ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54589

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 1, 14, 10, 18, 13, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.038 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.024, 0.072, 0.119, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.072 std_dev=0.048
N9 B 0, 0.191, 0.334, 0.477, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.334 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.153 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.161, 0.320, 0.479, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.320 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.154, 0.324, 0.494, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.324 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.144, 0.317, 0.490, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.317 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.260, 0.444, 0.629, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.444 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.133, 0.323, 0.513, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.323 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.043, 0.233, 0.424, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.233 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.225, 0.416, 0.608, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.416 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.052, 0.244, 0.435, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.244 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.196, 0.399, 0.602, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.399 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.251, 0.467, 0.682, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.467 std_dev=0.215
O6 B 0, 0.278, 0.503, 0.727, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.503 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.232, 0.458, 0.683, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.458 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.107, 0.347, 0.588, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.347 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.162, 0.445, 0.729, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.445 std_dev=0.284
N2 B 0, 0.293, 0.577, 0.861, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.577 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.017, 0.365, 0.712, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.365 std_dev=0.347
O3' A 0, 0.088, 0.486, 0.884, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.486 std_dev=0.398
O4' B 0, 0.020, 0.435, 0.850, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.435 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.333, 0.870, 1.407, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.870 std_dev=0.537
C4' B 0, 0.130, 0.698, 1.266, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.698 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.193, 0.887, 1.581, 4.030 max_d=4.030 avg_d=0.887 std_dev=0.694
O2' B 0, 0.410, 1.288, 2.167, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.288 std_dev=0.879
C5' B 0, -0.190, 0.816, 1.823, 6.401 max_d=6.401 avg_d=0.816 std_dev=1.006
O3' B 0, 0.303, 1.336, 2.370, 5.354 max_d=5.354 avg_d=1.336 std_dev=1.034
O5' A 0, 0.224, 1.357, 2.490, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.357 std_dev=1.133
O5' B 0, -0.459, 0.683, 1.825, 7.192 max_d=7.192 avg_d=0.683 std_dev=1.142
P B 0, -0.568, 0.982, 2.531, 9.928 max_d=9.928 avg_d=0.982 std_dev=1.549
OP2 A 0, 0.352, 1.927, 3.502, 4.112 max_d=4.112 avg_d=1.927 std_dev=1.575
P A 0, 0.284, 1.863, 3.441, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.863 std_dev=1.578
