ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54591

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 22, 17, 8, 2, 1, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.023, 0.039, 0.056, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.037, 0.088, 0.139, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.088 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.027, 0.080, 0.134, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.080 std_dev=0.054
O4 A 0, 0.011, 0.065, 0.119, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.065 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.047, 0.121, 0.195, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.121 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.065, 0.144, 0.222, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.144 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.103, 0.190, 0.277, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.190 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.054, 0.150, 0.246, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.150 std_dev=0.096
C8 B 0, 0.116, 0.253, 0.390, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.253 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.075, 0.227, 0.379, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.227 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.094, 0.256, 0.417, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.256 std_dev=0.161
N9 B 0, 0.082, 0.244, 0.406, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.244 std_dev=0.162
N7 B 0, 0.116, 0.279, 0.442, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.279 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.059, 0.228, 0.398, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.228 std_dev=0.169
N3 B 0, 0.049, 0.234, 0.418, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.234 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.079, 0.264, 0.449, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.264 std_dev=0.185
N2 B 0, 0.058, 0.250, 0.443, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.250 std_dev=0.193
P B 0, 0.088, 0.288, 0.489, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.288 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.038, 0.242, 0.446, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.242 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.098, 0.304, 0.510, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.304 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.089, 0.299, 0.508, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.299 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.060, 0.291, 0.521, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.291 std_dev=0.230
O5' B 0, 0.078, 0.311, 0.544, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.311 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.041, 0.279, 0.518, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.279 std_dev=0.238
O5' A 0, 0.030, 0.286, 0.541, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.286 std_dev=0.255
O4' B 0, -0.008, 0.256, 0.519, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.256 std_dev=0.263
O6 B 0, 0.096, 0.388, 0.679, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.388 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.010, 0.356, 0.703, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.356 std_dev=0.347
C5' B 0, -0.040, 0.325, 0.690, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.325 std_dev=0.365
C4' B 0, -0.051, 0.324, 0.698, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.324 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.013, 0.396, 0.779, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.396 std_dev=0.383
C3' B 0, -0.043, 0.385, 0.814, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.385 std_dev=0.428
P A 0, -0.050, 0.394, 0.838, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.394 std_dev=0.444
O3' B 0, -0.069, 0.424, 0.917, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.424 std_dev=0.493
OP2 A 0, -0.149, 0.452, 1.053, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.452 std_dev=0.601
OP1 A 0, -0.333, 0.569, 1.471, 3.843 max_d=3.843 avg_d=0.569 std_dev=0.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.10 0.15 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.08 0.32 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.11 0.14 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.19 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.21 0.08 0.40 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.20 0.12 0.34 0.07
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.18 0.13 0.27 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.09 0.25 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.19 0.08 0.39 0.09
O2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.13 0.09 0.31 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.12 0.11 0.04
