ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54582

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.013, 0.106, 0.198, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.106 std_dev=0.092
C2' A 0, -0.010, 0.106, 0.223, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.106 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.019, 0.172, 0.325, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.172 std_dev=0.153
C3' A 0, -0.001, 0.173, 0.347, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.173 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.040, 0.222, 0.403, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.182
O2' A 0, -0.036, 0.152, 0.341, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.152 std_dev=0.188
C5' A 0, 0.034, 0.287, 0.541, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.287 std_dev=0.253
O3' A 0, 0.022, 0.290, 0.558, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.290 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.104, 0.375, 0.646, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.375 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.097, 0.369, 0.642, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.369 std_dev=0.272
P A 0, 0.089, 0.361, 0.634, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.361 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.113, 0.407, 0.702, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.407 std_dev=0.294
C3' B 0, 0.131, 0.447, 0.763, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.447 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.129, 0.446, 0.763, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.446 std_dev=0.317
O3' B 0, 0.128, 0.446, 0.764, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.446 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.133, 0.456, 0.779, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.456 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.137, 0.469, 0.801, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.469 std_dev=0.332
OP1 A 0, 0.095, 0.465, 0.835, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.465 std_dev=0.370
O2' B 0, 0.101, 0.504, 0.906, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.504 std_dev=0.403
C4 B 0, 0.169, 0.578, 0.986, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.578 std_dev=0.409
C2 B 0, 0.176, 0.602, 1.027, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.602 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.185, 0.632, 1.079, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.632 std_dev=0.447
O4' B 0, 0.186, 0.636, 1.086, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.636 std_dev=0.450
N4 B 0, 0.184, 0.642, 1.099, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.642 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.193, 0.668, 1.143, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.668 std_dev=0.475
O2 B 0, 0.210, 0.725, 1.239, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.725 std_dev=0.515
OP2 B 0, 0.231, 0.790, 1.348, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.790 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.239, 0.870, 1.501, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.870 std_dev=0.631
O5' B 0, 0.284, 0.980, 1.677, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.980 std_dev=0.697
P B 0, 0.298, 1.157, 2.016, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.157 std_dev=0.859
OP1 B 0, 0.666, 2.372, 4.078, 3.942 max_d=3.942 avg_d=2.372 std_dev=1.706

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.08 0.09 0.10 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.09 0.12 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.01 0.07 0.09 0.11 0.11
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.01 0.08 0.09 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.09 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.08 0.09 0.12 0.11
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.02 0.03 0.08 0.08 0.10 0.09
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.14 0.02 0.12 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.10 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08
O4 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.02 0.06 0.09 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.05 0.06