OP1 B 0, -0.434, 1.232, 2.898, 10.542 max_d=10.542 avg_d=1.232 std_dev=1.666
OP2 B 0, -0.353, 1.399, 3.151, 11.027 max_d=11.027 avg_d=1.399 std_dev=1.752
OP1 A 0, 0.358, 2.187, 4.017, 4.798 max_d=4.798 avg_d=2.187 std_dev=1.829

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.50 0.57 0.35 0.53
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.73 0.87 0.75 0.88
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.10 0.09 0.02 0.06 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.53 0.46 0.33 0.46
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.11 0.01 0.01 0.12 0.01 0.11 0.11 0.26 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.05 0.01 0.02 1.00 1.31 1.19 1.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.11 0.02 0.06 0.00 0.01 0.22 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.05 0.01 0.03 1.06 1.39 1.22 1.34
C5' 0.03 0.06 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.04 0.09 0.13 0.01 0.01 0.42 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.05 0.01 0.04 0.98 1.21 0.98 1.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.01 0.77 0.90 0.71 0.88
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.01 0.03 0.86 1.08 0.98 1.08
O2 0.04 0.00 0.15 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.23 0.02 0.07 0.57 0.66 0.58 0.70
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.15 0.11 0.16 0.04 0.15 0.08 0.13 0.18 0.00 0.04 0.17 0.07 0.47 0.36 0.34 0.42
O3' 0.15 0.15 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.09 0.11 0.23 0.04 0.00 0.05 0.10 0.19 0.27 0.47 0.28
O4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.05 0.00 0.02 1.04 1.41 1.31 1.37
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02 0.00 0.35 0.56 0.18 0.41
O5' 0.50 0.73 0.53 0.11 1.00 0.01 1.06 0.01 0.98 0.77 0.86 0.57 0.47 0.19 1.04 0.35 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.57 0.87 0.46 0.11 1.31 0.22 1.39 0.42 1.21 0.90 1.08 0.66 0.36 0.27 1.41 0.56 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.75 0.33 0.26 1.19 0.24 1.22 0.32 0.98 0.71 0.98 0.58 0.34 0.47 1.31 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.53 0.88 0.46 0.07 1.28 0.03 1.34 0.02 1.16 0.88 1.08 0.70 0.42 0.28 1.37 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.33 0.28 0.11 0.23 0.14 0.31 0.18 0.19 0.19 0.19 0.11 0.18 0.15 0.34 0.45 0.27 0.38 0.20 0.36 0.52 0.38
C2 0.21 0.10 0.38 0.41 0.14 0.22 0.15 0.26 0.16 0.20 0.14 0.15 0.11 0.19 0.18 0.31 0.53 0.19 0.23 0.19 0.24 0.49 0.29
C2' 0.15 0.16 0.27 0.19 0.10 0.31 0.18 0.47 0.23 0.18 0.21 0.18 0.10 0.22 0.12 0.34 0.41 0.35 0.54 0.29 0.53 0.67 0.54
C3' 0.17 0.17 0.24 0.14 0.14 0.41 0.17 0.65 0.20 0.20 0.20 0.19 0.14 0.20 0.15 0.31 0.31 0.47 0.78 0.22 0.81 0.90 0.83
C4 0.23 0.15 0.50 0.53 0.16 0.33 0.17 0.44 0.18 0.20 0.19 0.18 0.14 0.18 0.20 0.51 0.78 0.21 0.31 0.21 0.38 0.62 0.42
C4' 0.18 0.21 0.21 0.14 0.17 0.45 0.16 0.67 0.18 0.17 0.21 0.23 0.19 0.16 0.16 0.31 0.31 0.51 0.79 0.19 0.80 0.82 0.80
C5 0.24 0.19 0.53 0.55 0.16 0.33 0.17 0.41 0.18 0.20 0.21 0.24 0.15 0.18 0.20 0.62 0.85 0.23 0.24 0.20 0.30 0.51 0.31
C5' 0.22 0.23 0.20 0.21 0.19 0.55 0.17 0.81 0.18 0.17 0.22 0.26 0.23 0.16 0.18 0.49 0.41 0.59 0.83 0.18 0.87 0.76 0.82
C6 0.23 0.19 0.49 0.48 0.15 0.29 0.16 0.33 0.17 0.20 0.20 0.24 0.14 0.18 0.19 0.57 0.76 0.25 0.20 0.19 0.21 0.37 0.20
N1 0.20 0.14 0.40 0.39 0.12 0.23 0.14 0.27 0.16 0.19 0.17 0.18 0.09 0.18 0.17 0.40 0.59 0.23 0.24 0.18 0.21 0.41 0.24
N3 0.22 0.11 0.44 0.47 0.16 0.27 0.17 0.36 0.17 0.20 0.16 0.14 0.13 0.19 0.19 0.37 0.64 0.19 0.27 0.20 0.32 0.57 0.38
O2 0.20 0.14 0.32 0.38 0.16 0.19 0.17 0.22 0.16 0.21 0.15 0.18 0.14 0.20 0.19 0.22 0.41 0.18 0.27 0.19 0.29 0.54 0.33
