0.33 0.61 0.03 0.63 0.47 0.21 1.03 0.70 0.56
O2' 0.06 0.26 0.88 0.76 0.01 0.11 0.25 0.37 0.22 0.04 0.24 0.01 0.42 0.91 1.16 0.60 0.55 0.28 0.34 0.38
O3' 0.38 0.58 0.73 0.57 0.81 0.43 0.83 0.85 0.68 0.55 0.70 0.88 0.47 0.94 1.17 1.03 1.26 0.31 1.21 1.16
O4 0.52 0.04 0.30 0.50 0.56 0.33 0.40 1.08 0.09 0.14 0.38 0.84 0.36 1.02 0.47 0.02 1.68 2.70 2.96 2.52
O4' 0.19 0.22 0.79 0.59 0.16 0.28 0.14 0.54 0.17 0.21 0.19 0.13 0.22 0.78 0.92 0.79 0.75 0.01 0.62 0.59
O5' 0.37 0.59 1.44 1.41 0.33 0.16 0.08 0.36 0.07 0.37 0.54 0.31 0.77 1.41 1.94 0.37 0.61 0.34 0.19 0.33
OP1 0.40 0.38 1.49 1.64 0.17 0.50 0.07 0.12 0.13 0.30 0.31 0.13 0.51 1.61 2.52 0.17 0.17 0.82 0.13 0.13
OP2 0.37 0.84 1.18 1.42 0.50 0.33 0.11 0.01 0.05 0.44 0.82 0.52 1.15 1.03 2.00 0.14 0.06 1.00 0.50 0.36
P 0.70 0.86 1.71 1.88 0.51 0.69 0.26 0.22 0.29 0.63 0.77 0.47 1.10 1.70 2.65 0.09 0.04 0.88 0.31 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.26 0.07
C2 0.01 0.00 0.14 0.16 0.01 0.38 0.00 0.64 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.08 0.41 0.86 0.81 0.65 0.78
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.29 0.05
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.26 0.01 0.30 0.06 0.10 0.08 0.37 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.32 0.06
C4 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.29 0.14
C4' 0.00 0.38 0.01 0.00 0.02 0.00 0.34 0.00 0.42 0.02 0.28 0.02 0.75 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.04
C5 0.01 0.00 0.09 0.26 0.00 0.34 0.00 0.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.21 0.29 0.70 0.74 1.23 0.99
C5' 0.01 0.64 0.00 0.01 0.01 0.00 0.56 0.00 0.65 0.01 0.51 0.00 1.26 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.30 0.00 0.42 0.00 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.21 0.40 0.81 0.79 1.25 1.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.30 0.11
N3 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.28 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.03 0.29 0.70 0.70 0.57 0.65
N4 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.01 0.26 0.13
O2 0.02 0.00 0.25 0.37 0.01 0.75 0.01 1.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.57 0.23 0.76 1.66 1.54 1.50 1.63
O2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.04 0.26 0.04 0.32 0.01 0.21 0.02 0.57 0.00 0.07 0.03 0.02 0.06 0.29 0.06
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.21 0.02 0.21 0.04 0.03 0.10 0.23 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.36 0.09
O4' 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.01 0.40 0.00 0.29 0.02 0.76 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.06
O5' 0.03 0.86 0.07 0.06 0.03 0.01 0.70 0.00 0.81 0.02 0.70 0.04 1.66 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.81 0.09 0.07 0.01 0.01 0.74 0.03 0.79 0.02 0.70 0.01 1.54 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.65 0.29 0.32 0.29 0.20 1.23 0.08 1.25 0.30 0.57 0.26 1.50 0.29 0.36 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.78 0.05 0.06 0.14 0.04 0.99 0.01 1.04 0.11 0.65 0.13 1.63 0.06 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00