O5' 0.07 0.08 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.01 0.09 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.04 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.09 0.09 0.09 0.08 0.03 0.08 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.05 0.02 0.12 0.01 0.11 0.01 0.10 0.10 0.12 0.10 0.01 0.09 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.04 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.11 0.10 0.11 0.09 0.01 0.08 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.15 0.19 0.10 0.07 0.11 0.12 0.11 0.03 0.11 0.07 0.13 0.24 0.28 0.06 0.14 0.28 0.53 0.18 0.25
C2 0.19 0.20 0.20 0.15 0.08 0.17 0.08 0.21 0.04 0.16 0.14 0.13 0.27 0.24 0.11 0.17 0.30 0.70 0.14 0.36
C2' 0.15 0.14 0.16 0.07 0.05 0.08 0.11 0.08 0.03 0.10 0.07 0.11 0.23 0.26 0.03 0.10 0.30 0.47 0.23 0.25
C3' 0.07 0.05 0.09 0.03 0.13 0.02 0.19 0.08 0.12 0.01 0.02 0.17 0.16 0.22 0.03 0.02 0.25 0.32 0.34 0.18
C4 0.19 0.22 0.21 0.19 0.02 0.22 0.04 0.29 0.04 0.15 0.16 0.06 0.30 0.22 0.15 0.20 0.35 0.79 0.12 0.44
C4' 0.08 0.07 0.09 0.02 0.11 0.02 0.19 0.04 0.13 0.01 0.01 0.16 0.17 0.22 0.01 0.05 0.26 0.35 0.29 0.15
C5 0.19 0.21 0.23 0.20 0.07 0.22 0.10 0.26 0.05 0.14 0.13 0.11 0.32 0.24 0.16 0.19 0.38 0.70 0.11 0.40
C5' 0.01 0.03 0.03 0.04 0.13 0.03 0.21 0.06 0.17 0.04 0.02 0.15 0.15 0.14 0.04 0.01 0.26 0.29 0.32 0.12
C6 0.20 0.20 0.25 0.18 0.06 0.19 0.12 0.21 0.05 0.14 0.10 0.11 0.30 0.28 0.14 0.18 0.36 0.61 0.14 0.34
N1 0.19 0.18 0.22 0.15 0.05 0.16 0.11 0.18 0.01 0.14 0.09 0.12 0.27 0.27 0.11 0.16 0.32 0.62 0.15 0.32
N3 0.19 0.22 0.20 0.17 0.08 0.20 0.03 0.26 0.06 0.17 0.17 0.10 0.28 0.23 0.13 0.20 0.33 0.78 0.13 0.41
O2 0.17 0.19 0.17 0.13 0.12 0.15 0.11 0.19 0.07 0.15 0.15 0.17 0.25 0.22 0.09 0.16 0.28 0.70 0.15 0.34
O2' 0.14 0.15 0.12 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.10 0.09 0.08 0.23 0.23 0.03 0.09 0.27 0.46 0.26 0.22
O3' 0.06 0.04 0.08 0.05 0.12 0.05 0.17 0.13 0.11 0.00 0.03 0.17 0.13 0.21 0.08 0.01 0.22 0.24 0.44 0.15
O4 0.17 0.20 0.19 0.18 0.06 0.23 0.05 0.31 0.06 0.14 0.17 0.05 0.27 0.20 0.15 0.21 0.35 0.84 0.13 0.47
O4' 0.13 0.10 0.15 0.06 0.11 0.08 0.18 0.06 0.10 0.05 0.02 0.15 0.20 0.27 0.04 0.10 0.25 0.44 0.21 0.19
O5' 0.07 0.10 0.10 0.02 0.08 0.00 0.15 0.06 0.12 0.04 0.06 0.10 0.21 0.18 0.00 0.02 0.32 0.31 0.32 0.15
OP1 0.01 0.08 0.04 0.01 0.08 0.04 0.14 0.10 0.12 0.04 0.06 0.08 0.18 0.08 0.00 0.03 0.33 0.35 0.42 0.08
OP2 0.04 0.08 0.04 0.02 0.10 0.09 0.15 0.16 0.15 0.08 0.08 0.10 0.16 0.05 0.00 0.09 0.33 0.24 0.39 0.15
P 0.02 0.08 0.05 0.01 0.08 0.04 0.14 0.09 0.13 0.04 0.07 0.08 0.19 0.08 0.00 0.03 0.33 0.30 0.36 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.09 0.37 0.23 0.01
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.08 0.60 0.40 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.10 0.35 0.18 0.08
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.06 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.20 0.32 0.18 0.10
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.73 0.45 0.14
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.21 0.18 0.01
C5 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.03 0.08 0.65 0.40 0.09
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.12 0.13 0.15 0.04 0.02 0.01 0.00 0.16 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.02 0.10 0.55 0.36 0.04
N1 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.50 0.33 0.03
N3 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.72 0.46 0.15
N4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.80 0.47 0.19
O2 0.05 0.01 0.16 0.19 0.02 0.12 0.02 0.15 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.20 0.04 0.06 0.55 0.40 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01 0.06 0.24 0.20 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.02 0.12 0.03 0.05 0.04 0.20 0.01 0.00 0.00 0.30 0.31 0.25 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.21 0.29 0.20 0.07
O5' 0.09 0.08 0.10 0.20 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.11 0.06 0.06 0.06 0.06 0.30 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.37 0.60 0.35 0.32 0.73 0.21 0.65 0.16 0.55 0.50 0.72 0.80 0.55 0.24 0.31 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.40 0.18 0.18 0.45 0.18 0.40 0.24 0.36 0.33 0.46 0.47 0.40 0.20 0.25 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.08 0.10 0.14 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.15 0.19 0.10 0.04 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00