O2' 0.19 0.18 0.37 0.27 0.21 0.24 0.31 0.38 0.33 0.33 0.25 0.18 0.15 0.38 0.23 0.42 0.43 0.23 0.44 0.40 0.44 0.71 0.49
O3' 0.28 0.31 0.29 0.21 0.33 0.50 0.37 0.75 0.37 0.38 0.34 0.29 0.30 0.41 0.32 0.29 0.22 0.56 0.96 0.38 1.04 1.21 1.07
O4 0.23 0.17 0.53 0.57 0.17 0.38 0.18 0.53 0.20 0.20 0.20 0.19 0.16 0.19 0.20 0.54 0.85 0.22 0.40 0.22 0.51 0.76 0.55
O4' 0.16 0.21 0.27 0.19 0.12 0.28 0.14 0.40 0.18 0.14 0.22 0.24 0.17 0.14 0.11 0.34 0.41 0.37 0.50 0.18 0.48 0.54 0.48
O5' 0.16 0.37 0.41 0.60 0.15 0.80 0.13 1.28 0.17 0.31 0.30 0.50 0.31 0.27 0.15 0.48 0.75 0.58 1.21 0.16 1.40 0.93 1.20
OP1 0.55 0.73 0.50 0.36 0.49 0.32 0.31 0.94 0.36 0.20 0.56 0.89 0.72 0.19 0.38 1.14 0.52 0.45 0.97 0.28 1.52 0.97 1.23
OP2 0.17 0.50 0.30 0.62 0.22 0.83 0.16 1.31 0.23 0.26 0.39 0.68 0.43 0.24 0.14 0.74 0.84 0.57 1.16 0.21 1.53 0.93 1.23
P 0.29 0.62 0.27 0.52 0.34 0.73 0.21 1.29 0.31 0.18 0.50 0.79 0.57 0.16 0.20 0.79 0.69 0.50 1.17 0.25 1.58 0.98 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00 0.21 0.02 0.35 0.37 0.27
C2 0.04 0.00 0.26 0.33 0.01 0.27 0.00 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.44 0.23 0.37 0.01 0.44 0.58 0.50
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.23 0.10 0.16 0.19 0.32 0.26 0.10 0.02 0.00 0.03 0.02 0.55 0.07 0.79 0.95 0.75
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.26 0.00 0.33 0.02 0.34 0.39 0.33 0.39 0.31 0.40 0.23 0.01 0.01 0.02 0.19 0.38 0.49 0.32 0.30
C4 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.12 0.20 0.01 0.22 0.25 0.22
C4' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.11 0.25 0.19 0.35 0.26 0.20 0.08 0.33 0.02 0.00 0.01 0.12 0.22 0.15 0.07
C5 0.01 0.00 0.05 0.33 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.08 0.05 0.26 0.01 0.30 0.35 0.26
C5' 0.08 0.43 0.23 0.02 0.17 0.00 0.09 0.00 0.15 0.29 0.31 0.57 0.40 0.23 0.06 0.10 0.23 0.01 0.01 0.13 0.14 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.09 0.25 0.00 0.32 0.40 0.30
C8 0.01 0.01 0.16 0.39 0.00 0.25 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.24 0.14 0.47 0.02 0.50 0.57 0.46
N1 0.03 0.00 0.19 0.33 0.01 0.19 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.29 0.17 0.28 0.01 0.36 0.47 0.40
N2 0.05 0.00 0.32 0.39 0.01 0.35 0.01 0.57 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.59 0.28 0.49 0.03 0.62 0.81 0.68
N3 0.04 0.00 0.26 0.31 0.00 0.26 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.46 0.23 0.34 0.01 0.39 0.49 0.44
N7 0.01 0.01 0.10 0.40 0.01 0.20 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.23 0.08 0.44 0.02 0.51 0.61 0.45
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.01 0.24 0.02 0.27 0.28 0.21
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.18 0.33 0.33 0.10 0.31 0.40 0.20 0.19 0.12 0.44 0.22 0.00 0.05 0.23 0.38 0.37 0.72 1.11 0.70
O3' 0.33 0.44 0.03 0.01 0.21 0.02 0.08 0.23 0.13 0.24 0.29 0.59 0.46 0.23 0.11 0.05 0.00 0.23 0.21 0.12 0.39 0.14 0.22
O4' 0.00 0.23 0.02 0.02 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.14 0.17 0.28 0.23 0.08 0.01 0.23 0.23 0.00 0.08 0.06 0.11 0.13 0.08
O5' 0.21 0.37 0.55 0.19 0.20 0.01 0.26 0.01 0.25 0.47 0.28 0.49 0.34 0.44 0.24 0.38 0.21 0.08 0.00 0.29 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.38 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.37 0.12 0.06 0.29 0.00 0.41 0.51 0.36
OP1 0.35 0.44 0.79 0.49 0.22 0.22 0.30 0.14 0.32 0.50 0.36 0.62 0.39 0.51 0.27 0.72 0.39 0.11 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.58 0.95 0.32 0.25 0.15 0.35 0.20 0.40 0.57 0.47 0.81 0.49 0.61 0.28 1.11 0.14 0.13 0.02 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.50 0.75 0.30 0.22 0.07 0.26 0.01 0.30 0.46 0.40 0.68 0.44 0.45 0.21 0.70 0.22 0.08 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00