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.31 0.07 0.08
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.21 0.08 0.43 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.18 0.08 0.09
O5' 0.08 0.16 0.04 0.03 0.21 0.01 0.20 0.01 0.18 0.14 0.19 0.13 0.03 0.07 0.21 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.08 0.11 0.19 0.08 0.06 0.12 0.04 0.13 0.09 0.08 0.09 0.12 0.31 0.08 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.32 0.14 0.10 0.40 0.03 0.34 0.04 0.27 0.25 0.39 0.31 0.11 0.07 0.43 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.08 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.15 0.26 0.31 0.13 0.33 0.08 0.30 0.08 0.10 0.10 0.17 0.17 0.09 0.16 0.25 0.35 0.28 0.22 0.09 0.13 0.19 0.18
C2 0.14 0.12 0.14 0.17 0.09 0.19 0.08 0.17 0.09 0.09 0.08 0.14 0.13 0.13 0.10 0.13 0.22 0.18 0.24 0.12 0.11 0.15 0.15
C2' 0.23 0.13 0.27 0.33 0.12 0.35 0.08 0.35 0.08 0.11 0.09 0.15 0.16 0.09 0.15 0.25 0.37 0.29 0.19 0.11 0.12 0.17 0.15
C3' 0.23 0.14 0.28 0.35 0.13 0.35 0.07 0.33 0.07 0.10 0.09 0.18 0.17 0.09 0.15 0.27 0.40 0.27 0.21 0.10 0.16 0.25 0.21
C4 0.10 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.08 0.15 0.12 0.15 0.08 0.10 0.17 0.12 0.21 0.15 0.13 0.15 0.13
C4' 0.24 0.16 0.29 0.37 0.13 0.36 0.08 0.31 0.07 0.10 0.10 0.20 0.19 0.09 0.15 0.30 0.43 0.26 0.23 0.09 0.19 0.32 0.26
C5 0.13 0.13 0.14 0.17 0.09 0.15 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.18 0.15 0.13 0.09 0.15 0.23 0.13 0.21 0.12 0.13 0.17 0.14
C5' 0.23 0.20 0.28 0.35 0.15 0.30 0.08 0.22 0.08 0.10 0.14 0.25 0.22 0.09 0.15 0.30 0.43 0.22 0.26 0.07 0.21 0.39 0.30
C6 0.18 0.14 0.19 0.23 0.10 0.21 0.07 0.17 0.08 0.10 0.09 0.18 0.16 0.11 0.11 0.20 0.29 0.19 0.22 0.10 0.13 0.19 0.16
N1 0.19 0.13 0.20 0.24 0.11 0.24 0.07 0.21 0.07 0.09 0.09 0.16 0.16 0.10 0.12 0.19 0.28 0.23 0.23 0.10 0.12 0.17 0.16
N3 0.11 0.10 0.10 0.12 0.07 0.14 0.10 0.13 0.11 0.11 0.08 0.14 0.11 0.15 0.08 0.10 0.17 0.14 0.23 0.15 0.11 0.14 0.13
O2 0.14 0.11 0.14 0.17 0.10 0.19 0.09 0.19 0.10 0.11 0.09 0.13 0.13 0.13 0.11 0.13 0.21 0.18 0.25 0.13 0.12 0.15 0.16
O2' 0.25 0.13 0.30 0.37 0.14 0.39 0.10 0.41 0.10 0.14 0.10 0.15 0.17 0.11 0.18 0.28 0.40 0.31 0.15 0.12 0.14 0.14 0.14
O3' 0.24 0.14 0.30 0.38 0.13 0.38 0.08 0.38 0.07 0.11 0.09 0.17 0.17 0.09 0.16 0.29 0.43 0.29 0.18 0.10 0.16 0.23 0.19
O4 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.13 0.14 0.09 0.16 0.13 0.16 0.11 0.11 0.14 0.11 0.20 0.16 0.14 0.14 0.12
O4' 0.24 0.16 0.29 0.35 0.13 0.35 0.08 0.29 0.08 0.10 0.10 0.19 0.18 0.09 0.15 0.29 0.40 0.27 0.23 0.08 0.16 0.26 0.22
O5' 0.29 0.29 0.32 0.37 0.23 0.32 0.15 0.24 0.15 0.13 0.23 0.35 0.31 0.10 0.22 0.35 0.46 0.27 0.21 0.11 0.14 0.33 0.22
OP1 0.34 0.18 0.35 0.35 0.27 0.36 0.27 0.38 0.23 0.36 0.19 0.14 0.21 0.33 0.32 0.33 0.30 0.35 0.66 0.23 0.43 0.72 0.63
OP2 0.24 0.41 0.24 0.22 0.30 0.17 0.26 0.12 0.30 0.18 0.37 0.47 0.38 0.19 0.24 0.27 0.28 0.20 0.24 0.28 0.13 0.37 0.23
P 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08 0.16 0.07 0.15 0.09 0.16 0.10 0.07 0.14 0.09 0.40 0.10 0.26 0.49 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.24 0.09 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.01 0.23 0.11 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.04 0.31 0.22 0.23
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.03 0.25 0.17 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.23 0.10 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.19 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.21 0.11 0.11
C5' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.17 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.11 0.00 0.20 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.12 0.02 0.23 0.10 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05 0.10 0.01 0.22 0.11 0.13
N2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.06 0.09 0.01 0.24 0.11 0.13
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.09 0.01 0.24 0.10 0.12
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.13 0.02 0.20 0.11 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.24 0.10 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.27 0.06 0.33 0.26 0.27
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.16 0.04 0.25 0.13 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.03 0.19 0.06 0.05
O5' 0.07 0.09 0.24 0.21 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.27 0.16 0.12 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.12 0.00 0.19 0.12 0.12
OP1 0.24 0.23 0.31 0.25 0.23 0.19 0.21 0.17 0.20 0.23 0.22 0.24 0.24 0.20 0.24 0.33 0.25 0.19 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.22 0.17 0.10 0.05 0.11 0.07 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.26 0.13 0.06 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.23 0.16 0.12 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.27 0.13 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00