ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54584

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
N4 B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C4 B 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C5 B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.000, 0.163, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
OP2 A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
P A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C3' B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
OP1 A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O2 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
P B 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
OP2 B 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
OP1 B 0, 0.000, 0.770, 1.540, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.770 std_dev=0.770
O5' B 0, 0.000, 0.777, 1.554, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.777 std_dev=0.777

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.23 0.09 0.32 0.05
C2 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.09 0.07 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.05 0.28 0.20 0.27 0.01
C2' 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.28 0.10 0.31 0.03
C3' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00 0.07 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.04 0.28 0.01 0.34 0.07
C4 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.38 0.20 0.24 0.04
C4' 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.03 0.22 0.02 0.34 0.09
C5 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.34 0.09 0.28 0.01
C5' 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.22 0.09 0.33 0.11
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.28 0.06 0.30 0.04
N1 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.26 0.12 0.30 0.03
N3 0.06 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.05 0.33 0.24 0.24 0.04
O2 0.08 0.06 0.09 0.07 0.05 0.03 0.09 0.03 0.10 0.09 0.04 0.02 0.05 0.11 0.05 0.06 0.26 0.23 0.27 0.01
O2' 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.03 0.26 0.11 0.32 0.04
O3' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.04 0.30 0.01 0.34 0.07
O4 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.44 0.25 0.19 0.08
O4' 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.03 0.18 0.01 0.34 0.09
O5' 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.23 0.12 0.33 0.11
OP1 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.10 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.28 0.18 0.28 0.09
OP2 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.25 0.21 0.27 0.11
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.12 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.24 0.19 0.29 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.44 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.12 0.45 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.39 0.08 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.25 0.46 0.00 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.12 0.33 0.20 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.01 0.13
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.26 0.23 0.02
C5' 0.03 0.07 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.26 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.21 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.39 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.15 0.41 0.15 0.09
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.31 0.22 0.03
O2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.15 0.53 0.07 0.15
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.24 0.40 0.07 0.01
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.22 0.55 0.07 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.45 0.09 0.10
O5' 0.01 0.12 0.18 0.25 0.12 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.15 0.14 0.15 0.24 0.22 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.44 0.45 0.39 0.46 0.33 0.49 0.26 0.26 0.29 0.39 0.41 0.31 0.53 0.40 0.55 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.12 0.08 0.00 0.20 0.01 0.23 0.07 0.21 0.15 0.15 0.22 0.07 0.07 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.02 0.06 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.15 0.01 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00