ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 14, 8, 14, 5, 6, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.006, 0.089, 0.173, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.089 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.037, 0.133, 0.228, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.133 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.011, 0.126, 0.241, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.126 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.023, 0.145, 0.268, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.145 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.057, 0.224, 0.390, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.224 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.052, 0.223, 0.394, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.223 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.105, 0.282, 0.459, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.282 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.040, 0.226, 0.413, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.226 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.123, 0.317, 0.511, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.317 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.088, 0.298, 0.509, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.298 std_dev=0.210
N2 B 0, 0.161, 0.376, 0.591, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.376 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.109, 0.335, 0.560, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.335 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.097, 0.323, 0.549, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.323 std_dev=0.226
C6 B 0, 0.094, 0.321, 0.548, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.321 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.204, 0.435, 0.665, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.435 std_dev=0.230
C3' B 0, 0.199, 0.434, 0.669, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.434 std_dev=0.235
P A 0, 0.090, 0.330, 0.570, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.330 std_dev=0.240
O6 B 0, 0.098, 0.350, 0.601, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.350 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.171, 0.428, 0.684, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.428 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.111, 0.371, 0.630, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.371 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.106, 0.371, 0.637, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.371 std_dev=0.265
N7 B 0, 0.122, 0.393, 0.664, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.393 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.261, 0.535, 0.810, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.535 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.104, 0.383, 0.662, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.383 std_dev=0.279
C1' B 0, 0.154, 0.436, 0.718, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.436 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.319, 0.603, 0.886, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.603 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.201, 0.499, 0.797, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.499 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.126, 0.424, 0.723, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.424 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.182, 0.508, 0.833, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.508 std_dev=0.326
OP1 B 0, 0.440, 0.782, 1.124, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.782 std_dev=0.342
O5' B 0, 0.326, 0.677, 1.029, 2.006 max_d=2.006 avg_d=0.677 std_dev=0.352
P B 0, 0.394, 0.781, 1.168, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.781 std_dev=0.387
OP2 B 0, 0.333, 0.811, 1.289, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.811 std_dev=0.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.07 0.09 0.10 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.10 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.08 0.07
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.07 0.06 0.12 0.03 0.12 0.02 0.10 0.08 0.11 0.10 0.06 0.08 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.16 0.13 0.11 0.12 0.13 0.09 0.12 0.09 0.21 0.08 0.07 0.15 0.14 0.12 0.20 0.12
C2 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.16 0.07 0.11 0.08 0.12 0.08 0.10 0.08 0.20 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.18 0.09
C2' 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.15 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.11 0.09 0.20 0.11 0.09 0.16 0.13 0.15 0.20 0.14
C3' 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.16 0.13 0.11 0.13 0.15 0.10 0.12 0.09 0.20 0.11 0.09 0.16 0.14 0.15 0.20 0.14
C4 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.17 0.12 0.15 0.11 0.14 0.10 0.16 0.12 0.20 0.09 0.10 0.11 0.14 0.09 0.20 0.10
C4' 0.09 0.14 0.11 0.09 0.11 0.10 0.13 0.18 0.15 0.11 0.16 0.18 0.11 0.12 0.10 0.20 0.09 0.08 0.18 0.17 0.15 0.20 0.14
C5 0.12 0.12 0.13 0.09 0.13 0.09 0.16 0.18 0.18 0.16 0.15 0.14 0.11 0.18 0.13 0.21 0.08 0.11 0.12 0.21 0.11 0.23 0.12
C5' 0.09 0.15 0.11 0.09 0.12 0.10 0.14 0.19 0.17 0.12 0.18 0.18 0.12 0.14 0.10 0.20 0.09 0.08 0.18 0.19 0.15 0.19 0.14
C6 0.11 0.13 0.12 0.09 0.12 0.09 0.15 0.18 0.18 0.14 0.16 0.14 0.11 0.16 0.12 0.21 0.08 0.10 0.13 0.20 0.12 0.22 0.12
N1 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.11 0.17 0.12 0.12 0.11 0.12 0.07 0.13 0.09 0.21 0.08 0.07 0.13 0.14 0.09 0.19 0.10
N3 0.11 0.11 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.16 0.07 0.13 0.10 0.14 0.09 0.12 0.10 0.19 0.09 0.09 0.12 0.08 0.08 0.18 0.09
O2 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.16 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.19 0.10 0.10 0.15 0.11 0.11 0.18 0.12
O2' 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.17 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.13 0.12 0.19 0.14 0.12 0.18 0.14 0.19 0.22 0.17
O3' 0.09 0.13 0.10 0.13 0.09 0.12 0.10 0.17 0.12 0.10 0.13 0.17 0.10 0.11 0.09 0.18 0.14 0.10 0.16 0.14 0.17 0.19 0.14
O4 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.17 0.13 0.16 0.12 0.15 0.10 0.18 0.13 0.19 0.09 0.11 0.11 0.15 0.09 0.21 0.11
O4' 0.10 0.14 0.13 0.08 0.11 0.09 0.13 0.18 0.16 0.12 0.16 0.16 0.11 0.13 0.10 0.21 0.08 0.08 0.18 0.17 0.12 0.19 0.13
O5' 0.11 0.15 0.12 0.09 0.13 0.10 0.15 0.19 0.17 0.13 0.17 0.18 0.13 0.15 0.12 0.21 0.09 0.09 0.18 0.20 0.14 0.20 0.14
OP1 0.10 0.14 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.21 0.17 0.13 0.16 0.16 0.12 0.15 0.11 0.22 0.10 0.09 0.17 0.20 0.15 0.18 0.12
OP2 0.12 0.13 0.13 0.09 0.13 0.10 0.16 0.20 0.18 0.16 0.16 0.13 0.11 0.18 0.13 0.23 0.09 0.10 0.17 0.21 0.13 0.20 0.13
P 0.10 0.13 0.12 0.08 0.11 0.10 0.15 0.21 0.17 0.13 0.16 0.14 0.10 0.15 0.11 0.21 0.09 0.08 0.16 0.20 0.13 0.19 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.17 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.06 0.14 0.01 0.11 0.20 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.06 0.12 0.22 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.12 0.23 0.15
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.10 0.01 0.08 0.19 0.09
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.12 0.10 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.10 0.01 0.09 0.18 0.08
C5' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.18 0.07 0.21 0.23 0.19 0.10 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.19 0.16 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.12 0.01 0.10 0.17 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.18 0.08
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.05 0.12 0.01 0.10 0.18 0.10
N2 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.07 0.17 0.02 0.14 0.22 0.15
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.06 0.13 0.01 0.11 0.21 0.12
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.18 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.19 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.10 0.13 0.10 0.05 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.09 0.10 0.16 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.08 0.02 0.10 0.13 0.09 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.18 0.08 0.14 0.21 0.15
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.10 0.15 0.05
O5' 0.04 0.14 0.12 0.17 0.10 0.02 0.10 0.01 0.12 0.08 0.12 0.17 0.13 0.10 0.07 0.07 0.18 0.07 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.04 0.12 0.00 0.12 0.17 0.10
OP1 0.08 0.11 0.12 0.12 0.08 0.10 0.09 0.16 0.10 0.08 0.10 0.14 0.11 0.09 0.07 0.10 0.14 0.10 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.22 0.23 0.19 0.15 0.18 0.16 0.17 0.18 0.18 0.22 0.21 0.18 0.19 0.16 0.21 0.15 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.13 0.15 0.09 0.03 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.15 0.12 0.08 0.08 0.08 0.15 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00